LightDock: a new multi-scale approach to protein–protein docking

Computational prediction of protein–protein complex structure by docking can provide structural and mechanistic insights for protein interactions of biomedical interest. However, current methods struggle with difficult cases, such as those involving flexible proteins, low-affinity complexes or transient interactions. A major challenge is how to efficiently sample the structural and energetic landscape of the association at different resolution levels, given that each scoring function is often highly coupled to a specific type of search method. Thus, new methodologies capable of accommodating multi-scale conformational flexibility and scoring are strongly needed. We describe here a new multi-scale protein–protein docking methodology, LightDock, capable of accommodating conformational flexibility and a variety of scoring functions at different resolution levels. Implicit use of normal modes during the search and atomic/coarse-grained combined scoring functions yielded improved predictive results with respect to state-of-the-art rigid-body docking, especially in flexible cases.B.J-G was supported by a FPI fellowship from the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness. This work was supported by I+D+I Research Project grants BIO2013-48213-R and BIO2016-79930-R from the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness. This work is partially supported by the European Union H2020 program through HiPEAC (GA 687698), by the Spanish Government through Programa Severo Ochoa (SEV-2015-0493), by the Spanish Ministry of Science and Technology (TIN2015-65316-P) and the Departament d’Innovació, Universitats i Empresa de la Generalitat de Catalunya, under project MPEXPAR: Models de Programaciói Entorns d’Execució Paral·lels (2014-SGR-1051).Peer ReviewedPostprint (author's final draft

Climate change impact on endangered cloud forest tree species in Mexico

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.Ecological niche models have seen intensive exploration as a tool in biodiversity conservation and evaluation of areas for designing protected natural areas systems, including projections of potential distributions under future conditions. Cloud forest is the most endangered ecosystem in Mexico, and yet ranks high in terms of diversity and endemism. This study focuses on 12 endangered and range-restricted tree species in Mexican cloud forests, exploring patterns of distribution and diversity under 2 future emissions scenarios (representative concentration pathways 4.5 and 8.5) as anticipated by 20 general circulation models. Our results indicate a likely strong reduction in species’ distributional areas and —consequently— species diversity manifested in different cloud forest patches across the country. The genus Quercus resulted the most sensitive to climate change. We identified cloud forest patches that are most vulnerable to climate change effects, which can and should focus priorities for protection of this ecosystem, particularly in the Sierra Madre Oriental, where cloud forest is presently lacking any protection

Project oriented learning in auditing accounts´ subject: analysis of students´perception

RESUMEN: Este trabajo de fin de grado tiene como finalidad conocer en profundidad cómo funciona y cómo se valora el trabajo práctico que los alumnos 1de la materia “Auditoría de Cuentas” de la Universidad de Cantabria realizan cada año. Dicho trabajo es la revista de auditoría. El objetivo principal es verificar la eficacia de esta herramienta de enseñanza, justificada con la valoración que la misma recibe. Para llevar a cabo este estudio se contará con una base de datos conseguida a través de una encuesta tipo likert con la que se obtendrán las principales variables cuantitativas y cualitativas del análisis. Con todo ello, la utilidad que se puede substraer dará apoyo al profesorado de la propia asignatura, así como al alumnado e indirectamente dará valor a la propia facultad y en definitiva a la universidad.ABSTRACT: This final degree project has the purpose of knowing deeply how works and how is evaluated a practical project which is performed by “Accounts Auditing” ´s students in Cantabria university. This project is known as audit`s newsletter. The principal goal is to verify how effective is this tool focus on education and justify the valuation which is given to it. To carry out this studio, a database will be available through a likert´s inquiry. As a result, main analysis´ variables will be obtained. With all this, the usefulness subtracted will support teaching staff, as well as students and indirectly will give value to the university.Grado en Administración y Dirección de Empresa

Estimación de parámetros del movimiento fuerte del suelo para terremotos interplaca e intraslab en México Central

