Geopolitik und sicherheitspolitisches Potenzial neuer regionaler Führungsmächte

Endolysins comprise a novel class of selective antibacterials refractory to develop resistances. The Cpl-7 endolysin, encoded by the Streptococcus pneumoniae bacteriophage Cp-7, consists of a catalytic module (CM) with muramidase activity and a cell wall-binding module (CWBM) made of three fully conserved CW_7 repeats essential for activity. Firstly identified in the Cpl-7 endolysin, CW_7 motifs are also present in a great variety of cell wall hydrolases encoded, among others, by human and live-stock pathogens. However, the nature of CW_7 receptors on the bacterial envelope remains unknown. In the present study, the structural stability of Cpl-7 and the target recognized by CW_7 repeats, relevant for exploitation of Cpl-7 as antimicrobial, have been analyzed, and transitions from the CM and the CWBM assigned, using circular dichroism and differential scanning calorimetry. Cpl-7 stability is maximum around 6.0-6.5, near the optimal pH for activity. Above pH 8.0 the CM becomes extremely unstable, probably due to deprotonation of the N-terminal amino-group, whereas the CWBM is rather insensitive to pH variation and its structural stabilization by GlcNAc-MurNAc-l-Ala-d-isoGln points to the cell wall muropeptide as the cell wall target recognized by the CW_7 repeats. Denaturation data also revealed that Cpl-7 is organized into two essentially independent folding units, which will facilitate the recombination of the CM and the CWBM with other catalytic domains and/or cell wall-binding motifs to yield new tailored chimeric lysins with higher bactericidal activities or new pathogen specificities

Substrate recognition and catalysis by LytB, a pneumococcal peptidoglycan hydrolase involved in virulence

17 p.-7 fig.-2 tab. Rico-Lastres, Palma et al.Streptococcus pneumoniae is a major cause of life-threatening diseases worldwide. Here we provide an in-depth functional characterization of LytB, the peptidoglycan hydrolase responsible for physical separation of daughter cells. Identified herein as an N-acetylglucosaminidase, LytB is involved also in colonization and invasion of the nasopharynx, biofilm formation and evasion of host immunity as previously demonstrated. We have shown that LytB cleaves the GlcNAc-β-(1,4)-MurNAc glycosidic bond of peptidoglycan building units. The hydrolysis occurs at sites with fully acetylated GlcNAc moieties, with preference for uncross-linked muropeptides. The necessity of GlcN acetylation and the presence of a single acidic moiety (Glu585) essential for catalysis strongly suggest a substrate-assisted mechanism with anchimeric assistance of the acetamido group of GlcNAc moieties. Additionally, modelling of the catalytic region bound to a hexasaccharide tripentapeptide provided insights into substrate-binding subsites and peptidoglycan recognition. Besides, cell-wall digestion products and solubilisation rates might indicate a tight control of LytB activity to prevent unrestrained breakdown of the cell wall. Choline-independent localization at the poles of the cell, mediated by the choline-binding domain, peptidoglycan modification, and choline-mediated (lipo) teichoic-acid attachment contribute to the high selectivity of LytB. Moreover, so far unknown chitin hydrolase and glycosyltransferase activities were detected using GlcNAc oligomers as substrate.Research was funded by grants from the Ministerio de Ciencia e Innovación (MICINN) and the Ministerio de Economía y Competitividad (MINECO) to P. García (SAF2009-10824 and SAF2012-39444-C02-01) and M. Menéndez (BFU2009-10052 and BFU2012-36825), the Consejería de Educación de la Comunidad de Madrid (S2010/BMD/2457) to M. Menéndez. The work in the United Kingdom and the US was supported by grants from the BBSRC (BB/G015902/1) to W. Vollmer and from the National Institutes of Health (GM61629) to S. Mobashery. Additional funding was provided by the CIBER de Enfermedades Respiratorias (CIBERES), an initiative of the Instituto de Salud Carlos III (ISCIII). Palma Rico-Lastres and Roberto Díez-Martínez were the recipients of fellowships from the MICINN (FPI program).Peer reviewe

La importancia de los intereses académicos en la política científica y tecnológica catalana

