Caracterización de <i>Phytophthora capsici</i> como patógeno de especies hortícolas presentes en la zona noreste de la provincia de Buenos Aires

Phytophthora capsici causa enfermedades destructivas en cultivos de Solanáceas y Cucurbitáceas de regiones de clima templado en todo el mundo. El patógeno es heterotálico y requiere la presencia de los dos tipos de apareamiento para reproducirse en forma sexual. La relación de tipos de apareamiento varía en distintas regiones geográficas y por lo tanto la chance para reproducirse sexualmente. Debido a tales características, su comportamiento depende de las condiciones del ambiente donde se encuentra presente. Para caracterizar a P. capsici como patógeno de cultivos comerciales de Cucurbita máxima var. zapallito, Solanum melongena, Solanum lycopersicum y Capsicum annum, en el NE de la provincia de Buenos Aires, se realizó un estudio sistemático. Éste incluyó el muestreo, la descripción de los factores del ambiente donde se detectó el problema y de los síntomas observados en el campo, la identificación de las especies presentes y el análisis de otras variables que pudieran interactuar con el patógeno. Los muestreos en los lotes de los cultivos de interés se realizaron de modo secuencial, entre enero – abril de 2010 y 2011, y abarcaron tres partidos: Luján, General Rodríguez y Exaltación de la Cruz. Se describió la zona de muestreo; sus características socioeconómicas y productivas, los suelos presentes y el clima: las precipitaciones y las temperaturas. Se analizaron las variables presentes en el muestreo y se describieron los síntomas producidos en los cultivos de interés por las especies de Phytophthora y por otras patologías presentes. Se estableció la prevalencia de Phytophthora spp. por hospedante en la zona de estudio, entre los dos años de muestreo. A partir de las muestras de tejido vegetal colectadas de fruto, tallo, brote y plantín, cuya sintomatología coincidió con la descripta para Phytophthora spp., se realizaron los aislamientos. Se evaluó el crecimiento de Phytophthora spp. en AMT (agar manzana tomate), un medio de cultivo nuevo y alternativo al AV8®. Se analizaron además tres métodos alternativos para la conservación de los aislamientos. Las especies presentes fueron identificadas mediante la caracterización morfológica de las estructuras asexuales y sexuales, de modo cualitativo y cuantitativo. Se determinó la proporción de tipos compatibles, A1 / A2, presente en la zona y la sensibilidad de los aislamientos de P. capsici al metalaxil, a una concentración de 100 ppm. Las identificaciones incluyeron también estudios moleculares derivados de la secuenciación de la región ITS y del gen 5.8S. Se utilizó una serie de 69 aislamientos de Phytophthora spp. Con las secuencias de esta región del ADN se construyó un árbol filogenético. Se realizó además, un análisis preliminar de la variabilidad genética con el programa ADNSPv5 v5.10.01 y de la estructura genética, con el programa Arlequín 3.5. En plantines de los cultivos de interés, se analizó la patogenicidad con 4 aislamientos de P. capsici mediante dos métodos; uno consistió en la inoculación de la base de los tallos con trocitos de agar con micelio y el otro en la adición de semillas previamente inoculadas al suelo. En los frutos, se analizó la patogenicidad y la virulencia de una muestra representativa de 14 aislamientos de P. capsici. Para determinar la presencia de las oosporas se enterraron porciones de tallos y frutos, de un cultivo de S. melongena donde previamente se constató la presencia de P. capsici, en macetas y se incubó por un período de 90 días. Las 37 quintas que integraron la zona de muestreo se caracterizaron por su dinamismo ocupacional, la diversificación de