HAX-1 overexpression, splicing and cellular localization in tumors

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>HAX-1 has been described as a protein potentially involved in carcinogenesis and especially metastasis. Its involvement in regulation of apoptosis and cell migration along with some data indicating its overexpression in cancer cell lines and tumors suggests that HAX-1 may play a role in neoplastic transformation. Here we present the first systematic analysis of HAX-1 expression in several solid tumors.</p> <p>Methods</p> <p>Using quantitative RT-PCR, we have determined the mRNA levels of <it>HAX1 </it>splice variant I in several solid tumors. We have also analyzed by semiquantitative and quantitative RT-PCR the expression of five <it>HAX-1 </it>splice variants in breast cancer samples and in normal tissue from the same individuals. Quantitative PCR was also employed to analyze the effect of estrogen on <it>HAX1 </it>expression in breast cancer cell line. Immunohistochemical analysis of HAX-1 was performed on normal and breast cancer samples.</p> <p>Results</p> <p>The results reveal statistically important <it>HAX1 </it>up-regulation in breast cancer, lung cancer and melanoma, along with some minor variations in the splicing pattern. HAX-1 up-regulation in breast cancer samples was confirmed by immunohistochemical analysis, which also revealed an intriguing HAX-1 localization in the nuclei of the tumor cells, associated with strong ER status.</p> <p>Conclusion</p> <p>HAX-1 elevated levels in cancer tissues point to its involvement in neoplastic transformation, especially in breast cancer. The connection between HAX-1 nuclear location and ER status in breast cancer samples remains to be clarified.</p

Why Are Outcomes Different for Registry Patients Enrolled Prospectively and Retrospectively? Insights from the Global Anticoagulant Registry in the FIELD-Atrial Fibrillation (GARFIELD-AF).

Background: Retrospective and prospective observational studies are designed to reflect real-world evidence on clinical practice, but can yield conflicting results. The GARFIELD-AF Registry includes both methods of enrolment and allows analysis of differences in patient characteristics and outcomes that may result. Methods and Results: Patients with atrial fibrillation (AF) and ≥1 risk factor for stroke at diagnosis of AF were recruited either retrospectively (n = 5069) or prospectively (n = 5501) from 19 countries and then followed prospectively. The retrospectively enrolled cohort comprised patients with established AF (for a least 6, and up to 24 months before enrolment), who were identified retrospectively (and baseline and partial follow-up data were collected from the emedical records) and then followed prospectively between 0-18 months (such that the total time of follow-up was 24 months; data collection Dec-2009 and Oct-2010). In the prospectively enrolled cohort, patients with newly diagnosed AF (≤6 weeks after diagnosis) were recruited between Mar-2010 and Oct-2011 and were followed for 24 months after enrolment. Differences between the cohorts were observed in clinical characteristics, including type of AF, stroke prevention strategies, and event rates. More patients in the retrospectively identified cohort received vitamin K antagonists (62.1% vs. 53.2%) and fewer received non-vitamin K oral anticoagulants (1.8% vs . 4.2%). All-cause mortality rates per 100 person-years during the prospective follow-up (starting the first study visit up to 1 year) were significantly lower in the retrospective than prospectively identified cohort (3.04 [95% CI 2.51 to 3.67] vs . 4.05 [95% CI 3.53 to 4.63]; p = 0.016). Conclusions: Interpretations of data from registries that aim to evaluate the characteristics and outcomes of patients with AF must take account of differences in registry design and the impact of recall bias and survivorship bias that is incurred with retrospective enrolment. Clinical Trial Registration: - URL: http://www.clinicaltrials.gov . Unique identifier for GARFIELD-AF (NCT01090362)

Improved risk stratification of patients with atrial fibrillation: an integrated GARFIELD-AF tool for the prediction of mortality, stroke and bleed in patients with and without anticoagulation.

