Bioimage informatics in STED super-resolution microscopy

Optical microscopy is living its renaissance. The diffraction limit, although still physically true, plays a minor role in the achievable resolution in far-field fluorescence microscopy. Super-resolution techniques enable fluorescence microscopy at nearly molecular resolution. Modern (super-resolution) microscopy methods rely strongly on software. Software tools are needed all the way from data acquisition, data storage, image reconstruction, restoration and alignment, to quantitative image analysis and image visualization. These tools play a key role in all aspects of microscopy today – and their importance in the coming years is certainly going to increase, when microscopy little-by-little transitions from single cells into more complex and even living model systems. In this thesis, a series of bioimage informatics software tools are introduced for STED super-resolution microscopy. Tomographic reconstruction software, coupled with a novel image acquisition method STED< is shown to enable axial (3D) super-resolution imaging in a standard 2D-STED microscope. Software tools are introduced for STED super-resolution correlative imaging with transmission electron microscopes or atomic force microscopes. A novel method for automatically ranking image quality within microscope image datasets is introduced, and it is utilized to for example select the best images in a STED microscope image dataset.Siirretty Doriast

Political Risk and the Issue Costs of Foreign IPOs

I compare the issue costs of 463 foreign and 4129 domestic US companies that raise capital in the US between 1990 and 2018. I find evidence that foreign companies bear a greater home country political risk that generates information asymmetries and increases the first-day initial returns. Political risk correlates positively with underpricing, and the result is significant at the 10% level. However, foreign IPOs possess certain characteristics that make raising capital eventually cheaper for them compared to the domestic IPOs: Foreign companies have more assets in place, list more often in NYSE and are already familiar to US investors at the time of listing. In addition to that, foreign companies list after relatively strong US and home market equity performance, and under stable currency conditions. My results support the Selective entry –hypothesis

Text Normalisation of Dialectal Finnish

Tekstin normalisointi on prosessi, jossa epästandardia kirjoitettua kieltä muutetaan standardisoituun muotoon. Murteet ovat yksi esimerkki epästandardista kielestä, joka voi poiketa huomattavastikin standardisoidusta yleiskielestä. Lisäksi suomen kieli on ortografialtaan varsin pitkälti foneemista, minkä ansiosta myös puhutun kielen ominaispiirteet on mahdollista tuoda esille kirjoitetussa muodossa. Etenkin epävirallisilla alustoilla ja arkikielisessä kontekstissa, kuten sosiaalisessa mediassa, suomen kielen puhujat saattavat kirjoittaa sanat kuten ääntäisivät ne normaalisti puhuessaan. Tällaista epästandardista kielestä koostuvaa aineistoa voi löytää myös luonnollisen kielen käsittelyn tarpeisiin esimerkiksi Twitteristä. Perinteiselle yleiskieliselle tekstiaineistolle suunnatut luonnollisen kielen käsittelyn työkalut eivät kuitenkaan välttämättä saavuta toivottavia tuloksia puhekieliselle aineistolle sovellettuna, jolloin ratkaisuna voidaan käyttää välivaiheena tekstin normalisointia. Normalisointiprosessissa syötteenä käytettävä puhekielinen tai muutoin epästandardia kieltä sisältävä teksti muutetaan standardisoituun kirjoitusasuun, jota luonnollisen kielen käsittelyn työkalut paremmin ymmärtävät. Tämä työ pohjaa aiempaan tutkimukseen, jota on tehty suomen murteiden normalisoinnin parissa. Aiemmissa tutkimuksissa on todettu, että merkkipohjaiset BRNN-neuroverkkomallit (Bidirectional Recurrent Neural Nerwork) saavuttavat hyviä tuloksia suomen kielen murteiden normalisoinnissa, kun syötteenä käytetään sanoja kolmen kappaleen lohkoissa. Tämä tarkoittaa, että järjestelmä saa syötteenä kerrallaan kolmen sanan joukon, ja jokainen sana on edelleen pilkottu välilyönnein eroteltuihin kirjoitusmerkkeihin. Tässä työssä pyrittiin käyttämään samoja metodeja ja aineistoa kuin aiemmassa tutkimuksessa, jotta tulokset olisivat vertailukelpoisia. Aineistona on käytetty Kotimaisten kielten keskuksen ylläpitämää Suomen kielen näytteitä -korpusta, ja normalisointiin on käytetty OpenNMT-nimistä avoimen lähdekoodin kirjastoa. Työssä toteutetuista kokeiluista saadut tulokset näyttävät vahvistavan aiempien tutkimustulosten pohjalta tehdyt löydökset, mutta lisäksi on viitteitä siitä, että neuroverkkomallit saattaisivat pidemmistä lohkoista koostuvista syötteistä. BRNN-mallin lisäksi työssä kokeillaan myös muita neuroverkkoarkkitehtuureja, mutta vertailtaessa sanavirheiden suhdelukua mittaavaa WER-arvoa (Word Error Rate) voidaan todeta, että BRNN-malli suoriutuu normalisointitehtävästä muita neuroverkkoarkkitehtuureja paremmin