cultivos y la atomización de la producción en el espacio geográfico, cuestión que permitió diferenciar la zona de muestreo de otras a nivel mundial donde predomina el monocultivo. Las precipitaciones y las temperaturas no variaron entre los dos años de muestreo. Los suelos no presentaron diferencias relevantes entre los tres partidos, de acuerdo con la escala de trabajo utilizada y con la topografía plana del lugar. Éstas fueron conductivas para el desarrollo de la enfermedad, al igual que las prácticas de cultivo. Se tuvieron en cuenta 5 variables: el año, la localidad, el productor, el hospedante y el órgano afectado. Las dos primeras no tuvieron asociación con la presencia / ausencia de Phytophthora spp., de acuerdo con el análisis de las tablas de contingencia, mientras que con las tres restantes hubo asociación. Para todos los hospedantes, la prevalencia de Phytophthora spp. se incrementó al segundo año, con la excepción del cultivo de S. melongena; el valor máximo, próximo al 50 %, correspondió a C. máxima var. zapallito. Los síntomas se expresaron en las partes aéreas de las plantas y con mayor frecuencia en la etapa reproductiva, lo que estuvo asociado a las condiciones del clima. La caracterización morfológica mostró patrones consistentes para la especie P. capsici, con excepción de algunos aislamientos que fueron identificados como: P. nicotianae y P. drechsleri. La forma de los zoosporangios de P. capsici fue variable; desde obpiriforme, limoniforme, ovovoide a ovoide, con pedicelos que variaron en longitud entre 22 - 69,7 μm. P. capsici fue la especie predominante en todos los hospedantes muestreados, con la excepción de S. lycopersicum y la única especie identificada para C. máxima var. Zapallito. En el caso de S. lycopersicum, predominó P. nicotianae. Los aislamientos de P. capsici fueron del tipo A1. El tipo A2 solo estuvo presente en un aislamiento de P. nicotianae, en una proporción de 1 a 8 (A1/A2). Las identificación morfológica coincidió con la molecular, pero ésta última permitió identificar además a P. cryptogea. El análisis filogenético de las secuencias de la región ITS de los aislamientos de P. capsici mostró un patrón reticulado de haplotipos frecuentes y centrales en la red, con haplotipos menos frecuentes y más recientes en los extremos de la misma, lo cual, en conjunto con la presencia de eventos de recombinación, sugiere la ocurrencia de un proceso de diversificación en la zona de muestreo, a pesar de la presencia de un único tipo de apareamiento. No se observó una estructuración genética entre los hospedantes. Todos los aislamientos de P. capsici analizados resultaron ser sensibles al metalaxil. La evaluación de patogenicidad en plantines con ambos métodos alternativos, en general, determinó un mejor desempeño con los trocitos de agar, con la excepción de los plantines de S. melongena, que no evidenciaron síntomas. En cambio, en los frutos, los 14 aislamientos inoculados produjeron un 100 % de patogenicidad. La virulencia entre los aislamientos inoculados en cada hospedante fue variable. No fueron detectadas las oosporas en las muestras de tejido vegetal analizadas. Los síntomas producidos por las especies de Phytophthora -podredumbres húmedas- se pudieron diferenciar de las otras patologías, según: la clase de órgano que fue afectado (fruto, tallo y brote), la forma, el aspecto, el color de las lesiones y/o la ubicación en la planta. La identificación de P. capsici en Solanum lycopersicum, S. melongena y Cucurbita pepo var. Medullosa, constituyen las primeras citas para Buenos Aires. P. drechsleri constituye la primera cita para la berenjena en el país, y la primera cita para el pimiento, en el país y a nivel mundial.Facultad de Ciencias Naturales y Muse