OBJECTIVES: To provide an accurate, web-based tool for stratifying patients with atrial fibrillation to facilitate decisions on the potential benefits/risks of anticoagulation, based on mortality, stroke and bleeding risks. DESIGN: The new tool was developed, using stepwise regression, for all and then applied to lower risk patients. C-statistics were compared with CHA2DS2-VASc using 30-fold cross-validation to control for overfitting. External validation was undertaken in an independent dataset, Outcome Registry for Better Informed Treatment of Atrial Fibrillation (ORBIT-AF). PARTICIPANTS: Data from 39 898 patients enrolled in the prospective GARFIELD-AF registry provided the basis for deriving and validating an integrated risk tool to predict stroke risk, mortality and bleeding risk. RESULTS: The discriminatory value of the GARFIELD-AF risk model was superior to CHA2DS2-VASc for patients with or without anticoagulation. C-statistics (95% CI) for all-cause mortality, ischaemic stroke/systemic embolism and haemorrhagic stroke/major bleeding (treated patients) were: 0.77 (0.76 to 0.78), 0.69 (0.67 to 0.71) and 0.66 (0.62 to 0.69), respectively, for the GARFIELD-AF risk models, and 0.66 (0.64-0.67), 0.64 (0.61-0.66) and 0.64 (0.61-0.68), respectively, for CHA2DS2-VASc (or HAS-BLED for bleeding). In very low to low risk patients (CHA2DS2-VASc 0 or 1 (men) and 1 or 2 (women)), the CHA2DS2-VASc and HAS-BLED (for bleeding) scores offered weak discriminatory value for mortality, stroke/systemic embolism and major bleeding. C-statistics for the GARFIELD-AF risk tool were 0.69 (0.64 to 0.75), 0.65 (0.56 to 0.73) and 0.60 (0.47 to 0.73) for each end point, respectively, versus 0.50 (0.45 to 0.55), 0.59 (0.50 to 0.67) and 0.55 (0.53 to 0.56) for CHA2DS2-VASc (or HAS-BLED for bleeding). Upon validation in the ORBIT-AF population, C-statistics showed that the GARFIELD-AF risk tool was effective for predicting 1-year all-cause mortality using the full and simplified model for all-cause mortality: C-statistics 0.75 (0.73 to 0.77) and 0.75 (0.73 to 0.77), respectively, and for predicting for any stroke or systemic embolism over 1 year, C-statistics 0.68 (0.62 to 0.74). CONCLUSIONS: Performance of the GARFIELD-AF risk tool was superior to CHA2DS2-VASc in predicting stroke and mortality and superior to HAS-BLED for bleeding, overall and in lower risk patients. The GARFIELD-AF tool has the potential for incorporation in routine electronic systems, and for the first time, permits simultaneous evaluation of ischaemic stroke, mortality and bleeding risks. CLINICAL TRIAL REGISTRATION: URL: http://www.clinicaltrials.gov. Unique identifier for GARFIELD-AF (NCT01090362) and for ORBIT-AF (NCT01165710)

Two-year outcomes of patients with newly diagnosed atrial fibrillation: results from GARFIELD-AF.

AIMS: The relationship between outcomes and time after diagnosis for patients with non-valvular atrial fibrillation (NVAF) is poorly defined, especially beyond the first year. METHODS AND RESULTS: GARFIELD-AF is an ongoing, global observational study of adults with newly diagnosed NVAF. Two-year outcomes of 17 162 patients prospectively enrolled in GARFIELD-AF were analysed in light of baseline characteristics, risk profiles for stroke/systemic embolism (SE), and antithrombotic therapy. The mean (standard deviation) age was 69.8 (11.4) years, 43.8% were women, and the mean CHA2DS2-VASc score was 3.3 (1.6); 60.8% of patients were prescribed anticoagulant therapy with/without antiplatelet (AP) therapy, 27.4% AP monotherapy, and 11.8% no antithrombotic therapy. At 2-year follow-up, all-cause mortality, stroke/SE, and major bleeding had occurred at a rate (95% confidence interval) of 3.83 (3.62; 4.05), 1.25 (1.13; 1.38), and 0.70 (0.62; 0.81) per 100 person-years, respectively. Rates for all three major events were highest during the first 4 months. Congestive heart failure, acute coronary syndromes, sudden/unwitnessed death, malignancy, respiratory failure, and infection/sepsis accounted for 65% of all known causes of death and strokes for <10%. Anticoagulant treatment was associated with a 35% lower risk of death. CONCLUSION: The most frequent of the three major outcome measures was death, whose most common causes are not known to be significantly influenced by anticoagulation. This suggests that a more comprehensive approach to the management of NVAF may be needed to improve outcome. This could include, in addition to anticoagulation, interventions targeting modifiable, cause-specific risk factors for death. CLINICAL TRIAL REGISTRATION: http://www.clinicaltrials.gov. Unique identifier: NCT01090362

Risk profiles and one-year outcomes of patients with newly diagnosed atrial fibrillation in India: Insights from the GARFIELD-AF Registry.