Two levels of MCT1 and CD147 expression in the equine red blood cells and muscle

Monocarboxylate transporters (MCTs), especially the isoforms MCT1 - MCT4, cotransport lactate and protons across the cell membranes. They are thus essential for pH regulation and homeostasis in glycolytic cells such as red blood cells (RBCs), and skeletal muscle cells during intense exercise. In 70% of the Standardbred horses the lactate transport activity (TA) in RBCs is high and transport is mediated mainly by MCTs. In the rest 30% of the Standardbreds MCT mediated transport route is not active and the TA is low. MCTs need an ancillary protein for their proper localization and functioning in the plasma membrane. The ancillary protein for MCT1 and MCT4 is a member of immunoglobulin superfamily, CD147. Here we determined the expression of MCT isoforms and CD147 in equine RBCs and gluteal muscle. We sequenced the cDNA of horse MCT1 and CD147 to achieve horse-specific antibodies and to reveal sequence variations that may affect the TA of RBCs. The amount of MCT1 and CD147 mRNA in muscle were also studied. ---- In all, 73 horses representing different breeds were used. Blood samples were drawn from the jugular vein and muscle samples were taken either from gluteal muscle using biopsy needle or during castration from expendable cremaster muscle. The TA of RBCs was studied using radiolabeled lactate and the amount of MCT isoforms and CD147 in the plasma membranes using Western blotting. The level of mRNA in muscle cells was determined using qPCR. Isoforms MCT1 and MCT2 were found in the RBCs and isoforms MCT1 and MCT4 in the muscle cells of horses. The TA of RBCs was dependent on the expression of CD147 and MCT1 in the plasma membrane. Sequence variations were found in the cDNA of both MCT1 and CD147, but they did not explain the inactivity of MCT1 mediated transport route. The single nucleotide polymorphism (SNP) Met125Val in CD147 that existed parallel with an SNP in 3´-untranslated region explained, however, attenuation in CD147 expression in Standardbreds. A single mutation Ile51Val also decreased the expression of CD147 in one Warmblood. The MCT1 and CD147 mRNA concentrations in the gluteal muscle were higher in horses with higher MCT1 and CD147 expression in RBCs and lower in horses with minor expression of CD147 and MCT1. This suggests that the bimodal distribution of TA is due to differences in transcriptional regulation that is functioning in parallel in MCT1 and CD147 gene.Monokarboksylaattikuljettaja(MCT)-proteiiniperheen alamuodot 1-4 ovat solukalvoproteiineja, jotka kuljettavat samanaikaisesti laktaattianionin ja protonin solukalvon läpi. MCT-proteiinit ovat siten välttämättömiä pH:n säätelylle ja homeostaasin säilymiselle laktaattia tuottavissa soluissa kuten punasoluissa ja rasituksen aikana