Caracterización de Phytophthora capsici como patógeno de especies hortícolas presentes en la zona noreste de la provincia de Buenos Aires

Tesis presentada para optar al Grado de Doctor en Ciencias NaturalesFil: Iribarren, María Josefina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Naturales y Museo; Argentin

Estructura genética de poblaciones de Phytophthora capsici en el noreste de la provincia de Buenos Aires, Argentina

Phytophthora capsici causa enfermedades destructivas en todo el mundo. El patógeno es heterotálico y los dos tipos de apareamiento (TAs) son requeridos para la reproducción sexual. La razón de TAs varía entre regiones geográficas y por lo tanto también la chance para reproducirse sexualmente. Si se toma en cuenta que la durabilidad de las medidas de control depende de la variación genética, es aconsejable considerar la cantidad y la distribución de variación genética dentro y entre poblaciones de especies, es decir, la estructura genética. Esta está determinada por factores que influencian la evolución poblacional como la mutación, la deriva genética, el flujo genético, el sistema de reproducción y de selección. En este sentido, poco se conoce sobre las poblaciones de P. capsici en Argentina. El objetivo fue evaluar la variabilidad genética de aislamientos de P. capsici de tres sitios de producción hortícola del NE de Buenos Aires. Sesenta y un aislamientos de P. capsici colectados de cultivos de Capsicum annuum, Solanum melongena, Solanum lycopersicum y Cucurbita spp. fueron identificados morfológicamente y analizados por tipo de reproducción. Los aislamientos fueron identificados por técnicas moleculares basadas en las secuencias de las regiones ITS1-5.8S e ITS2 del ADNr. Se definieron los haplotipos para cada aislamiento y los parámetros poblacionales fueron estimados por zona geográfica y por especie hospedante junto con el número mínimo de eventos de recombinación. Las desviaciones de la coalescencia básica fueron estimadas a través de Tajima´s D.; la estructura genética fue evaluada subsecuentemente a través de pruebas de AMOVA y de estimadores de Fst. La reconstrucción de redes filogenéticas fue analizada con la intención de evaluar las relaciones genealógicas entre haplotipos. Todos los aislamientos mostraron características morfológicas y genéticas típicas de P. capsici y pertenecieron al TA A1. No se evidenció una estructura genética cuando fueron incluidas como criterio de partición las especies hospedantes. Sin embargo, la partición geográfica permitió evidenciar alguna estructuración entre poblaciones, con la excepción de Exaltación de La Cruz que resultó el sitio más contrastante con respecto a ambos estimadores de índices de fijación. Al mismo tiempo, esta ubicación redituó los estimadores más bajos de diversidad, lo que probablemente refleja su origen reciente como zona hortícola. Dos a tres eventos de recombinación fueron detectados, lo que sugiere que la reproducción sexual podría haber influido sobre el proceso de diversificación en esta área. La estructura genética y los niveles de variación en esta región son opuestos a los resultados obtenidos por otros investigadores en la región centro oeste de Argentina y podría significar una amenaza para esta área de cultivo, al presente.Phytophthora capsici causes destructive diseases worldwide. The pathogen is heterothallic and the two mating types (MTs) are required for sexual reproduction. MTs rates vary amongst geographical regions and so does the chance for sexual reproduction. Taking into account that the durability of control measures depends upon genetic variation, it is advisable to consider its structure within and between populations. The objective of the present paper was to evaluate the genetic variability of P. capsici isolates from three horticultural production areas of the Northeast of Buenos Aires. Sixty one isolates of P. capsici collected from Capsicum annuum, Solanum melongena, Solanum lycopersicum and Cucurbita spp. crops were morphologically identified and analyzed for MTs. The isolates were further identified via molecular techniques based on the sequences of the ITS1 - 5.8S - ITS2 region of the ADNr. Haplotypes were defined for every isolate, and population parameterts were estimated both for geographic and hostspecies partitions, along with the minimum number of recombination events. Departures from the basic coalescent were estimated through Tajima´s D; the genetic structure was subsequently evaluated through AMOVA tests and Fst estimations. Phylogenetic network reconstruction was analysed in an attempt to assess genealogical relationships amongst haplotypes. All isolates showed morphological and genetic characteristics of P. capsici and belonged to the A1 MT. No genetic structure was detected when host-species was taken as a criterion for partition; on the other hand, geographic partition detected some structure among populations, with Exaltación de La Cruz resulting in the most contrasting site with regards to both fixation index estimates. At the same time, this location yielded the lowest estimates of diversity, probably reflecting its recent horticultural origin. Two to three recombination events were detected, suggesting that sexual reproduction could have been part of the diversification process in this area. The genetic structure and levels of variation in the region is opposite to what other researchers have found in Northwestern Argentina and could mean a threat to that breeding area now.Fil: Iribarren, María Josefina. Universidad Nacional de Luján; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Borassi, Cecilia. Universidad Nacional de Luján; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Ferri, A.. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria; ArgentinaFil: González, Beatriz Ángela. Universidad Nacional de Luján; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Steciow, Mónica Mirta. Universidad Nacional de La Plata; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Guillín, Eduardo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria; Argentin

