MOTIVAÇÕES PARA PATENTEAR: O CASO DA INDÚSTRIA FARMACÊUTICA

The literature reports that patents are commonly seen as isolating mechanisms. But it also points that patents are of limited effectiveness against copying. The purpose of this paper is to identify why pharmaceutical firms file patent applications despite the well known limitations of patents as protective devices. A qualitative approach was used to investigate this topic, and the results are based upon six case studies of pharmaceutical organizations established in the United Kingdom. A common response on why firms engage in the patenting process was the long development time of a new product, and the costs associated with that. Thus, the main purpose of pursuing patents was to protect inventions from copying. In addition, our findings revealed that the motivations to patent also encompass their use: i) to deter entry, ii) to enhance appropriability conditions, iii) to secure royalty income, iv) to use in technology negotiations, v) to influence investors perception, vi) to signal to others, and vii) (apparently to a lesser degree) to incentivise researchers.La literatura relata que las patentes son normalmente vistas como mecanismos aislantes. Pero ella también indica que las patentes pueden no ser muy efectivas contra la imitación. El objetivo de este trabajo es identificar el porqué de las empresas farmacéuticas depositen patentes a pesar de la reconocida limitación de estos instrumentos de protección. La investigación utiliza un abordaje cualitativo que consiste en la realización de seis estudios de caso de empresas farmacéuticas que operan en Reino Unido. Para las empresas estudiadas, la razón más evidente para envolucrarse en el proceso de patenteamento fue el interés en evitar la libre imitación de sus innovaciones, cuyo tiempo de desarrollo es normalmente largo y tiene altos costes asociados a él. Además, también fue revelado que las patentes son utilizadas i) para desencorajar la entrada de otras empresas en el sector o en el campo tecnológico de interés, ii) para mejorar las condiciones de apropiación del esfuerzo innovador, iii) para apalancar recursos a través de licencia, iv) para usar en negociaciones tecnológicas, v) para influenciar la percepción de los inversionistas, vi) para dar señales para el mercado, y vii) (aparentemente menos importante) para incentivar a los investigadores.TEXTO (PDF) EM INGLÊSA literatura relata que as patentes são normalmente vistas como mecanismos isolantes. Mas ela também indica que as patentes podem não ser muito efetivas contra a imitação. O objetivo deste trabalho é identificar o porquê das empresas farmacêuticas depositarem patentes apesar da reconhecida limitação destes instrumentos de proteção. A pesquisa utiliza uma abordagem qualitativa que consiste na realização de seis estudos de caso de empresas farmacêuticas que operam no Reino Unido. Para as empresas estudadas, a razão mais evidente para engajarem no processo de patenteamento foi o interesse em evitar a livre imitação de suas inovações, cujo tempo de desenvolvimento é normalmente longo e tem altos custos associados a ele. Além disso, também foi revelado que as patentes são utilizadas i) para desencorajar a entrada de outras empresas no setor ou no campo tecnológico de interesse, ii) para melhorar as condições de apropriação do esforço inovador, iii) para alavancar recursos através de licenciamento, iv) para usar em negociações tecnológicas, v) para influenciar a percepção dos investidores, vi) para dar sinais para o mercado, e vii) (aparentemente menos importante) para incentivar os pesquisadores

