Is the Bland-Altman plot method useful without inferences for accuracy, precision, and agreement?

OBJECTIVE: This study aims to propose a comprehensive alternative to the Bland-Altman plot method, addressing its limitations and providing a statistical framework for evaluating the equivalences of measurement techniques. This involves introducing an innovative three-step approach for assessing accuracy, precision, and agreement between techniques, which enhances objectivity in equivalence assessment. Additionally, the development of an R package that is easy to use enables researchers to efficiently analyze and interpret technique equivalences. METHODS: Inferential statistics support for equivalence between measurement techniques was proposed in three nested tests. These were based on structural regressions with the goal to assess the equivalence of structural means (accuracy), the equivalence of structural variances (precision), and concordance with the structural bisector line (agreement in measurements obtained from the same subject), using analytical methods and robust approach by bootstrapping. To promote better understanding, graphical outputs following Bland and Altman’s principles were also implemented. RESULTS: The performance of this method was shown and confronted by five data sets from previously published articles that used Bland and Altman’s method. One case demonstrated strict equivalence, three cases showed partial equivalence, and one showed poor equivalence. The developed R package containing open codes and data are available for free and with installation instructions at Harvard Dataverse at https://doi.org/10.7910/DVN/AGJPZH. CONCLUSION: Although e asy t o c ommunicate, t he w idely c ited a nd a pplied B land a nd Altman plot method is often misinterpreted, since it lacks suitable inferential statistical support. Common alternatives, such as Pearson’s correlation or ordinal least-square linear regression, also fail to locate the weakness of each measurement technique. It may be possible to test whether two techniques have full equivalence by preserving graphical communication, in accordance with Bland and Altman’s principles, but also adding robust and suitable inferential statistics. Decomposing equivalence into three features (accuracy, precision, and agreement) helps to locate the sources of the problem when fixing a new technique

Financeirização da economia e capital imobiliário no espaço agrário da Colônia Treze - Lagarto/SE

The crises which contemporary capitalism goes by reveal its contradictory face that is made in the midst of its own condition of existence as a system that reproduces itself through the accumulation of wealth. To think of crisis emerged from overaccumulation or capital surplus is to understand that there are contradictions that are deeply rooted in the very model of structure that it creates. The economic crisis in the United States in 2008 affected the real estate sector, raising new interests among the different agents of capital in the era of financialization of the economy - financial capital. It can be seen from then on that housing policy assumes an important role in capturing new spaces and, consequently, profit in order to remedy the impacts of the crisis. In this context, the rural environment of Colony Treze Village, located in the municipality of Lagarto, Sergipe state, has received housing projects to benefit the low income population through the Residential Lease Program through state action. The social use of land has received new contours, which influences the social use of agricultural land and its exchange value. We have the configuration of new spatial rearrangements in the region through the suppression of the rural habits and the entrance of urban equipment, once that the supranational organs need these rearrangements for the so called financialization of the economy. The land structure and land use in Brazil have been demostrated as structural components of the unequal distribution of social classes and configures the interests of the owners of the means of production as an instrument of socio-territorial control and maintenance of the economic system, supported by the contribution of the state machinery. Nowadays, the investments of the capital approach the countryside and the city, as a way to guarantee its amplified reproduction with the metamorphosis of the rural spaces, synthesis of the change in the use of the soil. The present research intends to reflect on the impacts of the 2008 crisis, through the current public housing policies; To analyze how these policies remodel the space of the referred Colony and how they affect the social use of the land. In order to fulfill these and other objectives, the specialized literature on the state of the art was read, associated to the critical reading of the empirical reality of the municipality of Lagarto; interviews; Photographic record of the study area. The collection of quantitative data was made at IBGE, at Ministry of Labor and Ministry of Agriculture, at the Municipal Health Secretariat and at Coopertreze (Mixed Cooperative Farmers of Treze Ltda). It can be seen that the housing policy, symbol of the financial capital in the midst of the crisis, has caused changes in the organizational structure of the place: change in the municipal legislation - creation of the area of urban expansion - to attend to the dictates of the real estate capital; Land valuation; Greater power of action of the financing bodies - banks; Change in work profile, less linkage to agricultural land and greater dependence on the secondary and tertiary sectors.As crises por que passa o capitalismo contemporâneo revela sua face contraditória que se faz em meio a sua própria condição de existência como sistema que se reproduz através da acumulação de riqueza. Pensar em crise advinda da superacumulação ou do excedente de capital é compreender que existem contradições fortemente enraizadas no seio do próprio modelo de estrutura por ele criado. A crise econômica ocorrida nos Estados Unidos no ano de 2008 afetou o setor imobiliário, suscitando novos interesses entre os distintos agentes do capital na era da financeirização da economia - capital financeiro. Constata-se a partir de então que a política habitacional assume papel importante na captação de novos espaços e, consequentemente, de lucro para sanar os impactos da crise. Nesse contexto o meio rural do Povoado Colônia Treze, situado no município de Lagarto, estado de Sergipe, tem recebido projetos habitacionais para beneficiar a população de baixa renda pelo Programa de Arrendamento Residencial através da ação do Estado. O uso social da terra tem recebido novos contornos, o que influi no uso social da terra agrícola e no seu valor de troca. Tem-se a configuração de novos rearranjos espaciais na região a partir da supressão dos hábitos rurais e a entrada de equipamentos urbanos, como necessidade dos órgãos supranacionais com a chamada financeirização da economia. A estrutura fundiária e o uso da terra no Brasil tem se pautado como componentes estruturais da desigual distinção de classes sociais e configura os interesses dos proprietários dos meios de produção como instrumento de controle socioterritorial e manutenção do sistema econômico, tendo como aporte a máquina estatal. Atualmente as investidas do capital aproximam campo e cidade, como forma de garantir sua reprodução ampliada a partir da metamorfose nos espaços rurais, síntese da mudança no uso do solo. A presente investigação pretende refletir sobre os impactos da crise de 2008, através das atuais políticas públicas de habitação; analisar como tais políticas remodelam o espaço da referida Colônia e como afetam o uso social da terra. Para o cumprimento desses e de outros objetivos foram realizadas leitura da literatura especializada sobre o estado da arte, associados à leitura crítica da realidade empírica do município de Lagarto; entrevistas; registro fotográfico da/na área de estudo. A coleta de dados quantitativos fez-se junto ao IBGE, Ministério do Trabalho e Ministério da Agricultura, na Secretaria Municipal de Saúde e na Coopertreze (Cooperativa Mista dos Agricultores do Treze). Percebe-se que a política habitacional, símbolo do capital financeiro em meio a crise, tem causado mudanças na estrutura organizacional do lugar: mudança na legislação municipal – criação da área de expansão urbana - para atendimento aos ditames do capital fictício imobiliário; valorização fundiária; maior poder de atuação dos órgãos financiadores - bancos; alteração no perfil do trabalho, menor ligação com a terra agrícola e maior dependência do setor secundário e terciário

