From Neuronal cost-based metrics towards sparse coded signals classification

International audienceSparse signal decomposition are keys to efficient compression, storage and denoising, but they lack appropriate methods to exploit this sparsity for a classification purpose. Sparse coding methods based on dictionary learning may result in spikegrams, a sparse and temporal representation of signals by a raster of kernel occurrence through time. This paper proposes a method for coupling spike train cost based metrics (from neuroscience) with a spikegram sparse decompositions for clustering multivariate signals. Experiments on character trajectories, recorded by sensors from natural handwriting, prove the validity of the approach, compared with currently available classification performance in literature

High infiltration of CD209+ dendritic cells and CD163+ macrophages in the peritumor area of prostate cancer is predictive of late adverse outcomes

IntroductionProstate cancer (PCa) shows considerable variation in clinical outcomes between individuals with similar diseases. The initial host-tumor interaction as assessed by detailed analysis of tumor infiltrating immune cells within the primary tumor may dictate tumor evolution and late clinical outcomes. In this study, we assessed the association between clinical outcomes and dendritic cell (DC) or macrophage (MΦ) tumor infiltration as well as with expression of genes related to their functions.MethodsInfiltration and localization of immature DC, mature DC, total MΦ and M2-type MΦ was analyzed by immunohistochemistry in 99 radical prostatectomy specimens from patients with 15.5 years median clinical follow-up using antibodies against CD209, CD83, CD68 and CD163, respectively. The density of positive cells for each marker in various tumor areas was determined. In addition, expression of immune genes associated with DC and MΦ was tested in a series of 50 radical prostatectomy specimens by Taqman Low-Density Array with similarly long follow-up. Gene expression was classified as low and high after unsupervised hierarchical clustering. Numbers and ratio of positive cells and levels of gene expression were correlated with endpoints such as biochemical recurrence (BCR), need for definitive androgen deprivation therapy (ADT) or lethal PCa using Cox regression analyses and/or Kaplan-Meier curves.ResultsPositive immune cells were observed in tumor, tumor margin, and normal-like adjacent epithelium areas. CD209+ and CD163+ cells were more abundant at the tumor margin. Higher CD209+/CD83+ cell density ratio at the tumor margin was associated with higher risk of ADT and lethal PCa while higher density of CD163+ cells in the normal-like adjacent epithelium was associated with a higher risk of lethal PCa. A combination of 5 genes expressed at high levels correlated with a shorter survival without ADT and lethal PCa. Among these five genes, expression of IL12A and CD163 was correlated to each other and was associated with shorter survival without BCR and ADT/lethal PCa, respectively.ConclusionA higher level of infiltration of CD209+ immature DC and CD163+ M2-type MΦ in the peritumor area was associated with late adverse clinical outcomes

L’Échelle du climat de prévention de la violence : traduction, adaptation et évaluation psychométrique de la version canadienne-française

Introduction: Violence in psychiatric settings has negative consequences on patients, staff, and the institution alike. Efforts to prevent violence cannot currently be assessed due to a lack of suitable indicators. The Violence Prevention Climate Scale (VPC-14) is a validated tool that can be filled out by both staff and patients to assess the violence prevention climate in mental health care units. Objective: This study aimed to conduct the translation and adaptation of the VPC-14 to a French Canadian context, and to assess its psychometric properties in general and forensic psychiatric settings. Methods: This study followed a transcultural approach for validating measuring instruments. Psychometric properties were assessed in 308 patients and staff from 4 mental health and forensic hospitals in Quebec (Canada). Content validity was assessed using a bilingual participant approach. Internal validity was examined through exploratory factor analysis and internal consistency for each care setting using Cronbach’s alpha coefficient analysis. Results: The Échelle modifiée du climat de prévention de la violence [Modified Violence Prevention Climate Scale] (VPC-M-FR) consists of 23 items with a 3-factor structure: 1) staff action, 2) patient action, and 3) the therapeutic environment. Cronbach’s alphas ranging from 0.69 to 0.89 were obtained for the internal consistency of the scale. Discussion and conclusion: The VPC-M-FR has satisfactory psychometric properties for measuring the violence prevention climate in mental health and forensic settings. By measuring the violence prevention climate from the standpoint of patients and staff, targeted preventive measures can be implemented to improve safety for all.Introduction : La violence en milieu psychiatrique entraîne des conséquences néfastes pour les patients, les intervenants et les organisations. Pourtant, les efforts pour la prévenir ne peuvent être évalués faute d’indicateurs adéquats. Le Violence Prevention Climate Scale (VPC-14), complété par les intervenants et les patients, est un outil validé qui évalue le climat de prévention de violence. Objectif : Cette étude vise à traduire et adapter le VPC-14 au contexte québécois et à en vérifier la fiabilité et la validité en psychiatrie générale et légale. Méthodes : En se basant sur la méthode de validation transculturelle d’instruments de mesure, les propriétés psychométriques ont été évaluées auprès de 308 patients et intervenants de 4 hôpitaux et instituts de santé mentale et médico-légale québécois. La validité de construit a été examinée par une analyse factorielle exploratoire et la cohérence interne par l’analyse du coefficient alpha de Cronbach. Résultats : L’Échelle modifiée du climat de prévention de la violence (VPC-M-FR) comprend 23 énoncés avec une structure à 3 facteurs : 1) les actions des intervenants, 2) les actions des patients et 3) l’environnement thérapeutique. Des coefficients alpha de Cronbach variant de 0,69 à 0,89 ont été obtenus pour la consistance interne de l’échelle. Discussion et conclusion : Le VPC-M-FR possède des propriétés psychométriques satisfaisantes pour mesurer le climat de prévention de la violence en milieu de santé mentale et médico-légal. En tenant compte de la perspective des intervenants et des patients, des interventions ciblées de prévention pourront être mises en œuvre afin d’améliorer la sécurité de tous