The Tat pathway in Listeria monocytogenes

Tese de mestrado. Biologia (Microbiologia Aplicada). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2011Listeria monocytogenes, a foodborne pathogenic bacterium, remains a serious public health concern due to its frequent occurrence in food products coupled with a high mortality rate, specially among immunocompromised hosts. Bacterial pathogenicity depends greatly on the ability to secrete virulence factors to or beyond the bacterial cell surface. Thus, the study of secreted proteins is of crucial importance to further develop defensive strategies. The Tat pathway, one of the secretion systems present in L. monocytogenes, was until now only investigated in silico. Therefore, a better understanding of the Tat pathway was needed. In L. monocytogenes, strain EGDe, two proteins constitute the Tat pathway and are encoded in the genes tatC (lmo0361) and tatA (lmo0362). In the present study, a L. monocytogenes mutant strain lacking the genes coding for the Tat pathway was successfully constructed (EGDe ΔtatAC). The mutant showed the ability to grow at the same growth rate as the parent strain, proving that the Tat pathway is not essential for L. monocytogenes survival. Moreover this study showed that both genes are transcribed in a bicistronic and growth-phase dependent manner. The deletion mutant for the Tat pathway showed no differences in the in vitro virulence potential, but significant differences (p < 0.05) were found when in vivo virulence potential was assessed, being the tat mutant more virulent than the wild-type strain. Regulation of tatAC was also investigated, and a deletion mutant for lmo0364, a gene coding for a transcription regulator, localized close to the tat genes, was constructed. Our results show that Lmo0364 is not related to the other genes in the locus, as it is not involved in the transcription regulation of any of the genes analyzed. This is, to our knowledge, the first experimental study on the Tat pathway of L. monocytogenes. Here we show that this pathway is not essential for the bacterium and that it might be impairing its virulence ability.Listeria monocytogenes é actualmente considerada uma bactéria patogénica de risco para a Indústria Alimentar, afectando essencialmente grávidas, crianças, idosos e indivíduos imunocomprometidos. Este risco torna-se cada vez mais importante, à medida que aumentam os casos de doentes imunocomprometidos, quer por infecções por VIH ou por tratamentos como quimioterapia e radioterapia, entre outros. L. monocytogenes é uma bactéria gram-positiva em forma de bastonete com dimensões de 0,4 μm por 1 a 1,5 μm. Esta bactéria caracteriza-se pelo seu baixo teor em G+C, por ser anaeróbia facultativa, catalase positiva e oxidase negativa. A sua principal característica é a sua versatilidade no que diz respeito às condições de crescimento, nomeadamente, temperatura (1 a 45 ˚C), pH (4,4 a 9,6), cloreto de sódio (10 a 20% (m/v)), sais biliares (10 a 40% (m/v)), actividade da água (aw) (≥0,92) e a tolerância a alguns metais, geralmente tóxicos para outras bactérias, como o lítio, o tálio e o telúrio. Listeriose é o nome dado à doença provocada por L. monocytogenes e encontra-se associada uma elevada taxa de mortalidade (20 a 30%). Na Europa, o número de casos confirmados aumentou 19% em 2009, comparativamente com 2008. L. monocytogenes é um parasita intracelular facultativo. Após ingestão de alimentos contaminados, a bactéria tem a capacidade de atravessar o epitélio intestinal e disseminar-se através dos vasos linfáticos ou sanguíneos, para tecidos mais profundos. O fígado e o baço são órgãos-alvo primários para a sucessiva multiplicação bacteriana, com a possível formação de abcessos. Uma das principais características fisiopatológicas de L. monocytogenes é a capacidade de atravessar barreiras epiteliais, como a barreira hemato-encefálica e a barreira placentária, levando a meningo-encefalite ou infecção do feto, podendo eventualmente causar aborto e morte ou meningite neonatal. A patogenicidade bacteriana encontra-se bastante dependente da capacidade das bactérias segregarem factores de virulência, que são expostos à superfície da célula, segregados para o ambiente extracelular ou, até mesmo, injectados directamente nas células hospedeiras. Enquanto que em bactérias gram-negativas, para que haja secreção de proteínas para o exterior da célula têm de ser transpostas duas membranas biológicas, em bactérias gram-positivas, os mecanismos de transposição da membrana citoplasmática permitem a segregação eficaz de proteínas para o exterior da célula. Em bactérias gram-positivas, são, actualmente, reconhecidos sete sistemas de secreção: Sec (Secretion), Tat (Twin-arginine translocation), FPE (Fimbrilin – Protein Exporter), transportadores ABC (ATP-binding cassette), FEA (Flagella Export Apparatus), Holinas e Sistema