BACKGROUND: The Global Anticoagulant Registry in the FIELD-Atrial Fibrillation (GARFIELD-AF) is an ongoing prospective noninterventional registry, which is providing important information on the baseline characteristics, treatment patterns, and 1-year outcomes in patients with newly diagnosed non-valvular atrial fibrillation (NVAF). This report describes data from Indian patients recruited in this registry. METHODS AND RESULTS: A total of 52,014 patients with newly diagnosed AF were enrolled globally; of these, 1388 patients were recruited from 26 sites within India (2012-2016). In India, the mean age was 65.8 years at diagnosis of NVAF. Hypertension was the most prevalent risk factor for AF, present in 68.5% of patients from India and in 76.3% of patients globally (P < 0.001). Diabetes and coronary artery disease (CAD) were prevalent in 36.2% and 28.1% of patients as compared with global prevalence of 22.2% and 21.6%, respectively (P < 0.001 for both). Antiplatelet therapy was the most common antithrombotic treatment in India. With increasing stroke risk, however, patients were more likely to receive oral anticoagulant therapy [mainly vitamin K antagonist (VKA)], but average international normalized ratio (INR) was lower among Indian patients [median INR value 1.6 (interquartile range {IQR}: 1.3-2.3) versus 2.3 (IQR 1.8-2.8) (P < 0.001)]. Compared with other countries, patients from India had markedly higher rates of all-cause mortality [7.68 per 100 person-years (95% confidence interval 6.32-9.35) vs 4.34 (4.16-4.53), P < 0.0001], while rates of stroke/systemic embolism and major bleeding were lower after 1 year of follow-up. CONCLUSION: Compared to previously published registries from India, the GARFIELD-AF registry describes clinical profiles and outcomes in Indian patients with AF of a different etiology. The registry data show that compared to the rest of the world, Indian AF patients are younger in age and have more diabetes and CAD. Patients with a higher stroke risk are more likely to receive anticoagulation therapy with VKA but are underdosed compared with the global average in the GARFIELD-AF. CLINICAL TRIAL REGISTRATION-URL: http://www.clinicaltrials.gov. Unique identifier: NCT01090362