lihassoluissa. Asettuakseen solukalvolle ja toimiakseen siellä oikein MCT-proteiinit tarvitsevat apuproteiinin. Proteiinin MCT1 ja MCT4 apuproteiini on CD147, jäsen laajasta immunoglobuliinien perheestä. Aiemmin on havaittu, että lämminveriravureista n. 70% kuljettaa laktaattia punasolukalvon läpi MCT-proteiinien avulla ja näillä hevosilla laktaatinkuljetus on tarvittaessa hyvin tehokasta. Lopuilla 30%:lla lämminveriravureista MCT-välitteinen kuljetusreitti ei toimi ja punasolujen laktaatinkuljetuskyky on alhainen. Tämän väitöskirjan tarkoituksena oli selvittää syitä hevosen punasolujen kaksijakoiselle laktaatinkuljetusaktiivisuudelle. Ilmiölle etsittiin myös yhtäläisyyksiä ja seuraamuksia lihastasolla. Väitöskirjassa mitattiin hevosten punasolujen laktaatinkuljetusaktiivisuutta sekä tutkittiin MCT-proteiinin eri alamuotojen ja CD147:n esiintymistä hevosen punasoluissa ja lihaksessa. MCT1:n ja CD147:n geenisekvensseistä etsittiin mahdollisia muutoksia, jotka voisivat vaikuttaa MCT-välitteisen kuljetusreitin inaktivoitumiseen. Myös MCT1:n ja CD147:n mRNA:n määrää lihassoluissa mitattiin. Työssä otettiin näytteitä yhteensä 73 hevosesta, joista 55 oli lämminveriravureita. Verinäytteet otettiin kaulalaskimosta ja lihasnäytteet joko lautaslihaksesta tai kastraation yhteydessä kiveksenkohottajalihaksesta. Hevosen punasoluista löydettiin proteiineja MCT1 ja MCT2 ja lihaksesta proteiineja MCT1 ja MCT4. Punasolujen laktaatinkuljetusaktiivisuus riippui MCT1:n ja CD147:n esiintymisestä solukalvolla. Hevosilla, joilla proteiinien määrä oli vähäinen tai proteiineja ei havaittu lainkaan, kuljetusaktiivisuus oli alhainen. Sekä MCT1:n ja CD147:n geenisekvensseistä löydettiin muutoksia, mutta ne eivät selittäneet täydellistä proteiinien puuttumista punasolujen solukalvoilta. Yleistynyt yhden nukleotidin muutos (SNP), joka aiheutti aminohappomuutoksen Met125Val lämminveriravureiden CD147-proteiinissa ja esiintyi rinnakkain toisen SNP:n kanssa, sai aikaan CD147:n määrän vähentymisen solukalvolla. Samoin yksittäisellä hevosella esiintynyt nukleotidimuutos, joka aiheutti aminohappomuutoksen Ile51Val CD147:ssä, vähensi CD147 esiintymistä sekä punasoluissa että lihaksessa ja oli mahdollisena syynä kastraatio-operaation jälkeiseen lihasarvojen nousuun. Sekä MCT1:n että CD147:n mRNA tasot lautaslihaksessa olivat korkeammat hevosilla, joiden punasolukalvolla kyseisiä proteiineja esiintyi runsaammin. Tutkimusten perusteella löytyi ainakin kolme tekijää, jotka vähentävät kuljettajaproteiinien esiintymistä puna- ja lihassolujen solukalvolla ja saattavat vaikuttaa edelleen solujen laktaatinkuljetukseen: 1. Yksittäiset mutaatiot apuproteiinin geenissä 2. SNP:t apuproteiinin geenissä 3. Tällä hetkellä tuntematon transkription säätelytekijä, joka vaikuttaa sekä MCT1-proteiinin että CD147:n esiintymiseen solukalvolla

