Potato virus Y transmitting aphids in a Finnish seed potato area

The aphid-transmissible Potato virus Y is a major problem in seed potato production (Valkonen , 2007). The aphid flight activity was monitored from mid-June to the end of August with a suction trap and with yellow pan traps in 2007 and 2008. Previous studies have concluded that potato colonising aphids are not the main vectors of Potato virus Y

Reducing structural ambiguity in natural language software requirements specifications

Abstract. The ambiguity of natural language (NL) causes miscommunication and misunderstandings. Precision of language is particularly important in software development when handling requirements agreed between the customer and the provider. Software Requirements Specification (SRS) is a commonly used document type for specifying the requirements. A strict standard for how every SRS should be constructed does not exist, and thus it is often written in NL. However, some restricted languages can be used for specifying requirements. An example of such is Easy Approach to Requirements Syntax (EARS). In this thesis is presented an automated tool for reducing the structural ambiguity of requirements by converting NL into EARS form. Four different text datasets were used for testing the converter and they were compared before and after conversion and against each other. Both performance and ambiguity reduction of the tool were assessed using various measures. Since a standard ambiguity measurement was not available, a combination of sentence structure assessment, word occurrences against Zipf’s law, readability score and information complexity was used. The results suggest that the tool reduces structural ambiguity of sentences. The tool is successful in converting NL into the different EARS patterns and the converted sentences are less complicated and more readable, according to the results. This hints at the possibility of creating more automated tools that could be used to reduce ambiguity in NL SRS. It might not be possible to make people start using a restricted language, like EARS, for writing the documents, but with the help of automated converters, sentences could be mapped to more restricted forms to help with making better sense of them.Luonnollisen kielen rakenteellisen moniselitteisyyden vähentäminen ohjelmistojen vaatimusten määrittelyissä. Tiivistelmä. Luonnollisen kielen epämääräisyys aiheuttaa vaikeuksia kommunikoinnissa ja ymmärtämisessä. Kielen tarkkuus on erityisen tärkeää ohjelmistokehityksessä silloin kun käsitellään asiakkaan ja tarjoajan keskenään sopimia vaatimuksia ohjelmistolle. Ei ole olemassa tiukkaa standardia sille miten vaatimusten määrittelydokumentti pitäisi rakentaa, joten se usein kirjoitetaan luonnollisella kielellä. Siitä huolimatta joitain rajoitettuja kieliä voidaan käyttää yksittäisten vaatimusten määrittelyyn. Eräs esimerkki rajoitetusta kielestä on Easy Approach to Requirements Syntax (EARS). Tässä diplomityössä esitellään automatisoitu työkalu vähentämään rakenteista epämääräisyttä muuttamalla luonnollista kieltä EARS-muotoon. Neljää erilaista tekstiä käytettiin työkalun testaamiseen ja niitä verrattiin toisiinsa sekä ennen että jälkeen muuntamisen. Työkalun toimintaa ja epämääräisyyden vähentämistä mitattiin useilla metriikoilla. Epämääräisyyden mittaamiseen valittiin joukko kvantitatiivisia metriikoita: lauserakenteita analysoitiin, sanojen ilmiintyvyystiheyttä ja lausiden luettavuutta mitattiin ja informaation kompleksisuuttakin verrattiin muunnettujen ja muuntamattomien tekstien välillä. Tulosten perusteella esitelty työkalu vähentää lauseiden rakenteellista epämääräisyyttä. Se muuntaa onnistuneesti luonnollista kieltä EARS-muotoon ja tulosten mukaan muunnetut lauseet ovat vähemmän monimutkaisia ja luettavampia. Tämä viittaa siihen, että automatisoiduilla työkaluilla voisi olla mahdollista vähentää epämääräisyyttä luonnollisella kielellä kirjoitetuissa vaatimusten määrittelydokumenteissa. Vaikkei ihmisiä saataisikaan kirjoittamaan vaatimusten määrittelyjä rajoitetuilla kielillä, automatisoiduilla kielen muuntajilla lauseita voidaan uudelleenmuotoilla rajoitetumpiin muotoihin, jotta niistä saataisiin paremmin selvää

Structure and thermal behaviour of dichlorobis(thiourea)cadmium(ii), a single-source precursor for CdS thin films