Tropy kregowcow z dolnego triasu Wior, Gory Swietokrzyskie

Vertebrate footprints occur in the Middle Buntsandstein (Lower Triassic) Labyrinthodontidae Beds exposed at Wióry in the northeastern margin of the Holy Cross Mountains (Poland). They represent the richest footprint assemblage from the Middle Buntsandstein in Europe known to date. This assemblage comprises 11 ichnospecies representing seven ichnogenera attributable to amphibians and reptiles. The following new ichnotaxa are erected: Prorotodactylidae ichnofam. n., Prorotodactylus mirus ichnogen. et ichnosp. n., Capitosauroides fuglewiczi ichnosp. n., Brachychirotherium wiorense ichnosp. n., Isochirotherium gierlinskii ichnosp. n., Synaptichnium kotanskii ichnosp. n., and Rhynchosauroides rdzaneki ichnosp, n. The Prorotodactylus trackmakers possibly represent a systematic group close to that from which the Rotodactylus trackmakers and dinosaurs originated.Tropy kręgowców są rzadko spotykane w utworach dolnego i środkowego pstrego piaskowca stając się częstymi i zróżnicowanymi skamieniałościami śladowymi dopiero w jego górnej części. Opisany w tej pracy materiał ichnologiczny pochodzi z pojedyńczego, dużego odsłonięcia znajdującego się w prawym zboczu doliny Świśliny koło wsi Wióry, 14 km na północny zachód od Ostrowca Świętokrzyskiego na północno-wschodnim obrzeżeniu Gór Świętokrzyskich (Fig. 1) i jest najbogatszym znanym zespołem tropów kręgowców ze środkowego pstrego piaskowca (Fuglewicz et al. 1981, 1990). Odsłonięcie w Wiórach powstało w związku z budową zapory i zbiornika wodnego dla Ostrowca Świętokrzyskiego w latach 1979-1980. Występują tu przeławicające się piaskowce, mułowce i iłowce systemu kanałów oraz równi zalewowych rzek roztokowych o łącznej miąższości 40-50 m (Mader & Rdzanek 1985; Fuglewicz et al. 1990). Są to warstwy labiryntodontowe środkowego pstrego piaskowca (dolny trias) korelowane z górnymi warstwami oolitowymi Niżu Polskiego (Senkowiczowa & Ślączka 1962; Fuglewicz et al. 1990). Badania palinostratygraficzne (Fijałkowska 1994) oraz magnetostratygraficzne (Nawrocki 1997) pozwalają zaliczyć warstwy labiryntodontowe do dieneru. Warstwy labiryntodontowe odsłonięte w Wiórach zawierają liczne struktury sedymentacyjne, szczątki roślin, kości kręgowców, a także odciski pancerzyków esterii oraz liczne i zróżnicowane ślady bezkręgowców (Mader & Rdzanek 1985; Fuglewicz et al. 1990). Istniejący opis paleontologiczny zespołu ichnofauny z Wiór (Fuglewicz et al. 1990) został uzupełniony i częściowo zrewidowany w rezultacie badań prowadzonych w ciągu ostatnich dziesięciu lat. Tropy kręgowców odkryte w tym miejscu po raz pierwszy przez autora jesienią 1980 r., były zbierane i zabezpieczane przed zniszczeniem przez autora tej pracy oraz Kazimierza Rdzanka, organizatora Muzeum Ichnologicznego w Wiórach. Rozpoznany dotychczas zespół śladów kręgowców z Wiór zawiera 11 ichnogatunków przypisywanych płazom i gadom, nalezących do siedmiu ichnorodzajów: Capitosauroides, Brachychirotherium, Isochirotherium, Synaptichnium, Rhynchosauroides, Procolophonichnium oraz nowego ichnorodzaju Prorotodactylus reprezentującego nową rodzinę Prorotodactylidae. Opisano 6 ichnogatunków proponowanych tu jako nowe: Capitosauroides fuglawiczi ichnosp. n., Brachychirotherium wiorense ichnosp. n., Isochirotherium gierlinskii ichnosp. n., Synaptichnium kotanskii ichnosp. n., Rhynchosauroides rdzaneki ichnosp. n. i Prorotodactylus mirus ichnosp. n. Ichnogatunek Chirotherium hauboldi uznany został za reprezentanta ichnorodzaju Brachychirotherium; Rhynchosauroides polonicus włączono do ichnorodzaju Procolophonichnium. Okazy opisane poprzednio (Fuglewicz et al. 1990) z Wiór jako Brachychirotherium kuhni Demathieu & Haubold, 1982 uznane zostały za przedstawicieli nowego ichnogatunku Brachychirotherium wiorense ichnosp. n. W dyskusji dotyczącej zwierząt będących twórcami tropów Prorotodactylus zwrócono uwagę, w oparciu o morfologię tropów, na możliwy związek z formami, z których powstały dinozaury oraz z twórcami tropów Rotodactylus

Late Permian vertebrate tracks from the Tumlin Sandstone, Holy Cross Mountains, Poland