Estructura genética de poblaciones de <i>Phytophthora capsici</i> en el noreste de la provincia de Buenos Aires, Argentina

Phytophthora capsici causa enfermedades destructivas en todo el mundo. El patógeno es heterotálico y los dos tipos de apareamiento (TAs) son requeridos para la reproducción sexual. La razón de TAs varía entre regiones geográficas y por lo tanto también la chance para reproducirse sexualmente. Si se toma en cuenta que la durabilidad de las medidas de control depende de la variación genética, es aconsejable considerar la cantidad y la distribución de variación genética dentro y entre poblaciones de especies, es decir, la estructura genética. Esta está determinada por factores que influencian la evolución poblacional como la mutación, la deriva genética, el flujo genético, el sistema de reproducción y de selección. En este sentido, poco se conoce sobre las poblaciones de P. capsici en Argentina. El objetivo fue evaluar la variabilidad genética de aislamientos de P. capsici de tres sitios de producción hortícola del NE de Buenos Aires. Sesenta y un aislamientos de P. capsici colectados de cultivos de Capsicum annuum, Solanum melongena, Solanum lycopersicum y Cucurbita spp. fueron identificados morfológicamente y analizados por tipo de reproducción. Los aislamientos fueron identificados por técnicas moleculares basadas en las secuencias de las regiones ITS1-5.8S e ITS2 del ADNr. Se definieron los haplotipos para cada aislamiento y los parámetros poblacionales fueron estimados por zona geográfica y por especie hospedante junto con el número mínimo de eventos de recombinación. Las desviaciones de la coalescencia básica fueron estimadas a través de Tajima´s D.; la estructura genética fue evaluada subsecuentemente a través de pruebas de AMOVA y de estimadores de Fst. La reconstrucción de redes filogenéticas fue analizada con la intención de evaluar las relaciones genealógicas entre haplotipos. Todos los aislamientos mostraron características morfológicas y genéticas típicas de P. capsici y pertenecieron al TA A1. No se evidenció una estructura genética cuando fueron incluidas como criterio de partición las especies hospedantes. Sin embargo, la partición geográfica permitió evidenciar alguna estructuración entre poblaciones, con la excepción de Exaltación de La Cruz que resultó el sitio más contrastante con respecto a ambos estimadores de índices de fijación. Al mismo tiempo, esta ubicación redituó los estimadores más bajos de diversidad, lo que probablemente refleja su origen reciente como zona hortícola. Dos a tres eventos de recombinación fueron detectados, lo que sugiere que la reproducción sexual podría haber influido sobre el proceso de diversificación en esta área. La estructura genética y los niveles de variación en esta región son opuestos a los resultados obtenidos por otros investigadores en la región centro oeste de Argentina y podría significar una amenaza para esta área de cultivo, al presente.Phytophthora capsici causes destructive diseases worldwide. The pathogen is heterothallic and the two mating types (MTs) are required for sexual reproduction. MTs rates vary amongst geographical regions and so does the chance for sexual reproduction. Taking into account that the durability of control measures depends upon genetic variation, it is advisable to consider its structure within and between populations. The objective of the present paper was to evaluate the genetic variability of P. capsici isolates from three horticultural production areas of the Northeast of Buenos Aires. Sixty one isolates of P. capsici collected from Capsicum annuum, Solanum melongena, Solanum lycopersicum and Cucurbita spp. crops were morphologically identified and analyzed for MTs. The isolates were further identified via molecular techniques based on the sequences of the ITS1 - 5.8S - ITS2 region of the ADNr. Haplotypes were defined for every isolate, and population parameterts were estimated both for geographic and hostspecies partitions, along with the minimum number of recombination events. Departures from the basic coalescent were estimated through Tajima´s D; the genetic structure was subsequently evaluated through AMOVA tests and Fst estimations. Phylogenetic network reconstruction was analysed in an attempt to assess genealogical relationships amongst haplotypes. All isolates showed morphological and genetic characteristics of P. capsici and belonged to the A1 MT. No genetic structure was detected when host-species was taken as a criterion for partition; on the other hand, geographic partition detected some structure among populations, with Exaltación de La Cruz resulting in the most contrasting site with regards to both fixation index estimates. At the same time, this location yielded the lowest estimates of diversity, probably reflecting its recent horticultural origin. Two to three recombination events were detected, suggesting that sexual reproduction could have been part of the diversification process in this area. The genetic structure and levels of variation in the region is opposite to what other researchers have found in Northwestern Argentina and could mean a threat to that breeding area now.Facultad de Ciencias Agrarias y Forestale

