Membrane-coating lattice scaffolds in the nuclear pore and vesicle coats: Commonalities, differences, challenges

The nuclear pore complex (NPC) regulates all traffic between the cytoplasm and the nucleus. It is a large protein assembly composed of multiple copies of ~30 nucleoporins (nups). Structural studies of the NPC have been limited by its considerable size and complexity. Progress toward understanding the structure of this nanomachine has benefited from its modular nature, which allows for this 40-60 MDa assembly to be broken down into subcomplexes that can be studied individually. While recent work by both crystallographers and electron microscopists has greatly enhanced our model of the NPC, the resolution gap between crystal and EM structures remains too large to confidently place individual proteins within the context of the fully assembled NPC. In an effort to arrive at a veritable model of the NPC, we solved the structure of several scaffold nups and defined the ancestral coatomer element (ACE1) common to a set of nucleoporins and COPII vesicle coat proteins. Subsequently, we proposed a lattice-like model of the NPC, analogous to the COPII lattice, in which ACE1 proteins form the edge elements and β-propellers form the vertex elements. Here, we review our recent studies, speculate on how interactions between subcomplexes of the NPC are mediated, and outline the steps and challenges that lay ahead on the path to understanding this enormous assembly in molecular detail.National Institutes of Health (U.S.) (grant GM77537)Massachusetts Institute of Technology (Poitras Fellowship)Pew Charitable Trusts (Pew Scholar of the Biomedical Sciences

Optimized E.coli expression strain LOBSTR eliminates common contaminants from His-tag purification

His-tag affinity purification is one of the most commonly used methods to purify recombinant proteins expressed in E. coli. One drawback of using the His-tag is the co-purification of contaminating histidine-rich E. coli proteins. We engineered a new E. coli expression strain, LOBSTR (low background strain), which eliminates the most abundant contaminants. LOBSTR is derived from the E. coli BL21(DE3) strain and carries genomically modified copies of arnA and slyD, whose protein products exhibit reduced affinities to Ni and Co resins, resulting in a much higher purity of the target protein. The use of LOBSTR enables the pursuit of challenging low-expressing protein targets by reducing background contamination with no additional purification steps, materials, or costs, and thus pushes the limits of standard His-tag purifications.Lundbeck FoundationDanish Council for Independent Research (Postdoctoral Grant)National Institutes of Health (U.S.) (Pew Scholar Award Grant GM077537

Energy self-sufficiency of small sewage treatment plant

Práce uvádí základní informace z oblasti malých čistíren odpadních vod. Dále se zabývá teoretickým popisem problematiky slunečního záření a přináší popis tvorby modelu fotovoltaického článku a vybraného druhu baterie. Na základě získaných teoretických poznatků je následně navržen model systému představující spolupráci čistírny odpadních vod s dalšími energetickými zdroji. Model je vytvořen v programu PSCAD a jeho funkčnost je ověřena na několika provozních scénářích. V návaznosti na to práce hodnotí dosažené výsledky jednotlivých provozních scénářů demonstrující různé energetické požadavky na systém jako celek.The thesis presents basic information from the area of small wastewater treatment plants. It also deals with the theoretical description of the solar radiation issue and describes the modeling of the photovoltaic cell and the selected type of battery. On the basis of the theoretical knowledge obtained, a model of the system representing the cooperation of the wastewater treatment plant with other energy sources is proposed. The model is created in PSCAD system and its function is verified in several operating scenarios. Depending on this, the work evaluates the achievements of individual operating scenarios that demonstrate different energy requirements for the system as a whole.

Die konspirative Tätigkeit der polnischen Widerstandskämpferinnen der Armia Krajowa während des Zweiten Weltkrieges am Beispiel von Elżbieta Zawacka

