Phenotypical and molecular characterization of portuguese usher syndrome patients

Trabalho final de mestrado integrado em Medicina (Oftalmologia), apresentado à Faculdade de Medicina da Universidade de Coimbra.Introduction: Usher syndrome (USH) is a recessive inherited disease characterized by sensorineural hearing loss (HL), visual loss due to retinitis pigmentosa (RP) and, in some cases, vestibular dysfunction. This syndrome is the most common cause that affects those two major senses, vision and hearing and encompasses three clinical sub-types (USH1, USH2 and USH3) as well as some additional atypical forms. Usher type II is the most common clinical form, in all published series; since the USH2A gene is the most commonly mutated gene, our aim is to characterize from a molecular and phenotypical standpoint, a cohort of 48 portuguese Usher patients, determine if they carry mutations in USH2A gene and establish potential genotype-phenotype correlations. Methods: Forty eight affected individuals were characterized from a molecular standpoint, and those carrying USH2A underwent complete phenotypical ophthalmological examination including, fundus photography, fundus autofluorescence (FAF), full-field ERG, multifocal electrophysiology (MF ERG), and ENT assessment. Results: Disease-causing mutations in the USH2A gene were identified in 15 patients, of ten independent families. Consanguinity could be documented in 40% of families. Fourteen different USH2A mutations were detected (6 missense, 14 nonsense, 1 small rearrangement, 2 large gene rearrangements and 6 splice-site mutations), eight patients were homozygous and 7, either compound heterozygous or heterozygous. Mutations in the DFNB31 gene (USH2D) were also identified in heterozygosity in two siblings. Five novel mutations were identified: three intragenic deletions encompassing several exons c. 7121_9258del, USH2A exon 3-exon34 del, USH2A exon 39 – exon 47 del, a nonsense mutation, c.7932G>A, and a deep intronic homozygous mutation c.4988-19T>G, all of them showing potential to interfere with protein function. Concerning to ophthalmological phenotype, nyctalopia was consistently the presenting complaint in 100% of patients. Best Corrected Visual Acuity (BCVA) varied from 0.1 and 0.8, at the last evaluation. Fundus appearance was compatible with RP in all probands varying from isolated peripheral bone spicules, patchy retinal pigment epithelium (RPE) areas of atrophy, thin vessels and normal discs (20%), to pale discs, near confluent peripheral bone spicules, extensive atrophic RPE changes and thin vessels (47%) to typical RP with preserved macula (33%). The full field ERG disclosed, in the majority, an unrecordable response (87%) and two probands had a severely attenuated, yet recordable, response (13%). Multifocal ERG analysis showed decreased central peak (100% cohort cases lower than 100microV), and occasional drift of the peak of maximal response to an extrafoveal hexagone. FAF revealed that 77% presented a typical ring of hyperautofluorescence while the remainder disclosed patchy hypoautofluorescence. Conclusion: We characterized from both clinical and genetic standpoints, the first series of Portuguese patients with type II Usher syndrome. Molecular characterization is essencial to improve early diagnosis of USH and better understand the molecular pathomechanism so that is possible to develop treatment strategies to stop or revert the degenerative process of the retina, in a near