Dynamic phylogenetic inference for sequence-based typing data

Typing methods are widely used in the surveillance of infectious diseases, outbreaks investigation and studies of the natural history of an infection. And their use is becoming standard, in particular with the introduction of High Throughput Sequencing (HTS). On the other hand, the data being generated is massive and many algorithms have been proposed for phylogenetic analysis of typing data, such as the goeBURST algorithm. These algorithms must however be run whenever new data becomes available starting from scratch. We address this issue proposing a dynamic version of goeBURST algorithm. Experimental results show that this new version is efficient on integrating new data and updating inferred evolutionary patterns, improving the update running time by at least one order of magnitude.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

The role of bacteria in pine wilt disease: insights from microbiome analysis.

Pine Wilt Disease (PWD) has a significant impact on Eurasia pine forests. The microbiome of the nematode (the primary cause of the disease), its insect vector, and the host tree may be relevant for the disease mechanism. The aim of this study was to characterize these microbiomes, from three PWD-affected areas in Portugal, using Denaturing Gradient Gel Electrophoresis, 16S rRNA gene pyrosequencing, and a functional inference-based approach (PICRUSt). The bacterial community structure of the nematode was significantly different from the infected trees but closely related to the insect vector, supporting the hypothesis that the nematode microbiome might be in part inherited from the insect. Sampling location influenced mostly the tree microbiome (P < 0.05). Genes related both with plant growth promotion and phytopathogenicity were predicted for the tree microbiome. Xenobiotic degradation functions were predicted in the nematode and insect microbiomes. Phytotoxin biosynthesis was also predicted for the nematode microbiome, supporting the theory of a direct contribution of the microbiome to tree-wilting. This is the first study that simultaneously characterized the nematode, tree and insect-vector microbiomes from the same affected areas, and overall the results support the hypothesis that the PWD microbiome plays an important role in the disease's development

VMI como fonte de vantagem competitiva na COFICAB: um caso de estudo pedagógico

A indústria automóvel atua a uma escala mundial, com vista a encontrar harmonia nas suas interações onde a logística tem vindo a tornar-se cada vez mais relevante na estratégia de negócio. Esta indústria carateriza-se pela existência de elevados níveis de rivalidade e para se obter vantagem competitiva é necessário aumentar os níveis de eficiência operacional. Quando uma empresa apresenta uma má performance, associada a problemas logísticos, estes são diretamente refletidos na cadeia de abastecimento e consequentemente impactam a competitividade global das organizações. O tema do presente Caso de Estudo Pedagógico é a análise da implementação de um sistema "Vendor Managed Inventory" (VMI) e aborda os motivos que levam as empresas a optar por parcerias na cadeia de abastecimento, associando a importância da colaboração e a otimização de processos logísticos. O caso retrata a implementação deste tipo de parcerias na indústria automóvel entre a Coficab e a empresa "Alfa". Esta iniciativa iniciou-se quando a empresa "Alfa", cliente da Coficab, demonstrou dificuldades em controlar os níveis de inventários, afetando negativamente toda a cadeia de abastecimento e dificultando a produção atempada da Coficab. Através da elaboração de um estudo de avaliação da viabilidade da implementação de um modelo VMI e em que medida este permite colmatar as falhas logísticas de ambas as partes, foram discutidos os benefícios existentes e de que modo esta permitiria atingir vantagem competitiva. As informações do caso foram recolhidas na Coficab, permitindo a contextualização do tema abordado e avaliação do VMI como elemento potenciador da vantagem competitiva e promoção da eficiência organizacional.The automotive industry operates in a global scale, aiming to find an harmonious relation in their interactions, logistics has become increasingly relevant in the business strategy. This particular industry is characterized by the existence of an high competition market, where the operational efficiency levels are considered a point of differentiation. Whenever a company presents a poor performance associated with logistics problems, the results will be directly reflected on the supply chain. As a consequence, the competitiveness of organizations will be also affected. The theme of the present Pedagogical Study Case is the analysis resulting from the implementation of a "Vendor Managed Inventory" (VMI) system and the reasons that motivates companies to create partnerships on their supply chain, associating the importance of both collaboration and optimization of the logistics processes. This particular case portrays the implementation of this type of partnerships in the automotive industry between the companies Coficab and "Alfa". This initiative took place when "Alfa", a Coficab customer, demonstrated difficulties in controlling inventory levels, negatively affecting the entire supply chain and making it difficult to manage productions in Coficab. Through the preparation of this case study it was possible to evaluate the feasibility of the implementation of a VMI model and to what extent it allows to overcome the logistical difficulties experienced by both companies. The benefits of the implementation and how it would allow to achieve competitive advantage were also discussed. The inputs for the case study were collected in Coficab, allowing the contextualization of the topic addressed and the evaluation of the VMI as an element that enhances the competitive advantage and promotion of an organizational efficiency