Das Ziel meiner Abschlussarbeit im Zuge des Diplomstudiums ‚Geschichte’ ist ausgehend von vielfältigem Quellenmaterial die Rolle der polnischen Frauen im Zweiten Weltkrieg darzustellen und ihre konspirative Tätigkeit anhand des Lebens der ehemaligen Widerstandskämpferin Elżbieta Zawacka genauer zu untersuchen. Aufgrund der Recherchearbeiten zu diesem Thema kann festgestellt werden, dass die Studien über die Rolle polnischer Frauen im Kampf um nationale Unabhängigkeit in den Jahren 1939 bis 1945 ziemlich jung sind und dass die Frauentätigkeit im Krieg meistens in Form kleiner Passagen in den verschiedenen Monographien beschrieben wurde. Aus diesem Grund wird in der Arbeit erleuchtet, in welchen Bereichen des Kampfes mit der Besatzungsmacht sich die Polinnen spezialisiert haben und was zu ihren damaligen Pflichten gehört hat. Diese Problematik wird vor allem auf Basis der konspirativen Tätigkeit von Elżbieta Zawacka untersucht. Neben der biographischen Darstellung zentraler Abschnitte aus ihrem Leben werden auch die wichtigsten Bereiche des Militärdienstes von Frauen dargestellt. In diesem Kontext wird untersucht, wie es dazu kam, dass die Beteiligung von den polnischen Frauen im Krieg so weit verbreitet war. Was sind die Wurzeln der patriotischen, opferbereiten und heroischen Haltung der Frauen-Soldaten im konspirativen Dienst, den sie kurz nach dem Septemberfeldzug im Jahre 1939 übernahmen? Aus diesem Grund wird in der Arbeit eine tiefere Analyse der Bewegung von Frauen, die sich in den 20er und 30er Jahren des 20. Jahrhunderts in allen Gebieten der Zweiten Republik Polens entwickelt hat, durchgeführt. Außerdem soll auch betonen werden, dass die Position der Frau im Militärdienst lange Zeit unklar war und diese Frauen erst kurz vor dem Warschauer Aufstand (1944) einen rechtlichen Status als Soldatinnen bekamen. In diesem Sinne ist wichtig zu fragen, welche Wege die Aktivistinnen der ehemaligen polnischen Gesellschaft gesucht und welche Organisationsformen sie ins Leben gerufen hatten, um die Polinnen für den Fall eines Krieges vorzubereiten. Am Ende der Arbeit wird auch eine kurze Analyse der wichtigen Elemente der polnischen Erinnerungsgeschichte der Nachkriegszeit dargestellt. In diesem Kontext wird untersucht, warum die Ereignisse des Zweiten Weltkrieges und das Gedenken an den bewaffneten Kampf der Armia Krajowa (AK, Heimatarmee) immer noch so große Bedeutung für die polnische Gesellschaft haben und welcher Richtung die Erinnerungspolitik in Polen sich in der Zukunft entwickeln sollte

Structural and biochemical analysis of the Y-shaped Nup84 subcomplex of the NPC

Thesis (Ph. D.)--Massachusetts Institute of Technology, Dept. of Biology, 2012.Cataloged from PDF version of thesis.Includes bibliographical references (p. 116-127).The eukaryotic cell is easily distinguishable from its prokaryotic counterpart through the presence of a complex endomembrane system. Most notable is the nucleus, which harbors and protects the genetic information of the cell. Such physical separation allows for extra layers of regulation for a variety of cellular processes, but at the same time, necessitates a mechanism for communication between the nucleus and cytoplasm. The nuclear envelope consists of an inner and outer nuclear membrane that fuse at distinct loci to form a gateway into the nucleus. Embedded into these circular openings are nuclear pore complexes (NPCs), which serve as the gatekeepers, mediating all exchange between the nucleus and the cytoplasm. At its core, the NPC consists of an 8-fold symmetric structural scaffold that serves as a docking site for some of the more dynamic components. Overall, the NPC is composed of -30 proteins, or nucleoporins (nups), that form biochemically stable subcomplexes which are repeated in multiple copies to assemble the intact NPC. This macromolecular machine is not only essential to nucleo-cytoplasmic transport, but also plays a pivotal role in a myriad of other cellular processes. Thus, understanding its function and assembly in molecular detail is of great interest and importance. Here, I investigate the structure and assembly of one of the major components of the NPC scaffold, the Nup84 complex. Also known as the Y complex, this 7- membered assembly adopts the shape of an extended Y in solution. We solved the structure of the heterodimeric Nup85 Sehl complex, which forms one of the short arms of the Y. Nup85 was found to have an unexpected, yet conserved fold, termed ancestral coatomer element 1 (ACEI), which is also present in 3 additional scaffold nucleoporins, as well as Sec3l, a major component of COPIl vesicle coats. This discovery led to the first experimental evidence for a common ancestry of nucleoporins and vesicle coat proteins. Additionally, we solved the partial structure of Nup120, which also exhibited a unique and unexpected domain architecture. While initial secondary structure prediction methods classified all nups into the canonical a-solenoid and p-propeller fold types, an arsenal of recent nucleoporin structures now tells a different story. To date, at least a partial structure of each of the components of the Nup84 complex has been solved. Using biochemical interaction data as a guide, we can now place each of these structures into an electron density map generated by electron microscopy (EM) to build an initial composite structure of a nearly complete Y-shaped Nup84 complex. Furthermore, we developed the lattice model for assembly of the NPC structural scaffold based on the similarities discovered between nucleoporins and COPII vesicle coats-two membrane-coating complexes whose proteins are evolved from a common ancestor. To develop the lattice model further, deciphering the complex interaction network linking each of the biochemically-defined subcomplexes will be paramount in arriving at a more detailed and accurate model that can provide mechanistic insight into NPC function.by Nina Carolina Leksa.Ph.D

Produktivní frézování hliníkových slitin ve firmě IZO-Form s.r.o.

