Detection of Recurrent Copy Number Alterations in the Genome: a Probabilistic Approach

Copy number variation (CNV) in genomic DNA is linked to a variety of human diseases (including cancer, HIV acquisition, autoimmune and neurodegenerative diseases), and array-based CGH (aCGH) is currently the main technology to locate CNVs. Several methods can analyze aCGH data at the single sample level, but disease-critical genes are more likely to be found in regions that are common or recurrent among samples. Unfortunately, defining recurrent CNV regions remains a challenge. Moreover, the heterogeneous nature of many diseases requires that we search for CNVs that affect only some subsets of the samples (without prior knowledge of which regions and subsets of samples are affected), but this is neglected by current methods. We have developed two methods to define recurrent CNV regions. Our methods are unique and qualitatively different from existing approaches: they detect both regions over the complete set of arrays and alterations that are common only to some subsets of the samples and, thus, CNV alterations that might characterize previously unknown groups; they use probabilities of alteration as input (not discretized gain/loss calls, which discard uncertainty and variability) and return probabilities of being a shared common region, thus allowing researchers to modify thresholds as needed; the two parameters of the methods have an immediate, straightforward, biological interpretation. Using data from previous studies, we show that we can detect patterns that other methods miss and, by using probabilities, that researchers can modify, as needed, thresholds of immediate interpretability to answer specific research questions. These methods are a qualitative advance in the location of recurrent CNV regions and will be instrumental in efforts to standardize definitions of recurrent CNVs and cluster samples with respect to patterns of CNV, and ultimately in the search for genomic regions harboring disease-critical genes

Finding Recurrent Regions of Copy Number Variation: A Review

Copy number variation (CNV) in genomic DNA is linked to a variety of human diseases, and array-based CGH (aCGH) is currently the main technology to locate CNVs. Although many methods have been developed to analyze aCGH from a single array/subject, disease-critical genes are more likely to be found in regions that are common or recurrent among subjects. Unfortunately, finding recurrent CNV regions remains a challenge. We review existing methods for the identification of recurrent CNV regions. The working definition of ``common\u27\u27 or ``recurrent\u27\u27 region differs between methods, leading to approaches that use different types of input (discretized output from a previous CGH segmentation analysis or intensity ratios), or that incorporate to varied degrees biological considerations (which play a role in the identification of ``interesting\u27\u27 regions and in the details of null models used to assess statistical significance). Very few approaches use and/or return probabilities, and code is not easily available for several methods. We suggest that finding recurrent CNVs could benefit from reframing the problem in a biclustering context. We also emphasize that, when analyzing data from complex diseases with significant among-subject heterogeneity, methods should be able to identify CNVs that affect only a subset of subjects. We make some recommendations about choice among existing methods, and we suggest further methodological research

Predicting COVID-19 progression from diagnosis to recovery or death linking primary care and hospital records in Castilla y León (Spain).

This paper analyses COVID-19 patients' dynamics during the first wave in the region of Castilla y León (Spain) with around 2.4 million inhabitants using multi-state competing risk survival models. From the date registered as the start of the clinical process, it is assumed that a patient can progress through three intermediate states until reaching an absorbing state of recovery or death. Demographic characteristics, epidemiological factors such as the time of infection and previous vaccinations, clinical history, complications during the course of the disease and drug therapy for hospitalised patients are considered as candidate predictors. Regarding risk factors associated with mortality and severity, consistent results with many other studies have been found, such as older age, being male, and chronic diseases. Specifically, the hospitalisation (death) rate for those over 69 is 27.2% (19.8%) versus 5.3% (0.7%) for those under 70, and for males is 14.5%(7%) versus 8.3%(4.6%)for females. Among patients with chronic diseases the highest rates of hospitalisation are 26.1% for diabetes and 26.3% for kidney disease, while the highest death rate is 21.9% for cerebrovascular disease. Moreover, specific predictors for different transitions are given, and estimates of the probability of recovery and death for each patient are provided by the model. Some interesting results obtained are that for patients infected at the end of the period the hazard of transition from hospitalisation to ICU is significatively lower (p < 0.001) and the hazard of transition from hospitalisation to recovery is higher (p < 0.001). For patients previously vaccinated against pneumococcus the hazard of transition to recovery is higher (p < 0.001). Finally, internal validation and calibration of the model are also performed

Instrumentación y control de asentamientos para obras de ingeniería civil con la ayuda de la geomática

Trabajo de investigaciónTeniendo en cuenta el análisis de la información de los edificios analizados y ubicados en el área perimetral al proyecto Milá, se realizó una vinculación de datos de asentamientos con el efecto de las subsidencias en los datos tomados en cada control, para ello fue necesario realizar un análisis de comportamiento frente la influencia en la aplicación de cargas y desplazamientos verticales diferenciales en los predios vecinos, en donde se identificó la niveleta o columna que más asentamiento tuvo, en los predios circundantes y se vinculó con la de mayor asentamiento en el proyecto de estudio (MILÁ), en forma de Radar, con el fin de vincular de manera razonable los asentamientos puntuales en cada estructura independiente y relacionarla con el comportamiento de las subsidencias en la zona.INTRODUCCIÓN 1. ANTECEDENTES Y JUSTIFICACIÓN 2. OBJETIVOS 3. PLANTEAMIENTO Y FORMULACIÓN DEL PROBLEMA 4. MARCO TEÓRICO 5. MARCO CONCEPTUAL 6. INFORMACIÓN DEL PROYECTO 7. MARCO GEOLÓGICO, GEOTÉCNICO Y SÍSMICO GENERAL 8. ANÁLISIS DE ASENTAMIENTOS DE EDIFICIOS CIRCUNDANTES 9. VERTICALIDAD EN MILÁ Y EDIFICIOS CIRCUNDANTES 10. ANÁLISIS DE ASENTAMIENTOS MILÁ 11. SUGERENCIA TÉCNICA DE INSTRUMENTACIÓN GEOMÁTICA PARA CONTROL DE ASENTAMIENTOS COMO MÉTODOS DE APRENDIZAJE EN LA UNIVERSIDAD CATÓLICA DE COLOMBIA 12. CONCLUSIONES BIBLIOGRAFÍA ANEXOSPregradoIngeniero Civi