Estructura genética de poblaciones de <i>Phytophthora capsici</i> en el noreste de la provincia de Buenos Aires, Argentina

Phytophthora capsici causa enfermedades destructivas en todo el mundo. El patógeno es heterotálico y los dos tipos de apareamiento (TAs) son requeridos para la reproducción sexual. La razón de TAs varía entre regiones geográficas y por lo tanto también la chance para reproducirse sexualmente. Si se toma en cuenta que la durabilidad de las medidas de control depende de la variación genética, es aconsejable considerar la cantidad y la distribución de variación genética dentro y entre poblaciones de especies, es decir, la estructura genética. Esta está determinada por factores que influencian la evolución poblacional como la mutación, la deriva genética, el flujo genético, el sistema de reproducción y de selección. En este sentido, poco se conoce sobre las poblaciones de P. capsici en Argentina. El objetivo fue evaluar la variabilidad genética de aislamientos de P. capsici de tres sitios de producción hortícola del NE de Buenos Aires. Sesenta y un aislamientos de P. capsici colectados de cultivos de Capsicum annuum, Solanum melongena, Solanum lycopersicum y Cucurbita spp. fueron identificados morfológicamente y analizados por tipo de reproducción. Los aislamientos fueron identificados por técnicas moleculares basadas en las secuencias de las regiones ITS1-5.8S e ITS2 del ADNr. Se definieron los haplotipos para cada aislamiento y los parámetros poblacionales fueron estimados por zona geográfica y por especie hospedante junto con el número mínimo de eventos de recombinación. Las desviaciones de la coalescencia básica fueron estimadas a través de Tajima´s D.; la estructura genética fue evaluada subsecuentemente a través de pruebas de AMOVA y de estimadores de Fst. La reconstrucción de redes filogenéticas fue analizada con la intención de evaluar las relaciones genealógicas entre haplotipos. Todos los aislamientos mostraron características morfológicas y genéticas típicas de P. capsici y pertenecieron al TA A1. No se evidenció una estructura genética cuando fueron incluidas como criterio de partición las especies hospedantes. Sin embargo, la partición geográfica permitió evidenciar alguna estructuración entre poblaciones, con la excepción de Exaltación de La Cruz que resultó el sitio más contrastante con respecto a ambos estimadores de índices de fijación. Al mismo tiempo, esta ubicación redituó los estimadores más bajos de diversidad, lo que probablemente refleja su origen reciente como zona hortícola. Dos a tres eventos de recombinación fueron detectados, lo que sugiere que la reproducción sexual podría haber influido sobre el proceso de diversificación en esta área. La estructura genética y los niveles de variación en esta región son opuestos a los resultados obtenidos por otros investigadores en la región centro oeste de Argentina y podría significar una amenaza para esta área de cultivo, al presente.Phytophthora capsici causes destructive diseases worldwide. The pathogen is heterothallic and the two mating types (MTs) are required for sexual reproduction. MTs rates vary amongst geographical regions and so does the chance for sexual reproduction. Taking into account that the durability of control measures depends upon genetic variation, it is advisable to consider its structure within and between populations. The objective of the present paper was to evaluate the genetic variability of P. capsici isolates from three horticultural production areas of the Northeast of Buenos Aires. Sixty one isolates of P. capsici collected from Capsicum annuum, Solanum melongena, Solanum lycopersicum and Cucurbita spp. crops were morphologically identified and analyzed for MTs. The isolates were further identified via molecular techniques based on the sequences of the ITS1 - 5.8S - ITS2 region of the ADNr. Haplotypes were defined for every isolate, and population parameterts were estimated both for geographic and hostspecies partitions, along with the minimum number of recombination events. Departures from the basic coalescent were estimated through Tajima´s D; the genetic structure was subsequently evaluated through AMOVA tests and Fst estimations. Phylogenetic network reconstruction was analysed in an attempt to assess genealogical relationships amongst haplotypes. All isolates showed morphological and genetic characteristics of P. capsici and belonged to the A1 MT. No genetic structure was detected when host-species was taken as a criterion for partition; on the other hand, geographic partition detected some structure among populations, with Exaltación de La Cruz resulting in the most contrasting site with regards to both fixation index estimates. At the same time, this location yielded the lowest estimates of diversity, probably reflecting its recent horticultural origin. Two to three recombination events were detected, suggesting that sexual reproduction could have been part of the diversification process in this area. The genetic structure and levels of variation in the region is opposite to what other researchers have found in Northwestern Argentina and could mean a threat to that breeding area now.Facultad de Ciencias Agrarias y Forestale

