Presumed TP53 mosaicism: variants detected using a NGS hereditary cancer multigene panel

Aims/Context: NGS multigene panels are routinely used to identify germline pathogenic variants in cancer susceptibility genes. In addition, NGS allows the identification of low-level mosaicism events that may not be detectable by conventional Sanger sequencing. We describe two cases of presumed TP53 mosaic variants detected by NGS on blood-derived DNA, and confirmed by ARMS-PCR and Sanger sequencing. Case 1: female, 87 years old, colon cancer at 83 and metachronous breast cancer at 86, no history of familial cancer. Case 2: female, 75 years old, ovarian cancer at 71, local relapse at 74. Methods: NGS using TruSight® Cancer Sequencing Panel and TruSight® Rapid Capture kit (Illumina) and paired-end sequencing on MiSeq® platform (Illumina). Bioinformatic analysis with MiSeq Reporter, Enrichment, VariantStudio, VEP, Alamut Visual, VarAFT, VarSome and IGV. ARMS-PCR and Sanger sequencing were used to confirm the TP53 variants. Results and Conclusions: Two cases of presumed TP53 mosaic variants were studied. Case 1: the missense alteration TP53: c.764T>G, p.(Ile255Ser) was detected with a variant allele frequency (VAF) of 26% (39/150 reads). This variant is described in ClinVar as a somatic alteration, classified as likely pathogenic. It is not reported in gnomAD and VarSome software classified it as a variant of uncertain significance. Case 2: missense variant TP53: c.524G>A, p.(Arg175His) detected with a VAF of 15% (10/58 reads). This variant is described as pathogenic in HGMD Professional, LOVD and ClinVar, in association with Li-Fraumeni syndrome. These two cases seem to represent TP53 mosaicism, supported by: i) VAF lower than 30%, ii) detection at the sensitivity limit of Sanger sequencing and iii) confirmation by ARMS-PCR. Confirming this hypothesis by studying tumor and other tissue samples and offspring analysis (underway in both cases), is essential for disease diagnosis, assessing recurrence risk and genetic counseling. The hypothesis of acquired aberrant clonal expansion limited to the hematologic compartment, versus a germline variant should be considered in similar cases, and confirmatory methodologies are mandatory.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Influência da farmacogenòmica na terapêutica antidislipidémica

Dissertação de mest., Ciências Farmacêuticas, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2010As doenças cardiovasculares apresentam-se como uma das principais causas de óbito na maioria das sociedades modernas actuais. Factores como a idade, antecedentes familiares, sedentarismo, dietas ricas em gorduras e sal, hipertensão arterial, tabagismo, excesso de bebidas alcoólicas e as dislipidémias aumentam o risco de desenvolver este tipo de doenças. As dislipidémias são distúrbios metabólicos associados a alterações dos níveis de lipoproteínas no sangue e pertencem ao grupo de factores que, através da adopção de estilos de vida saudáveis ou, se necessário, de terapêutica farmacológica, são possíveis de manter dentro dos valores considerados ideais. No entanto, quando se recorre à terapêutica farmacológica, os resultados têm demonstrado que a resposta à terapêutica está sujeita a uma grande variabilidade interindividual. Esta pode estar relacionada com factores como a idade, o sexo, doenças concomitantes e determinantes genéticos. A farmacogenómica tem demonstrado ser fundamental no estudo da terapêutica antidislipidémica, uma vez que permite uma melhor compreensão de como os diferentes polimorfismos, existentes nos genes que codificam enzimas envolvidas no metabolismo, alvos terapêuticos e transportadores dos fármacos antidislipidémicos, entre outros, podem influenciar e dar origem à grande variabilidade interindividual na resposta a esta terapêutica. Deste modo, o conhecimento destes polimorfismos que influenciam as variações interindividuais da terapêutica, permitirá que no futuro se possa individualizar, de acordo com o paciente, os tratamentos administrados e aumentar assim a sua eficácia e segurança

What is the potential of the luxury resale market in Portugal?

