Equivalence-Based Slicing of Programs

Cieľom tejto práce je navrhnúť metódu, ktorá zjednoduší dva porovnávané programy na základe výsledkov ich sémantickej analýzy. Cieľom je odstránenie čo najväčšieho množstva sémanticky ekvivalentných častí porovnávaných programov. Pre nájdenie týchto ekvivalentných častí aplikujeme vlastné riešenie problému nájdenia najväčšieho spoločného indukovaného podgrafu. Následne sme schopní zjednodušiť programy využitím spätného statického prerezávania. Aplikáciou tohto zjednodušenia získame prerezané programy, ktoré obsahujú rozdielne časti a časti programov, ktoré môžu tieto rozdiely ovplyvniť. Táto metóda je naimplementovaná ako rozšírenie nástroja DiffKemp, čo je statický analyzátor sémantických rozdielov medzi rôznymi verziami rozsiahlych programov. Experimenty vykonané na jadrách Linux-u ukazujú, že metóda je schopná veľmi efektívne vyprodukovať korektné prerezané programy (analýza sa predĺžila len o 3.2%).  Navyše, vzniknuté prerezané programy sú omnoho menšie, ako originálne, čo ich činí vhodnými pre ďalšiu analýzu.The aim of this work is to design a method that simplifies two programs based on the results of analysis of their semantic difference. The goal is to remove as many semantically equivalent parts of the programs as possible. To find these equivalent parts, we apply our own solution to the problem of finding the maximum common induced subgraph. Subsequently, we are able to simplify the programs by using backward static slicing. By applying this simplification, we obtain sliced programs that consist of the differing parts and parts that can affect these differences. The method has been implemented as an extension of the DiffKemp tool, which is a static analyser of semantic differences between different versions of large scale programs. Our experiments on the Linux kernel show that the method is able to produce correct slices very efficiently (the analysis is prolonged only by 3.2%). Moreover, the created slices are much smaller than the original programs, which makes them suitable for further analysis.

LASER-INDUCED SURFACE ACOUSTIC WAVES FOR THIN FILM CHARACTERIZATION

Knowledge of mechanical properties of thin films is essential for most of their applications. However, their determination can be problematic for very thin films. LAW (Laser-induced acoustic waves) is a combined acousto-optic method capable of measuring films with thickness from few nanometers. It utilizes ultrasound surface waves which are excited via short laser pulses and detected by a PVDF foil. Properties such as Young’s modulus, Poisson’s ratio and density of both the film and the substrate as well as film thickness can be explored.Results from the LAW method are successfully compared with nanoindentation for Young’s modulus evaluation and with optical method for film thickness evaluation and also with literature data. Application of LAW for anisotropy mapping of materials with cubic crystallographic lattice is also demonstrated

Chemically Modified Oligonucleotides Modulate an Epigenetically Varied and Transient Form of Transcription Silencing of HIV-1 in Human Cells

Small noncoding RNAs (ncRNAs) have been shown to guide epigenetic silencing complexes to target loci in human cells. When targeted to gene promoters, these small RNAs can lead to long-term stable epigenetic silencing of gene transcription. To date, small RNAs have been shown to modulate transcriptional gene silencing (TGS) of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) as well as several other disease-related genes, but it has remained unknown as to what extent particular chemistries can be used to generate single-stranded backbone-modified oligonucleotides that are amenable to this form of gene targeting and regulation. Here, we present data indicating that specific combinations of backbone modifications can be used to generate single-stranded antisense oligonucleotides that can functionally direct TGS of HIV-1 in a manner that is however, independent of epigenetic changes at the target loci. Furthermore, this functionality appears contingent on the absence of a 5′ phosphate in the oligonucleotide. These data suggest that chemically modified oligonucleotide based approaches could be implemented as a means to regulate gene transcription in an epigenetically independent manner

Transcriptomic profiles of muscle, heart, and spleen in reaction to circadian heat stress in Ethiopian highland and lowland male chicken

Temperature stress impacts both welfare and productivity of livestock. Global warming is expected to increase the impact, especially in tropical areas. We investigated the biological mechanisms regulated by temperature stress due to the circadian temperature cycle in temperature adapted and non-adapted chicken under tropical conditions. We studied transcriptome profiles of heart, breast muscle, and spleen tissues of Ethiopian lowland chicken adapted to high circadian temperatures and non-adapted Ethiopian highland chicken under lowland conditions at three points during the day: morning, noon, and evening. Functional annotations and network analyses of genes differentially expressed among the time points of the day indicate major differences in the reactions of the tissues to increasing and decreasing temperatures, and also the two chickens lines differ. However, epigenetic changes of chromatin methylation and histone (de)acetylation seemed to be central regulatory mechanisms in all tissues in both chicken lines. Finally, all tissues showed differentially expressed genes between morning and evening times indicating biological mechanisms that need to change during the night to reach morning levels again the next day.</p

