Seed-driven Learning of Position Probability Matrices from Large Sequence Sets

Peer reviewe

Lapsen ja vanhempien temperamenttipiirteiden yhteydet lapsen univaikeuksiin kahdeksan kuukauden iässä

Temperamenttia pidetään yleisesti yhtenä lapsen sisäisistä unen kehitykseen vaikuttavista tekijöistä. Aikaisemmissa tutkimuksissa lapsen temperamenttia kuvaavia piirteitä on yhdistetty niin laadukkaaseen unen kehitykseen kuin nukkumisen ongelmiinkin. Lapsen temperamentin lisäksi myös vanhempien toiminnalla ja nukuttamiskäytännöillä ajatellaan olevan huomattava merkitys lapsen unelle. Pitäytymällä säännönmukaisissa nukuttamisrutiineissa vanhemmat voivat ehkäistä lapsen univaikeuksien muodostumista. Vanhemman temperamentin voidaan ajatella olevan yhteydessä tämän impulsiivisuuteen ja taipumukseen poiketa säännöllisistä iltarutiineista. Vanhemman temperamentti voi vaikuttaa myös siihen, kuinka herkästi hän kokee lapsensa unen ongelmalliseksi lapsen nukahtamisen pitkittyessä tai yöheräilyjen yleistyessä. Tässä tutkimuksessa selvitettiin lapsen ja vanhempien temperamenttipiirteiden yhteyksiä lapsen univaikeuksiin ja vanhempien kokemukseen lapsen unen ongelmallisuudesta. Tutkimuksen aineisto on kerätty lasten unta ja kehitystä tarkastelevaa Lapsen uni ja terveys -pitkittäistutkimushanketta varten. Aineisto koostui 1030 perheestä ja tietoa kerättiin vanhempien täyttämien kyselylomakkeiden avulla. Vanhemmat täyttivät omia temperamenttipiirteitään koskevat kyselyt ennen lapsen syntymää ja arvioivat lapsen uneen ja reagointitapoihin liittyviä piirteitä lapsen ollessa kahdeksan kuukauden ikäinen. Lapsen ja vanhempien temperamenttipiirteitä tarkasteltiin tutkimuksessa Rothbartin mallia mukaillen. Lapsen temperamenttia kuvattiin eloisuuden, negatiivisen affektiivisuuden ja itsesäätelyn piirteillä. Vanhempien temperamenttia kuvattiin negatiivisen affektiivisuuden, eloisuuden, tavoitteellisen kontrollin ja huomioherkkyyden piirteillä. Lapsen univaikeuksia selvitettiin uneen liittyvillä tekijöillä (esim. nukahtamisen kesto, yöheräilyjen yleisyys) ja vanhempien arviolla. Lapsen negatiivisen affektiivisuuden havaittiin olevan yhteydessä suurempaan univaikeuksien määrään ja lapsen itsesäätely yhdistettiin vähäisempään univaikeuksien määrään. Vanhempien arvion havaittiin olevan samansuuntainen, eli negatiivisen affektiivisuuden piirteitä osoittavilla lapsilla arvioitiin todennäköisemmin olevan univaikeuksia ja itsesäätelyn piirteitä osoittavilla lapsilla epätodennäköisemmin. Vanhempien temperamenttipiirteistä isän negatiivisen affektiivisuuden havaittiin olevan yhteydessä lapsen univaikeuksien suurempaan määrään ja isän eloisuuden havaittiin olevan yhteydessä lapsen univaikeuksien vähäisempään määrään. Isän negatiivinen affektiivisuus oli yhteydessä myös vanhempien arvioon lapsen unen ongelmallisuudesta. Jatkossa olisi hyödyllistä tarkentaa lapsen temperamenttipiirteiden ja univaikeuksien välisten yhteyksien luonnetta selvittämällä, muuntaako lapsen temperamentti vanhempien toiminnan vaikutuksia lapsen uneen. Isän temperamenttia koskevien yhteyksien osalta olisi tärkeää selvittää, ovatko yhteydet seurausta isän temperamentin vaikutuksesta tämän toimintaan, vai ilmentääkö yhteys vain temperamentin perinnöllisyyttä isältä lapselle. Kattava tieto lapsen unen kehitykseen ja univaikeuksiin yhdistettävistä tekijöistä voi auttaa muun muassa perheneuvolatyön kehittämisessä ja lapsen univaikeuksia ennaltaehkäisevän toiminnan kohdentamisessa