The purchase of pre-owned luxury goods is becoming a worldwide trend. With growing concerns over sustainability and the search for different and unique pieces, new ways of consuming luxury have emerged, especially among the younger generations, giving a boost to the second hand luxury market. However, in the Portuguese market this trend is almost non-existent and have just started to give its first step early this year. In an attempt to study the potential of growth for this market in Portugal, 14 in-store observations to the already established luxury resale business models were conducted, as well as 31 in-depth interviews to luxury consumers and 3 interviews to luxury resale retailers. Results showed that there is an interest both to purchase and sell second hand luxury items, suggesting the high potential of the market in Portugal. Moreover, it was found that the best business model to be applied to the Portuguese market is a closed-doors system, with a personalized and exclusive service similar to a luxury store with an omnichannel interaction with a physical store and an online website

Spray coating of oxide and chalcogenide semiconductor layers for TFT application

This work documents the deposition and optimization of semiconductor thin films using chemical spray coating technique (CSC) for application on thin-film transistors (TFTs), with a low-cost, simple method. CSC setup was implemented and explored for industrial application, within Holst Centre, an R&D center in the Netherlands. As zinc oxide had already been studied within the organization, it was used as a standard material in the initial experiments, obtaining typical mobility values of 0.14 cm2/(V.s) for unpatterned TFTs. Then, oxide X layer characteristics were compared for films deposited with CSC at 40°C and spin-coating. The mobility of the spin-coated TFTs was 103 cm2/(V.s) higher, presumably due to the lack of uniformity of spray-coated film at such low temperatures. Lastly, tin sulfide, a relatively unexplored material, was deposited by CSC in order to obtain functional TFTs and explore the device’s potential for working as a phototransistor. Despite the low mobilities of the devices, a sensitive photodetector was made, showing drain current variation of nearly one order of magnitude under yellow light. CSC technique’s simplicity and versatility was confirmed, as three different semiconductors were successfully implemented into functional devices