This paper describes the vertebrate ichnofauna from the Tumlin Sandstone (Buntsandstein) of the Holy Cross Mountains in Poland. The footprint assemblage has previously been regarded as Early Triassic in age; however, ichnogenera characteristic of the Late Permian are now recognized. Lack of representatives of the ichnofamily Chirotheriidae, characteristic of continental Triassic sediments worldwide, also indicates a Permian rather than a Triassic age for the studied assemblage. Three ichnogenera (Batrachichnus, Limnopus, and Amphisauropus) produced by amphibians are recognized, the remainder (Varanopus, Chelichnus, Dimetropus, Rhynchosauroides, Palmichnus, Paradoxichnium, and Phalangichnus) being of reptilian origin. Batrachichnus cf. salamandroides (Geinitz, 1861), Limnopus cf. zeilleri (Delage, 1912), Amphisauropus cf. latus Haubold, 1970, Varanopus aff. microdactylus (Pabst, 1896), Chelichnus cf. duncani (Owen, 1842), and Dimetropussp. are recorded in the Lower Buntsandstein for the first time. The following new ichnospecies are erected: Rhynchosauroides kuletae ichnosp. nov., Palmichnus lacertoides ichnosp. nov., Paradoxichnium tumlinense ichnosp. nov., Phalangichnus gradzinskii ichnosp. nov., and Phalangichnus gagoli ichnosp. nov

