RPBS: a web resource for structural bioinformatics

RPBS (Ressource Parisienne en Bioinformatique Structurale) is a resource dedicated primarily to structural bioinformatics. It is the result of a joint effort by several teams to set up an interface that offers original and powerful methods in the field. As an illustration, we focus here on three such methods uniquely available at RPBS: AUTOMAT for sequence databank scanning, YAKUSA for structure databank scanning and WLOOP for homology loop modelling. The RPBS server can be accessed at and the specific services at

BioMart Central Portal: an open database network for the biological community

BioMart Central Portal is a first of its kind, community-driven effort to provide unified access to dozens of biological databases spanning genomics, proteomics, model organisms, cancer data, ontology information and more. Anybody can contribute an independently maintained resource to the Central Portal, allowing it to be exposed to and shared with the research community, and linking it with the other resources in the portal. Users can take advantage of the common interface to quickly utilize different sources without learning a new system for each. The system also simplifies cross-database searches that might otherwise require several complicated steps. Several integrated tools streamline common tasks, such as converting between ID formats and retrieving sequences. The combination of a wide variety of databases, an easy-to-use interface, robust programmatic access and the array of tools make Central Portal a one-stop shop for biological data querying. Here, we describe the structure of Central Portal and show example queries to demonstrate its capabilities

Inborn errors of OAS-RNase L in SARS-CoV-2-related multisystem inflammatory syndrome in children

Multisystem inflammatory syndrome in children (MIS-C) is a rare and severe condition that follows benign COVID-19. We report autosomal recessive deficiencies of OAS1, OAS2, or RNASEL in five unrelated children with MIS-C. The cytosolic double-stranded RNA (dsRNA)-sensing OAS1 and OAS2 generate 2'-5'-linked oligoadenylates (2-5A) that activate the single-stranded RNA-degrading ribonuclease L (RNase L). Monocytic cell lines and primary myeloid cells with OAS1, OAS2, or RNase L deficiencies produce excessive amounts of inflammatory cytokines upon dsRNA or severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) stimulation. Exogenous 2-5A suppresses cytokine production in OAS1-deficient but not RNase L-deficient cells. Cytokine production in RNase L-deficient cells is impaired by MDA5 or RIG-I deficiency and abolished by mitochondrial antiviral-signaling protein (MAVS) deficiency. Recessive OAS-RNase L deficiencies in these patients unleash the production of SARS-CoV-2-triggered, MAVS-mediated inflammatory cytokines by mononuclear phagocytes, thereby underlying MIS-C

Transcriptome Profiling Of Feeding-To-Fasting Transition In Chicken Liver Using A Chicken 20K Oligo Microarray

International audienceStarvation triggers a complex array of adaptative metabolic responses including energy-metabolic responses, a process which must imply tissue specific alterations in gene expression profiles. In the chicken, liver is a major organ controlling energy metabolism. The present study aimed to describe the evolution of global gene expression profiles in chicken liver during a 48h fasting period. Liver RNA samples were collected from 4 weeks old broilers, fed ad libitum or fasted for 16h or 48h. Following reverse-transcription and Cy dye labelling, the samples were hybridized on chicken 20K oligochips (ARK-genomics) against a reference sample. The data were then normalized by “Lowess-fitness” and analyzed by analysis of variance using LIMMA package. The number of genes altered by fasting increased from 190 at 16h to 611 at 48h (p<0.0001 following Benjamini-Hochberg correction) showing a more important hepatic transcriptional activity modification when the fasting was extended. After 16h of fasting, several genes involved in mitochondrial or peroxisomal fatty acid beta-oxidation (eight of the nine genes), in ketogenesis (three genes) and gluconeogenesis (three genes) were up-regulated, whereas genes involved in fatty acid synthesis (five genes) were down-regulated. This is consistent with the known regulation of glucose and lipid metabolisms in response to nutritional deprivation, as documented in different species. Further analysis was focused on 600 genes, which were significantly differentially expressed between at least two nutritional groups and for which a human ortholog could be identified, thus allowing to collect functional informations. This allowed identifying Gene Ontology categories and metabolic pathways altered by fasting

Oscile

National audienceLa qualité de l'ovocyte des vertébrés (capacité à être fécondé et permettre ensuite un développement embryonnaire normal) peut être variable, que ce soit en élevage ou dans le milieu naturel. Même s'il est établi que les relations entre l'ovocyte et les cellules folliculaires qui l'entourent jouent un rôle clé dans les capacités de développement ultérieur de l'ovocyte, les mécanismes moléculaires impliqués dans cette acquisition de la compétence ovocytaire au développement lors de l'ovogenèse restent mal connus. Ce projet vise a identifier des mécanismes moléculaires impliqués dans l'acquisition de la compétence ovocytaire au développement et qui soient communs aux vertébrés, aux vertébrés non mammaliens ou aux vertébrés mammaliens

Oscile

National audienceLa qualité de l'ovocyte des vertébrés (capacité à être fécondé et permettre ensuite un développement embryonnaire normal) peut être variable, que ce soit en élevage ou dans le milieu naturel. Même s'il est établi que les relations entre l'ovocyte et les cellules folliculaires qui l'entourent jouent un rôle clé dans les capacités de développement ultérieur de l'ovocyte, les mécanismes moléculaires impliqués dans cette acquisition de la compétence ovocytaire au développement lors de l'ovogenèse restent mal connus. Ce projet vise a identifier des mécanismes moléculaires impliqués dans l'acquisition de la compétence ovocytaire au développement et qui soient communs aux vertébrés, aux vertébrés non mammaliens ou aux vertébrés mammaliens

Oscile

National audienceLa qualité de l'ovocyte des vertébrés (capacité à être fécondé et permettre ensuite un développement embryonnaire normal) peut être variable, que ce soit en élevage ou dans le milieu naturel. Même s'il est établi que les relations entre l'ovocyte et les cellules folliculaires qui l'entourent jouent un rôle clé dans les capacités de développement ultérieur de l'ovocyte, les mécanismes moléculaires impliqués dans cette acquisition de la compétence ovocytaire au développement lors de l'ovogenèse restent mal connus. Ce projet vise a identifier des mécanismes moléculaires impliqués dans l'acquisition de la compétence ovocytaire au développement et qui soient communs aux vertébrés, aux vertébrés non mammaliens ou aux vertébrés mammaliens

Oscile

National audienceLa qualité de l'ovocyte des vertébrés (capacité à être fécondé et permettre ensuite un développement embryonnaire normal) peut être variable, que ce soit en élevage ou dans le milieu naturel. Même s'il est établi que les relations entre l'ovocyte et les cellules folliculaires qui l'entourent jouent un rôle clé dans les capacités de développement ultérieur de l'ovocyte, les mécanismes moléculaires impliqués dans cette acquisition de la compétence ovocytaire au développement lors de l'ovogenèse restent mal connus. Ce projet vise a identifier des mécanismes moléculaires impliqués dans l'acquisition de la compétence ovocytaire au développement et qui soient communs aux vertébrés, aux vertébrés non mammaliens ou aux vertébrés mammaliens