As estratégias da autorregulação na aprendizagem da matemática em alunos do Ensino Básico

Dissertação de Mestrado apresentada no ISPA – Instituto Universitário para obtenção de grau de Mestre na especialidade de Psicologia da EducaçãoA presente investigação teve como objetivo analisar as estratégias de autorregulação associadas à aprendizagem da Matemática. O nosso objetivo é compreender se existiam correlações entre as diferentes estratégias (cognitiva e metacognitiva, comportamental e motivacional) e verificar o efeito das variáveis género, ano escolar e desempenho escolar dos alunos na autorregulação para a aprendizagem da matemática. A amostra utilizada para o estudo tem como fator a frequência dos alunos no 6º e 9º ano de escolaridade e deste modo participaram voluntariamente 318 alunos. Foram aplicadas três escalas, uma que avaliava as estratégias cognitivas e metacognitivas da autorregulação, outra que avaliava as estratégias comportamentais e por fim, uma que avaliava a autorregulação motivacional dos alunos. Os dados recolhidos comprovaram a correlação esperada, sendo significativa, entre as três dimensões de autorregulação analisadas: cognitiva e metacognitiva, comportamental e motivacional. No que diz respeito às análises comparativas efetuadas, foram encontradas diferenças significativas entre as estratégias de autorregulação e o ano de escolaridade, constatando que os alunos de 6º ano estavam mais autorregulados nas três dimensões analisadas comparativamente aos alunos de 9º ano. Foram também encontradas diferenças significativas entre todas as dimensões da autorregulação e o desempenho académico, resultados concordantes com a literatura, concluindo-se assim que os alunos mais autorregulados tinham um desempenho académico superior. E por fim, quanto à variável género, as diferenças apenas se apresentam significativas na dimensão cognitiva e metacognitiva, concluindose que as raparigas apresentam estratégias de autorregulação cognitiva e metacognitivas mais ajustadas relativamente aos rapazes. Na discussão serão debatidas as implicações práticas destes resultados e no último capítulo serão tecidas algumas considerações finais.The present research aimed to analyze the self-regulation strategies associated with the learning of mathematics. Our objective was to understand whether there were correlations between the different strategies (cognitive and metacognitive, behavioral and motivational) and to verify the effect of the variables gender, school year and students' academic performance on self-regulation for mathematics learning. The sample used for the study was based on students' attendance in the 6th and 9th grades, and thus 318 students voluntarily participated. Three scales were applied, one evaluating cognitive and metacognitive self-regulation strategies, another evaluating behavioral strategies, and finally, one evaluating students' motivational self-regulation. The data collected proved the expected correlation, being significant, between the three dimensions of selfregulation analyzed: cognitive and metacognitive, behavioral and motivational. Regarding the comparative analyses performed, significant differences were found between the self-regulation strategies and the year of schooling, finding that 6th grade students were more self-regulated in the three dimensions analyzed compared to 9th grade students. Significant differences were also found between all dimensions of selfregulation and academic performance, results in agreement with the literature, thus concluding that more self-regulated students had a higher academic performance. And finally, regarding the gender variable, the differences were only significant in the cognitive and metacognitive dimensions, concluding that girls have more adjusted cognitive and metacognitive self-regulation strategies than boys. The discussion will discuss the practical implications of these results and in the last chapter some final considerations will be made

Uso de periódicos científicos pelos mestrandos do Programa de Pós-Graduação em Ciências das Religiões da UFPB