future.Introdução: A síndroma de Usher é uma condição com transmissão autossómica recessiva caracterizada por surdez neurossensorial, perda de visão por Retinopatia Pigmentar e, em alguns casos, disfunção vestibular. Esta síndroma é a causa mais comum da afeção destes dois sentidos, visão e audição, englobando três sub-tipos clínicos (USH1, USH2 e USH3) bem como formas atípicas adicionais. USH2 é o sub-tipo clinico mais comum, em todas as series publicadas; sendo USH2A o gene mais comummente mutado, o nosso objectivo é caracterizar de um ponto de vista molecular e fenotípico 48 portugueses com Síndrome de Usher, determinar se são portadores de mutações no gene USH2A e estabelecer potenciais correlações genótipo-fenótipo. Métodos: Quarenta e oito indivíduos com a síndroma da Usher foram caracterizados do ponto de vista molecular, submetendo-se os portadores de USH2A a um exame oftalmológico fenotípico completo, fundoscopia, auto-fluorescência da retina, eletrorretinograma full field, eletrorretinograma multifocal e avaliação otorrinolaringológica. Resultados: Mutações patológicas no gene USH2A foram identificadas em 15 pacientes, de 10 famílias não-relacionadas. Em 40% das famílias foi possível documentar consanguinidade. Detetaram-se 14 mutações diferentes no gene USH2A (6 missense, 14 nonsense, 1 pequeno rearranjo, 2 grandes rearranjos e 6 mutações de splicing; em 8 doentes as alterações genéticas eram homozigóticas e em 7, heterozigóticas compostas ou em heterozigotia. Foram igualmente identificadas mutações no gene DFNB31 em heterozigotia, em 2 irmãos. Foram identificadas cinco novas mutações: três delecções intragénicas envolvendo vários exões c. 7121_9258del, USH2A exon 3- exon 34 del, USH2A exon 39 – exon 47 del, uma mutação nonsense c.7932G>A, e uma mutação homozigótica deep intronic c.4988-19T>G, todas mostrando potencial interferência com a função proteica. No que diz respeito ao fenótipo oftalmológico, a nictalopia foi, de forma consistente, o sinal de apresentação em 100% dos doentes. A melhor acuidade visual corrigida variou entre 0.1 a 0.8, na última avaliação. Os aspetos fundoscópicos eram compatíveis com Retinopatia Pigmentar em todos os doentes, variando de espículas ósseas periféricas isoladas, áreas dispersas de atrofia do epitélio pigmentar da retina, vasos de calibre reduzido e disco óptico normal (20%), disco pálido, espículas ósseas confluentes periféricas, atrofia de áreas extensas do epitélio pigmentar da retina e redução importante do calibre vascular (47%) a um padrão típico de RP com preservação da mácula (33%). No ERG, a maioria dos doentes apresentou uma resposta indetetável (87%), com somente 2 doentes a revelar uma resposta profundamente atenuada mas detetável (13%). O MfERG evidenciou uma redução da amplitude do pico central (100% dos casos inferior a 100microV), e ocasionais picos de resposta maxima detetados fora do hexagono extra-foveal. A auto-fluorescência mostrou em 77% dos casos o típico anel de hiperautofluorescência macular enquanto nos restantes se observou um padrão mosqueado de hipoautofluorescência. Conclusão: Caracterizámos do ponto de vista clínico e genético, a primeira série de doentes portugueses com Síndroma de Usher tipo 2. A caracterização molecular é essencial para aprimorar o diagnóstico precoce desta síndroma e melhor conhecer os mecanismos patogénicos de forma a permitir o desenvolvimento de estratégias terapêuticas para frenar ou reverter este processo degenerativo da retina, num futuro próximo