A catalogue of stress granules´ components: implications for neurodegeneration

Stress granules (SGs) are irregularly shaped foci constituted by a variety of different types of RNAs, proteins, factors involved in translation and signaling molecules. These granules form transiently in response to a variety of stress stimuli, such as viral infections or translation blocking drugs, and facilitate stress response by sequestering mRNAs and proteins and affecting the translation of RNA transcripts. SGs are necessary for stress response, however, abnormalities in SGs functioning and the association of their formation with the aggregation of many pathological proteins, have been linked to pathological changes in several human diseases, such as neurodegenerative diseases, cancer, and aging. The aim of this work was to identify all the proteins described as SGs components in mammalian cells and to build an online open access database with the all information collected. The SGs components were identified through an exhaustive study search (PubMed) and further details about each component were retrieved using public databases. Moreover, a transcriptomic analysis was performed analyzing the gene expression data for each SGs component in different neurodegenerative diseases. We identified 464 proteins as components of mammalian cells SGs, from which 253 were classified as RNA-binding proteins (RBPs). Details about each protein, such as molecular function, link to disease, cell type where they were detected and the stress stimuli used to induce SGs assembly, were also collected and are available in the database. Through a transcriptomic analysis, where “disease vs control” groups were compared and analyzed, a vast majority of SGs proteins were found to be differentially expressed in different neurodegenerative diseases. All the information collected was used to build the Mammalian Stress Granules Proteome (MSGP), available at https://msgp.pt/, an important tool for researchers in this area of growing interest, being the first database to list and provide information about all SGs proteins identified so far.Em condições de stresse, os organismos eucariotas possuem um conjunto de mecanismos para o combater e assim restabelecer a homeostasia celular. Nesta resposta inclui-se a formação dos grânulos de stresse, que são estruturas de formato irregular, sem membrana e formados de forma transiente, que sequestram mRNAs e proteínas, afectando a tradução, e assim facilitando a resposta celular ao stresse. Os grânulos de stresse são constituidos por uma grande variedade de componentes: proteínas, mRNAs e microRNAs, componentes da tradução e moléculas de sinalização. No entanto, o perfil proteíco destes grânulos varia consoante o tipo celular onde se formam e o tipo de stresse celular, como por exemplo, a privação nutricional, infecções virais, radiações UV, entre outros. Para a formação dos grânulos de stresse são necessárias proteínas ligantes a RNA (RNA-binding proteins – RBPs). As RBPs são proteínas envolvidas numa variedade de processos relacionados com RNA, como o splicing alternativo e a biogénese de miRNA, possuindo um papel muito importante na função neuronal. Estas proteínas, para além de fazerem parte da constituição dos grânulos de stresse, são também fundamentais para a sua formação. Tal como já foi referido a formação dos grânulos de stresse é temporária, uma vez que quando o stresse desaparece, estes grânulos são eliminados. Esta eliminação é feita através de autofagia, mais especificamente por macroautofagia, na qual a proteína Valosin-containing protein (VCP) é fundamental, ou por autofagia mediada por chaperonas. Embora por um lado os grânulos de stress sejam essenciais na resposta da célula ao stresse, por outro lado, defeitos na sua formação, dinâmica ou eliminação podem contribuir para a patogénese de diversas doenças humanas, como por exemplo, cancro, e doenças neurodegenerativas. De facto, existem cada vez mais evidências que ligam os grânulos de stresse a doenças neurodegenerativas, nomeadamente as doenças de Alzheimer, Parkinson, Huntigton ou Esclerose Lateral Amiotrófica. Para além disso, várias das proteínas envolvidas na patogénese destas doenças também se encontram presentes nos grânulos de stress, como é o caso da Atx-2, Tau, FUS ou TDP-43. A importante função dos grânulos de stresse a nível celular e a sua implicação em diversas patologias torna-os alvos importantes para o estudos dessas doenças e até como possíveis alvos terapêuticos. O principal objetivo deste trabalho foi identificar todos os componentes proteícos dos grânulos de stresse descritos em células de mamífero, recolher informações sobre os mesmos e catalogar toda a informação recolhida numa base de dados online. Os componentes proteícos dos grânulos de stresse foram identificados através duma pesquisa exaustiva nos estudos disponíveis no PubMed, tendo sido filtradas apenas as proteínas existentes em células de mamífero. Para cada proteína, informações como o nome completo da proteína, gene ID, UniProt ID, se é ou não uma RBP, função molecular ou se está envolvida nalguma doença, foram obtidas através de bases de dados públicas. Para além disso, também foram recolhidas informações acerca do tipo celular em que as proteínas foram estudadas e tipo de estímulo utilizado para induzir o stress. Uma análise transcriptómica foi efetuada, utilizando dados de estudos que analisaram a expressão génica em indíviduos com as doenças de Alzheimer, Parkinson, Huntington, Esclerose Lateral Amiotrófica e também em indíviduos não-doentes (controlos). Nesta análise os grupos de doença versus controlo foram comparados, de forma a investigar a expressão diferencial dos componentes dos grânulos de stress. Foram catalogadas 464 proteínas, das quais 253 foram identificadas como RBPs e 111 já tinham sido previamente ligadas a doenças. Para além disso, 32 proteínas foram identificadas como estando relacionadas com a autofagia. Do total das 464 proteínas identificadas, 225 têm como função molecular a ligação, 308 encontram-se envolvidas em processos celulares e 131 pertencem à classe proteíca de ligação a ácidos nucleícos. Os dados da análise da expressão génica entre os grupos “doença” e “controlo”, demonstraram que a grande maioria dos componentes dos grânulos de stress encontram-se com a expressão alterada nas doenças neurodegenerativas estudadas. Por exemplo, verificou-se que na doença de Alzheimer, 187 componentes tinham a sua expressão significativamente aumentada, enquanto que 193 tinham a sua expressão diminuída. O perfil proteíco dos grânulos de stresse varia consoante o tipo celular ou tipo de estímulo de stress induzido. Assim, foi possível observar que a maioria das proteínas, mais especificamente 327, foram identificadas nas células U-2OS, enquanto 427 foram identificadas em estudos que utilizaram o arsenito de sódio como estímulo Toda a informação recolhida foi catalogada na base de dados Mammalian Stress Granules Proteome (MSGP), disponível para todos os investigadores em https://msgp.pt/. A base de dados MSGP possui a listagem de todos os componentes proteícos dos grânulos de streses assim como informações dos mesmos e dados de expressão génica para cada uma dos componentes identificados. O utilizador pode pesquisar por uma proteína específica utilizando a “search bar” ou pode filtrar a pesquisa utilizando as diferentes categorias e tags disponíveis. A MSGP é a primeira base de dados que reune todos os componentes dos grânulos descritos, constituindo uma importante ferramenta para os investigadores desta área, tendo para além disso, a possibilidade de continuar em crescimento, através da adição de informações não só acerca dos componentes já catalogados, como de outros componentes dos grânulos de stress, como por exemplo microRNAs