This research investigates the use of scientific journals in the of the Graduate Program in Religions Science at the Federal University of Paraíba (PPGCR/UFPB). It is a bibliographic researches nature, documentary and descriptive, basing on the qualitative and quantitative methodological approaches. Its research subjects the master’s students of the PPGCR UFPB. Used as an instrument of data collection the questionnaire composed of open and closed questions. Twenty six master’s students of the universe surveyed a sample of 20 (76%). As a result, notes that the research group is mostly female aged between 26 and 40 years, holding the legal profession, psychologists, and philosophers, among others. The use of journals by master’s degree by the need to keep up, then the academic requirements, however, occasionally the paper being consulted over the Religare which is a scientific journal edited by PPGCR. Concludes that the use of scientific journals by master’s students still happens so tiny, which is due in part to the lack of scientific journals in the area who attend the master’s student’s, as well as barriers: lack of access to journals platform, difficulty reading articles on computer, textual quality, in the case of journals in difficulty in electronic format, among other barriers.Investiga o uso dos periódicos científicos pelos mestrandos do Programa de Pós- Graduação em Ciências das Religiões da Universidade Federal da Paraíba (PPGCR/UFPB). Trata-se de uma pesquisa de natureza bibliográfica, documental e descritiva, pautando-se nas abordagens metodológicas qualitativas e quantitativas. Tem como sujeitos da pesquisa os mestrandos do PPGCR da UFPB. Utiliza como instrumento de coleta de dados o questionário, composto por questões abertas e fechadas. Do universo de 26 mestrandos, pesquisou-se uma amostra de 20 (76%). Como resultados, constata que o grupo pesquisado é em sua maioria do gênero feminino, com idade entre os 26 e 40 anos, que exerce a profissão de Advogado, Psicólogo, Filósofo, dentre outras. O uso dos periódicos pelos mestrandos dá-se pela necessidade de se manterem atualizados, seguida das exigências acadêmicas, contudo, ocasionalmente, sendo o periódico mais consultado o Religare, que é uma revista científica editada pelo PPGCR. Conclui que o uso de periódicos científicos pelos mestrandos acontece de modo ainda ínfimo, o que se deve, em parte, ao desconhecimento dos periódicos científicos da área em que cursam o mestrado, além de barreiras como: desconhecimento da plataforma de acesso aos periódicos, dificuldade de leitura de artigos em computador, qualidade textual, no caso de periódicos em formato eletrônico, dentre outras barreiras

A Força Aérea como instrumento da política externa nacional

Os desafios apresentados às nações são, atualmente, cada vez mais complexos, num mundo instável e perigoso, onde as ameaças são cada vez mais dissimuladas e onde quase nenhum País é capaz de responder isoladamente. É neste contexto que as alianças de proteção coletiva são cada vez mais importantes e é dessa forma que Portugal encara as suas ligações à OTAN, ONU e UE como algo fundamental para o desenvolvimento da sua política externa. Este estudo investiga as contribuições, viáveis e eficazes, para o empenhamento operacional da FA enquanto instrumento da política externa nacional, no quadro das organizações internacionais das quais Portugal faz parte. Para isso recorreu-se a uma metodologia de raciocínio indutivo, assente numa investigação baseada em métodos e técnicas mistas (quantitativa com reforço qualitativo), com recurso a publicações da FA e entrevistas realizadas a especialistas da área estudada. Os resultados obtidos demonstram de forma holística que, a FA contribuí de forma viável e eficaz com a utilização de sistemas de armas com capacidade de luta aérea, reconhecimento e transporte. O emprego destes meios da FA no quadro de cooperação externa corresponde de forma adequada e proporcionada às expectativas da participação nacional, projetando eficazmente os interesses nacionais no mundo.The challenges presented to nations today are increasingly complex, in an unstable and dangerous world, where threats are increasingly disguised and where almost no country is capable of responding by themselves. It is in this context that collective protective alliances are increasingly important and, for this, Portugal sees its ties to NATO, UN and EU as fundamental to the development of its foreign policy. This study investigates the viable and effective contributions to the operational commitment of the AFP as an instrument of national foreign policy, within the framework of the international organizations of which Portugal is a part. For this, an inductive reasoning methodology was used, based on an investigation based on mixed methods and techniques (quantitative with qualitative reinforcement), using AFP publications and interviews with specialists in the area studied. The results obtained demonstrate in a holistic way that, the AFP contributes in a viable and effective way with the use of weapons systems capable of aerial combat, reconnaissance and transport. The use of these AFP means in the framework of external cooperation corresponds adequately and proportionally to the expectations of a national contribution, effectively projecting national interests in the world.N/