Publicado en: 'Papers: Revista de Sociología', 70: 11-40, 2003Este artículo describe la emergencia y orientación de las políticas de I+D e innovación en Cataluña. Se analizan cuáles son los factores más influyentes en la orientación de estas políticas y, en definitiva, en las opciones políticas que se toman. La política de ciencia y tecnología desarrollada por el gobierno regional catalán desde principios de los años ochenta ha sido una política en la que, a pesar de las preferencias manifestadas en el discurso político, ha predominado un modelo de política académico sobre el de orientación empresarial. Asimismo, en términos organizativos e institucionales, en la Administración autonómica, la política científica ha estado separada y diferenciada de la política tecnológica a pesar del diseño inicial de instituciones interdepartamentales. La principal razón de que la política de I+D catalana no siguiera un modelo más industrial, ligado al mundo empresarial, fue la presión que ejercieron las universidades catalanas para que, tanto el diseño institucional como el contenido de la política se adaptara a sus necesidades. La trayectoria académica previa de los gestores también contribuyó a la reorientación de las preferencias políticas. A pesar de la importancia de las empresas catalanas en la I+D, éstas no se movilizaron ni presionaron a los gobiernos suficientemente. Analíticamente, este caso ilustra cómo la sola creación política de instituciones no garantiza la realización de las preferencias políticas. También pone de manifiesto cómo el horizonte temporal de la toma de decisiones gubernamental tiene un efecto en las expectativas de los actores, que desarrollan procesos de aprendizaje a partir de las experiencias en arenas políticas similares a otros niveles. Por último, destaca la importancia del poder en las instituciones de gestión en este tipo de política distributiva.Peer reviewe

La importancia de los intereses académicos en la política científica y tecnológica catalana

Publicado en: 'Papers: Revista de Sociología', 70: 11-40, 2003Este artículo describe la emergencia y orientación de las políticas de I+D e innovación en Cataluña. Se analizan cuáles son los factores más influyentes en la orientación de estas políticas y, en definitiva, en las opciones políticas que se toman. La política de ciencia y tecnología desarrollada por el gobierno regional catalán desde principios de los años ochenta ha sido una política en la que, a pesar de las preferencias manifestadas en el discurso político, ha predominado un modelo de política académico sobre el de orientación empresarial. Asimismo, en términos organizativos e institucionales, en la Administración autonómica, la política científica ha estado separada y diferenciada de la política tecnológica a pesar del diseño inicial de instituciones interdepartamentales. La principal razón de que la política de I+D catalana no siguiera un modelo más industrial, ligado al mundo empresarial, fue la presión que ejercieron las universidades catalanas para que, tanto el diseño institucional como el contenido de la política se adaptara a sus necesidades. La trayectoria académica previa de los gestores también contribuyó a la reorientación de las preferencias políticas. A pesar de la importancia de las empresas catalanas en la I+D, éstas no se movilizaron ni presionaron a los gobiernos suficientemente. Analíticamente, este caso ilustra cómo la sola creación política de instituciones no garantiza la realización de las preferencias políticas. También pone de manifiesto cómo el horizonte temporal de la toma de decisiones gubernamental tiene un efecto en las expectativas de los actores, que desarrollan procesos de aprendizaje a partir de las experiencias en arenas políticas similares a otros niveles. Por último, destaca la importancia del poder en las instituciones de gestión en este tipo de política distributiva.Este trabajo se ha realizado gracias a la financiación del Programa Marco de I+D, del PRICIT de la Comunidad de Madrid y del III Plan Nacional de I+D de la CICYT (SEC 1999-0829-C02-01).Peer reviewe

Pub1p C-Terminal RRM Domain Interacts with Tif4631p through a Conserved Region Neighbouring the Pab1p Binding Site

Pub1p, a highly abundant poly(A)+ mRNA binding protein in Saccharomyces cerevisiae, influences the stability and translational control of many cellular transcripts, particularly under some types of environmental stresses. We have studied the structure, RNA and protein recognition modes of different Pub1p constructs by NMR spectroscopy. The structure of the C-terminal RRM domain (RRM3) shows a non-canonical N-terminal helix that packs against the canonical RRM fold in an original fashion. This structural trait is conserved in Pub1p metazoan homologues, the TIA-1 family, defining a new class of RRM-type domains that we propose to name TRRM (TIA-1 C-terminal domain-like RRM). Pub1p TRRM and the N-terminal RRM1-RRM2 tandem bind RNA with high selectivity for U-rich sequences, with TRRM showing additional preference for UA-rich ones. RNA-mediated chemical shift changes map to β-sheet and protein loops in the three RRMs. Additionally, NMR titration and biochemical in vitro cross-linking experiments determined that Pub1p TRRM interacts specifically with the N-terminal region (1–402) of yeast eIF4G1 (Tif4631p), very likely through the conserved Box1, a short sequence motif neighbouring the Pab1p binding site in Tif4631p. The interaction involves conserved residues of Pub1p TRRM, which define a protein interface that mirrors the Pab1p-Tif4631p binding mode. Neither protein nor RNA recognition involves the novel N-terminal helix, whose functional role remains unclear. By integrating these new results with the current knowledge about Pub1p, we proposed different mechanisms of Pub1p recruitment to the mRNPs and Pub1p-mediated mRNA stabilization in which the Pub1p/Tif4631p interaction would play an important role