Wss. Relativamente a L. monocytogenes, embora a secreção de proteínas seja de extrema importância, quer no processo de colonização de ambientes bióticos e abióticos, quer na sua virulência, ainda muito pouco é conhecido. Assim, a partir dos genomas sequenciados e com recurso à bioinformática, foram indentificados, em L. monocytogenes, todos os sistemas descritos para gram-positivos. O sistema Tat é responsável pela secreção de proteínas na sua conformação final, tendo as proteínas secretadas por este sistema um motivo N-terminal [(S/T)TRRXFLK] de consenso. Este sistema de secreção foi primeiramente identificado em bactérias gram-negativas, sendo essencial para a sua funcionalidade três proteínas membranares: TatA, TatB e TatC. A maioria das bactérias gram-positivas possui um sistema Tat “minimalista” pois apenas as proteínas TatA e TatC estão presentes, sendo TatA bifuncional, colmatando a inexistência de TatB. Este sistema de secreção está presente em vários microrganismos patogénicos, para os quais foi demonstrada a sua importância para os estilos de vida, saprófito ou patogénico. A secreção de proteínas por este sistema demonstrou ser importante para a mobilidade em Escherichia coli O157:H7, para a infecção e para a aquisição de ferro em Pseudomonas aeruginosa, para o crescimento, divisão e formação de biofilme em Legionella pneumophila e para a capacidade infecciosa in vivo de Staphylococcus aureus. Em L. monocytogenes apenas uma cópia dos genes tatA e tatC foi identificada, sendo que a proteína considerada como secretada por este sistema se encontra codificada num operão muito próximo deste locus. O trabalho que aqui se apresenta teve como objectivo o estudo do sistema Tat em L. monocytogenes. Para avaliar o papel deste sistema de secreção, construiu-se um mutante de delecção da estirpe EGDe nos genes codificantes para o sistema Tat. O mutante foi construído usando um sistema de dois passos: um primeiro passo de integração e segundo passo de desintegração do plasmídeo no genoma, através de regiões homólogas às regiões anterior e posterior aos genes. Tanto quanto se sabe, trata-se do primeiro mutante de delecção descrito para o sistema Tat em L. monocytogenes. O sistema Tat não se mostrou essencial ao crescimento de L. monocytogenes em meio completo e em meio mínimo, apresentando o mutante e a estirpe selvagem taxas específicas de crescimento semelhantes. Foram efectuados estudos transcriptionais relativos ao locus do sistema, nomeadamente análises Northern blot e estudos da actividade promotora, fazendo uso do gene codificante para a β-galactosidase, como gene repórter. A transcrição dos genes tatA e tatC revelou-se dependente da fase de crescimento, sendo a transcrição mais evidente na fase exponencial, comparativamente com a fase estacionária. Demonstrou-se ainda que a transcrição dos genes codificantes para o sistema Tat é bicistrónica, apresentando o operão correspondente uma forte actividade promotora. A existência de um regulador de transcrição (Lmo0364) codificado no locus estudado, levou à hipótese de este se encontrar relacionado com a regulação da transcrição do sistema Tat. Esta hipótese foi investigada através da construção de um mutante de delecção neste regulador de transcrição. No entanto, não foram registadas alterações, quer na transcrição, quer na actividade promotora dos genes estudados. Estudos prévios realizados in silico, por outros autores, identificaram apenas uma proteína secretada através deste sistema. Esta proteína está codificada no operão lmo0365-67, sendo a última do operão (lmo0367). De forma a identificar esta e/ou outras proteínas secretadas por este sistema, procedeu-se a uma análise das proteínas secretadas por SDS-PAGE, não tendo sido no entanto possível detectar alterações entre o secretoma do mutante e o secretoma da estirpe selvagem, possivelmente devido às limitações desta metodologia (limites de resolução e detecção). Os potenciais de virulência dos dois mutantes (EGDe ΔtatAC e EGDe Δlmo0364) foram também avaliados in vitro, através da infecção de células epiteliais humanas, e in vivo, através da contagem de bactérias no baço, após três dias de inoculação subcutânea em ratinhos. Apesar de não terem sido identificadas diferenças no potencial virulento in vitro, foram verificadas diferenças significativas (p < 0,05) in vivo, sendo que o mutante tatAC demonstrou um potencial virulento mais elevado do que a estirpe selvagem, demonstrando que a presença deste sistema de secreção nesta estirpe poderá dificultar o processo de infecção. Ao contrário do que se verificou noutros microrganismos patogénicos, o sistema Tat não é necessário à sobrevivência de L. monocytogenes e muito menos à sua capacidade infecciosa. Tanto quanto se sabe, este trabalho constitui o primeiro trabalho experimental realizado em L. monocytogenes, com o objectivo de estudar o sistema de secreção Tat