The title compound (1) crystallites in the space group Pmn2(1) with a = 13.110 (3), b = 5.813(1) and c = 6.482(1) Angstrom. Its crystal structure was redetermined from three-dimensional single-crystal data to a final R-value of 0.0221. The Cd2+ ion is tetrahedrally coordinated to two sulfur atoms from the tiourea ligand (Cd-S = 2.509 Angstrom) and to two chloride ions at distances 2.545 and 2.518 Angstrom. When heated in air or in an inert atmosphere 1 undergoes a complex degradation process which was studied in situ by simultaneous TG/DTA as well as by EGA-FTIR. The gaseous species evolved include NH3, HCl, H2NCN, HNCS and CS2, which upon oxidation yield also HCN, SO2, COS and CO2. In the solid residue, NH4CdCl3 and CdS were detected by X-ray diffraction, Elemental and XPS analyses also indicated the presence of Cl and N as well as some carbon residue. The results of the thermoanalytical study are not directly applicable to the spray pyrolysis process because of the different experimental conditions, but they nevertheless indicate that it is extremely difficult to prepare impurity-free CdS. The formation of HCN, not detected earlier, should also be taken into account when designing the process parameters and safety measures

Musiikinopettajien käsityksiä musiikinopetuksen mahdollisuuksista kestävän kehityksen kasvatuksessa

Tiivistelmä. Tämä pro gradu -tutkielma tarkastelee musiikinopettajien käsityksiä musiikinopetuksen mahdollisuuksista kestävän kehityksen kasvatuksessa. Tutkimuksen tarkoituksena on selvittää, millaisia käsityksiä musiikinopettajilla on kestävän kehityksen kasvatuksesta sekä musiikinopetuksen mahdollisuuksista sen toteuttamisessa. Lisäksi tavoitteena on selvittää, millä tavoin musiikinopettajat huomioivat kestävän kehityksen teemoja omassa opetuksessaan. Kestävä kehitys ja ympäristökasvatus ovat nousseet viime aikoina kasvatustieteellisen tutkimuksen kiinnostuksen kohteiksi, ja kestävän kehityksen teemat ovat vahvasti esillä valtakunnallisissa opetussuunnitelmissa. Musiikin tai musiikinopetuksen näkökulmasta aihetta on kuitenkin tutkittu hyvin vähän. Tämän tutkimuksen teoreettinen viitekehys koostuu kestävän kehityksen kasvatuksen ja ympäristökasvatuksen käsitteistä sekä niiden monialaisuuden tarkastelusta. Musiikkikasvatuksen näkökulmasta kestävää kehitystä tarkastellaan aiempien tutkimusten, motivaation, tunteiden, ekologisen ja kulttuurisen kestävyyden sekä käytännön sovellusten kautta. Tutkimuksen lähestymistapa on fenomenografinen. Tutkimuksen aineisto on kerätty teemahaastattelun avulla, ja tutkimukseen osallistui viisi musiikinopettajaa. Haastatteluaineisto on analysoitu fenomenografisella analyysimenetelmällä. Tutkimuksen mukaan musiikinopettajilla on vaihtelevia käsityksiä kestävän kehityksen käsitteestä ja sen sisällöistä. Kestävän kehityksen edistäminen nähdään tärkeänä koulun ja kaikkien aineiden opettajien tehtävänä. Kestävän kehityksen liittäminen musiikinopetukseen koetaan kuitenkin haastavana niiden luontevien yhtymäkohtien ja tiedon puutteen takia. Musiikinopettajat pyrkivät toteuttamaan kestävän kehityksen kasvatusta erityisesti musiikintuntiensa toimintakulttuurin ja arkisten käytänteiden sekä oman esimerkkinsä kautta. Opetussisällöissä musiikinopettajat nostavat esiin erityisesti kulttuurisen kestävyyden teemoja. Musiikinopettajien käsityksen mukaan musiikintuntien yhteisölliset ja osallistavat toimintatavat edistävät kestävän kehityksen kannalta tärkeitä taitoja

Effects of phenotypic variation on consumer coexistence and prey community structure

A popular idea in ecology is that trait variation among individuals from the same species may promote the coexistence of competing species. However, theoretical and empirical tests of this idea have yielded inconsistent findings. We manipulated intraspecific trait diversity in a ciliate competing with a nematode for bacterial prey in experimental microcosms. We found that intraspecific trait variation inverted the original competitive hierarchy to favour the consumer with variable traits, ultimately resulting in competitive exclusion. This competitive outcome was driven by foraging traits (size, speed and directionality) that increased the ciliate's fitness ratio and niche overlap with the nematode. The interplay between consumer trait variation and competition resulted in non-additive cascading effects-mediated through prey defence traits-on prey community assembly. Our results suggest that predicting consumer competitive population dynamics and the assembly of prey communities will require understanding the complexities of trait variation within consumer species.Peer reviewe