A Importância das Histórias Infantis na Educação Pré-Escolar e no Desenvolvimento Emocional e Social em Crianças: Estudo Piloto e Análise Exploratória em Crianças dos 4 aos 6 anos

A literatura refere que a educação na primeira infância baseada em histórias infantis surge como um agente importante, que atua na promoção do desenvolvimento psicossocial das crianças, ajudando-as a desenvolverem as suas competências sociais e emocionais. Dada a relevância do tema, o objetivo principal deste estudo é a compreensão do desenvolvimento emocional e social de crianças em idade pré-escolar, analisando se uma intervenção baseada em histórias emocionais contribui para o aumento do autoconceito e reconhecimento de emoções por crianças de idade pré-escolar. A amostra deste estudo é constituída por 173 crianças, 93 rapazes e 80 raparigas, com idades compreendidas entre os 4 e os 6 anos. Esta investigação está integrada no âmbito do Programa Gerações e os dados foram recolhidos em jardins-de-infância da rede pública e um da rede privada. Utilizaram-se histórias infantis, a Escala de Autoperceção de Competência e Aceitação Social para Crianças (EAPCASC) e a Escala de Avaliação do Conhecimento Emocional (EACE). Os resultados principais indicam que a competência cognitiva é mais percecionada pelas crianças, que também reconhecem mais facilmente a emoção contente. No que respeita à emoção normal são os rapazes que a reconhecem com mais frequência, enquanto a emoção assustada é mais reconhecida pelas crianças mais velhas. A perceção de aceitação pelos pares apresenta uma correlação positiva com a emoção contente, bem como uma correlação negativa com a emoção zangada. Existe igualmente uma associação positiva entre a emoção triste e a emoção contente, uma correlação negativa entre a emoção triste e a emoção zangada, e igualmente uma correlação negativa entre a emoção triste e a emoção normal. Verifica-se que em nenhuma das emoções houve uma interação significativa entre o grupo (ter ou não intervenção) e o tempo (entre o pré-teste e o pós-teste), o que significa que a intervenção efetuada com o Programa Gerações não provocou mudanças significativas, quando comparada à não intervenção, na capacidade de reconhecimento emocional das crianças. Todavia, acredita-se que se deve valorizar a intervenção precoce nas crianças e suas famílias, nomeadamente através das histórias infantis, de forma a melhorar a saúde e reduzir comportamentos de risco. / The literature refers that education in infancy based on children's stories arises as an important agent, that acts to promote the psychosocial development of children, helping them to develop their social and emotional skills. Given the relevance of the theme, the principal objective of this study is to understand the emotional and social development of children of preschool age, analyzing whether an intervention based on emotional stories contributes to the rise in selfconcept and emotion recognition by children preschool. The sample this study is constituted of 173 children, 93 boys and 80 girls, aged between 4 and 6 years. This investigation is integrated within the Generations Program and the data were collected in gardens-of-childhood the public network and the private network. They used children's stories, The Pictorial Scale of Perceived Competence and Social Acceptance for Young Children (EAPCASC) and the Scale of Emotional Knowledge (EACE). The main results indicate that cognitive competence is more perceived by the children, who also recognize more easily the happy emotion. With regard to normal emotion are the boys that recognize more frequently, while the scared emotion is more recognized by older children. The perception of peer acceptance have a positive correlation with happy emotion, as well as a negative correlation with the angry emotion. There is also a positive association between sad emotion and happy emotion, a negative correlation between the sad emotion and angry emotion, and also a negative correlation between the sad emotion and normal emotion. It is verified that none of emotions there was a significant interaction between group (have or not intervention) and time (between pre-test and post-test), which means the intervention performed with the Generation Program caused no significant changes, compared to no intervention, in emotional recognition capacity of children. However, it is believed that one should value the early intervention in children and their families, namely through children's stories, of the form to improve health and reduce risk behaviors

Uma coleção segundo conceitos arquitetónicos e uma estética minimalista

Dissertação de Mestrado em Design, com a especialização em Design de Moda, apresentada na Faculdade de Arquitetura da Universidade de Lisboa para obtenção do grau de Mestre.N/

Uma flagship store minimalista na Avenida da Liberdade

Dissertação de Mestrado Integrado em Arquitetura, com a especialização em Arquitetura, apresentada na Faculdade de Arquitetura da Universidade de Lisboa para obtenção do grau de Mestre.N/