13 research outputs found
CTP promotes efficient ParB-dependent DNA condensation by facilitating one-dimensional diffusion from parS
Faithful segregation of bacterial chromosomes relies on the ParABS partitioning system and the SMC complex. In this work, we used single-molecule techniques to investigate the role of cytidine triphosphate (CTP) binding and hydrolysis in the critical interaction between centromere-like parS DNA sequences and the ParB CTPase. Using a combined optical tweezers confocal microscope, we observe the specific interaction of ParB with parS directly. Binding around parS is enhanced by the presence of CTP or the non-hydrolysable analogue CTPγS. However, ParB proteins are also detected at a lower density in distal non-specific DNA. This requires the presence of a parS loading site and is prevented by protein roadblocks, consistent with one-dimensional diffusion by a sliding clamp. ParB diffusion on non-specific DNA is corroborated by direct visualization and quantification of movement of individual quantum dot labelled ParB. Magnetic tweezers experiments show that the spreading activity, which has an absolute requirement for CTP binding but not hydrolysis, results in the condensation of parS-containing DNA molecules at low nanomolar protein concentrations
Specific and non-specific interactions of ParB with DNA:implications for chromosome segregation
Specific and non-specific interactions of ParB with DNA : implications for chromosome segregation
The segregation of many bacterial chromosomes is dependent on the interactions of ParB proteins with centromere-like DNA sequences called parS that are located close to the origin of replication. In this work, we have investigated the binding of Bacillus subtilis ParB to DNA in vitro using a variety of biochemical and biophysical techniques. We observe tight and specific binding of a ParB homodimer to the parS sequence. Binding of ParB to non-specific DNA is more complex and displays apparent positive co-operativity that is associated with the formation of larger, poorly defined, nucleoprotein complexes. Experiments with magnetic tweezers demonstrate that non-specific binding leads to DNA condensation that is reversible by protein unbinding or force. The condensed DNA structure is not well ordered and we infer that it is formed by many looping interactions between neighbouring DNA segments. Consistent with this view, ParB is also able to stabilize writhe in single supercoiled DNA molecules and to bridge segments from two different DNA molecules in trans. The experiments provide no evidence for the promotion of non-specific DNA binding and/or condensation events by the presence of parS sequences. The implications of these observations for chromosome segregation are discussed
Force and twist dependence of RepC nicking activity on torsionally-constrained DNA molecules
Feasibility of using death certificates for studying place of death in Latin America
Objective. This paper assesses the availability and quality of death certificate data in Latin America and the feasibility of using these data to study place of death and associated factors. Methods. In this comparative study, we collected examples of current official death certificates and digital data files containing information about all deaths that occurred during 1 year in 19 Latin American countries. Data were collected from June 2019 to May 2020. The records for place of death and associated variables were studied. The criteria for data quality were completeness, number of ill-defined causes of death and timeliness. Results. All 19 countries provided copies of current official death certificates and 18 of these registered the place of death. Distinguishing among hospital or other health care institution, home and other was possible for all countries. Digital data files with death certificate data were available from 12 countries and 1 region. Three countries had data considered to be of high quality and seven had data considered to be of medium quality. Categories for place of death and most of the predetermined factors possibly associated with place of death were included in the data files. Conclusions. The quality of data sets was rated medium to high in 10 countries. Hence, death certificate data make it feasible to conduct an international comparative study on place of death and the associated factors in Latin America.Objetivo. En este artículo se evalúa la disponibilidad y la calidad de los datos del certificado de defunción en América Latina y la factibilidad de emplear estos datos para estudiar el lugar de defunción y factores asociados. Métodos. En este estudio comparativo, se recogieron ejemplos de certificados oficiales de defunción actuales y archivos digitales de datos que contenían información acerca de todas las defunciones que ocurrieron durante un año en 19 países latinoamericanos. Se recopilaron datos desde junio del 2019 hasta mayo del 2020. Se estudiaron los registros del lugar de la muerte y las variables asociadas. Los criterios para determinar la calidad de los datos fueron la exhaustividad, el número de causas de muerte mal definidas y la presentación oportuna de la información. Resultados. Los 19 países proporcionaron copias de los certificados oficiales de defunción actuales; en 18 de estos se registraba el lugar de la muerte. En todos los países fue posible distinguir entre hospital u otra institución de atención de salud, el hogar y otros. Se obtuvieron los archivos de datos digitales con los datos del certificado de defunción de 12 países y una región. Tres países tenían datos considerados de buena calidad y siete tenían datos considerados de calidad media. En los archivos de datos se incluyeron categorías para lugar de defunción y la mayoría de los factores predeterminados posiblemente asociados con el lugar de defunción. Conclusiones. La calidad de los conjuntos de datos se calificó de media a buena en 10 países. En consecuencia, es factible realizar un estudio internacional comparativo sobre el lugar de defunción y los factores asociados en América Latina con los datos del certificado de defunción.Objetivo. Este estudo avalia a disponibilidade e a qualidade dos dados das declarações de óbito na América Latina e a viabilidade de