Essays on the impacts of credit ratings

This thesis studies the impacts of credit ratings in several dimensions. The firs paper studies the impact of the sovereign ceiling policies in the Municipal Bond markets. Firms at the sovereign ceiling are relatively more affected following a sovereign downgrade. The second paper quantifies the impact of stringent rating criteria from credit rating agencies in investment grade and speculative grade firms. The former is significantly more affected by changes in criteria. The third paper access the impact in firm’s leverage, debt issuance and cash holdings from past changes in credit ratings. Unpredicted changes in credit ratings drive most firm’s reactions

Systems Biology and Pangenome of Salmonella O-Antigens.

O-antigens are glycopolymers in lipopolysaccharides expressed on the cell surface of Gram-negative bacteria. Variability in the O-antigen structure constitutes the basis for the establishment of the serotyping schema. We pursued a two-pronged approach to define the basis for O-antigen structural diversity. First, we developed a bottom-up systems biology approach to O-antigen metabolism by building a reconstruction of Salmonella O-antigen biosynthesis and used it to (i) update 410 existing Salmonella strain-specific metabolic models, (ii) predict a strain's serogroup and its O-antigen glycan synthesis capability (yielding 98% agreement with experimental data), and (iii) extend our workflow to more than 1,400 Gram-negative strains. Second, we used a top-down pangenome analysis to elucidate the genetic basis for intraserogroup O-antigen structural variations. We assembled a database of O-antigen gene islands from over 11,000 sequenced Salmonella strains, revealing (i) that gene duplication, pseudogene formation, gene deletion, and bacteriophage insertion elements occur ubiquitously across serogroups; (ii) novel serotypes in the group O:4 B2 variant, as well as an additional genotype variant for group O:4, and (iii) two novel O-antigen gene islands in understudied subspecies. We thus comprehensively defined the genetic basis for O-antigen diversity.IMPORTANCE Lipopolysaccharides are a major component of the outer membrane in Gram-negative bacteria. They are composed of a conserved lipid structure that is embedded in the outer leaflet of the outer membrane and a polysaccharide known as the O-antigen. O-antigens are highly variable in structure across strains of a species and are crucial to a bacterium's interactions with its environment. They constitute the first line of defense against both the immune system and bacteriophage infections and have been shown to mediate antimicrobial resistance. The significance of our research is in identifying the metabolic and genetic differences within and across O-antigen groups in Salmonella strains. Our effort constitutes a first step toward characterizing the O-antigen metabolic network across Gram-negative organisms and a comprehensive overview of genetic variations in Salmonella

Education and wage inequality in Portugal

The main goal of this Master’s thesis is to identify the impact of education on changes in the Portuguese wage distribution using quantile regression methods. I explore the counterfactual decomposition method proposed by Machado and Mata(2005) to decompose changes in the wage distribution from 1994 to 2018 into the factors contributing to those changes: composition effects (characteristics of the Portuguese working force) and structural effects (returns to those characteristics).The results show that education was a key factor contributing to higher wages but also greater wage inequality