Relação entre satisfação laboral e compromisso organizacional numa empresa de tecnologias de informação

Dissertação de mestrado integrado em Psicologia (área de especialização em Psicologia do Trabalho, das Organizações e dos Recursos Humanos)A presente investigação procura explorar a relação entre a satisfação laboral, adoptando a definição de Spector (1997), e o compromisso organizacional, de acordo com o modelo das três componentes de Meyer & Allen (1991). Os dados foram recolhidos numa empresa do sector das Tecnologias de Informação sediada em Braga, tendo obtido um total de 81 respostas. Para avaliar a satisfação laboral dos participantes, utilizou-se o Inquérito de Satisfação com o Trabalho, versão portuguesa do Job Satisfaction Survey (Spector, 1985), adaptada para a população portuguesa por Malheiro (2009). De forma a medir o grau de compromisso dos colaboradores, adoptou-se as Escalas de Três Componentes do Compromisso Organizacional de Meyer e Allen (1997), adaptadas para a população portuguesa por Nascimento, Lopes e Salgueiro (2008). A análise dos dados baseou-se em modelos de correlação e de regressão, sendo objectivo deste estudo predizer o compromisso tendo como preditor a satisfação com o trabalho. Os resultados sugerem uma associação positiva entre a satisfação e o compromisso organizacional, estando a primeira mais correlacionada com a componente afectiva do compromisso, comparativamente às restantes. O modelo de regressão linear simples revelou-se significativo, sendo que a satisfação explica 29.9% da variância do compromisso. Foram ainda realizadas algumas análises adicionais, no sentido de verificar alguma informação presente na literatura. Este estudo vem reforçar a ideia da existência de uma associação positiva entre os dois conceitos, clarificando que, para a amostra em questão, a satisfação prediz o compromisso.This research aims to explore the relationship between job satisfaction, adopting Spector’s (1997) definition, and organizational commitment, according to the three-component conceptualization of Meyer & Allen (1991). Data were collected from an Information Technology company based in Braga, having obtained a total of 81 responses. In order to assess participants’ job satisfaction, we adopted Inquérito de Satisfação com o Trabalho, the portuguese version of Job Satisfaction Survey (Spector, 1985), adapted to portuguese population by Malheiro (2009). In order to measure the employee’s organizational commitment we use the Three Scales of Organizational Commitment (Meyer & Allen, 1997), adapted to portuguese population by Nascimento, Lopes e Salgueiro (2008). Data analysis was based on correlation and regression models, with the goal of predict job satisfaction as a theoretical predictor of organizational commitment. The main results suggest a positive association between commitment and satisfaction with work, being job satisfaction more correlated with affective commitment than normative and continuance commitment. The regression model proved to be significant and job satisfaction explained 29.9% of commitment’s variance. Were also made some additional analysis to verify some information emphasized in literature. This study reinforces the idea of a positive association between the two concepts, clarifying that, for this sample, satisfaction predicts organizational commitment

Projeto de extração e descoberta de conhecimento para suporte a políticas de saúde pública no domínio alimentar

Dissertação apresentado à Escola Superior de Tecnologia e Gestão do IPL para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática - Computação Móvel, orientada pelo Doutor Vítor Basto Fernandes.O principal objetivo desta dissertação consiste em desenvolver um sistema de apoio à decisão que visa fornecer informação acerca dos padrões de consumo alimentar da população do Instituto Politécnico de Leiria e que tem como base a informação registada nos pontos de venda ao longo dos últimos anos. Para atingir o propósito proposto são utilizadas técnicas para extração de informação útil em grandes quantidades de dados, nomeadamente de business intelligence e data mining. Uma grande fração do trabalho é dedicada a integrar as várias aplicações desenvolvidas. O sistema de apoio à decisão resultante desta integração tem como objetivo simplificar a realização de estudos do comportamento de consumo alimentar em comunidades escolares e suporte à definição de políticas de saúde pública, abstraindo o utilizador dos pormenores mais técnicos e dando especial foco na obtenção e visualização de resultados

Implementação da ferramenta DMAIC numa linha de produção de MDF

Mestrado em Engenharia e Gestão IndustrialO presente projeto complementa um período de estágio de 9 meses na Sonae Indústria – P.C.D.M., SA, na área da melhoria contínua, no departamento de Qualidade. Com este trabalho pretende-se demonstrar uma possível abordagem da metodologia DMAIC na eliminação de um defeito específico da produção de ‘placas de MDF’ (Medium Density Fibreboard) – Bordos Partidos. Através dos dados recolhidos foi possível encontrar alguns dos locais críticos onde este defeito ocorreu, bem como as suas respetivas causas. Permitiu, também, sugerir algumas ideias de melhoria, que se forem implementadas será possível uma redução do material enviado para um 2º momento de inspeção visual (2ª Escolha), devido à ocorrência de Bordos Partidos. O autor propõe, por isso, a implementação da metodologia DMAIC na redução, e consequente eliminação das causas responsáveis pelo envio de material para 2ª Escolha, quer na Sonae Indústria – P.C.D.M., SA, em Mangualde (Viseu), como nas restantes unidades fabris da sub-holding Sonae Indústria, produtoras de MDF.This project complements a 9-month internship at Sonae Indústria – P.C.D.M., SA, in the field of continuous improvement at the quality department. This work pretends to demonstrate a possible approach of DMAIC methodology in the elimination of a specific defect – Damaged Edges, during the production of 'MDF boards' (Medium Density Fibreboard). Using the data collected it was possible to find some of the critical locations where the defect has occurred, as well as their respective causes. It was also possible to suggest some ideas for improvement, which if implemented will enable the reduction of the material sent to a 2nd moment of visual inspection (2nd Choice), due to the occurrence of Damaged Edges. Therefore, the author proposes the implementation of the DMAIC methodology in the reduction, and elimination of the causes responsible for sending material to the 2nd Choice at Sonae Indústria – P.C.D.M., SA, in Mangualde (Viseu), as in other plants of the sub-holding Sonae Indústria, producers of MDF