Ślady Tetrapoda z Dolnego Triasu gór Świętokrzyskich

A tetrapod footprints assemblage from the Middle Buntsandstein labyrinthodontid beds, NE Świętokrzyskie Mts, appears to be the oldest known from the Triassic of Europe. It comprises 8 taxa: cf. Capitosauroides sp., Chirotherium hauboldi sp.n., Isochirotherium sanctacrucense sp.n., Isochirotherium sp., Brachychirotherium kuhni Demathieu et Haubold, 1982, Synaptichnium chirotherioides sp.n., Rhyncliosauroldes brevidigitatus sp.n. and R. polonicus sp.n. Footprints are preserved chiefly as casts on the sole surfaces, rarely as imprints on the upper surfaces of sandstones. Skin textures of chirotheriids have been noticed. Formation and preservation of prints as well as their relationship to facies are discussed. Mode and direction of motion of trackmakers and general characteristics of the environment in which their activity took place are reconstructed. Age and tectonic framework of the labyrinthodontic beds formation are briefly discussed.W pracy przedstawiono pierwsze monograficzne opracowanie najstarszego w triasie europejskim zespołu śladów Tetrapoda z pstrego piaskowca środkowego, z okolic miejscowości Wióry koło Ostrowca Świętokrzyskiego (figs. 1, 11). Ślady Tetrapoda o zbliżonym składzie rodzajowym znane były do tej pory głównie z osadów pstrego piaskowca górnego z obszaru Niemiec i Francji (fig. 2). W zespole śladów z Wiór zdecydowanie dominują ślady gadów (pls. 2—14, figs. 5—10). Stwierdzono także trop płaza cf. Capitosauroides sp. (pl. 1, fig. 4), należącego do podgromady Labyrinthodontia. Wśród śladów gadów największymi rozmiarami wyróżniają się odlewy stóp Archosauria, z rodziny Chirotheriidae (5 taksonów). Małych rozmiarów są dość częste ślady Lepidosauria z rodzaju Rhynchosauroides (2 gatunki). W zespole liczącym 8 taksonów opisano 5 nowych gatunków: Chirotherium hauboldi, Isochirotherium sanctacrucense, Synaptichnium chirotherioides, Rhynchosauroides brevidigitatus i R. polonicus. Wyróżniono ponadto Isochirotherium sp. i Brachychirotherium kuhni Demathieu et Haubold, 1982. Dla zachowania pełnej wartości paleontologicznej ślady muszą być kolekcjonowane z całą miąższością ławicy (płyty) i przechowywane w pomieszczeniach. Towarzyszące wydobyciu składowanie płyt na hałdach powoduje liczne uszkodzenia śladów. Stopień rozdrobnienia płyt może mieć wpływ na wyniki badań ilościowych. Do pierwotnych zmian tafonomicznych należą deformacje. Częstą ich przyczyną było następowanie zwierząt na już istniejące ślady. Pokrycie śladów zachodziło dość szybko dzięki rytmicznemu (tabela 7) transportowi osadu, którym był głównie piasek drobnoziarnisty (69%). Erozja, mniej znacząca dla modyfikacji kształtu, odegrała wielką rolę w całkowitym niszczeniu śladów. Na kształt śladów i stopień ich kompletności, różny dla kończyn przednich i tylnych, oprócz zróżnicowania plastyczności podłoża wpływały różnica w obciążeniu przedniej i tylnej kończyny i tempo ruchu. O plastycznym charakterze podłoża informują wałki wypierania osadu wokół śladu. Przy pokryciu mułu cienką warstewką piasku powstawały undertracks (fig. 12). Miejsce tworzenia śladów zostało określone przez ich związek z kierunkami prądów (fig. 13) oraz z subfacjami sedymentacyjnymi (tabele 8, 9). Ślady powstawały na obszarach zalewanych przez okresowe powodzie. Czas tworzenia zachowanych śladów przypadał na okres niskich wód (fig. 14); w skali megacyklu — na okres przejściowy pomiędzy sedymentacją piaszczystą i ilastą (fig. 2). Ichnocenoza z Wiór ma praktycznie tylko jeden wspólny gatunek z zespołami zachodnioeuropejskimi, t.j. Brachychirotherium kuhni. Odrębność tego zespołu wynika prawdopodobnie z różnicy wiekowej między nimi. Najstarszymi skamieniałościami w pstrym piaskowcu obrzeżenia Gór Świętokrzyskich, zarówno w bliskim sąsiedztwie trzonu paleozoicznego, jak i na obszarach nieco oddalonych od trzonu, są mega i miospory pstrego piaskowca środkowego i górnego (Rdzanek 1981, 1984; Dybova-Jachowicz i Laszko 1980). Nie stwierdzono tu zespołu spor charakteryzujących pstry piaskowiec dolny, występujących w kompletnych, udokmentowanych profilach pstrego piaskowca na obszarze monokliny przedsudeckiej i w strefie kujawskiej (Fuglewicz 1977, 1979, 1980; Orłowska-Zwolińska 1984). Fakt ten wskazuje na niepełność profilu pstrego piaskowca w Górach Świętokrzyskich. Analiza diastrofizmu na przełomie permu i triasu oraz korelacja pstrego piaskowca Gór Świętokrzyskich z obszarem Niemiec również prowadzą do wniosku, że pomiędzy osadami niższego cechsztynu a osadami reprezentującymi początek sedymentacji triasowej — warstwami z Czerwonej Góry — występuje luka stratygraficzna obejmująca wyższy cechsztyn i pstry piaskowiec dolny, oraz że początek sedymentacji utworów pstrego piaskowca w obrzeżeniu Gór Świętokrzyskich przypada na pstry piaskowiec środkowy. Zmienia to dotychczasowy pogląd na kompletność profilu pstrego piaskowca w Górach Świętokrzyskich (por. Samsonowicz 1929; Senkowiczowa i Ślączka 1962; Senkowiczowa 1970) oraz pozycję tzw. warstw przejściowych (por. Senkowiczowa i Ślączka 1962; Senkowiczowa 1970). Sedymentacja pstrego piaskowca w obrzeżeniu Gór Świętokrzyskich, podobnie jak w całym basenie środkowo-europejskim była uzależniona od ruchów tektonicznych fazy palatyńskiej i fazy hardegseńskiej (fig. 2, 3; Fuglewicz 1980). Rozwój sedymentacji przebiegał odmiennie na obszarze północnym (łysogórskim) i południowym (kieleckim). Było to uwarunkowane sytuacją paleogeograficzną i tektoniczną Gór Świętokrzyskich, które położone na pograniczu dwóch wielkich platform — starej platformy wschodnioeuropejskiej i platformy paleozoicznej podlegały kontrastowemu reżimowi tektonicznemu platform. Region południowy (kielecki) wykazuje identyczny rytm tektoniczny i sedymentacyjny z leżącym na SW obszarem platformy paleozoicznej, natomiast region północny (łysogórski) ma zupełnie odmienny rozwój sedymentacyjny i tektoniczny, analogiczny do obszaru platformy wschodnioeuropejskiej (szczególnie do regionu radomsko-lubelskiego). Podnoszeniu się i erozji jednej platformy towarzyszyło obniżanie się i akumulacja na obszarze drugiej platformy (fig. 3). Rozłam świętokrzyski stanowił prawdopodobnie granicę tektoniczną między nimi