Bakalářská práce je zaměřena na výzkum v oblasti efektivního frézování hliníkových slitin ve firmě IZO-FORM s.r.o. Výzkum byl zaměřen na výběr vhodných výměnných břitových destiček. Na žádost firmy byla součástí výzkumu i analýza prachových hliníkový částic ve vzduchu v prostředí firmy IZO-Form s.r.o. K dosažení cíle bylo nutné nejprve navrhnout vhodné výměnné břitové destičky od 2 dodavatelů a veškeré strojní a měřicí zařízení pro zrealizovaný výzkum. Dále vytvořit metody měření a vyhodnotit plánovaný experiment. V neposlední řadě shrnout a zhodnotit dosažené výsledky v rámci výzkumu.The bachelor thesis is focused on research in the field of efficient milling of aluminium alloys in the company IZO-FORM s.r.o. The research was focused on the selection of suitable exchangeable inserts. Part of the research was, at the request of the company, to analyse aluminium dust particles in IZO-Form s.r.o. In order to achieve the objective, it was first necessary to design suitable exchangeable inserts from 2 suppliers and all the machinery and measuring equipment for the research to be carried out. Furthermore, to develop the methods of measurement and evaluation of the planned experiments. Last but not least, to summarize and evaluate the results achieved in the researc

Electric traction in rail public transport

Import 23/08/2017Moje bakalářská práce se zabývá tématem Elektrická trakce v kolejové MHD. První bodem je historie MHD, která pojednává o vývoji MHD v ČR i v zahraničí. Jedná se zejména o tramvaj, metro a trolejbus. Dalším bodem je infrastruktura vozby v MHD. Zde se zabývám charakterem dopravy pro tramvaj, trolejbus a metro, konstrukcí trolejového vedení, způsoby uchycení trolejového vedení, tvarem průřezu trolejového vedení, konstrukcí kolejnice, konstrukcí výhybky a jejich popisem. Dále bakalářská práce zpracovává pohled na trolej a napájení tramvajových sítí, kde můžeme najít kapitoly trakční měnírny a zdroje napájení městských elektrických drah. Další oblastí jsou trakční motory, které používají vozidla MHD. Tyto motory jsou dále rozvedeny do dalších typů (stejnosměrný sériový motor a trojfázový střídavý asynchronní motor). Další oblastí bakalářské práce je popis tramvaje a metra, tato kapitola obsahuje parametry, konstrukci, elektrickou výzbroj a princip řízení. Porovnávám jednotlivé druhy dopravy v podmínkách Ostravy. Vycházím z výročních zpráv pro rok 2012, 2013 a 2014. Porovnávám tramvajovou, trolejbusovou a autobusovou dopravu z hlediska počtu prodaných jízdenek, počtu přepravených cestujících, počtu linek, délky linek, délky provozní sítě, počtu řidičů, ujetých kilometrů, počtu zastávek a počtu vozidel. Nakonec porovnávám technické parametry tramvají a trolejbusů podle typu, jejich provozní výkony, typy trakčních motorů, jejich počet, hmotnost vozů, počet přepravených osob. Dále v bakalářské práci řeším spotřebu energetické energie tramvajové a trolejbusové dopravy podle ujetých kilometrů za poslední tři roky (2014, 2015, 2016) a spotřebu elektrické energie elektrobusů.My thesis deals with electric traction in rail public transport. The first point is the history of public transport, which deals with the development of public transport in the Czech Republic and abroad. Especially for the tram, metro and trolley. Another point is the public transport infrastructure chariots. Here I deal with the nature of transport for tram, trolley and subway construction catenary, ways of fixing overhead lines, cross-sectional shape of the overhead line construction rails, a crossover and a description. Further thesis handles view of the trolley and tram power networks, where can we find chapters and traction substations, power supply urban electric railways. Another area of the traction motors, which use public transport vehicles. These engines are further broken down into other types (DC motor and three-phase AC induction motor). Another area of the thesis is description of tram and metro, this chapter contains parameters, construction, electrical equipment and management principle. Comparing the different modes of transport in terms of Ostrava. I come from annual reports for 2012, 2013 and 2014. Comparing tram, trolleybus and bus services in terms of the number of tickets sold, number of passengers, number of lines, line length, the length of operational networks, the number of drivers, mileage, number of stops and the number of vehicles . Finally, compare the technical parameters of trams and trolleybuses by type, in terms of operating performance, type of traction motors and their number and weight of vehicles, the number of passenger transport. Furthermore, the thesis solves the energy consumption of energy by the mileage for tram and trolleybus in the last years (2014,2015,2016) and power consumption of the electric bus410 - Katedra elektroenergetikyvelmi dobř