Intranetin kehittäminen

Opinnäytetyö kuvaa Yritys A:n intranetin tutkimus- ja kehitysprojektia. Tavoitteena oli laadullisen tutkimuksen keinoin selvittää ja tutkia intranetin ongelmakohtia ylläpidon, sisällöntuottajien sekä loppukäyttäjien näkökulmasta. Tutkimustapoina käytettiin sisällöntuottajien ja intranetin ylläpidon haastatteluja, satunnaisesti valituille loppukäyttäjille järjestettyä kyselytutkimusta sekä teoreettista tutkimusta Intranetin julkaisualustana käytetystä SharePoint-ympäristöstä, käytettävyydestä sekä verkkoviestinnästä. Projektin lopputuloksena esitellään kymmenen kehitysehdotusta, joilla on tarkoitus parantaa Yritys A:n intranetin sisällön käytettävyyttä sekä helpottaa sisällöntuottajien työtä. Intranetin tutkimus- ja kehitysprojekti rajattiin koskemaan sitä osaa Yritys A:n intranetistä, jossa sijaitsevat kuvaukset yrityksen prosesseista, lomakkeet, ohjeet ja muut perinteisesti intranetiin kuuluviksi katsotut sisällöt. Yrityksen intranetin osa, joka sisältää uutisia ja muuta nopeasti vaihtuvaa sisältöä päätettiin rajata tutkimuksen ulkopuolelle. Opinnäytetyöhön ei myöskään sisälly kuvausta kehitysehdotusten toteuttamisesta, koska myös tämä rajattiin työn ulkopuolelle. Opinnäytetyön teoreettisena viitekehyksenä käytettiin digitaalisen kuilun käsitettä sekä Lean-ajattelun hukan käsitettä. Digitaalisella kuilulla tarkoitetaan tässä tapauksessa tekijöitä, joiden katsotaan rajoittavan jollain tavalla käyttäjien intranetin resurssien hyödyntämistä niin, että henkilöt joutuvat järjestelmän tarjoamiin mahdollisuuksiin nähden eriarvoiseen asemaan. Lean-ajattelussa hukalla taas tarkoitetaan erilaisissa tuotanto- tai palveluketjuissa esiintyvää työtä, joka ei tuo arvoa tuottajalle tai asiakkaalle. Keskeisenä lähteenä kehitysehdotusten muodostamiseen oli satunnaisesti valituille Yritys A:n työntekijöille järjestetty kyselytutkimus. Kyselyssä selvitettiin vastaajien kohtaamia haasteita ja ongelmatilanteita intranetin sisällössä ja käytettävyydessä. Näin saatiin selville konkreettisia ongelmakohtia, joihin suunniteltiin ehdotuksia järjestelmän jatkokehittämistä varten. Projektin tuloksena syntyneet kymmenen kehitysehdotusta ovat seuraavat: mahdollisuus antaa palautetta jokaisesta sivusta, sisällöntuottajille oma työtila, sisällöntuottajien ohjeistuksen tarkistaminen, intranetin ulkoasun muutokset, prosessin luonti linkkiluettelon ylläpitoon ja päivittämiseen, sivukartan rakentaminen, sisällön ajantasaisuuden parantaminen, henkilöstön tiedottaminen, tapahtumakalenterin perustaminen sekä haku-toiminnon kehittäminen. Lisäksi opinnäytetyön on tarkoitus toimia oppaana ja perustana intranetin jatkokehitykselle.Developing Intranet This Bachelor’s thesis describes Company A's intranet research and development project. The aim was to research and explore the problems in the content of the intranet from administrators, content producers and end-user point of views. The research methods used in project included interviews for content providers and intranet administrators, a survey for randomly selected end-users and a theoretical analysis of the intranet’s publishing platform (Microsoft SharePoint 2007), usability and network communications. The described intranet research and development project was limited to a part of Company A 's intranet, where company's processes, forms, instructions and other contents traditionally seen belonging to the intranet are located. A part of the company's intranet, which includes news and other rapidly changing content was decided to be excluded from the research. The description of the implementation of development proposals into practice is also not included in this thesis. Thesis’ theoretical background includes the concepts of digital divide and waste in lean philosophy. The digital divide in this case describes the factors that are considered to restrict in any way the user’s ability to utilize the intranet’s resources, so that people end up in unequal positions concerning opportunities offered by the system. The waste in Lean philosophy refers to a part of work in production and service chains that do not add value to the producer or the customer. The main source of development proposals presented in this thesis was a survey that was sent to randomly selected Company A employees. The survey aimed at revealing possible content and usability challenges and problem situations faced by the users of the intranet. The results of the project were ten development proposals intended to improve the usability of Company A 's intranet content and to help content producers in their work. The first is to create an ability to provide feedback of each page. The second is to create content providers own workspace. The third development proposal is to revise the content provider’s guidance. The fourth is to make appearance changes to the intranet. The fifth is to create a process to maintain a link list. The sixth is to create a site map. The seventh is to make the intranet’s content more up to date. The eighth development proposal is to inform employees of changes. The ninth is to create a calendar for important events. The last development proposal is to improve the search function. In addition, this thesis is intended to serve as a guide and a basis for further development of the intranet