Comparative Genomics Reveals High Genomic Diversity in the Genus Photobacterium

Vibrionaceae is a large marine bacterial family, which can constitute up to 50% of the prokaryotic population in marine waters. Photobacterium is the second largest genus in the family and we used comparative genomics on 35 strains representing 16 of the 28 species described so far, to understand the genomic diversity present in the Photobacterium genus. Such understanding is important for ecophysiology studies of the genus. We used whole genome sequences to evaluate phylogenetic relationships using several analyses (16S rRNA, MLSA, fur, amino-acid usage, ANI), which allowed us to identify two misidentified strains. Genome analyses also revealed occurrence of higher and lower GC content clades, correlating with phylogenetic clusters. Pan- and core-genome analysis revealed the conservation of 25% of the genome throughout the genus, with a large and open pan-genome. The major source of genomic diversity could be traced to the smaller chromosome and plasmids. Several of the physiological traits studied in the genus did not correlate with phylogenetic data. Since horizontal gene transfer (HGT) is often suggested as a source of genetic diversity and a potential driver of genomic evolution in bacterial species, we looked into evidence of such in Photobacterium genomes. Genomic islands were the source of genomic differences between strains of the same species. Also, we found transposase genes and CRISPR arrays that suggest multiple encounters with foreign DNA. Presence of genomic exchange traits was widespread and abundant in the genus, suggesting a role in genomic evolution. The high genetic variability and indications of genetic exchange make it difficult to elucidate genome evolutionary paths and raise the awareness of the roles of foreign DNA in the genomic evolution of environmental organisms

A dialogue between archive, knowledge and technology

Objetivo. Realizar uma breve reflexão sobre a gestão do conhecimento em arquivos, enfatizando as ligações necessárias para um diálogo entre arquivo, conhecimento e tecnologia. Método. Consiste na revisão de materiais previamente publicados das áreas da Administração, Arquivologia e Ciência da Informação. As fontes consultadas consistem em livros, teses, textos em sites da internet e artigos científicos de periódicos indexados no Google Scholar. Assim, os dados coletados são analisados de forma qualitativa. Resultados. Há uma estreita relação entre o arquivo, o conhecimento e a tecnologia. Neste sentido, o documento exerce o papel de interlocutor deste diálogo. O cenário interdisciplinar vislumbrado, realça a aproximação existente entre as práticas arquivísticas e a gestão do conhecimento, de modo que possibilite um ciclo de retroalimentação que servirá de apoio às práticas relacionadas à gestão, seja ela, do conhecimento, da informação ou de documentos. Conclusões. Há necessidade de mais estudos que abordem o potencial dos arquivos, a fim de preencher possíveis lacunas teóricas, assim, múltiplos olhares alcançarão mais pontos de convergência interdisciplinares. Por fim, destaca-se que o potencial informacional dos arquivos, então mediado pelas tecnologias da informação, poderá enriquecer as práticas de gestão do conhecimento, e para isto, é essencial reforçar as relações interdisciplinares entre Administração, Arquivologia e Ciência da Informação.Objetivo. Realizar una breve reflexión sobre la gestión del conocimiento en archivos, enfatizando las relaciones necesarias para un diálogo entre archivo, conocimiento y tecnología. Método. Consiste en la revisión de materiales previamente publicados de las áreas de la Administración, Archivología y Ciencia de la Información. Las fuentes consultadas consisten en libros, tesis, textos en webs de la internet y artículos científicos de periódicos indexados en el Google Scholar. Así, los datos recogidos fueron analizados de forma cualitativa. Resultados. Hay una estrecha relación entre el archivo, el conocimiento y la tecnología. En este sentido, el documento ejerce el papel de interlocutor de este diálogo. El escenario interdisciplinar vislumbrado, realza la aproximación existente entre las prácticas archivísticas y la gestión del conocimiento, de modo que posibilite un ciclo de retroalimentación que servirá de apoyo a las prácticas relacionadas a la gestión, sea ella, del conocimiento, de la información o de documentos. Conclusiones. Hay la necesidad de más estudios que aborden el potencial de los archivos, a fin de llenar posibles lagunas teóricas, así, múltiples enfoques alcanzarán más puntos de convergencia interdisciplinares. Por fin, se destaca que el potencial informacional de los archivos, entonces mediado por las tecnologías de la información, podrá enriquecer las prácticas de gestión del conocimiento, y para esto, es esencial reforzar las relaciones interdisciplinares entre Administración, Archivología y Ciencia de la Información.Objective. Perform a brief reflection on knowledge management in archives, emphasizing the connections necessary for a dialogue between archive, knowledge and technology. Method. It consists in review of material previously published in the areas of Management Science, Archival Science and Information Science. The sources consulted consist of books, theses, texts on websites and scientific journal articles indexed in Google Scholar. Thus, the collected data is analyzed qualitatively. Results. There is a close relationship between the archive, knowledge and technology. In this sense, the document has the role of interlocutor in this dialogue. The interdisciplinary scenario envisioned, enhance existing rapprochement between the archival practices and knowledge management, in order to make possible a feedback cycle that will support the practices related to the management, either, of knowledge, of information or of documents. Conclusions. There is need for further studies to address the potential of the archives in order to fill possible gaps theory thus reach multiple looks more points interdisciplinary convergence. Finally, there is the informational potential of archives, then mediated by technology information, can enrich the knowledge management practices, and for this it is essential to strengthen the interdisciplinary relationships between Management Science, Archival Science and Information Science