Estructura genética de poblaciones de <i>Phytophthora capsici</i> en el noreste de la provincia de Buenos Aires, Argentina

Phytophthora capsici causa enfermedades destructivas en todo el mundo. El patógeno es heterotálico y los dos tipos de apareamiento (TAs) son requeridos para la reproducción sexual. La razón de TAs varía entre regiones geográficas y por lo tanto también la chance para reproducirse sexualmente. Si se toma en cuenta que la durabilidad de las medidas de control depende de la variación genética, es aconsejable considerar la cantidad y la distribución de variación genética dentro y entre poblaciones de especies, es decir, la estructura genética. Esta está determinada por factores que influencian la evolución poblacional como la mutación, la deriva genética, el flujo genético, el sistema de reproducción y de selección. En este sentido, poco se conoce sobre las poblaciones de P. capsici en Argentina. El objetivo fue evaluar la variabilidad genética de aislamientos de P. capsici de tres sitios de producción hortícola del NE de Buenos Aires. Sesenta y un aislamientos de P. capsici colectados de cultivos de Capsicum annuum, Solanum melongena, Solanum lycopersicum y Cucurbita spp. fueron identificados morfológicamente y analizados por tipo de reproducción. Los aislamientos fueron identificados por técnicas moleculares basadas en las secuencias de las regiones ITS1-5.8S e ITS2 del ADNr. Se definieron los haplotipos para cada aislamiento y los parámetros poblacionales fueron estimados por zona geográfica y por especie hospedante junto con el número mínimo de eventos de recombinación. Las desviaciones de la coalescencia básica fueron estimadas a través de Tajima´s D.; la estructura genética fue evaluada subsecuentemente a través de pruebas de AMOVA y de estimadores de Fst. La reconstrucción de redes filogenéticas fue analizada con la intención de evaluar las relaciones genealógicas entre haplotipos. Todos los aislamientos mostraron características morfológicas y genéticas típicas de P. capsici y pertenecieron al TA A1. No se evidenció una estructura genética cuando fueron incluidas como criterio de partición las especies hospedantes. Sin embargo, la partición geográfica permitió evidenciar alguna estructuración entre poblaciones, con la excepción de Exaltación de La Cruz que resultó el sitio más contrastante con respecto a ambos estimadores de índices de fijación. Al mismo tiempo, esta ubicación redituó los estimadores más bajos de diversidad, lo que probablemente refleja su origen reciente como zona hortícola. Dos a tres eventos de recombinación fueron detectados, lo que sugiere que la reproducción sexual podría haber influido sobre el proceso de diversificación en esta área. La estructura genética y los niveles de variación en esta región son opuestos a los resultados obtenidos por otros investigadores en la región centro oeste de Argentina y podría significar una amenaza para esta área de cultivo, al presente.Phytophthora capsici causes destructive diseases worldwide. The pathogen is heterothallic and the two mating types (MTs) are required for sexual reproduction. MTs rates vary amongst geographical regions and so does the chance for sexual reproduction. Taking into account that the durability of control measures depends upon genetic variation, it is advisable to consider its structure within and between populations. The objective of the present paper was to evaluate the genetic variability of P. capsici isolates from three horticultural production areas of the Northeast of Buenos Aires. Sixty one isolates of P. capsici collected from Capsicum annuum, Solanum melongena, Solanum lycopersicum and Cucurbita spp. crops were morphologically identified and analyzed for MTs. The isolates were further identified via molecular techniques based on the sequences of the ITS1 - 5.8S - ITS2 region of the ADNr. Haplotypes were defined for every isolate, and population parameterts were estimated both for geographic and hostspecies partitions, along with the minimum number of recombination events. Departures from the basic coalescent were estimated through Tajima´s D; the genetic structure was subsequently evaluated through AMOVA tests and Fst estimations. Phylogenetic network reconstruction was analysed in an attempt to assess genealogical relationships amongst haplotypes. All isolates showed morphological and genetic characteristics of P. capsici and belonged to the A1 MT. No genetic structure was detected when host-species was taken as a criterion for partition; on the other hand, geographic partition detected some structure among populations, with Exaltación de La Cruz resulting in the most contrasting site with regards to both fixation index estimates. At the same time, this location yielded the lowest estimates of diversity, probably reflecting its recent horticultural origin. Two to three recombination events were detected, suggesting that sexual reproduction could have been part of the diversification process in this area. The genetic structure and levels of variation in the region is opposite to what other researchers have found in Northwestern Argentina and could mean a threat to that breeding area now.Facultad de Ciencias Agrarias y Forestale