Vklad deklaratorních práv do katastru nemovitostí

S účinností nového občanského zákoníku stoupla důležitost zásady dobré víry ve veřejné seznamy. Na tuto zásadu reagoval i nově přijatý zákon č. 256/2013 Sb., o katastru nemovitostí (katastrální zákon), kdy byla realizována podstatná rekodifikace práva týkající se provádění zápisů práv do katastru nemovitostí. Za předchozí právní úpravy způsobovaly značnou právní nejistotu, ve vztahu k dobré víře v údaje katastru nemovitostí, zápisy deklaratorních práv vzniklých na základě právních skutečností či událostí. Novou právní úpravou katastrálního zákona jsou zápisy deklaratorních práv již posuzovány v rámci vkladového řízení, a tudíž je zde větší možnost přezkumu ze strany katastrálních úřadů oproti záznamovému řízení. V rámci diplomové práce bude provedeno zhodnocení jakých právních skutečností či událostí se problematika deklaratorních práv týká a s tím souvisejících změn v postupu při posuzování listin předkládaných katastrálním úřadům k zápisu práv. Dále bude zhodnoceno, jaký vliv měly tyto změny v organizaci činností na katastrálních úřadech. Posuzované údaje budou vycházet z praxe Katastrálního úřadu pro Jihočeský kraj

Vklad deklaratorních práv do katastru nemovitostí

S účinností nového občanského zákoníku stoupla důležitost zásady dobré víry ve veřejné seznamy. Na tuto zásadu reagoval i nově přijatý zákon č. 256/2013 Sb., o katastru nemovitostí (katastrální zákon), kdy byla realizována podstatná rekodifikace práva týkající se provádění zápisů práv do katastru nemovitostí. Za předchozí právní úpravy způsobovaly značnou právní nejistotu, ve vztahu k dobré víře v údaje katastru nemovitostí, zápisy deklaratorních práv vzniklých na základě právních skutečností či událostí. Novou právní úpravou katastrálního zákona jsou zápisy deklaratorních práv již posuzovány v rámci vkladového řízení, a tudíž je zde větší možnost přezkumu ze strany katastrálních úřadů oproti záznamovému řízení. V rámci diplomové práce bude provedeno zhodnocení jakých právních skutečností či událostí se problematika deklaratorních práv týká a s tím souvisejících změn v postupu při posuzování listin předkládaných katastrálním úřadům k zápisu práv. Dále bude zhodnoceno, jaký vliv měly tyto změny v organizaci činností na katastrálních úřadech. Posuzované údaje budou vycházet z praxe Katastrálního úřadu pro Jihočeský kraj

VEGAN label on products and its impact on consumer behavior

Tato bakalářská práce se věnuje vlivu označení VEGAN na obalech produktů na spotřební chování a nákupní rozhodování zákazníků. Hlavními cíli bylo zjistit, zda spotřebitelé pojem veganství vůbec znají, jaký k němu mají vztah, zda označené produkty kupují, a jak je ovlivňuje cenový faktor. Práce je rozdělena do dvou částí. První část zahrnuje teoretické poznatky o veganství (a jeho značení na produktech) a o spotřebním chování, zatímco druhá část obsahuje data z primárního i sekundárního výzkumu. Díky výstupům z MML-TGI a vlastnímu dotazníkovému šetření bylo zjištěno, že rostlinné diety dodržují spíše mladší ročníky populace. Spotřebitelé bez rozdílu věku, pohlaví, dosaženého vzdělání i stylu stravování pojem veganství znají a mají často ve svém okolí také někoho, kdo dodržuje některý z typů rostlinné stravy. Dále pak bylo zjištěno, že označeným produktům spotřebitelé přednost nedávají, avšak jsou ochotni za označený produkt zaplatit vyšší cenu než za produkt neoznačený a také, že označení na produktech může mít na spotřebitele vliv při impulzivním nakupování.This bachelor’s thesis aims to understand the influence that the VEGAN label on product packaging has on consumer behaviour. The main objectives of this study were to find if consumers are familiar with the term veganism, what is their approach towards it, if they are purchasing labeled products, and how does the price ultimately impact their final decision. This dissertation is divided into two parts. The first part encloses the theoretical framework about veganism (labelling practices), and consumer behaviour, while the second part encompasses data from primary and secondary research. The outputs of MML-TGI and the designed questionnaire found that younger people are more likely to follow a vegan or vegetarian diet. Most survey respondents knew the term “veganism” regardless of age, gender, level of education, or current nutritional habits. Additionally, majority of respondents knew someone from their social environment who adheres to some type of plant-based diet. Study results also found that most customers do not prefer vegan labelled products over non-labelled ones. However, they are they are willing to pay more for them. It was also found that third-party labels on a product can have a bigger impact on consumers when they are engaging in impulsive shopping

The initiator core promoter element antagonizes repression of TATA-directed transcription by negative cofactor NC2.

International audienceCore promoter regions of protein-coding genes in metazoan genomes are structurally highly diverse and can contain several distinct core promoter elements, which direct accurate transcription initiation and determine basal promoter strength. Diversity in core promoter structure is an important aspect of transcription regulation in metazoans as it provides a basis for gene-selective function of activators and repressors. The basal activity of TATA box-containing promoters is dramatically enhanced by the initiator element (INR), which can function in concert with the TATA box in a synergistic manner. Here we report that a functional INR provides resistance to NC2 (Dr1/DRAP1), a general repressor of TATA promoters. INR-mediated resistance to NC2 is established during transcription initiation complex assembly and requires TBP-associated factors (TAFs) and TAF- and INR-dependent cofactor activity. Remarkably, the INR appears to stimulate TATA-dependent transcription similar to activators by strongly enhancing recruitment of TFIIA and TFIIB and, at the same time, by compromising NC2 binding