MODER2: First-order Markov Modeling and Discovery of Monomeric and Dimeric Binding Motifs

Motivation: Position-specific probability matrices (PPMs, also called position-specific weight matrices) have been the dominating model for transcription factor (TF)-binding motifs in DNA. There is, however, increasing recent evidence of better performance of higher order models such as Markov models of order one, also called adjacent dinucleotide matrices (ADMs). ADMs can model dependencies between adjacent nucleotides, unlike PPMs. A modeling technique and software tool that would estimate such models simultaneously both for monomers and their dimers have been missing. Results: We present an ADM-based mixture model for monomeric and dimeric TF-binding motifs and an expectation maximization algorithm MODER2 for learning such models from training data and seeds. The model is a mixture that includes monomers and dimers, built from the monomers, with a description of the dimeric structure (spacing, orientation). The technique is modular, meaning that the co-operative effect of dimerization is made explicit by evaluating the difference between expected and observed models. The model is validated using HT-SELEX and generated datasets, and by comparing to some earlier PPM and ADM techniques. The ADM models explain data slightly better than PPM models for 314 tested TFs (or their DNA-binding domains) from four families (bHLH, bZIP, ETS and Homeodomain), the ADM mixture models by MODER2 being the best on average.Peer reviewe

LFRET, a novel rapid assay for anti-tissue transglutaminase antibody detection

The diagnosis of celiac disease (CD) is currently based on serology and intestinal biopsy, with detection of anti-tissue transglutaminase (tTG) IgA antibodies recommended as the first-line test. Emphasizing the increasing importance of serological testing, new guidelines and evidence suggest basing the diagnosis solely on serology without confirmatory biopsy. Enzyme immunoassays (EIAs) are the established approach for anti-tTG antibody detection, with the existing point-of-care (POC) tests lacking sensitivity and/or specificity. Improved POC methods could help reduce the underdiagnosis and diagnostic delay of CD. We have previously developed rapid homogenous immunoassays based on time-resolved Förster resonance energy transfer (TR-FRET), and demonstrated their suitability in serodiagnostics with hanta- and Zika virus infections as models. In this study, we set out to establish a protein L -based TR-FRET assay (LFRET) for the detection of anti-tTG antibodies. We studied 74 patients with biopsy-confirmed CD and 70 healthy controls, with 1) the new tTG-LFRET assay, and for reference 2) a well-established EIA and 3) an existing commercial POC test. IgG depletion was employed to differentiate between anti-tTG IgA and IgG positivity. The sensitivity and specificity of the first-generation tTG-LFRET POC assay in detection of CD were 87.8% and 94.3%, respectively, in line with those of the reference POC test. The sensitivity and specificity of EIA were 95.9% and 91.9%, respectively. This study demonstrates the applicability of LFRET to serological diagnosis of autoimmune diseases in general and of CD in particular.Peer reviewe

Association of Toll-like receptor 2 rs111200466 polymorphism with low serum levels of IL-33 in early childhood

