Padrão de variação intra e intergenérica na estrutura proteica do Citocromo b em oito gêneros de Oryzomyini (Rodentia)

Background: O gene Citocromo b (Citb) é utilizado para elucidar as relações filogenéticas entre famílias, gêneros e espécies de eucariotos, destacando-se na identificação de diversas linhagens crípticas do gênero de roedor Oryzomys(Coues, 1890) na década de 2000. Em 2006, Oryzomys havia sido subdividido em onze gêneros, baseado em estudos de morfologia, e as análises do gene Citb (anteriores e posteriores à subdivisão) mostraram-se congruentes com a nova organização. Por esse motivo, esse estudo se tornou clássico em evidenciar a importância do Citb como um marcador gêneroe espécie-específico em roedores. Diferentes trabalhos demonstram que, ainda que o Citb seja considerado um gene de evolução rápida, é possível observar porções mais variáveis do que outras ao longo da estrutura terciária da proteína. Assim, no presente estudo, nosso objetivo foi a) investigar se as mutações que sustentam a subdivisão dos gêneros e espécies derivadas do antigo gênero Oryzomys alteram as sequências primárias e estruturas tridimensionais da proteína Citb; b) mapear se as mutações ocorrem em regiões específicas do gene, e se podem ser associadas à uma variação intra e/ou intergênerica da proteína Citb; e c) se há zonas quentes de variação do gene para gênero ou espécies. Dessa forma, foram tomadas 75 sequências do gene Citb obtidas disponíveis no GenBank de 24 espécies de oito dos 10 gêneros derivados de Oryzomys: Aegialomys, Cerradomys, Euryoryzomys, Hylaeamys, Nephelomys, Oreoryzomys, Sooretamys e Transandinomys. Foi realizada uma análise filogenética a fim de identificar as mutações que diferenciavam gêneros (análise intergenérica) e espécies de um mesmo gênero (análise intragenérica), sendo essas mutações mapeadas na cadeia proteica do Citb. A modelagem da proteína do Citb foi realizada pelas metodologias de modelagem por homologia e pela fragmentbased assembly. Resultados: As análises filogenéticas recuperaram o monofiletismo de todos os oito gêneros analisados, revelando 58 haplótipos exclusivos, tanto para espécies como gêneros. Embora variável na estrutura primária dos 1143 pb do gene, a estrutura tridimensional da proteína com 380 resíduos mostrou-se conservada, exceto por uma variação estrutural na posição 14, uma região de loop próxima ao N-Terminal da proteína, com 28% das sequências contendo Valina (V14) e 72% Isoleucina (I14), ambos aminoácidos alifáticos e de propriedades semelhantes. A mutação V14 foi observada somente em Euryoryzomys e Hylaeamys. O mapeamento das mutações ao longo da estrutura do Citb apontou que as mutações corresponderam majoritariamente a mutações sinônimas (MS), tanto para a análise inter quanto para a intragenérica (81 e 88%, respectivamente), distribuídas ao longo de toda a extensão da proteína. Porém, as mutações ocorrem com maior frequência em regiões de α-Hélice, seguidas por mutações em região de loop e Folha-β, tanto nas análises intra como intergenéricas, sendo observado um maior grau de conservação nos primeiros 267 resíduos da proteína. Quanto às mutações não sinônimas (MNS), observa-se que aquelas capazes de diferenciar os gêneros ocorrem em porções distintas daquelas que diferenciam espécies. Há uma região gênero-específica (intergenérica) nos primeiros 80 aminoácidos, enquanto que uma região espécie-específica (intragenérica) ocorre entre as posições 110 e 123. Além disso, observa-se que tanto para a análise intragenérica quanto para a intergenérica, as MNS ocorreram entre aminoácidos de propriedade semelhantes quanto à classificação, carga, polaridade e tamanho da cadeia lateral. Ainda, as MNS registradas no presente estudo estão distantes dos principais sítios ativos do Citb, como os sítios Qi e Qo, demonstrando a sensibilidade desses locais à mutação. Conclusões: Nosso estudo demonstra que, apesar da estrutura terciária do Citb mostrarse altamente conservada, é possível identificar a presença de MNS em porções distintas quando comparadas homologias entre gêneros e entre espécies. A estrutura primária do Citb é mais variável do que a estrutura terciária, sendo a sequência de DNA informativa para as análises filogenéticas. Isso se explica pois a maioria das mutações registradas correspondem à MS e porque a maioria das MNS ocorrerem entre aminoácidos com propriedades semelhantes de tamanho e carga da cadeia lateral. Além disso, a distribuição das mutações ao longo das estruturas secundárias do Citb segue a proporcionalidade com que essas ocorrem na proteína, sendo observada uma maior quantidade de mutações em regiões de α-Hélice, seguido por mutações em loop e Folha β, tanto para as análises intergenéricas quanto para as intragnéricas. Ainda, foi possível observar que a ação da seleção natural mantém os principais sítios ativos do Citb inalterados, uma vez que mutações nesses locais corresponderam majoritariamente à MS ou a MNS entre aminoácidos de propriedades semelhantes. Isso explica o maior grau de conservação observado nos primeiros 267 resíduos da proteína, uma vez que essa região abriga os principais sítios ativos do Citb

