Incipient parallel evolution of SARS-CoV-2 Deltacron variant in South Brazil

With the coexistence of multiple lineages and increased international travel, recombination and gene flow are likely to become increasingly important in the adaptive evolution of SARS-CoV-2. These processes could result in genetic introgression and the incipient parallel evolution of multiple recombinant lineages. However, identifying recombinant lineages is challenging, and the true extent of recombinant evolution in SARS-CoV-2 may be underestimated. This study describes the first SARS-CoV-2 Deltacron recombinant case identified in Brazil. We demonstrate that the recombination breakpoint is at the beginning of the Spike gene. The 5′ genome portion (circa 22 kb) resembles the AY.101 (Delta), and the 3′ genome portion (circa 8 kb nucleotides) is most similar to the BA.1.1 (Omicron). Furthermore, evolutionary genomic analyses indicate that the new strain emerged after a single recombination event between lineages of diverse geographical locations in December 2021 in South Brazil. This Deltacron, AYBA-RS, is one of the dozens of recombinants described in 2022. The submission of only four sequences in the GISAID database suggests that this lineage had a minor epidemiological impact. However, the recent emergence of this and other Deltacron recombinant lineages (XD, XF, and XS) suggests that gene flow and recombination may play an increasingly important role in the COVID-19 pandemic. We explain the evolutionary and population genetic theory that supports this assertion, concluding that this stresses the need for continued genomic surveillance. This monitoring is vital for countries where multiple variants are present, as well as for countries that receive significant inbound international travel

Pervasive gaps in Amazonian ecological research

Biodiversity loss is one of the main challenges of our time,1,2 and attempts to address it require a clear un derstanding of how ecological communities respond to environmental change across time and space.3,4 While the increasing availability of global databases on ecological communities has advanced our knowledge of biodiversity sensitivity to environmental changes,5–7 vast areas of the tropics remain understudied.8–11 In the American tropics, Amazonia stands out as the world’s most diverse rainforest and the primary source of Neotropical biodiversity,12 but it remains among the least known forests in America and is often underrepre sented in biodiversity databases.13–15 To worsen this situation, human-induced modifications16,17 may elim inate pieces of the Amazon’s biodiversity puzzle before we can use them to understand how ecological com munities are responding. To increase generalization and applicability of biodiversity knowledge,18,19 it is thus crucial to reduce biases in ecological research, particularly in regions projected to face the most pronounced environmental changes. We integrate ecological community metadata of 7,694 sampling sites for multiple or ganism groups in a machine learning model framework to map the research probability across the Brazilian Amazonia, while identifying the region’s vulnerability to environmental change. 15%–18% of the most ne glected areas in ecological research are expected to experience severe climate or land use changes by 2050. This means that unless we take immediate action, we will not be able to establish their current status, much less monitor how it is changing and what is being lostinfo:eu-repo/semantics/publishedVersio

Pervasive gaps in Amazonian ecological research

Biodiversity loss is one of the main challenges of our time,1,2 and attempts to address it require a clear understanding of how ecological communities respond to environmental change across time and space.3,4 While the increasing availability of global databases on ecological communities has advanced our knowledge of biodiversity sensitivity to environmental changes,5,6,7 vast areas of the tropics remain understudied.8,9,10,11 In the American tropics, Amazonia stands out as the world's most diverse rainforest and the primary source of Neotropical biodiversity,12 but it remains among the least known forests in America and is often underrepresented in biodiversity databases.13,14,15 To worsen this situation, human-induced modifications16,17 may eliminate pieces of the Amazon's biodiversity puzzle before we can use them to understand how ecological communities are responding. To increase generalization and applicability of biodiversity knowledge,18,19 it is thus crucial to reduce biases in ecological research, particularly in regions projected to face the most pronounced environmental changes. We integrate ecological community metadata of 7,694 sampling sites for multiple organism groups in a machine learning model framework to map the research probability across the Brazilian Amazonia, while identifying the region's vulnerability to environmental change. 15%–18% of the most neglected areas in ecological research are expected to experience severe climate or land use changes by 2050. This means that unless we take immediate action, we will not be able to establish their current status, much less monitor how it is changing and what is being lost

"Caracterização molecular da resistência a oxacilina em isolados de Staphylococcus aureus hospitalares e comunitários"

Os objetivos do presente estudo foram avaliar os perfis de sensibilidade a antimicrobianos de MRSA isolados de sangue, identificar o tipo de SCCmec e analisar o perfil de DNA desses isolados para verificar a existência de linhagens predominantes. Amostras de MRSA isoladas de sangue foram submetidas ao teste de triagem em ágar para detecção de resistência a oxacilina, teste de sensibilidade aos antimicrobianos, PCR multiplex para detecção dos genes mecA e coa e do tipo de SCCmec, tipagem molecular por PFGE. 89% das amostras de MRSA foi de origem hospitalar. Foi observado multirresistência em 69% dos isolados. 83% dos isolados apresentaram SCCmec tipo IIIA e um perfil PFGE predominante. Foram observadas amostras de MRSA sensíveis a diversas classes de antimicrobianos, portando SCCmec tipo IV, associadas a infecção de origem hospitalar e a tipagem molecular permitiu observar o predomínio de um clone, disseminado em todo o complexo HCThe aims of this study were to evaluate the susceptibility profile of MRSA strains isolated from blood, identify the SCCmec types and analyze the DNA profile in order to determine if there were predominant lineages. Consecutive MRSA blood isolates were submitted to oxacillin agar screening test, antimicrobial susceptibility test, multiplex PCR to detect mecA and coa genes, SCCmec typing and molecular typing by PFGE. 89% of the isolates were nosocomial-acquired. 69% of strains were observed to be multiresistant. 83% of the 223 isolates had SCCmec type IIIA and had a predominant DNA pattern by PFGE. Some strains nosocomial-acquired had SCCmec type IV, resistance only to beta-lactams and demonstrated PFGE pattern with one predominant clon