Plataforma colaborativa de anotação de literatura biomédica

Mestrado em Engenharia de Computadores e TelemáticaWith the overwhelming amount of biomedical textual information being produced, several manual curation efforts have been set up to extract and store concepts and their relationships into structured resources. Since manual annotation is a very demanding and expensive task, computerized solutions were developed to perform such tasks automatically. Nevertheless, high-end information extraction techniques are still not widely used by biomedical research communities, mainly due to the lack of standards and limitations in usability. Interactive annotation tools intend to fill this gap, taking advantage of automatic techniques and existing knowledge bases to assist expert curators in their daily tasks. This thesis presents Egas, a web-based platform for biomedical text mining and assisted curation with highly usable interfaces for manual and automatic inline annotation of concepts and relations. Furthermore, a comprehensive set of knowledge bases are integrated and indexed to provide straightforward concept normalization features. Additionally, curators can also rely on real-time collaboration and conversation functionalities allowing discussing details of the annotation task as well as providing instant feedback of curators interactions. Egas also provides interfaces for on-demand management of the annotation task settings and guidelines, and supports standard formats and literature services to import and export documents. By taking advantage of Egas, we participated in the BioCreative IV interactive annotation task, targeting the assisted identification of protein-protein interactions described in PubMed abstracts related to neuropathological disorders. Thereby, when evaluated by expert curators, Egas obtained very positive scores in terms of usability, reliability and performance. These results, together with the provided innovative features, place Egas as a state-of-the-art solution for fast and accurate curation of information, facilitating the task of creating and updating knowledge bases in a more consistent way.Com o acréscimo da quantidade de literatura biomédica a ser produzida todos os dias, vários esforços têm sido feitos para tentar extrair e armazenar de forma estruturada os conceitos e as relações nela presentes. Por outro lado, uma vez que a extração manual de conceitos compreende uma tarefa extremamente exigente e exaustiva, algumas soluções de anotação automática foram surgindo. No entanto, mesmo os sistemas de anotação mais completos não têm sido muito bem recebidos no seio das equipas de investigação, em grande parte devido às falhas a nível de usabilidade e de interface standards. Para colmatar esta falha são necessárias ferramentas de anotação interativa, que tirem proveito de sistemas de anotação automática e de bases de dados já existentes, para ajudar os anotadores nas suas tarefas do dia-a-dia. Nesta dissertação iremos apresentar uma plataforma de anotação de literatura biomédica orientada para a usabilidade e que suporta anotação manual e automática. No mesmo sentido, integramos no sistema várias bases de dados, no intuito de facilitar a normalização dos conceitos anotados. Por outro lado, os utilizadores podem também contar com funcionalidades colaborativas em toda a aplicação, estimulando assim a interação entre os anotadores e, desta forma, a produção de melhores resultados. O sistema apresenta ainda funcionalidades para importar e exportar ficheiros, gestão de projetos e diretivas de anotação. Com esta plataforma, Egas, participámos na tarefa de anotação interativa do BioCreative IV (IAT), nomeadamente na identificação de interações proteína-proteína. Depois de avaliado por um conjunto de anotadores, o Egas obteve os melhores resultados entre os sistemas apresentados, relativamente à usabilidade, confiança e desempenho

