Incidence, hospitalization, mortality and risk factors of COVID-19 in long-term care residential homes for patients with chronic mental illness

Long-term care residential homes (LTCRH) for patients with chronic mental illness have suffered the enormous impact of COVID-19. This study aimed to estimate incidence, hospitalization, mortality, and risk factors of COVID-19 to prevent future epidemics. From March 2020 to January 2021 and before vaccination anti-SARS-CoV-2 begins, cumulate incidence rate (CIR), hospitalization rate (HR), mortality rate (MR), and risk factors of COVID-19 in the 11 LTCRH of two Health Departments of Castellon (Spain) were studied by epidemiological surveillance and an ecological design. Laboratory tests confirmed COVID-19 cases, and multilevel Poisson regression models were employed. All LTCRH participated and comprised 346 residents and 482 staff. Residents had a mean age of 47 years, 40% women, and suffered 75 cases of COVID-19 (CIR = 21.7%), five hospitalizations (HR = 1.4%), and two deaths (MR = 0.6%) with 2.5% fatality-case. Staff suffered 74 cases of the disease (CIR = 15.4%), one hospitalization (HR = 0.2%), and no deaths were reported. Risk factors associated with COVID-19 incidence in residents were private ownership, severe disability, residents be younger, CIR in municipalities where LTCRH was located, CIR in staff, and older age of the facilities. Conclusion: COVID-19 incidence could be prevented by improving infection control in residents and staff and modernizing facilities with increased public ownership

Incidencia de casos esporádicos de las infecciones intestinales más frecuentes en Castellón

Fundamento: Las infecciones intestinales son procesos muy frecuentes de las que solo una parte son identificadas por los sistemas de vigilancia epidemiológica. El objetivo de este estudio es estimar la incidencia poblacional por grupos de edad de las infecciones intestinales esporádicas diagnosticadas en un área sanitaria de Castellón durante el año 2000. Métodos: A partir de los coprocultivos de rutina, se reunieron los datos demográficos básicos de cada enfermo para el cálculo de las tasas de diagnóstico y de hospitalización. En niños de hasta 5 años de edad se calcularon las tasas por año para cada microorganismo. Resultados: Campylobacterpresentó las tasas más altas (114,5 por 105), seguido de rotavirus (94,7) y Salmonella(83,0). Rotavirus predomina en menores de 1 año (3.194 x 105), Campylobacter en 1- 4 años, con un máximo de 3.850 por 105 en el segundo año de vida mientras Salmonella predominó en todas las edades a partir de los 5 años. Las tasas de casos hospitalizados tuvieron un patrón diferente, con rotavirus en primer lugar (34,9 por 105), Salmonella (21,7 por 105) y Campylobacter (9,9 por 105). Excepto Salmonella, no hubo brotes en ese periodo El predominio de Campylobacter se observó a expensas de los casos en niños de 1-4 años no hospitalizados. Conclusiones: Hasta los 4 años de edad la distribución de los gérmenes causantes de las infecciones es diferente para cada año. El conocimiento de la epidemiología descriptiva de estas infecciones contribuye al estudio de su impacto social y presta soporte para profundizar en algunas cuestiones que se plantean ante estas enfermedades y los aspectos preventivos que se puedan implementar

Incidencia de casos esporádicos de las infecciones intestinales más frecuentes en Castellón

Fundamento: Las infecciones intestinales son procesos muy frecuentes de las que solo una parte son identificadas por los sistemas de vigilancia epidemiológica. El objetivo de este estudio es estimar la incidencia poblacional por grupos de edad de las infecciones intestinales esporádicas diagnosticadas en un área sanitaria de Castellón durante el año 2000. Métodos: A partir de los coprocultivos de rutina, se reunieron los datos demográficos básicos de cada enfermo para el cálculo de las tasas de diagnóstico y de hospitalización. En niños de hasta 5 años de edad se calcularon las tasas por año para cada microorganismo. Resultados: Campylobacterpresentó las tasas más altas (114,5 por 105), seguido de rotavirus (94,7) y Salmonella(83,0). Rotavirus predomina en menores de 1 año (3.194 x 105), Campylobacter en 1- 4 años, con un máximo de 3.850 por 105 en el segundo año de vida mientras Salmonella predominó en todas las edades a partir de los 5 años. Las tasas de casos hospitalizados tuvieron un patrón diferente, con rotavirus en primer lugar (34,9 por 105), Salmonella (21,7 por 105) y Campylobacter (9,9 por 105). Excepto Salmonella, no hubo brotes en ese periodo El predominio de Campylobacter se observó a expensas de los casos en niños de 1-4 años no hospitalizados. Conclusiones: Hasta los 4 años de edad la distribución de los gérmenes causantes de las infecciones es diferente para cada año. El conocimiento de la epidemiología descriptiva de estas infecciones contribuye al estudio de su impacto social y presta soporte para profundizar en algunas cuestiones que se plantean ante estas enfermedades y los aspectos preventivos que se puedan implementar

The first wave of the Spanish COVID-19 epidemic was associated with early introductions and fast spread of a dominating genetic variant

The COVID-19 pandemic has shaken the world since the beginning of 2020. Spain is among the European countries with the highest incidence of the disease during the first pandemic wave. We established a multidisciplinar consortium to monitor and study the evolution of the epidemic, with the aim of contributing to decision making and stopping rapid spreading across the country. We present the results for 2170 sequences from the first wave of the SARS-Cov-2 epidemic in Spain and representing 12% of diagnosed cases until 14th March. This effort allows us to document at least 500 initial introductions, between early February-March from multiple international sources. Importantly, we document the early raise of two dominant genetic variants in Spain (Spanish Epidemic Clades), named SEC7 and SEC8, likely amplified by superspreading events. In sharp contrast to other non-Asian countries those two variants were closely related to the initial variants of SARS-CoV-2 described in Asia and represented 40% of the genome sequences analyzed. The two dominant SECs were widely spread across the country compared to other genetic variants with SEC8 reaching a 60% prevalence just before the lockdown. Employing Bayesian phylodynamic analysis, we inferred a reduction in the effective reproductive number of these two SECs from around 2.5 to below 0.5 after the implementation of strict public-health interventions in mid March. The effects of lockdown on the genetic variants of the virus are reflected in the general replacement of preexisting SECs by a new variant at the beginning of the summer season. Our results reveal a significant difference in the genetic makeup of the epidemic in Spain and support the effectiveness of lockdown measures in controlling virus spread even for the most successful genetic variants. Finally, earlier control of SEC7 and particularly SEC8 might have reduced the incidence and impact of COVID-19 in our country.This work was funded by the Instituto de Salud Carlos III project COV20/00140, Spanish 593 National Research Council project CSIC-COV19-021 and ERC StG 638553 to IC, and BFU2017- 594 89594R to FGC. MC is supported by Ramón y Cajal program from Ministerio de Ciencia and 595 grants RTI2018-094399-A-I00 and SEJI/2019/011. 596 We gratefully acknowledge Hospital Universitari Vall d'Hebron, Instituto de Salud Carlos 597 III, IrsiCaixa AIDS Research Lab and all the international researchers and institutions that 598 submitted sequenced SARS-CoV-2 genomes to the GISAID’s EpiCov™ Database, as an 599 important part of our analyses have been made possible by the share of their work.N