Características epidemiológicas de las nuevas infecciones causadas por el VIH comparadas con los casos de sida. La epidemia de VIH/sida en el País Vasco

ResumenObjetivoDescribir las características epidemiológicas de los nuevos diagnósticos de infección por el VIH en el período 1997- 2001 y comparlas con los casos de sida (1991-2001).MétodosSe han recogido retrospectivamente los datos de las nuevas infecciones por el VIH ocurridas en el País Vasco (1997-2001) y se han comparado con los casos de sida (1991- 2001).ResultadosSe han diagnosticado 912 nuevas infecciones por el VIH. El diagnóstico de VIH coincidió con el de sida en 299 (32,8%) de las nuevas infecciones. Las relaciones heterosexuales han sido el mecanismo de transmisión más frecuente, seguido de la transmisión por vía parenteral y las relaciones homosexuales y bisexuales, con diferencias significativas (p < 0,001) respecto a los casos de sida.ConclusionesLa transmisión sexual ha reemplazado al consumo de drogas por vía parenteral como mecanismo más frecuente de transmisión del VIH. Hay un alto porcentaje de pacientes con diagnóstico simultáneo de VIH y sida. Estos datos indican la necesidad de realizar nuevas estrategias de prevención.SummaryObjectiveTo describe the epidemiological characteristics of new cases of HIV infection diagnosed from 1997-2001 and compare them with AIDS cases (1991-2001).MethodsData were retrospectively collected on new cases of HIV infection detected in the Basque Country (1997-2001) and were compared with AIDS cases (1991-2001).ResultsA total of 912 new cases of HIV infection were diagnosed. In 299 of the new cases (32.8%), HIV and AIDS were diagnosed simultaneously. The most common mechanism of transmission was heterosexual transmission, followed by intravenous and homo/bisexual transmission. Significant epidemiological differences (p < 0.001) were found with regard to AIDS cases.ConclusionsSexual transmission has replaced intravenous drug use as the most common mechanism of HIV transmission. A large percentage of patients were simultaneously diagnosed with HIV and AIDS, indicating the need for new prevention strategies

Treatment with tocilizumab or corticosteroids for COVID-19 patients with hyperinflammatory state: a multicentre cohort study (SAM-COVID-19)