21st century class meeting : Wesleyan discipleship with software facilitated blended learning

https://place.asburyseminary.edu/ecommonsatsdissertations/2527/thumbnail.jp

Lapsen seksuaalinen hyväksikäyttö - kysely terveydenhoitajien tiedoista ja kokemuksista

Opinnäytetyön aiheena oli tutkia terveydenhoitajien tietoja liittyen lapsen seksuaaliseen hyväksikäyttöön. Terveydenhoitajat olivat valmistuneet Kymenlaakson ammattikorkeakoulun Kuusankosken yksiköstä vuosina 2005, 2006 ja 2007. Eräänä opinnäytetyön tavoitteena oli löytää mahdollisia kehittämisalueita, joita voisi hyödyntää terveydenhoitajakoulutuksessa. Lapsuudessa koettu seksuaalinen hyväksikäyttö vaikuttaa haitallisesti niin lapsen kuin nuoren hyvinvointiin. Terveydenhuollon ammattilaisilla on todettu olevan heikko asiantuntemus lasten seksuaalisesta hyväksikäytöstä ja he ovat tuoneet esille tarvitsevansa lisää tietoa liittyen lapsen seksuaaliseen hyväksikäyttöön ja sen epäilyyn. Tutkimusmenetelmä opinnäytetyössä oli pääosin kvantitatiivinen eli määrällinen. Taustatietojen keräämiseen käytettiin myös muutamia avoimia kysymyksiä. Opinnäytetyössä terveydenhoitajilta kysyttiin, mitä he tietävät lapsen seksuaalisesta hyväksikäytöstä. Tutkimusongelmina oli, mitä terveydenhoitajat tietävät lapsen seksuaalisesta hyväksikäytöstä. Millaisia valmiuksia terveydenhoitajilla on tunnistaa seksuaalisesti hyväksikäytetty lapsi. Millaisia mielipiteitä terveydenhoitajilla oli teoriaopetuksen toteutumisesta liittyen oman koulutuksensa aikana sisältyneisiin aihealueisiin lapsen seksuaalisesta hyväksikäytöstä. Kyselylomakkeita lähetettiin vastaajille 64 kappaletta, joita saatiin takaisin 23. Opinnäytetyön tulokset kertovat Kymenlaakson ammattikorkeakoulusta valmistuneiden terveydenhoitajien asiantuntemuksesta lapsen seksuaalisesta hyväksikäytöstä ja hoitoon ohjauksesta. Terveydenhoitajat olivat sitä mieltä, että terveydenhoitajakoulutuksessa heidän saamansa teoriaopetus ei ollut riittävää ja sitä tulisi lisätä opetukseen. Käytännön työstä saadut valmiudet tunnistaa ja hoitaa seksuaalisesti hyväksikäytettyjä lapsia olivat huonot. Seksuaalisesti hyväksikäytetyn lapsen tunnistamiseen sekä kohtaamiseen olisi tulevien terveydenhoitajien hyvä saada lisää perehdytystä koulutuksessa.The purpose of the Bachelor´s thesis was to explore public health nurses´ knowledge of a child’s sexual abuse. The public health nurses had graduated from the Kuusankoski unit of Kymenlaakson ammattikorkeakoulu, University of Applied Sciences, in 2005, 2006 and 2007. One aim was to find areas for potential development, which could be utilized in educating future public health nurses. Sexual abuse experienced in childhood affects adversely both a child’s and a youngster’s wellbeing. Specialists of health care have been shown to have a poor knowledge of children’s sexual abuse, and they have expressed the need for obtaining more information on a child sexual abuse or a suspicion of it. In the graduate thesis mainly a quantitative method was used. Some open questions were also used to collect background information. The public health nurses were asked about their knowledge of the sexual child´s sexual abuse. This was the research problem. One of the problems was how public health nurses´ are prepared to identify a child, who has been abused sexually. Other problems were, what the public health nurses´ thought about the implementation of the theoretical education in such domains they had themselves, as students, and that were related to the sexual abuse of a child. 64 questionnaires were sent to the respondents, and 23 of them were returned. The results of the thesis tell about the public health nurses’ knowledge about the sexual abuse of a child. The nurses had graduated from Kymenlaakson ammattikorkeakoulu, University of Applied Sciences. The respondents thought that the theoretical teaching they had received during their education was not sufficient and its amount should be increased. The preparedness they had got through practical work for identifying and treating sexually abused children was poor. The future public health nurses ought to be familiarized better with identifying and encountering a sexually abused child in their education

Relevance Feedback Search Based on Automatic Annotation and Classification of Texts

The idea behind Relevance Feedback Search (RFBS) is to build search queries as an iterative and interactive process in which they are gradually refined based on the results of the previous search round. This can be helpful in situations where the end user cannot easily formulate their information needs at the outset as a well-focused query, or more generally as a way to filter and focus search results. This paper concerns (1) a framework that integrates keyword extraction and unsupervised classification into the RFBS paradigm and (2) the application of this framework to the legal domain as a use case. We focus on the Natural Language Processing (NLP) methods underlying the framework and application, where an automatic annotation tool is used for extracting document keywords as ontology concepts, which are then transformed into word embeddings to form vectorial representations of the texts. An unsupervised classification system that employs similar techniques is also used in order to classify the documents into broad thematic classes. This classification functionality is evaluated using two different datasets. As the use case, we describe an application perspective in the semantic portal LawSampo - Finnish Legislation and Case Law on the Semantic Web. This online demonstrator uses a dataset of 82145 sections in 3725 statutes of Finnish legislation and another dataset that comprises 13470 court decisions

How to Maintain a Linked Data Cloud in a Deployed Semantic Portal

ISWC 2018 Posters & Demonstrations, Industry and Blue Sky Ideas TracksPeer reviewe

Digital Humanities and Military History : Analyzing Casualties of the WarSampo Knowledge Graph

Peer reviewe