Caracterización estructural y funcional de la glucosaminidasa LytB de "Streptococcus penumoniae"

LytB, una enzima codificada por la bacteria Streptococcus pneumoniae, es una murein hidrolasa no lítica, localizada en los polos de la célula, responsable de la separación de las células hijas durante el proceso de división celular (García et al., 1999; De Las Rivas et al., 2002). Consta de un módulo de unión a colina (CBM) (LytBCBM), situado en el extemo N-terminal, formado por 18 repeticiones de secuencia dispuestas en tándem que reconocen de forma específica los motivos de fosforilcolina (P-col) presentes en los ácidos teicoicos de la envuelta celular de neumococo y que es esencial para la catálisis. Además contiene un módulo SH3b (LytBSH3b) y uno de tipo WW (LytBWW), ambos importantes para el reconocimiento del sustrato y la adhesión a las células del hospedador (Bai et al., 2014), y un módulo perteneciente a la familia GH73 de las glicosil hidrolasas (LytBGH73) en la región C-terminal, responsable de su actividad catalítica. A pesar de que LytB es un factor de virulencia implicado en la colonización de la nasofaringe, la evasión de la respuesta inmune (Gosink et al., 2000; Ramos-Sevillano et al., 2011) y la formación de biofilms (Moscoso et al., 2006), y que por tanto podría considerarse como una diana potencial en el desarrollo de nuevas vacunas o antibióticos, su actividad catalítica o su especificidad por el sustrato no han sido hasta ahora estudiadas. De este modo, el objetivo de esta tesis ha sido la purificación de formas estructuralmente homogéneas de LytB y la caracterización de su estabilidad y de su organización estructural, en presencia y ausencia de posibles ligandos, así como analizar los determinantes estructurales de la especificidad de sustrato de la proteína e identificar los residuos relevantes para la catálisis. La caracterización de las muestras de LytB purificadas por cromatografía de afinidad y ultracentrifugación analítica puso de manifiesto la coexistencia de monómeros y formas de mayor tamaño molecular que se separaron por cromatografía de exclusión molecular y, mediante ensayos de dispersión de células de neumococo de la cepa R6B (en la que el gen lytB está inactivado y por tanto crece formando largas cadenas de células), se verificó que ambas formas eran funcionales..

DNA Binding Induces a Nanomechanical Switch in the RRM1 Domain of TDP-43

Understanding the molecular mechanisms governing protein-nucleic acid interactions is fundamental to many nuclear processes. However, how nucleic acid binding affects the conformation and dynamics of the substrate protein remains poorly understood. Here we use a combination of single molecule force spectroscopy AFM and biochemical assays to show that the binding of TG-rich ssDNA triggers a mechanical switch in the RRM1 domain of TDP-43, toggling between an entropic spring devoid of mechanical stability and a shock absorber bound-form that resists unfolding forces of ∼40 pN. The fraction of mechanically resistant proteins correlates with an increasing length of the TGn oligonucleotide, demonstrating that protein mechanical stability is a direct reporter of nucleic acid binding. Steered molecular dynamics simulations on related RNA oligonucleotides reveal that the increased mechanical stability fingerprinting the holo-form is likely to stem from a unique scenario whereby the nucleic acid acts as a 'mechanical staple' that protects RRM1 from mechanical unfolding. Our approach highlights nucleic acid binding as an effective strategy to control protein nanomechanics

Catálogo de las especies adventicias y ruderales del Campus de San Vicente del Raspeig, Universidad de Alicante

Presentamos un estudio de la flora adventicia presente en los jardines y viales del Campus Universitario de San Vicente del Raspeig de la Universidad de Alicante, realizado entre los años 2005 y 2007. Se han catalogado 407 taxones pertenecientes a 241 géneros y 52 familias. Un 64% de estos táxones son de origen autóctono frente a un 36% alóctono. El tipo biológico más abundante son los terófitos, con un 65% de los táxones encontrados.We present a catalogue of the weeds growing in the gardens of the University of Alicante. The fielwork was conducted between 2005 and 2007. A total amount of 407 taxa, belonging to 241 genera and 52 families, were listed. A 64% of these taxa are native species and 36% allien species. Terophytes are the most abundant biotype, going up to 65% of the collected taxa

Denaturation parameters of Cpl-7 endolysin derived from CD thermal profiles at different pH values.

<p><i>T_mi</i>, Δ<i>H_i</i> and <i>f_i</i> are defined as in <a href="http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0046654#pone-0046654-t001" target="_blank">Table 1</a>. The uncertainty in the fitting parameters was 0.2–1% in <i>T_mi</i>, 3–15% in Δ<i>H</i>_i, and ±(0.1–0.2) in <i>f_i</i>. ND, not determined.</p