Catalogue of Bibionidae (Diptera: Bibionomorpha) types housed in the collection of the Museu de Zoologia da Universidade de São Paulo, Brazil

Following a recommendation of the International Code of Zoological Nomenclature, this paper provides a catalogue of the type specimens of Bibionidae (Diptera: Bibionomorpha) held in the collection of the Museu de Zoologia da Universidade de São Paulo, Brazil (MZUSP). Label data and the condition of 21 type specimens (two holotypes and 19 paratypes) of two Neotropical species is provided. Photographs of the male terminalia of the holotypes are also presented

Catalogue of Bibionidae (Diptera: Bibionomorpha) types housed in the collection of the Museu de Zoologia da Universidade de São Paulo, Brazil

Following a recommendation of the International Code of Zoological Nomenclature, this paper provides a catalogue of the type specimens of Bibionidae (Diptera: Bibionomorpha) held in the collection of the Museu de Zoologia da Universidade de São Paulo, Brazil (MZUSP). Label data and the condition of 21 type specimens (two holotypes and 19 paratypes) of two Neotropical species is provided. Photographs of the male terminalia of the holotypes are also presented

Composição florística e estrutura da vegetação arbustivo-arbórea em um cerrado rupestre, Cocalzinho de Goiás, Goiás

Foi realizado um levantamento da vegetação arbutivo-arbórea (indivíduos com diâmetro a 30 cm do solo > 5 cm), em 1,0 hectare de cerrado rupestre (dez parcelas de 20 × 50 m), localizado em Cocalzinho de Goiás, Goiás, Brasil (15º48' S e 48º45' W). O objetivo foi avaliar e comparar as relações florísticas e as características estruturais deste cerrado sobre afloramentos rochosos com aquelas encontradas nos estudos já realizados em áreas de cerrado sentido restrito sobre solos profundos, localizados no Brasil Central. A composição florística do cerrado rupestre estudado é formada predominantemente por espécies das fitofisionomias do cerrado sentido restrito e em menor contribuição por espécies das formações florestais do bioma e espécies endêmicas de ambientes rupestres. A riqueza e a diversidade de espécies estão dentro dos limites normalmente encontrados para as áreas de cerrado sentido restrito do Brasil Central. Em termos estruturais, a densidade e área basal se assemelham aos valores registrados na subdivisão fitofisionômica de cerrado ralo. As condições ambientais limitantes, principalmente edáficas, não resultaram em mudanças expressivas na composição florística, riqueza e diversidade de espécies, mas refletiram em redução da densidade e área basal da vegetação arbustivo-arbórea do cerrado rupestre estudado.A vegetation survey of the woody species (at least 5 cm of trunk diameter at 30 cm above the ground) was conducted in a savanna on rocky soil (cerrado rupestre) in Cocalzinho de Goiás municipality, Goiás State, Brazil (15º48' S and 48º45' W). The objective was to compare the structure characteristics and the floristics of cerrado rupestre with those features found in cerrado stricto sensu areas occuring on deep soils in Central Brazil. The sample consisted in 1.0 hectare (ten plots, 20 × 50 m) in cerrado rupestre. The cerrado rupestre studied showed structural similarities with the physiognomy of open cerrado (cerrado ralo). The richness and the species diversity are similar with other brazilian savanna (cerrado stricto sensu areas of Brazil Central). The floristic composition revealed species predominantly from other physiognomies from the cerrado stricto sensu and to a lesser extent, species from forest formations from the bioma and endemics from this rocky environment. The floristic richness and diversity is similar to other savanna areas of Central Brazil. In structural terms, the density and basal area are similar to values found in open cerrado vegetation. The limiting environmental conditions, mainly edaphics, do not result in expressive changes in floristic composition, richness, and species diversity, but promoted reduction in density and basal area of the wood species in the cerrado rupestre studied

In vitro screening by phototoxic properties of Eugenia uniflora L., Momordica charantia L., Mentha arvensis L. and Turnera ulmifolia L.