Biochem Soc Trans

Abnormal protein aggregation and intracellular or extracellular accumulation of misfolded and aggregated proteins are key events in the pathogenesis of different neurodegenerative diseases. Furthermore, endoplasmic reticulum stress and impairment of the ubiquitin-proteasome system probably contribute to neurodegeneration in these diseases. A characteristic feature of AD (Alzheimer's disease) is the abnormal accumulation of Abeta (amyloid beta-peptide) in the brain. Evidence shows that the AD-associated PS (presenilin) also forms aggregates under certain conditions and that another AD-associated protein, ubiquilin-1, controls protein aggregation and deposition of aggregated proteins. Here, we review the current knowledge of ubiquilin-1 and PS in protein aggregation and related events that potentially influence neurodegeneration

”Mulla on niin kauhee stressi, että mun oli pakko päästä tänne”:tapaustutkimus oululaisista lukupiireistä

Tiivistelmä. Lukupiiriharrastus on kahden viime vuosikymmenen aikana tullut suosituksi niin Suomessa kuin muualla. Harrastuksen ydin on yleensä yksilöllisesti tapahtuva lukeminen yhdistettynä kokoontumiseen, jossa ryhmä keskustelee luetusta kirjasta. Pro gradu -työssäni tutkin niin lukupiiriharrastajien lukijataustoja kuin heidän harrastustaan, erityisesti lukupiirissä käytävää keskustelua. Etsin myös syitä lukupiirien nykyiseen suosioon. Kirjallisuussosiologian alaan kuuluva tutkimus tarkastelee lukupiirejä lukemisen tutkimuksen viitekehyksessä. Teoriataustaksi esittelen lukijatutkimuksen keskeisiä suuntauksia: fenomenologista tutkimusta, reader–response -teoriaa sekä reseptiotutkimusta. Yhteisöllisen lukemisen muotona lukupiireillä on pitkä historia, jonka voidaan nähdä ulottuvan luku- ja kirjoitustaidon syntyyn saakka. Esittelen tätä historiaa ja lukupiirien edeltäjiä, mutta myös tällä hetkellä Suomessa toimivien piirien piirteitä. Tutkimusotteeltaan kvalitatiivisen tapaustutkimuksen aineisto on koottu neljästä Oulussa toimivasta lukupiiristä, joista kolme voidaan luokitella vapaisiin ja yksi ohjattuihin, julkisen tahon organisoimiin ryhmiin. Primaariaineisto koostuu 32 kyselylomakkeella ja neljällä puolistrukturoidulla haastattelulla saaduista tiedoista. Aineisto on koottu vuosina 2011–2013. Lukupiiriharrastajien enemmistö kiinnostui lukemisesta jo varhain. Lukemisen määrä saattoi vaihdella kausittain, mutta kaikki lukivat enemmän kuin väestö keskimäärin. Lukuvalintoja leimasi monipuolisuus ja usein myös itsensä haastaminen. Kirjan sijoittuminen reaalimaailmaan ja yhteys lukijan omaan elämään koettiin positiivisena. Luetusta kirjasta ryhmässä käytävä keskustelu vaihteli ryhmien ja kokoontumiskertojen välillä paljon. Ohjatuissa ryhmissä pysyttiin asiassa paremmin kuin vapaissa ryhmissä, joissa sosiaalisten suhteiden merkitys oli tärkeämpi. Hyvän lukupiirikeskustelun edellytyksinä nähtiin avoin ja luottamuksellinen ilmapiiri. Keskustelun antoisuus riippui monista seikoista, joista tärkeimmäksi lukijateorian valossa arvioin käsiteltävän kirjan; sen on tarjottava riittävää tulkinnallista väljyyttä, jotta lukijat voivat täydentää siinä esiintyviä epämääräisyyskohtia yksilöllisillä tavoillaan ja omien kokemustensa pohjalta. Näin lukupiiriläiset rikastuttavat toistensa lukukokemuksia erilaisilla tulkinnoilla ja yhdessä keskustellen etsivät teoksen ydintä. Myös lukijan aktiivinen rooli sekä lukiessa että keskusteluun osallistujana on merkityksellinen. Lukupiiri muodostaa kokonaisuuden, jossa yhdistyvät lukeminen ja sosiaalisuus riittävän väljässä mutta toisaalta sitouttavassa muodossa. Seuran, yhteisöllisyyden ja ihmissuhteiden vaalimisen lisäksi haettiin haastetta lukuharrastukseen, lukuvinkkejä ja omien lukukokemusten avartamista keskustelun kautta, sekä toisaalta rauhoittumisen kokemuksia. Lukupiireihin liittyvä tutkimus on Suomessa toistaiseksi melko vähäistä. Siksi uusia tutkimusaiheita ja -mahdollisuuksia on paljon. Myös lukupiiritoiminnan nykylaajuuden tarkempi selvittely olisi kiinnostava, joskaan ei useiden lukupiirien epävirallisen luonteen vuoksi erityisen helppo tehtävä

Different opinion on the reported role of Poldip2 and ACSM1 in a mammalian lipoic acid salvage pathway controlling HIF-1 activation.