Wireless Power Transfer With Superconducting Coils

With the growing need for electrical systems that make life easier for the user, interest has arisen for contactless power transfer systems that allow no cables to exist and to transfer energy over considerable distances. However, the efficiency of these systems decreases considerably when the distance between the receiving coil and the transmitter is increased due to a considerable increase in system losses. High temperature superconducting materials have increasing potential in energy applications due to their characteristics, namely virtually zero dc resistance, and the fact that they have been discovered to be cooled with liquid nitrogen. Due to the reduction in the efficiency of energy transfer systems without contact with the increased distance between the receiver and the transmitter, it is necessary to study these systems with the replacement of copper coils by superconducting tape coils in order to understand whether it is possible to have considerable efficiency at greater distances. This study is the basis of this dissertation, whose main objective is the construction of a functional prototype of energy transfer without contact with superconducting coils for charging an acid-lead battery. First, we present the study of a power supply with rectification, filtration, voltage regulation, and current limitation in order to ensure the correct charging of the battery. Secondly, the implemented contactless energy transfer system consisting of two super- conducting tape coils is described. In all the work performed, one of the guidelines in the creation of the prototype was the use of simulation tools of the system, namely MATLAB/Simulink in order to understand the functioning of each component that composes it before performing the experimental part.Com a crescente necessidade por sistemas elétricos que facilitam a vida do utilizador, surgiu o interesse por sistemas de transferência de energia sem contacto que permitem que não existam cabos e que se possa transferir energia por distâncias consideráveis. No entanto, a eficiência destes sistemas diminui consideravelmente quando se aumenta a distância entre a bobina recetora e a transmissora, devido a um aumento considerável das perdas do sistema. Os materiais supercondutores de alta temperatura têm um crescente potencial em aplicações na área da Energia devido às suas características, nomeadamente resistência virtualmente nula em DC, e ao facto de se ter descoberto que podem ser arrefecidos com azoto líquido. Devido à redução da eficiência dos sistemas de transferência de energia sem contacto com o aumento da distância entre o recetor e o transmissor, torna-se necessário o estudo destes sistemas com a substituição das bobinas de cobre por bobinas de fita supercondutora por forma a se compreender se é possível se ter uma eficiência considerável a maiores distâncias. Esse estudo é a base da presente dissertação, que tem como principal objetivo a cons- trução de um protótipo funcional de transferência de energia sem contacto com bobinas supercondutoras para carregamento de uma bateria de ácido-chumbo. Em primeiro lugar, apresenta-se o estudo de uma fonte de alimentação com retificação, filtragem, regulação de tensão e limitação de corrente por forma a se garantir o correto carregamento da bateria. Em segundo lugar, descreve-se o sistema de transferência de energia sem contacto implementado composto por duas bobinas de fita supercondutora. Em todo o trabalho, uma das linhas orientadoras na criação do protótipo foi a utilização de ferramentas de simulação do sistema, nomeadamente MATLAB/Simulink por forma a se entender o funcionamento de cada componente que o compõem antes de se efetuar a parte experimental