"Caracterização molecular da resistência a oxacilina em isolados de Staphylococcus aureus hospitalares e comunitários"

Os objetivos do presente estudo foram avaliar os perfis de sensibilidade a antimicrobianos de MRSA isolados de sangue, identificar o tipo de SCCmec e analisar o perfil de DNA desses isolados para verificar a existência de linhagens predominantes. Amostras de MRSA isoladas de sangue foram submetidas ao teste de triagem em ágar para detecção de resistência a oxacilina, teste de sensibilidade aos antimicrobianos, PCR multiplex para detecção dos genes mecA e coa e do tipo de SCCmec, tipagem molecular por PFGE. 89% das amostras de MRSA foi de origem hospitalar. Foi observado multirresistência em 69% dos isolados. 83% dos isolados apresentaram SCCmec tipo IIIA e um perfil PFGE predominante. Foram observadas amostras de MRSA sensíveis a diversas classes de antimicrobianos, portando SCCmec tipo IV, associadas a infecção de origem hospitalar e a tipagem molecular permitiu observar o predomínio de um clone, disseminado em todo o complexo HCThe aims of this study were to evaluate the susceptibility profile of MRSA strains isolated from blood, identify the SCCmec types and analyze the DNA profile in order to determine if there were predominant lineages. Consecutive MRSA blood isolates were submitted to oxacillin agar screening test, antimicrobial susceptibility test, multiplex PCR to detect mecA and coa genes, SCCmec typing and molecular typing by PFGE. 89% of the isolates were nosocomial-acquired. 69% of strains were observed to be multiresistant. 83% of the 223 isolates had SCCmec type IIIA and had a predominant DNA pattern by PFGE. Some strains nosocomial-acquired had SCCmec type IV, resistance only to beta-lactams and demonstrated PFGE pattern with one predominant clon

MODULAÇÃO TRANSCRICIONAL DE GENES ASSOCIADOS AO SISTEMA ANTIOXIDANTE EM PACIENTES COM COVID-19: IMPACTO POTENCIAL NO SISTEMA NERVOSO CENTRAL

Introdução: O SARS-CoV-2 é capaz de infectar as células do sistema nervoso central (SNC), promovendo estresse oxidativo e inflamação. Múltiplas manifestações neurológicas como cefaléia, confusão mental, fadiga, anosmia e ageusia tem sido descritas. O mecanismo pelo qual o SARS-CoV-2 causa estas manifestações, ainda não está estabelecido. Neste sentido, o transcriptoma de indivíduos com COVID-19 pode indicar modulação transcricional que, no futuro, pode ser utilizada como biomarcador de alterações clínicas. Objetivos: Investigar a modulação transcricional de genes associados ao sistema antioxidante endógeno (KEGG N00243) no córtex pré-frontal de pacientes com COVID-19. Métodos: Utilizamos dois bioprojetos (PRJNA755712 e PRJNA755713), disponíveis no NCBI, de autópsias de córtex pré-frontal de indivíduos infectados e não infectados, totalizando 10 transcriptomas. Após, foram baixadas as sequências de mRNA e as sequências codificadoras foram utilizadas para o mapeamento das leituras dos transcriptomas. O mapeamento e a análise de expressão diferencial foram realizados no CLC Genomics Workbench 23.0.4. Foram considerados diferencialmente expressos, os genes que apresentaram p < 0,05. Resultados e discussão: A infecção pelo SARS-CoV-2 induziu um aumento na transcrição da Gpx4 (FC = 7,71) e da Nqo1 (FC = 5,83) indicando uma adaptação do organismo no combate ao estresse oxidativo. Em contrapartida, houve uma diminuição na transcrição da GstA4 (FC = -19,33), GstM2 (FC = -2,21), GstM4 (FC = -16,6), GstT1 (FC = -10,52). A glutationa S-transferase (GST) é uma enzima de fase 2 de detoxificação, que conjuga a glutationa com moléculas xenobióticas (substâncias estranhas ao organismo humano). A redução na transcrição de GSTs pode resultar em uma detoxificação ineficaz. Polimorfismos neste gene são considerados fatores de risco para esquizofrenia, transtorno bipolar e ansiedade. Além disso, estudos in vitro indicam que a perda da GSTA4 prejudica a diferenciação, remielinização e sobrevivência de oligodendrócitos, o que pode contribuir para a neurodegeneração. Conclusão: O SARS-CoV-2 pode provocar uma modulação transcricional comparável àquela observada em patologias que comprometem o SNC. As implicações de longo prazo da COVID-19 parecem incluir uma gama de distúrbios, sobretudo no SNC. Estudos complementares são necessários para aprofundar estes achados e os correlacionar com as manifestações neurológicas dos pacientes acometidos por COVID-19