usar esses dados para estudar o local do óbito e fatores associados. Métodos. Neste estudo comparativo, coletamos exemplos de declarações de óbito oficiais atuais e arquivos de dados digitais contendo informações sobre todos os óbitos que ocorreram durante 1 ano em 19 países latinoamericanos. Os dados foram coletados no período de junho de 2019 a maio de 2020. Foram estudados os registros do local do óbito e variáveis associadas. Os critérios de qualidade dos dados foram preenchimento completo, número de causas mal definidas de morte e oportunidade. Resultados. Todos os 19 países forneceram cópias das declarações de óbito oficiais atuais, e 18 deles registraram o local do óbito . Foi possível distinguir em todos os países entre hospital ou outra instituição de saúde, lar ou outro local. Arquivos de dados digitais com os dados das declarações de óbito foram disponibilizados por 12 países e 1 região. Três países tiveram dados considerados de alta qualidade, e sete tiveram dados considerados de qualidade média. As categorias de local do óbito e a maioria dos fatores predeterminados possivelmente associados ao local do óbito foram incluídos nos arquivos de dados. Conclusões. A qualidade dos conjuntos de dados foi classificada como média a alta em 10 países. Portanto, os dados de declarações de óbito possibilitam a realização de um estudo comparativo internacional sobre local do óbito e fatores associados na América Latina
Feasibility of using death certificates for studying place of death in Latin America
Objective. This paper assesses the availability and quality of death certificate data in Latin America and the feasibility of using these data to study place of death and associated factors. Methods. In this comparative study, we collected examples of current official death certificates and digital data files containing information about all deaths that occurred during 1 year in 19 Latin American countries. Data were collected from June 2019 to May 2020. The records for place of death and associated variables were studied. The criteria for data quality were completeness, number of ill-defined causes of death and timeliness. Results. All 19 countries provided copies of current official death certificates and 18 of these registered the place of death. Distinguishing among hospital or other health care institution, home and other was possible for all countries. Digital data files with death certificate data were available from 12 countries and 1 region. Three countries had data considered to be of high quality and seven had data considered to be of medium quality. Categories for place of death and most of the predetermined factors possibly associated with place of death were included in the data files. Conclusions. The quality of data sets was rated medium to high in 10 countries. Hence, death certificate data make it feasible to conduct an international comparative study on place of death and the associated factors in Latin America.Objetivo. En este artículo se evalúa la disponibilidad y la calidad de los datos del certificado de defunción en América Latina y la factibilidad de emplear estos datos para estudiar el lugar de defunción y factores asociados. Métodos. En este estudio comparativo, se recogieron ejemplos de certificados oficiales de defunción actuales y archivos digitales de datos que contenían información acerca de todas las defunciones que ocurrieron durante un año en 19 países latinoamericanos. Se recopilaron datos desde junio del 2019 hasta mayo del 2020. Se estudiaron los registros del lugar de la muerte y las variables asociadas. Los criterios para determinar la calidad de los datos fueron la exhaustividad, el número de causas de muerte mal definidas y la presentación oportuna de la información. Resultados. Los 19 países proporcionaron copias de los certificados oficiales de defunción actuales; en 18 de estos se registraba el lugar de la muerte. En todos los países fue posible distinguir entre hospital u otra institución de atención de salud, el hogar y otros. Se obtuvieron los archivos de datos digitales con los datos del certificado de defunción de 12 países y una región. Tres países tenían datos considerados de buena calidad y siete tenían datos considerados de calidad media. En los archivos de datos se incluyeron categorías para lugar de defunción y la mayoría de los factores predeterminados posiblemente asociados con el lugar de defunción. Conclusiones. La calidad de los conjuntos de datos se calificó de media a buena en 10 países. En consecuencia, es factible realizar un estudio internacional comparativo sobre el lugar de defunción y los factores asociados en América Latina con los datos del certificado de defunción.Objetivo. Este estudo avalia a disponibilidade e a qualidade dos dados das declarações de óbito na América Latina e a viabilidade de usar esses dados para estudar o local do óbito e fatores associados. Métodos. Neste estudo comparativo, coletamos exemplos de declarações de óbito oficiais atuais e arquivos de dados digitais contendo informações sobre todos os óbitos que ocorreram durante 1 ano em 19 países latinoamericanos. Os dados foram coletados no período de junho de 2019 a maio de 2020. Foram estudados os registros do local do óbito e variáveis associadas. Os critérios de qualidade dos dados foram preenchimento completo, número de causas mal definidas de morte e oportunidade. Resultados. Todos os 19 países forneceram cópias das declarações de óbito oficiais atuais, e 18 deles registraram o local do óbito . Foi possível distinguir em todos os países entre hospital ou outra instituição de saúde, lar ou outro local. Arquivos de dados digitais com os dados das declarações de óbito foram disponibilizados por 12 países e 1 região. Três países tiveram dados considerados de alta qualidade, e sete tiveram dados considerados de qualidade média. As categorias de local do óbito e a maioria dos fatores predeterminados possivelmente associados ao local do óbito foram incluídos nos arquivos de dados. Conclusões. A qualidade dos conjuntos de dados foi classificada como média a alta em 10 países. Portanto, os dados de declarações de óbito possibilitam a realização de um estudo comparativo internacional sobre local do óbito e fatores associados na América Latina