The impact of Internet addiction on the life satisfaction of a remote worker

Dissertation presented as the partial requirement for obtaining a Master's degree in Information Management, specialization in Information Systems and Technologies ManagementWhile the use and implementation of Information Technology (IT) have been generally viewed as beneficial in the digital era, it is important to note that this is not always the case. While technology has enabled individuals to achieve unprecedented feats, it has also been the source of several societal challenges. Technology has increasingly become part of people's daily lives, particularly in the workplace. Thanks to advancements in digital technology and communication tools, employees now have the flexibility to work from any location and at any time. While remote work provides many benefits, there are also several downsides for employees. These may include limited opportunities for in-person communication and interaction, loneliness and isolation, the need to acquire necessary digital skills, and the challenge of separating work and home life. Some individuals may feel socially withdrawn when they are unable to satisfy their need for face-to-face communication and social connection. As a result, they may seek to fulfill this need through the Internet. Therefore, this study aims to address the question "How does Internet addiction and social isolation impact the remote work performance and life satisfaction of an individual?". The purpose of this paper is to determine and analyze whether an individual's level of Internet addiction and social isolation influences their remote work performance as well as their life satisfaction. This model was empirically validated using structural equation modelling (SEM)/partial least squares (PLS) in the context of Internet addiction in remote work professionals, with the development of a questionnaire. From this survey, a total of 172 responses from remote workers were taken into consideration to empirically test the model. It was discovered that social isolation and remote work performance directly affect the life satisfaction of a worker and Internet addiction indirectly influences it. Age was also taken into consideration and considered impactful, due to its impact in social isolation and Internet addiction

Crescimento e caracterização de fibras de TiO2 e nano/microcristais de ZnO

Mestrado em FísicaNeste trabalho foram crescidas fibras de dióxido de titânio, através da técnica de fusão de zona com laser, bem como nano e microcristais de óxido de zinco, através do método de deposição de fluxo assistido por laser. Ambos os materiais foram crescidos em atmosfera não controlada. Estas amostras foram caracterizadas óptica e estruturalmente. A caracterização englobou técnicas como a microscopia electrónica de varrimento, a difracção de raios X, a espectroscopia Raman e a fotoluminescência. Foram ainda efectuados cálculos teóricos para duas das fases estruturais do dióxido de titânio: rutilo e anatase. A partir desses cálculos foram obtidas as respectivas estruturas de bandas, bem como algumas propriedades estruturais, elásticas e ópticas destes materiais. Através de microscopia electrónica de varrimento foi observada a morfologia das fibras de TiO2 e dos cristais de ZnO e recorrendo à difracção de raios X foram identificadas as suas fases cristalinas. A espectroscopia Raman foi utilizada de forma confirmar a identificação da estrutura cristalina das amostras através dos seus modos normais de vibração. Para a caracterização óptica foi utilizada a técnica de fotoluminescência em estado estacionário. As fibras de TiO2 correspondem à fase rutilo e, a baixa temperatura, a recombinação óptica é dominada por uma banda de emissão centrada a » 1:47eV , observando-se ainda, duas linhas de zero fonões. A dependência destas linhas com a temperatura foi também estudada. Relativamente ao ZnO, observou-se uma intensa emissão na zona do UV e uma emissão verde mais fraca. Foi verificada a dependência desta emissão com a temperatura. Ambos os materiais apresentam uma boa qualidade cristalina e óptica. A deposição de fluxo assistida por laser apresenta-se como uma nova técnica no crescimento de nano/microcristais de ZnO.In this work titanium dioxide fibers were grown by the laser floating zone method, and zinc oxide nano and microcrystals were grown by the method of laser assisted flow deposition. Both materials were grown in a non-controlled atmosphere. These samples were optical and structural characterized. The samples were characterized by scanning electron microscopy (SEM), X ray diffraction, Raman spectroscopy and photoluminescense. Theoretical calculations were also carried out for two of the structural phases of titanium dioxide (rutile and anatase). From this calculations we obtained the bands structure, as well as some relevant structural, elastic and optical properties of these materials. TiO2 and ZnO fiber morphology was observed by means of electron microscopy and X-ray diffraction was used to identify their crystalline structure. Raman spectroscopy was used in order to confirm the identification of the crystalline structure of the samples through their normal modes of vibration. Optical properties were monitored by means of steady-state photoluminescence. The fibers of TiO2 corresponded to the rutile phase. At low temperature, the recombination was dominated by an emission centered at » 1:47 eV, along with two zero phonon lines. The dependence of these lines with temperature was also studied. For the ZnO, we observed a strong green emission, but the dominant emission is the excitonic one. It was verified the dependence of this emission with temperature. Both materials had a high optical and crystalline quality. The laser floating zone technique is quite stable for the growth of crystalline fibers of TiO2. The laser assisted flow deposition is presented as a new technique in the growth of nano/microcrystals of ZnO

