Impact de la recherche d'amorces mutées sur les résultats d'analyses métagénomiques

National audienceEn métagénomique ciblée, une problématique récurrente concerne la quantité de lectures réellement exploitables en sortie d'un séquenceur à haut débit. L'une des étapes influençant cette quantité est la détection dans chaque séquence des amorces utilisées pour amplifier le gène ciblé. Usuellement les séquences n’ayant pas les amorces parfaites sont rejetées. Notre étude interroge l’impact d’accepter également les séquences avec amorces mutées. Il s’agit de répondre aux questions suivantes : Accepter les séquences avec amorces mutées permet-il d'augmenter le nombre de séquences exploitables par échantillon ? Cette augmentation impacte-t-elle les résultats obtenus au terme de l'analyse métagénomique , c’est-à-dire permet-elle d’augmenter le nombre d’OTU (Operationnal taxonomic unit), et donc potentiellement d’espèces, détectés ? L’étude a été menée sur 9 échantillons, dans le cadre d’une étude de la biodiversité des sols tropicaux chez les eucaryotes unicellulaires. Les échantillons ont été séquencés à la fois en Roche/454 et en Illumina MiSeq, afin de pouvoir constater l'impact de la technologie sur les résultats. Le séquençage a ciblé la région V4 de la sous-unité 18S de l'ARN ribosomique. En résultat, on observe que la recherche des amorces V4F et V4R mutées permet d'améliorer de façon non-négligeable la sensibilité de l’analyse métagénomique. Cela augmente le rappel parmi les séquences d'un échantillon et cela permet également la détection de nouveaux OTU (+7 à +10 %, dans notre étude, en fonction de la technologie de séquençage), que ce soit en augmentant l'abondance de séquences détectées en nombre insuffisant pour être validées ou que ce soit en détectant des séquences totalement nouvelles qui n'étaient pas visibles auparavant. Une étude supplémentaire a par ailleurs montré que ces nouveaux OTU, et notamment les totalement nouveaux, étaient aussi crédibles que les OTU avec amorces exactes

Expanding the clinical spectrum of hereditary fibrosing poikiloderma with tendon contractures, myopathy and pulmonary fibrosis due to <i>FAM111B </i>mutations

BACKGROUND: Hereditary Fibrosing Poikiloderma (HFP) with tendon contractures, myopathy and pulmonary fibrosis (POIKTMP [MIM 615704]) is a very recently described entity of syndromic inherited poikiloderma. Previously by using whole exome sequencing in five families, we identified the causative gene, FAM111B (NM_198947.3), the function of which is still unknown. Our objective in this study was to better define the specific features of POIKTMP through a larger series of patients. METHODS: Clinical and molecular data of two families and eight independent sporadic cases, including six new cases, were collected. RESULTS: Key features consist of: (i) early-onset poikiloderma, hypotrichosis and hypohidrosis; (ii) multiple contractures, in particular triceps surae muscle contractures; (iii) diffuse progressive muscular weakness; (iv) pulmonary fibrosis in adulthood and (v) other features including exocrine pancreatic insufficiency, liver impairment and growth retardation. Muscle magnetic resonance imaging was informative and showed muscle atrophy and fatty infiltration. Histological examination of skeletal muscle revealed extensive fibroadipose tissue infiltration. Microscopy of the skin showed a scleroderma-like aspect with fibrosis and alterations of the elastic network. FAM111B gene analysis identified five different missense variants (two recurrent mutations were found respectively in three and four independent families). All the mutations were predicted to localize in the trypsin-like cysteine/serine peptidase domain of the protein. We suggest gain-of-function or dominant-negative mutations resulting in FAM111B enzymatic activity changes. CONCLUSIONS: HFP with tendon contractures, myopathy and pulmonary fibrosis, is a multisystemic disorder due to autosomal dominant FAM111B mutations. Future functional studies will help in understanding the specific pathological process of this fibrosing disorder

La lèpre n’est pas une maladie du passé

Cette revue synthétique présente, à partir des données épidémiologiques et de recherche les plus récentes sur le sujet, les enjeux actuels de la lutte contre la lèpre. À côté des progrès importants réalisés dans l’étude génomique du bacille de la lèpre, ainsi que dans la compréhension des mécanismes fondamentaux de sensibilité individuelle à la maladie, la stagnation de l’incidence des nouveaux cas annuels observée depuis une dizaine d’années est source d’interrogations. Si l’efficacité des traitements recommandés est confirmée par un faible taux de rechute, le tarissement espéré des nouveaux cas par réduction de la contagiosité des cas traités tarde à se manifester. Des études récentes sont en faveur de l’efficacité d’une prophylaxie par prise unique de rifampicine et/ou vaccination par le BCG des sujets contacts, ce qui pourrait permettre une accélération de la réduction de l’incidence de la maladie. Toutefois, aucune prise de position officielle sur ces travaux ne valide la mise en œuvre de telles stratégies. Du fait d’une ambiguïté dans l’expression des objectifs opérationnels de prise en charge de la lèpre, « l’élimination en tant que problème de santé publique » de la maladie ne devant notamment pas être confondue avec une « éradication » qui n’est nullement d’actualité, une démobilisation dans la lutte contre la lèpre est à redouter

French vascular physicians’ practices in indicating antiplatelet and anticoagulation therapy in venous thromboembolism

International audienceBackground: As antiplatelet therapy becomes widespread, physicians face the issue patients being treated with antiplatelet agents (APA) and anticoagulants for venous thromboembolism (VTE). Bleeding risk of this combination is increased 1.5-2.5-fold. The aim of this survey is to assess French vascular physician's management of this combination at the beginning of the treatment and at 6 months of treatment for VTE. Patients and methods: French vascular physicians were surveyed between September and December 2017, using 4 fictional scenarios regarding a VTE event diagnosed in a patient under antiplatelet therapy plus isolated questions in an online questionnaire, sent by the French Society of Vascular Medicine to its members. Out of 1812 physicians, 179 returned valid questionnaires: the response rate was 9.9%. Results: Firstly 97.2% of respondents acknowledged extra risk with this combination; and 63% ceased antiplatelet therapy when initiating anticoagulants; while 36% did not. Secondly, four strategies emerged: 31.4% ceased APA and prescribed full-dose anticoagulants at initiation and at 6 months; 32% associated reduced-dose anticoagulation with APA at 6 months, regardless of what they decided at initiation; 16.5% prescribed isolated full-dose anticoagulants at initiation and reduced-dose at 6 months; lastly 11.2% associated full-dose anticoagulant with antiplatelet therapy at initiation and at 6 months. Conclusions: French vascular physicians adopted different strategies according to estimated risk/benefit ratio. Prospective randomized controlled trials should compare these strategies in order to make recommendations

Trajectory-control using deep system identification and model predictive control for drone control under uncertain load

International audienceMachine learning allows to create complex models if provided with enough data, hence challenging more traditional system identification methods. We compare the quality of neural networks and an ARX model when use in an model predictive control to command a drone in a simulated environment. The training of neural networks can be challenging when the data is scarce or datasets are unbalanced. We propose an adaptation of prioritized replay to system identification in order to mitigate these problems. We illustrate the advantages and limits of this training method on the control task of a simulated drone

Eruptive keloids after chickenpox

Hypertrophic scars and keloids result from abnormal wound healing in predisposed individuals. They occur within months of cutaneous trauma (surgical wounds, piercing, lacerations) or inflammation (acne, folliculitis, vaccination site). They have rarely been reported after chickenpox. Herein we report a dramatic case in a 4-year-old black girl and discuss the issues related to the management of hypertrophic scars and keloids in this peculiar situation