As vulnerabilidades dos documentos digitais: Obsolescência tecnológica e ausência de políticas e práticas de preservação digital

Objective. This paper attempts to discuss the theoretical issues related to the technological obsolescence, implementation of organizational policies, preservation strategies and computerized systems. Method. It develops the literature previously published materials such as books, theses, websites and articles in scientific journals indexed in Google Scholar and CAPES Journal Portal. Data collection is based on qualitative analysis, and performs a literature review can provide state of the art on preserving and fragility of digital documents. Results. Among the results can be considered the technological obsolescence as consequence of the technology itself motivated by unbridled development. In this way, it has been reaching software, file formats, operating systems and professionals responsible for preservation, and thus a significant part of the memory of contemporary societies is at risk. Conclusions. It highlights the importance of institutional policies, digital preservation strategies and computerized systems. Through these is can plan, monitor and treat digital documents, minimizing the effects of technological obsolescence in order to preserve its content and its reliability.Objetivo. Este trabajo busca debatir aspectos teóricos referentes a la obsolescencia tecnológica, la implementación de políticas organizacionais, las estrategias de preservación y los sistemas informatizados. Método. Se desarrolló una revisión bibliográfica de materiales previamente publicados, como libros, tesis, sitios en la Internet y artículos de revistas científicas indexadas en Google Scholar y el Portal de Revistas de la CAPES. La colecta de datos tuvo como base un análisis cualitativo, y desarrollar una revisión de literatura capaz de presentar el estado del arte sobre la preservación y la fragilidad de los documentos digitales. Resultados. Entre los resultados se puede considerar la obsolescencia tecnológica como una consequencia de la propia tecnología, motivada por una evolución desenfrenada. De esta forma, viene alcanzando a softwares, formatos de archivo, sistemas operacionales y profesionales responsables por la preservación, y de esta forma coloca una parte significativa de la memoria de la sociedad contemporánea en riesgo. Conclusiones. Se destaca la importancia de la políticas institucionales, de las estrategias de preservación digital y de los sistemas informatizados. A través de estos será posible planear, monitorizar y tratar los documentos digitales, minimizando los efectos de la obsolescencia tecnológica con la finalidad de preservar su contenido y su fidedignidad.Objetivo. Este trabalho procura debater os pontos teóricos referentes à obsolescência tecnológica, implementação de políticas organizacionais, estratégias de preservação e sistemas informatizados. Método. Desenvolve-se o levantamento bibliográfico de materiais previamente publicados, como livros, teses, sítios da Internet e artigos de periódicos científicos indexados no Google Scholar e Portal de periódicos da CAPES. A coleta de dados tem como base a análise qualitativa, e realiza uma revisão de literatura capaz de apresentar o estado da arte sobre a preservação e a fragilidade dos documentos digitais. Resultados. Entre os resultados pode-se considerar a obsolescência tecnológica uma consequencia da própria tecnologia motivada por uma evolução desenfreada. Desta forma, vem atingindo softwares, formatos de arquivo, sistemas operacionais e profissionais responsáveis pela preservação, e assim coloca um parte significativa da memória das sociedades contemporâneas em risco. Conclusões. Destaca-se a importância da políticas institucionais, das estratégias de preservação digital e dos sistemas informatizados. Através destes será possível planejar, monitorar e tratar os documentos digitais, minimizando os efeitos da obsolescência tecnológica com a finalidade de preservar seu conteúdo e sua fidedignidade