NGS Panels applied to Hereditary Cancer Syndromes

Cancer is among the leading causes of morbidity and mortality worldwide (Okur et al, 2017). Germline pathogenic variants for monogenic, highly penetrant cancer susceptibility genes are observed in 5%–10% of all cancers (Lu et al, 2014). Hereditary cancers due to monogenic causes are characterized by earlier age of onset, other associated cancers, and often a family history of specific cancers. From the clinical perspective, it is important to recognize the affected individuals to provide them the best clinical management (Hennessy et al, 2010; Ledermann et al, 2014; Pennington et al, 2014) and to identify at-risk family members who will benefit from predictive genetic testing and enhanced surveillance, including early detection and/or risk reduction measures (Kurian et al, 2010; Okur et al, 2017). Germline variants identified in major cancer susceptibility genes associated with hereditary breast or ovarian cancer (HBOC) or hereditary colorectal cancer (HCRC), also account for 5-10% of the patients with these cancers. In the last years, new susceptibility genes, with different penetrance degrees, have been identified. Variants in any of those genes are rare and classical methodologies (e.g. Sanger sequencing - SS) are time consuming and expensive. Next-generation sequencing (NGS) has several advantages compared to SS, including the simultaneous analysis of many samples and sequencing of a large set of genes, higher sensitivity (down to 1% vs 15-20% in SS), lower cost and faster turnaround time, reasons that make NGS the best approach for molecular diagnosis. It is possible nowadays to choose between whole-genome sequencing (WGS), whole-exome sequencing (WES) and NGS limited to a set of genes (NGS-Panel). In cases where a suspected genetic disease or condition has been identified, targeted sequencing of specific genes or genomic regions is preferred (Grada et al, 2013). For that reason, we use NGS-Panel approach using TruSight Cancer (Illumina) to sequence DNA extracted from blood samples of patients with personal and/or familiar history of cancer. This hereditary cancer gene panel sequences 94 genes associated with both common (e.g., breast, colorectal) and rare hereditary cancers and allows the creation of virtual gene panels according to each phenotype or disease under study. NGS workflow analysis (Figure 1) includes five steps: quality assessment of raw data, read alignment to a reference genome, variant identification/calling, variant annotation and data visualization (Pabinger et al, 2013). The establishment of the most appropriate bioinformatics pipeline is crucial in order to achieve the best results. NGS data allows the identification of several types of variants like single nucleotide variants (SNVs), small insertions/deletions, inversions and also copy number variants (CNVs).FCT - UID/BIM/0009/2016info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Avaliação de parâmetros de qualidade em melancia cultivada na região do Ladoeiro

Dissertação apresentada à Escola Superior Agrária do Instituto Politécnico de Castelo Branco para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Inovação e Qualidade na Produção Alimentar.No sentido de caracterizar a melancia do Ladoeiro e consequentemente promover a sua valorização, o Centro de Apoio Tecnológico Agro-Alimentar de Castelo Branco (CATAA) e a empresa Hortas d’ Idanha desenvolveram uma linha de trabalho conjunta, onde foi inserido o presente trabalho. Neste sentido, estabeleceu-se como principais objectivos caracterizar cinco cultivares de melancias, Crimstar e Crimson Sweet (cv riscadas), Augusta e Romeria (cv pretas) e Romalinda (cv sem sementes) relativamente a diversas características de qualidade, incluindo compostos funcionais. Os frutos foram colhidos no estado de maturação comercial definido pelo produtor. Para análise foram seleccionados os que apresentavam um teor em sólidos solúveis totais igual ou superior a 8 Brix, e procedeu-se à classificação dos frutos conforme estabelecido no Regulamento (CE) N.o 1862/2004. As características de qualidade estudadas foram os sólidos solúveis totais (refractometria), a cor da polpa (espaço CIELAB, coordenadas L*, a*, b*, C* e h), a firmeza da polpa (texturómetro), a acidez (volumetria), o teor em fenóis totais e em licopeno (espectroscopia UV/VIS). A cv Romalinda apresentou maior teor de sólidos solúveis totais (10,76 Brix), de licopeno (49,23 mg kg-1) e uma das maiores firmezas da polpa (12,42 N). Não houve diferenças significativas entre cultivares para o teor de fenóis totais, no entanto a cultivar Romalinda foi a que apresentou maior teor (143,20 mg ácido gálico kg-1)