Peradaban Islam; Epistemologi Peradaban dan Perubahan Dunia

This article aims to reveal the meaning of civilization in the context of epistemology, while the focus of the problem raised is the epistemology of civilization and how civilization is in the context of knowledge. This research uses a qualitative approach with a descriptive model that analyzes various articles through Google Scholar which is related to the epistemology of civilization itself. The analysis results showed that the epistemology of civilization in the changing world is a development of human culture and lifestyle as a transition from humans who live with instinct to humans who use more reason. As historical records, evidence, and discoveries related to changes in human life from time to time to modern times. The development of this research can be carried out by the case study method so as to strengthen the evidence of the Islamic practice itself

GAMBARAN TINGKAT PENGETAHUAN IBU HAMIL TENTANG IMUNISASI TT (TETANUS TOXOID) DI PUSKESMAS KARANGSARI BLITAR

Pelayanan kesehatan maternal terutama pemberian imunisasi TT merupakan salah satu indikator program kesebatan ibu dan bayi yang barus dipantau terus untuk memperoleh gambaran tentang efektifitas dan efisiensi terhadap kesehatan ibu dan bayi. imunisasi TT adalah usaha memberikan kekebalan pada ibu dan perlindungan pada bayi terhadap tetanus melalui imunisasi pasif alami. Pengetahuan merupakan hasil tahu yang terjadi setelah orang melakukan pengindraan terhadap suatu obyek tertentu. Pengetahuan tersebut mempunyai beberapa tingkatan yaitu tahu, memahami, aplikasi, analisa, sintesis dan evaluasi. Masih banyak faktor yang berhubungan dengan pengetahuan yaitu usia, intelegensi, status sosial ekonomi, motivasi dan sikap, serta kehidupan sosial termasuk interaksi atau hubungan sosial yang memungkinkan terjadinya perbedaan tingkat pengetahuan. Penelitian ini dilakukan di Puskesmas Karangasari Kota Blitar untuk mengetahui "Gambaran Tingkat Pengetahuan lbu Hamil Tentang Imunisasi TT”. Jenis penelitian yang digunakan deskriptif dan populsinya adalah semua ibu hamil yang periksa di Puskesmas Karangsari Kota Blitar pada tanggal 1 Juni sampai dengan 30 Juni 2008, menggunakan total sampel sebanyak 40 responden. Teknik pengwnpuJan data menggunakan kuisioner yang kemudian ditabuJasikandan didapat basil tingkat pengetahuan pengetahuan baik sebesar 50% sedangkan tingkat pengetahuan cukup 45% dan yang mempunyai tingkat pengetahuan kurang sebesar 5%. Kesimpulan didapatkan gambaran bahwa tingkat pengetahuan tentang imunisasi IT pada ibu hamil sebagian besar baik. Untuk meningkatkan mutu pelayanan maka dibutuhkan informasi yang. lebih lngkap melalui penyuluhan dari petugas kesehatan dan peran serta ibu hamil

HUBUNGAN ANTARA POWER TUNGKAI DAN KEKUATAN OTOT LENGAN TERHADAP KETEPATAN UNDERBASKET SHOOT

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan antara power tungkai dan kekuatan otot lengan dengan ketepatan underbasket shoot pada tim putra ekstrakulikuler bola basket SMA AL-Islam Krian. Metode yang digunakan pada penelitian ini yaitu kualitatif dengan teknik pengunpulan data menggunakan tes dan pengukuran. Populasi pada penelitian ini adalah tim putra pada ekstrakulikuler bola basket SMA AL-Islam Krian yang berjumlah 40 siswa. Sampel yang diambil menggunakan teknik purposive sampling, dengan kriteria yaitu : (1) tim putra bola basket ekstrakulikuler SMA AL-Islam Krian. (2) merupakan tim bola basket yang memenuhi kriteria berjumlah 20 orang. Instrumen yang digunakan adalah  power tungkai diukur dengan menggunakan tes vertical jump dengan satuan centimeter. Kekuatan otot lengan diukur dengan pull up test menggunakan satuan kilogram. Tembakan underbasket menggunakan underbasket shoot per menit. Analisis data menggunakan uji regresi korelasi. Hasil analisis menunjukkan (1) adanya hubungan antara power tungkai dengan ketepatan underbasket shoot pada tim putra ekstrakulikuler bola basket dengan nilai r x1.y = 0.485 > r (0,05)(20)= 0.444 (2) adanya hubungan antara kekuatan otot lengan dengan ketepatan underbasket shoot pada tim putra bola basket dengan r x2.y = 0.510 > r (0.05)(20) = 0.444