Correction to: Improved X-ray baggage screening sensitivity with 'targetless' search training.

Funder: Defence and Security Accelerator; doi: http://dx.doi.org/10.13039/100012339Abstract: When searching for a known target, mental representations of target features, or templates, guide attention towards matching objects and facilitate recognition. When only distractor features are known, distractor templates allow irrelevant objects to be recognised and attention to be shifted away. This is particularly true in X-ray baggage search, a challenging real-world visual search task with implications for public safety, where targets may be unknown, difficult to predict and concealed by an adversary, but distractors are typically benign and easier to identify. In the present study, we draw on basic principles of distractor suppression and rejection to investigate a counterintuitive ‘targetless’ approach to training baggage search. In a simulated X-ray baggage search task, we observed significant benefits to target detection sensitivity (d′) for targetless relative to target-based training, but no effects of performance-contingent rewards or the inclusion of superordinate semantic categories during training. The benefits of targetless search training were most apparent for stimuli involving less spatial overlap (occlusion), which likely represents the difficulty and greater individual variation involved in searching more visually complex images. Together, these results demonstrate the effectiveness of a counterintuitive targetless approach to training target detection in X-ray baggage search, based on basic principles of distractor suppression and rejection, with potential for use as a real-world training tool

Specific fibroblast subpopulations and neuronal structures provide local sources of Vegfc-processing components during zebrafish lymphangiogenesis

Proteolytical processing of the growth factor VEGFC through the concerted activity of CCBE1 and ADAMTS3 is required for lymphatic development to occur. How these factors act together in time and space, and which cell types produce these factors is not understood. Here we assess the function of Adamts3 and the related protease Adamts14 during zebrafish lymphangiogenesis and show both proteins to be able to process Vegfc. Only the simultaneous loss of both protein functions results in lymphatic defects identical to vegfc loss-of-function situations. Cell transplantation experiments demonstrate neuronal structures and/or fibroblasts to constitute cellular sources not only for both proteases but also for Ccbe1 and Vegfc. We further show that this locally restricted Vegfc maturation is needed to trigger normal lymphatic sprouting and directional migration. Our data provide a single-cell resolution model for establishing secretion and processing hubs for Vegfc during developmental lymphangiogenesis

Resisting annihilation: relationships between functional trait dissimilarity, assemblage competitive power and allelopathy

Abstract Allelopathic species can alter biodiversity. Using simulated assemblages that are characterised by neutrality, lumpy coexistence and intransitivity, we explore relationships between within-assemblage competitive dissimilarities and resistance to allelopathic species. An emergent behaviour from our models is that assemblages are more resistant to allelopathy when members strongly compete exploitatively (high competitive power). We found that neutral assemblages were the most vulnerable to allelopathic species, followed by lumpy and then by intransitive assemblages. We find support for our modeling in real-world time-series data from eight lakes of varied morphometry and trophic state. Our analysis of this data shows that a lake's history of allelopathic phytoplankton species biovolume density and dominance is related to the number of species clusters occurring in the plankton assemblages of those lakes, an emergent trend similar to that of our modeling. We suggest that an assemblage's competitive power determines its allelopathy resistance