Evaluación económica y social para el acueducto de Puente de Tanando (Chocó)

El siguiente documento describe el proceso de evaluación económica y social para el acueducto de Puente de Tanando departamento del Chocó, en donde la ampliación en la cobertura del servicio de abastecimiento de agua, mediante la construcción de sistemas sostenibles, es una de las principales metas departamentales, todo esto con el objetivo principal de disminuir las tasas de morbilidad y mortalidad resultantes de consumir agua no apta para el consumo humano y lograr una mejora en el bienestar de la comunidad como resultado del consumo de agua potable

Protocolo de Kioto y fiscalidad ambiental : su relación como instrumento base en la protección del ambiente

El Pacto de Kioto es un instrumento internacional legalmente vinculante suscrito ya por 194 países que trata directamente el tema del cambio climático, que tiene como objetivo último la estabilización de las concentraciones de los gases de efecto invernadero en la atmósfera a un nivel que impida interferencias antropogénicas peligrosas en el sistema climático. El fin de este trabajo es analizar de una manera crítica el Pacto de Kioto y los instrumentos de fiscalidad ambiental que pudieran estar relacionados al cambio climático como mecanismos de mercado aplicables al entorno de la política ambiental colombiana. La fiscalidad ambiental corresponde a instrumentos económicos de carácter fiscal y parafiscal que cada país dentro de sus marcos de tributación hacendística, en forma particular puede y vienen expidiendo para la promoción y defensa del medio ambiente en general. El trabajo se adelantó teniendo en cuenta una formulación de cuatro segmentos, en el cual el primero corresponde a historia, características, y objetivos de los mecanismos del Protocolo de Kioto, el segundo a la fiscalidad ambiental como instrumento económico de política ambiental, y su aplicación y aceptación en el entorno global, el tercero a Colombia y su relación con el Protocolo y la fiscalidad ambiental, y , el cuarto a la situación actual de la aplicación de la fiscalidad ambiental en el contexto de los mecanismos del Protocolo de Kioto relacionados con el cambio climático y sus paises signatarios.Abogado (a)Pregrad

“ESTUDIO COMPARADO DE LAS REGULACIONES JURÍDICAS SOBRE LA PROTECCIÓN DE DATOS PERSONALES DE ESPAÑA Y MÉXICO”

Se presentan los objetivos del trabajo y los principales resultados de la investigación, que tuvo su razón de ser en resaltar la importancia de proteger a los datos personales, titulares, así como el espacio privado de las personas al manipular, almacenar, transferir información que pueda exponer detalles íntimos de los individuos y afectar su dignidad si esta no tiene una correcta regulación. Es necesario resaltar que como marco teórico se incluyeron aquellos términos con alguna relación sobre la protección de datos personales, los cuales fueron analizados en México y España para señalar sus diferencias, así como la importancia de proteger estos conceptos mediante una legislación. El objetivo en esta investigación se enfoca en realizar un estudio comparado de legislaciones de protección de datos personales entre México y España, así como de las instituciones gubernamentales facultadas para proteger a los titulares de la información. El estudio comparado contempla su enfoque señalando sus puntos más importantes en los siguientes parámetros: 1. Selección de un sistema jurídico 2. Sujeto materia de comparación 3. Delimitación del nivel de comparación 4. Identificación de similitudes y diferencias El presente estudio permitió señalar que en México existen algunas fallas del sistema jurídico cuyo objetivo es proteger la información personal y a sus titulares, por ello se necesita contemplar algunos puntos establecidos por la legislación de España, con el fin de proteger la intimidad de las personas al realizar un tratamiento de datos personales

Asterias: a parallelized web-based suite for the analysis of expression and aCGH data

Asterias (\url{http://www.asterias.info}) is an integrated collection of freely-accessible web tools for the analysis of gene expression and aCGH data. Most of the tools use parallel computing (via MPI). Most of our applications allow the user to obtain additional information for user-selected genes by using clickable links in tables and/or figures. Our tools include: normalization of expression and aCGH data; converting between different types of gene/clone and protein identifiers; filtering and imputation; finding differentially expressed genes related to patient class and survival data; searching for models of class prediction; using random forests to search for minimal models for class prediction or for large subsets of genes with predictive capacity; searching for molecular signatures and predictive genes with survival data; detecting regions of genomic DNA gain or loss. The capability to send results between different applications, access to additional functional information, and parallelized computation make our suite unique and exploit features only available to web-based applications.Comment: web based application; 3 figure