Detection and analysis of different interactions between resistance mechanisms and carbapenems in clinical isolates of Klebsiella pneumoniae

Carbapenems are considered last-line agents for the treatment of serious infections caused by Klebsiella pneumoniae, and this microorganism may exhibit resistance to beta-lactam antibiotics due to different mechanisms of resistance. We evaluated 27 isolates of K. pneumoniae resistant to carbapenems recovered from inpatients at the University Hospital of Santa Maria-RS from July 2013 to August 2014. We carried out antimicrobial susceptibility, carbapenemase detection, testing for the presence of efflux pump by broth microdilution and loss of porin by sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis. Genetic similarity was evaluated by ERIC-PCR. High levels of resistance were verified by the minimum inhibitory concentration for the antimicrobials tested. The blaKPC gene was present in 89% of the clinical isolates. Blue-Carba and combined disk with AFB tests showed 100% concordance, while the combined disk test with EDTA showed a high number of false-positives (48%) compared with the gold-standard genotypic test. Four isolates showed a phenotypic resistance profile consistent with the overexpression of the efflux pump, and all clinical isolates had lost one or both porins. The ERIC-PCR dendrogram demonstrated the presence of nine clusters. The main mechanism of resistance to carbapenems found in the assessed isolates was the presence of the blaKPC gene. (C) 2017 Sociedade Brasileira de Microbiologia. Published by Elsevier Editora Ltda.AstraZenecaMSDNovartisUniv Fed Santa Maria, Lab Micobacteriol, Santa Maria, RS, BrazilUniv Fed Sao Paulo UNIFESP, Lab ALERTA, Sao Paulo, SP, BrazilUniv Fed Sao Paulo UNIFESP, Lab ALERTA, Sao Paulo, SP, BrazilAstraZenecaMSDNovartisWeb of Scienc

AVALIAÇÃO DA CONCORDÂNCIA ENTRE RT-QPCR E SEQUENCIAMENTO DE GENOMA TOTAL NA IDENTIFICAÇÃO DE VARIANTES DO SARS-COV-2

Introdução: A identificação precisa e ágil das variantes circulantes do SARS-CoV-2 é fundamental para uma vigilância epidemiológica eficaz e para direcionar medidas de contenção da disseminação do vírus. Embora o Sequenciamento de Genoma Total (Whole Genome Sequencing - WGS) seja considerado o padrão ouro para a identificação de variantes, apresenta alto custo, tempo de entrega dos resultados prolongado e necessidade de equipe especializada. Por outro lado, técnicas baseadas na amplificação de ácidos nucleicos, como a transcrição reversa seguida de reação de polimerase em cadeia (RT-qPCR), têm a capacidade de identificar variantes por meio de mutações específicas de maneira mais rápida e econômica. Objetivo: Avaliar a concordância entre um kit comercial de genotipagem por RT-qPCR e o WGS na identificação de variantes do SARS-CoV-2. Métodos: Foram selecionadas 349 amostras positivas para SARS-CoV-2 de laboratórios públicos e privados da 4ª Coordenadoria Regional de Saúde do estado do RS, coletadas nas semanas epidemiológicas 13 a 27 de 2022. Essas amostras foram submetidas a RT-qPCR utilizando o kit 4Plex para a detecção de variantes de preocupação desenvolvido pelo Biomanguinhos. Além disso, as amostras foram sequenciadas nas plataformas MinION MK1C ou Illumina iSeq100. As sequências consenso foram geradas utilizando os protocolos de bioinformática ARTIC nCoV-2019 (MinION) ou Dragen COVID (Illumina). Os clados e linhagens foram atribuídos utilizando as ferramentas Nextclade e Pangolin, respectivamente. Resultados: No sequenciamento, 316 amostras foram classificadas como Ômicron, sendo a maioria pertencente à subvariante BA.2 (238 amostras). 33 amostras foram identificadas como variantes recombinantes, sendo a maioria da subvariante XAG (31 amostras). Na genotipagem por RT-qPCR, todas as variantes Ômicron foram identificadas corretamente, no entanto, não foi possível a identificação das variantes recombinantes. O Kappa de Cohen indicou 90,54% de concordância da RT-qPCR com o WGS. No entanto, não foi possível diferenciar as subvariantes utilizando a RT-qPCR. Conclusão: O RT-qPCR é uma metodologia rápida e econômica. No entanto, possui baixo poder discriminatório, sendo incapaz de identificar subvariantes e variantes recombinantes. Portanto, é necessário realizar o sequenciamento para obter essas informações. Assim, o RT-qPCR pode ser utilizado como uma metodologia complementar ao WGS para um rastreamento abrangente e mais rápido das variantes em circulação