Ethanol extracts of Mentha arvensis L., Momordica charantia L., Turnera ulmifolia L. and Eugenia uniflora L. were screened for light – activated antibacterial activity against strains of Staphylococcus aureus, Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa. Triplicate assays were conducted with and without exposure to UV-A radiation to test for light-activated or light-enhanced activity. Only the ethanol extract of E. uniflora and M. charantia showed antibacterial activity against an E. coli strain when exposed to UV-A light. The results represent a first report of the light-mediated antimicrobial activity of E. uniflora and M. charantia and suggest that phytochemical investigations may be warranted.Extratos etanólicos de Mentha arvensis L., Momordica Charantia L., Turnera ulmifolia L. e Eugenia uniflora L. foram avaliados quanto a sua atividade antibacteriana ativada pela luz contra linhagens de Staphylococcus aureus, Escherichia coli e Pseudomonas aeruginosa. Experimentos em triplicata foram conduzidos com e sem exposição à radiação UV-A para verificar a presença de atividade antibacteriana ativada ou aumentada pela luz. Apenas os extratos etanólicos de E. uniflora e M. charantia apresentaram atividade contra uma linhagem de E. coli quando exposta à luz UV-A . Os resultados representam o primeiro relato de atividade antimicrobiana mediada pela luz de E. uniflora e M. charantia.Palavras-chave

Galois Extension GF(2^6) Applied in the Genetic Code Modeling

Para a comunidade científica, um dos maiores desafios é analisar a existência de uma estrutura matemática relacionada com o DNA. Muitas pesquisas vêm sendo realizadas envolvendo o código genético, entre outros fenômenos biológicos, utilizandoa Matemática para contribuir na análise e descrição desses conceitos teóricos. Os códons são formados por uma trinca de bases nitrogenadas, com 64 combinações possíveis. As bases nitrogenadas são a adenina, citosina, guanina e timina/uracila, que são representa das pelas letras A,C,GeT/U, respectivamente, e representamo alfabeto do DNA e por meio da bijeção desse alfabeto com anel Z_4 = {0,1,2,3} é possível obter 24 permutações, que podem ser divididas em 3 rotulamentos (A, B e C). O objetivo deste trabalho é apresentar a utilização de elementos de álgebra na modelagem do código genético. Serão apresentadas uma representação polinomial, vetorial e por potência para a estrutura do código genético, onde para cada códon foi associado um elemento da extensão GF(2^6), uma vez que vemos que existe uma associação um-a-um dos códons do código genético com um elemento da extensão de Galois. Foi obtida a caracterização algébrica para os rotulamentosA, B e C do código genético, por meio dessas representações mencionadas anteriormente, as quais poderão ser utilizadas em futuros estudos envolvendo a análise do código genético.For the scientific community, one of the biggest challenges is to analyze the existence of a mathematical structure related to DNA. Many researches have been carried out involving the genetic code, among other biological phenomena, using Mathematics to contribute to the analysis and description of these theoretical concepts. The codons are formed by acrack of nitrogenous bases, with 64 possible combinations. The nitrogenous bases are adenine, cytosine, guanine and thymine/uracil, which are represented by the letters A, C, G and T/U, respectively, and represent the DNA alphabet and through the bijection of this alphabet with the ring Z 4 = {0,1,2,3} it is possible to obtain 24 permutations, which can be divided into 3 labels (A, B and C). The aim of this work is to present the use of algebra elements in the genetic code modeling. A polynomial, vector and power representation for the genetic code structure will be presented, where an element of the GF(2 6 ) extension was associated for each codon, since we see that there is an one-to-one association of the codons of the genetic code with an element of the Galois extension. The algebraic characterization for the labels A, B and C of the genetic code was obtained through these representations mentioned above, which can be used in future studies involving the analysis of the genetic code