Vehicle's Interior Presence Detection and Notification System

This thesis aims to present both a solution analysis and potential implementation to prevent in-car infants' deaths, capitalizing on low-cost technologies that can easily be integrated on the vehicle or are already a part of it.The circumstances that lead to this outcome can be narrowed down to parent's carelessness, whether they left the child unattended because of a short time stop to do groceries that turned out too long, or simply because it was forgotten after bringing such groceries home first.As part of the state of art, several possible systems were considered, culminating in a system idealization incorporating two approaches as inputs - a motion sensor and a camera - while notifying the driver via SMS.In order to study the advantages a division was made, resulting in a low-cost approach, which utilizes the motion sensor and other that is anticipated to be more reliable consisting in human detection through vision algorithms. While the integrated system is idealized to optimally recognize the presence of children inside the vehicle, the performed studies premise a potential stand-alone application.Throughout this study it is noted the low-cost implementation limitations due to the sensor requiring movement to acknowledge that there is someone present, while the use of a camera can recognize infants whether or not moving. At the same time, vision algorithm improvement becomes even more reliable overtime, as well as the car electronics, with cameras being used for several other issues such as driver drowsiness detection, mitigating cost constraints. It is hoped that this thesis serves as both a solution and solution catalyst since it is not limited to this application, being able to prevent cars from being stolen or burglar's break-in to surprise an unware driver, although it's main focus is to present a reliable detection and notification system that allows in-car infant casualties decrease, turning such deaths into deliberate crimes

Sistema de comunicação entre veículos elétricos e posto de carregamento segundo a Norma ISO 15118

Verifica-se atualmente um crescimento exponencial do mercado dos veículos elétricos, o que requererá um aumento da capacidade da rede elétrica para albergar o consumo previsto. Se por um lado a introdução de geração proveniente de fontes renováveis pode ser uma solução, é também um desafio pelo carácter intermitente. A dificuldade em controlar a geração proveniente desse tipo de fontes leva a que se procure controlar e gerir o consumo de energia elétrica em função dos níveis de geração. Neste contexto, o aparecimento das redes energéticas inteligentes introduziu mecanismos que garantem o equilíbrio entre o consumo e a produção de energia elétrica. Um desses mecanismos é o carregamento inteligente. De forma a existir carregamento inteligente surge a necessidade de comunicação entre o posto de carregamento e o veículo elétrico. Havendo comunicação, o posto de carregamento, que serve de intermediário entre o veículo elétrico e a rede elétrica, consegue controlar a energia elétrica transferida para a bateria do veículo. Através deste controlo, o posto de carregamento consegue evitar com que a rede sofra picos de consumo. Assim, surge a grande necessidade de um sistema normalizado que garanta esta comunicação. Neste âmbito, a norma ISO 15118, abordada ao longo deste trabalho, especifica um protocolo de comunicação entre o veículo elétrico e o posto de carregamento. No trabalho aqui descrito, enquadrado no projeto Transporte Turístico Urbano Elétrico Sostenible (TTUES), foi desenvolvido e implementado um sistema de comunicação entre veículos elétricos e posto de carregamento segundo o protocolo de comunicação da norma ISO 15118. Este sistema permite emular um carregamento real com comunicação bidirecional (i.e. entre o posto de carregamento e o veículo elétrico), com o qual o utilizador do veículo elétrico e o operador do posto de carregamento podem interagir, através de interfaces homem-máquina distintas.There is currently an exponential growth in the electric vehicle market, which will require an increase in the electrical grid capacity to accommodate the demand. If, on the one hand, the introduction of generation from renewable sources can be a solution, it is also a challenge due to its intermittent nature. The difficulty in controlling the generation from these types of renewable sources leads to the attempt to control and manage the consumption of electricity according to the levels of generation. In this context, the emergence of smart grids has introduced mechanisms that guarantee a balance between consumption and production of electricity. One of these mechanisms is the smart charging. To have smart charging, there is a need for communication between the charging station and the electric vehicle. If there is communication, the charging station, which serves as an intermediary between the electric vehicle and the electrical grid, can control the electrical energy transferred to the vehicle's battery. Through this control, the charging station can prevent the electrical grid from suffering consumption peaks. Thus, there is a necessity for a standardized system that guarantees this communication. In this context, the ISO 15118 standard, discussed throughout this report, specifies a communication protocol between the electric vehicle and the charging station. This report, as part of the Transporte Turístico Urbano Elétrico Sostenible (TTUES) project, was developed a communication system between electric vehicles and charging stations that implements the ISO 15118 communication protocol. This system allows to emulate a real charging with bidirectional communication (i.e. between the charging station and the electric vehicle), with which the user of the electric vehicle and the operator of the charging station can interact, through different human-machine interfaces