Paredes et al recently described Poldip2 as a novel regulator of mitochondrial lipoylation through stabilisation of ACSM1 (1). We have several concerns with their proposed model based on the following reasons.Wellcome 102770/Z/13/Z and 205252/Z/16/Z Lister Institute RG8795

Yhteisopettajuuden vaikutukset luokanopettajien hyvinvointiin

Tiivistelmä. Tämän kandidaatin tutkielman aiheena on yhteisopettajuus ja opettajien hyvinvointi. Tutkielman tavoitteena on selvittää, millaisia vaikutuksia kahden luokanopettajan välisellä yhteisopettajuudella on luokanopettajien hyvinvointiin. Lisäksi haluamme selvittää yhteisopettajuuteen liittyviä haasteita ja niiden hyvinvointivaikutuksia. Kiinnostus aihetta kohtaan heräsi kysymyksestä, toimisiko yhteisopettajuus yhtenä keinona vastata opettajien lisääntyneeseen työuupumukseen. Tutkimusmenetelmänä käytämme kuvailevaa integroivaa kirjallisuuskatsausta, jolloin tutkimuksemme pohjautuu aiempaan tutkimukseen ja kirjallisuuteen. Yhteisopettajuutta voidaan toteuttaa hyvin monenlaisin tavoin, minkä vuoksi sille löytyy useita eri määritelmiä. Tässä tutkielmassa tarkoitamme yhteisopettajuudella kahden tai useamman opettajan tasa-arvoista yhteistyötä, jolloin opettajat vastaavat yhdessä ryhmän opetuksen suunnittelusta, toteutuksesta ja arvioinnista. Avaamme tässä tutkielmassa myös yleisimpiä yhteisopettajuuden malleja sekä opettajuuteen liittyviä hyvinvointiteorioita, jotta tutkielman tulkitseminen olisi yhdenmukaista ja ymmärrettävää. Tutkielmamme tuloksista voidaan päätellä, että yhteisopettajuus parantaa luokanopettajien hyvinvointia muun muassa saadun vertaistuen, vastuun jakamisen, ammatillisen kehittymisen, stressin vähenemisen sekä yhdessä tekemisen ilon kautta. Yhteisopettajuuteen liittyviksi haasteiksi taas nousivat esimerkiksi sopivan opettajaparin löytyminen, tilojen ja yhteisen suunnitteluajan puute, pelko vapaan toimijuuden heikkenemisestä sekä epäonnistumisen pelko. Nämä haasteet toisinaan heijastuvat negatiivisesti opettajien hyvinvointiin. Tutkimuksen valossa näemme kuitenkin yhteisopettajuuden toimivana ratkaisuna luokanopettajien hyvinvoinnin parantamiseen, sillä suuri osa yhteisopettajuuden hyvinvointivaikutuksista oli positiivisia

Siderophores as an iron source for picocyanobacteria in deep chlorophyll maximum layers of the oligotrophic ocean

Prochlorococcus and Synechococcus are the most abundant photosynthesizing organisms in the oceans. Gene content variation among picocyanobacterial populations in separate ocean basins often mirrors the selective pressures imposed by the region's distinct biogeochemistry. By pairing genomic datasets with trace metal concentrations from across the global ocean, we show that the genomic capacity for siderophore-mediated iron uptake is widespread in Synechococcus and low-light adapted Prochlorococcus populations from deep chlorophyll maximum layers of iron-depleted regions of the oligotrophic Pacific and S. Atlantic oceans: Prochlorococcus siderophore consumers were absent in the N. Atlantic ocean (higher new iron flux) but constituted up to half of all Prochlorococcus genomes from metagenomes in the N. Pacific (lower new iron flux). Picocyanobacterial siderophore consumers, like many other bacteria with this trait, also lack siderophore biosynthesis genes indicating that they scavenge exogenous siderophores from seawater. Statistical modeling suggests that the capacity for siderophore uptake is endemic to remote ocean regions where atmospheric iron fluxes are the smallest, especially at deep chlorophyll maximum and primary nitrite maximum layers. We argue that abundant siderophore consumers at these two common oceanographic features could be a symptom of wider community iron stress, consistent with prior hypotheses. Our results provide a clear example of iron as a selective force driving the evolution of marine picocyanobacteria