La peligrosidad sísmica en el margen de subducción de México está asociada a dos tipos de terremotos: los interplaca, generados por fallas inversas bajo la costa (H 10-30 km), y los intraslab, producidos por fallas normales en la placa subducida (H 40-150 km). Ambos tipos han causado históricamente graves daños. La mejora de las redes sísmicas mexicanas ha permitido en los últimos años recopilar numerosos registros de movimiento fuerte, avanzar notablemente en la comprensión de la sismicidad interplaca y comenzar el estudio de la intraslab, menos frecuente. En esta Tesis se persiguen dos objetivos:1) Completar ciertas lagunas en el conocimiento de los terremotos interplaca; 2)Ahondar en la comprensión del movimiento causado por los sismos intraslab. Para lograrlo se utiliza una extensa base de datos (1985-2005) que amplía las precedentes, complementada con una detallada revisión bibliográfica y la relocalización de numerosos sismos. Con estos datos se caracterizan las funciones de atenuación de ambos terremotos y se propone un modelo empírico para la fuente de los sismos intraslab. Los resultados sugieren que la caída de esfuerzos de estos eventos excede la de los interplaca, pero que el decaimiento con la distancia para los primeros es más rápido. Además la atenuación para los interplaca es mayor en la costa que hacia el interior. También se presentan ecuaciones de movimiento fuerte para el pseudoespectro de aceleración, y la aceleración y velocidad pico. Estos modelos predicen que el movimiento en el epicentro de un sismo intraslab supera el de un interplaca a alta frecuencia. En cambio, conforme aumenta la distancia el movimiento para un interplaca excede al de un intraslab a frecuencias intermedias, por lo que para los primeros serán esperables daños a mayores distancias y para edificios de mayor altura. Estos resultados coinciden con los publicados para otras zonas de subducción

Trends in Science Mapping: The co-use of scientific literature as evidence of the interests of researchers

This is a preprint version of a paper accepted to be published in El Profesional de la Información – ISSN 1386-6710 Special number on information visualization - May 2014This paper explores de possibility of constructing science maps based on the co-use of the staff of an academic institution make of scientific literature. For this, we define co-use as the co-occurrence of scientific information requests by a given user in platform of scientific journals. We use request data from the University of Navarre to the ScienceDirect platform in 2012 in order to analyze the potential of such methodological approach. We conclude by emphasizing the viability of such methodology when exploring the research interests of an academic institution along with the relations between different disciplines.Nicolás Robinson-García is currently supported by a FPU grant from the Spanish Ministerio de Economía y Competitividad

Can we use altmetrics at the institutional level? A case study analysing the coverage by research areas of four Spanish universities

Proceedings of the 21st International Conference on Science and Technology Indicators (STI 2016). València (Spain), September 14-16, 2016.This paper aims at exploring the coverage of the Altmetric.com database and its potential use in order to show universities’ research profiles in relationship with other databases. Specifically, our objectives are the following:1. Analyse the coverage of Altmetric.com at the institutional level and verify its validity as a data source for obtaining alternative metrics derived from the research activity of universities in comparison with those from the Web of Science. For this, we will work with a small sample of four Spanish universities with different characteristics.2. Analyse coverage differences when obtaining bibliometric profiles from Altmetric.com and Web of Science. In some studies a higher coverage of the Social Sciences and Humanities has been reported, suggesting the potential of altmetric indicators in these areas (Costas, Zahedi, & Wouters, 2015b).Nicolás Robinson García is currently supported by a Juan de la Cierva-Formación Fellowship from the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness

How many citations are there in the Data Citation Index?

19th International Conference on Science and Technology Indicators (STI), Leiden (The Netherlands) 3-5 september 2014.Descriptive analysis on the citation distribution of the Thomson Reuters' Data Citation Index by publication type and four broad areas: Science, Engineering & Technology, Humanities & Arts and Social Sciences.Nicolas Robinson-García is currently supported by a FPU Grant of the Spanish Ministerio de Economía y Competitividad

Efectos de un programa de ejercicios de alta intensidad por intervalos basado en un entrenamiento en suspensión sobre el riesgo de caídas, la condición física y el estado de salud en personas mayores de 60 años.

Las caídas, suponen uno de los problemas más importantes en la población mayor tanto a nivel psicológico como funcional, provocando lesiones no intencionales y fracturas. Esto supone unos costes elevados para la sanidad, pudiendo éstas ser evitables con intervenciones adecuadas en la población mayor. El objetivo de este estudio fue comparar los efectos de los programas de entrenamiento en intervalos de alta intensidad (HIIT) y de entrenamiento en intervalos de intensidad moderada (MIIT), ambos con un sistema de entrenamiento de ejercicios en suspensión (TRX), sobre varios factores del riesgo de caídas, análisis de la marcha, equilibrio dinámico, fuerza muscular y la calidad de vida en personas mayores de 60 años.Las caídas, suponen uno de los problemas más importantes en la población mayor tanto a nivel psicológico como funcional, provocando lesiones no intencionales y fracturas. Esto supone unos costes elevados para la sanidad, pudiendo éstas ser evitables con intervenciones adecuadas en la población mayor. El objetivo de este estudio fue comparar los efectos de los programas de entrenamiento en intervalos de alta intensidad (HIIT) y de entrenamiento en intervalos de intensidad moderada (MIIT), ambos con un sistema de entrenamiento de ejercicios en suspensión (TRX), sobre varios factores del riesgo de caídas, análisis de la marcha, equilibrio dinámico, fuerza muscular y la calidad de vida en personas mayores de 60 años.Tesis Univ. Jaén. Departamento de Ciencias de la Salud. Leída el 21 de diciembre de 2018