TLR2 is one of 10 human TLRs, which plays an important role in the recognition of pathogens and activation of the innate immunity via NF-κB pathway. NF-κB activation induces the expression of various pro-inflammatory genes. This study examines the effect of TLR2 polymorphisms on the production of blood pro-inflammatory cytokines in healthy Finnish children. One hundred forty-six children who participated in a prospective observational birth cohort study in Turku, Finland, were included. DNA samples were analysed by PCR-based sequencing for two common TLR2 polymorphisms (rs5743708 Arg753Gln; rs111200466–196 to –174del). Serum concentrations of IL-33, IL-31, IL-17A and IL-17F were measured by multiplex immunoassay and sST2 by ELISA in children at the age of 13 months. Children with variant type of TLR2 rs111200466 (ins/del or del/del) had significantly lower level of serum IL-33 (median, 0.00 pg/mL; IQR 0.00–17.60) than those with ins/ins type of TLR2 (19.81 pg/mL; IQR 0.00–51.78) (p = 0.0001). Almost all study subjects had serum concentrations of IL-17A, IL-17F and IL-31 below the detection limit and therefore not included in the final analyses. No differences in levels of above four cytokines and sST2 were found between TLR2 rs5743708 genotypes (GG and GA). Our results indicated that the TLR2 rs111200466 deletion was associated with a low level of serum IL-33, suggesting that the polymorphism may impair the production of IL-33.</p

Modular discovery of monomeric and dimeric transcription factor binding motifs for large data sets

In some dimeric cases of transcription factor (TF) binding, the specificity of dimeric motifs has been observed to differ notably from what would be expected were the two factors to bind to DNA independently of each other. Current motif discovery methods are unable to learn monomeric and dimeric motifs in modular fashion such that deviations from the expected motif would become explicit and the noise from dimeric occurrences would not corrupt monomeric models. We propose a novel modeling technique and an expectation maximization algorithm, implemented as software tool MODER, for discovering monomeric TF binding motifs and their dimeric combinations. Given training data and seeds for monomeric motifs, the algorithm learns in the same probabilistic framework a mixture model which represents monomeric motifs as standard position-specific probability matrices (PPMs), and dimeric motifs as pairs of monomeric PPMs, with associated orientation and spacing preferences. For dimers the model represents deviations from pure modular model of two independent monomers, thus making co-operative binding effects explicit. MODER can analyze in reasonable time tens of Mbps of training data. We validated the tool on HT-SELEX and ChIP-seq data. Our findings include some TFs whose expected model has palindromic symmetry but the observed model is directional.Peer reviewe

TLR4Polymorphism, Nasopharyngeal Bacterial Colonization, and the Development of Childhood Asthma: A Prospective Birth-Cohort Study in Finnish Children

We aimed to explore the role of TLR4 (rs4986790) polymorphism in the nasopharyngeal (NP) bacterial colonization and its consequent impact on the development of childhood asthma. A semi-quantitative culture of NP swabs was performed on 473 children at 2 months of age and on 213 children at 13 months of age.TLR4polymorphism was analyzed for 396 children. Children were followed from birth to the age of 7.5 years and the final outcome was physician-diagnosed asthma. The associations betweenTLR4genotype, bacterial colonization, and asthma were analyzed. Children with TLR4 AG or GG genotype were more often colonized withMoraxella catarrhalisat 2 months of age (p= 0.009) andHaemophilus influenzaeat 13 months of age (p= 0.018). Children who were colonized withH. influenzaeat 13 months of age had a significantly higher risk of later development of asthma (p= 0.004).M. catarrhalisorH. Influenzaecolonization at 2 months of age orTLR4genotype Asp299Gly were not associated with the development of childhood asthma.TLR4Asp299Gly polymorphism was associated with an increased risk of colonization ofM. catarrhalisandH. influenzaein children. The colonization withH. influenzaeat 13 months of age was associated with a higher risk of later development of childhood asthma

Kuorma kevenee yhteistyöllä : Postinjakajien työn kuormitustekijät ja työntekijöiden kuormittuneisuus

Itellan ja Työterveyslaitoksen yhteisessä Kuorma-hankkeessa 2011–2013 kartoitettiin kokonaisvaltaisesti postinjakajien ja varhaisjakajien työn kuormitustekijöitä ja työntekijöiden kuormittuneisuutta