Projetos de extensão da Universidade Federal de Sergipe: correlação e categorização ao perfil das linhas de ações do Projeto Rondon

Trabalho apresentado no II Congresso Nacional do PROJETO RONDON, realizado em Florianópolis, SC, no período de 23 a 25 de setembro de 2015 - Universidade Federal de Santa Catarina.A condição que caracteriza um projeto como de extensão monta-se na sua relevância para as ações na interface universidade e comunidade, cujo maior interesse é o beneficio a um grupo de indivíduos ou a sociedade. Diante dessa condição o presente trabalho tem como finalidade analisar o perfil dos projetos de extensão da Universidade Federal de Sergipe, correlatos às áreas previstas no Edital do Projeto Rondon, de forma a caracterizar e congregar em grupos de ações quais áreas está se destacando mais nas ações de extensão da Universidade. A metodologia se pautou na análise dos 542 projetos cadastrados no SIGAA/UFS (Sistema Integrado de Gestão de Atividades Acadêmicas) para o ano de 2015, caracterizando-os de acordos com as áreas de enquadramento do Rondon: Conjunto A (Cultura, Direitos Humanos e Justiça, Educação e Saúde); Conjunto B (Comunicação, Tecnologia e Produção, Meio Ambiente e Saúde). Concluímos que, apesar das prerrogativas preestabelecidas estivesse montada no desenvolvimento tecnológico e científico, quando da instalação do Campus Universitário, a demanda dos projetos de Extensão tem se voltado mais para o grupo A, com percentual de 84%, em detrimento ao Conjunto B. O quadro atual das ações de extensão tem demonstrado um perfil institucional voltado para a educação e saúde

Avaliação da dor em pacientes com fibromialgia, osteoartrite e lombalgia

Este estudo teve como objetivo, avaliar e comparar a intensidade da dor referida por pacientes com fibromialgia, osteoartrite e lombalgia visando propor o tratamento fisioterapêutico mais adequado para estes grupos de pacientes. PACIENTES E MÉTODOS: Participaram do estudo 64 pacientes, sendo 24 com fibromialgia, 22 com osteoartrite e 18 com lombalgia. Foi utilizada a versão em português do Questionário de Dor da McGill onde os sujeitos deveriam escolher uma ou nenhuma palavra de uma lista de palavras organizadas em quatro categorias: sensorial, afetiva, avaliativa e micelânia, a que melhor descrevesse a dor que eles sentiam. RESULTADOS: Os pacientes com fibromialgia referiram, comparativamente, dor mais intensa o que pode ser observado através da escolha de um número mais alto de descritores das categorias afetiva e sensorial do que os outros dois grupos e somente eles escolheram específicos descritores afetivos tais como: "maldita", "miserável", "exaustiva", "enlouquecedora". CONCLUSÃO: A partir dos dados, pudemos verificar que cada patologia apresenta uma qualidade única de experiência da dor, já que houve escolha de palavras específicas pelos pacientes dos três grupos, sugerindo que juntamente com tratamento físico, nos pacientes com fibromialgia, que mostraram um forte componente psico-emocional, sejam incluídos também, cuidados emocionais/afetivos.The purpose of this study was to evaluate and compare pain as reported by outpatients with fibromyalgia, osteoarthritis, and low back pain, in view of designing more adequate physical therapy treatment. PATIENTS AND METHODS: A Portuguese version of the McGill Pain Questionnaire - where subjects are asked to choose, from lists of pre-categorized words, one or none that best describes what they feel - was used to assess pain intensity and quality of 64 patients, of which 24 had fibromyalgia, 22 had osteoarthritis, and 18 had low back pain. The pre-categorized words were organized into 4 major classes -- sensory, affective, evaluative, and miscellaneous. RESULTS: Patients with fibromyalgia reported, comparatively, more intense pain through their choice of pain descriptors, both sensory and affective; they also chose a higher number of words from these classes than patients in the other groups and were the only ones to choose specific affective descriptors such as "vicious", "wretched", "exhausting", "blinding". CONCLUSION: Assuming that each disease presents unique qualities of pain experience, and that these can be pointed out by means of this questionnaire by patients' choice of specific groups of words, the findings suggest that fibromyalgia include not only a physical component, but also a psycho-emotional component, indicating that they require both emotional/affective and physical care