Accumulation of the solvent vehicle sulphobutylether beta cyclodextrin sodium in critically ill patients treated with intravenous voriconazole under renal replacement therapy

BACKGROUND: Voriconazole was introduced for the treatment of life-threatening fungal infections. The intravenous form includes the solvent vehicle sulphobutylether beta cyclodextrin sodium which shows an impaired clearance under intermittent dialysis therapy. This investigation aimed to determine first clinical data on sulphobutylether beta cyclodextrin sodium blood levels to verify the risk for accumulation. METHODS: In four patients suffering from renal insufficiency and intermittent dialysis therapy who needed a treatment with intravenous voriconazole as a reserve antifungal at the intensive care unit of the Mainz University Hospital the trough levels of voriconazole and sulphobutylether beta cyclodextrin sodium were measured. RESULTS: A 75-year-old woman showed a maximal sulphobutylether beta cyclodextrin sodium plasma level of 145 μg/ml in the initial phase. After a few days renal function recovered and the plasma levels came down to less than 20 μg/ml. In contrast to this patient with a recovery of renal function the remaining three patients showed renal failure during the complete period of intravenous treatment with voriconazole. In these patients an accumulation of sulphobutylether beta cyclodextrin sodium plasma levels was determined with a maximum of 523 μg/ml in a 18-year-old man, 409 μg/ml in a 57-year-old man, and 581 μg/ml in a 47-year-old man. CONCLUSION: The present data indicate an accumulation of sulphobutylether beta cyclodextrin sodium in patients treated with intravenous voriconazole and dialysis therapy. Fortunately, no toxic effects were observed, although the accumulated dose values were lower but comparable with those used in previous toxicity studies with animals

Sinteza i antihipoksično djelovanje alifatskih i arilalifatskih amida kofein-8-tioglikolne kiseline

The synthesis of some aliphatic and arylaliphatic amides of caffeine-8-thioglycolic acid was studied. The structures of synthesized compounds were proved by microanalyses, IR- and 1H NMR data. Values of acute p.o. and i.p. toxicity in mice show lower toxicity compared to caffeine. Declines in spontaneous locomotor activity support the idea of depressive CNS activity of the compounds. Two compounds exhibited brain antihypoxic activity (5a and 5b against haemic and circulatory hypoxia, respectively).U radu je opisana sinteza alifatskih i arilalifatskih amida kofein-8-tioglikolne kiseline i njihova karakterizacija elementarnom analizom, IR- i 1H NMR spektroskopijom. Testiranja na miševima pokazuju da su sintetizirani spojevi primijenjeni p.o. i i.p. manje toksični od kofeina. Smanjenje lokomotoričke aktivnosti podupire ideju o njihovom depresivnom djelovanju na SŽS. Spojevi 5a i 5b djeluju antihipoksički u uvjetima krvne i cirkulacijske hipoksije u mozgu

Non-O157 Shiga Toxin–producing Escherichia coli Associated with Venison

News reports of “E. coli outbreaks” usually refer to Shiga toxin–producing E. coli O157. But there are other types of Shiga toxin–producing E. coli, often called STEC,about which less is known. For these other types of STEC, what is the source? What are the risk factors? An outbreak among 29 high school students in Minnesota provided some answers. The source of this outbreak was a white-tailed deer that had been butchered and eaten at the school. The risk factors for infection were handling raw or eating undercooked venison. To prevent this type of STECinfection, people should handle and cook venison with the same caution recommended for other meats

Infrastructure for Detector Research and Development towards the International Linear Collider

The EUDET-project was launched to create an infrastructure for developing and testing new and advanced detector technologies to be used at a future linear collider. The aim was to make possible experimentation and analysis of data for institutes, which otherwise could not be realized due to lack of resources. The infrastructure comprised an analysis and software network, and instrumentation infrastructures for tracking detectors as well as for calorimetry.Comment: 54 pages, 48 picture