Objectives: The objective of this study was to estimate the association between tocilizumab or corticosteroids and the risk of intubation or death in patients with coronavirus disease 19 (COVID-19) with a hyperinflammatory state according to clinical and laboratory parameters. Methods: A cohort study was performed in 60 Spanish hospitals including 778 patients with COVID-19 and clinical and laboratory data indicative of a hyperinflammatory state. Treatment was mainly with tocilizumab, an intermediate-high dose of corticosteroids (IHDC), a pulse dose of corticosteroids (PDC), combination therapy, or no treatment. Primary outcome was intubation or death; follow-up was 21 days. Propensity score-adjusted estimations using Cox regression (logistic regression if needed) were calculated. Propensity scores were used as confounders, matching variables and for the inverse probability of treatment weights (IPTWs). Results: In all, 88, 117, 78 and 151 patients treated with tocilizumab, IHDC, PDC, and combination therapy, respectively, were compared with 344 untreated patients. The primary endpoint occurred in 10 (11.4%), 27 (23.1%), 12 (15.4%), 40 (25.6%) and 69 (21.1%), respectively. The IPTW-based hazard ratios (odds ratio for combination therapy) for the primary endpoint were 0.32 (95%CI 0.22-0.47; p < 0.001) for tocilizumab, 0.82 (0.71-1.30; p 0.82) for IHDC, 0.61 (0.43-0.86; p 0.006) for PDC, and 1.17 (0.86-1.58; p 0.30) for combination therapy. Other applications of the propensity score provided similar results, but were not significant for PDC. Tocilizumab was also associated with lower hazard of death alone in IPTW analysis (0.07; 0.02-0.17; p < 0.001). Conclusions: Tocilizumab might be useful in COVID-19 patients with a hyperinflammatory state and should be prioritized for randomized trials in this situatio

Spatiotemporal Characteristics of the Largest HIV-1 CRF02_AG Outbreak in Spain: Evidence for Onward Transmissions

Background and Aim: The circulating recombinant form 02_AG (CRF02_AG) is the predominant clade among the human immunodeficiency virus type-1 (HIV-1) non-Bs with a prevalence of 5.97% (95% Confidence Interval-CI: 5.41–6.57%) across Spain. Our aim was to estimate the levels of regional clustering for CRF02_AG and the spatiotemporal characteristics of the largest CRF02_AG subepidemic in Spain.Methods: We studied 396 CRF02_AG sequences obtained from HIV-1 diagnosed patients during 2000–2014 from 10 autonomous communities of Spain. Phylogenetic analysis was performed on the 391 CRF02_AG sequences along with all globally sampled CRF02_AG sequences (N = 3,302) as references. Phylodynamic and phylogeographic analysis was performed to the largest CRF02_AG monophyletic cluster by a Bayesian method in BEAST v1.8.0 and by reconstructing ancestral states using the criterion of parsimony in Mesquite v3.4, respectively.Results: The HIV-1 CRF02_AG prevalence differed across Spanish autonomous communities we sampled from (p &lt; 0.001). Phylogenetic analysis revealed that 52.7% of the CRF02_AG sequences formed 56 monophyletic clusters, with a range of 2–79 sequences. The CRF02_AG regional dispersal differed across Spain (p = 0.003), as suggested by monophyletic clustering. For the largest monophyletic cluster (subepidemic) (N = 79), 49.4% of the clustered sequences originated from Madrid, while most sequences (51.9%) had been obtained from men having sex with men (MSM). Molecular clock analysis suggested that the origin (tMRCA) of the CRF02_AG subepidemic was in 2002 (median estimate; 95% Highest Posterior Density-HPD interval: 1999–2004). Additionally, we found significant clustering within the CRF02_AG subepidemic according to the ethnic origin.Conclusion: CRF02_AG has been introduced as a result of multiple introductions in Spain, following regional dispersal in several cases. We showed that CRF02_AG transmissions were mostly due to regional dispersal in Spain. The hot-spot for the largest CRF02_AG regional subepidemic in Spain was in Madrid associated with MSM transmission risk group. The existence of subepidemics suggest that several spillovers occurred from Madrid to other areas. CRF02_AG sequences from Hispanics were clustered in a separate subclade suggesting no linkage between the local and Hispanic subepidemics