HLA class I and II diversity contributes to the etiologic heterogeneity of non-Hodgkin lymphoma subtypes

A growing number of loci within the human leukocyte antigen (HLA) region have been implicated in non-Hodgkin lymphoma (NHL) etiology. Here, we test a complementary hypothesis of "heterozygote advantage" regarding the role of HLA and NHL, whereby HLA diversity is beneficial and homozygous HLA loci are associated with increased disease risk. HLA alleles at class I and II loci were imputed from genome-wide association studies (GWAS) using SNP2HLA for: 3,617 diffuse large B-cell lymphomas (DLBCL), 2,686 follicular lymphomas (FL), 2,878 chronic lymphocytic leukemia/small lymphocytic lymphomas (CLL/SLL), 741 marginal zone lymphomas (MZL), and 8,753 controls of European descent. Both DLBCL and MZL risk were elevated with homozygosity at class I HLA-B and -C loci (OR DLBCL=1.31, 95% CI=1.06-1.60; OR MZL=1.45, 95% CI=1.12-1.89) and class II HLA-DRB1 locus (OR DLBCL=2.10, 95% CI=1.24-3.55; OR MZL= 2.10, 95% CI=0.99-4.45). Increased FL risk was observed with the overall increase in number of homozygous HLA class II loci (p-trend<0.0001, FDR=0.0005). These results support a role for HLA zygosity in NHL etiology and suggests that distinct immune pathways may underly the etiology of the different NHL subtypes

Cellules dendritiques et vaccination anti-idiotypique dans les lymphomes B (différentes étapes de validation pré-clinique)

PARIS12-CRETEIL BU Multidisc. (940282102) / SudocSudocFranceF

Apport de l'étude du gène de la chaîne gamma du TCR par PCR-DGGE dans le mycosis fongoïde (étude prospective multicentrique d'une cohorte de 209 patients menée par le groupe français d'étude des lymphomes cutanés)

PARIS-BIUP (751062107) / SudocSudocFranceF

Implication de ROQUIN dans la physiopathologie du lymphome T angio-immunoblastique

Implication de ROQUIN dans la physiopathologie du lymphome T angio-immunoblastique. Le T-LAI est un lymphome T périphérique qui de part sa rareté bénéficie de peu d'études contrairement aux lymphomes B. En France, le T-LAI est le PTCL le plus fréquemment rencontré. Malgré une évolution clinique variable, le T-LAI reste une tumeur agressive dont la survie globale est inférieure à 3 ans. Un des objectifs de notre équipe est donc de mieux comprendre la physiopathologie de ce lymphome et d'identifier des évènements oncogéniques conduisant à son développement. Dans le cadre de ce projet, notre étude s'est portée sur le gène ROQUIN qui code une E3 ubiquitine ligase de la famille RING et dont la mutation est associée à l'apparition d'un syndrome proche du T-LAI chez la souris sanroque.Bien que nous n'ayons détecté aucune mutation dans la séquence codante de ROQUIN nous avons identifié un nouveau transcrit alternatif appelé ROQUIN ØE17. Celui-ci code une protéine qui, comme la forme sauvage, se localise dans les granules de stress et les corps P et interagit avec certains ARNm et micro-ARN. Néanmoins il est le seul à inhiber l'expression de la molécule de costimulation ICOS. ROQUIN ØE17, qui est présent en concentrations variables dans les différentes populations lymphocytaires T n'est quasiment pas exprimé dans les T-LAI. De ce fait, la perte du transcrit ROQUIN ØE17 pourrait participer à la genèse et/ou développement de ce lymphome.Implication of ROQUIN in the physiopathology of angio-immunoblastic T cell lymphoma. AITL is a peripheral T cell lymphoma, poorly studied compared to B cell lymphomas due to its rarity. In France, AITL is the PTCL the most frequently encountered. Despite a variable clinical course, AITL is an aggressive tumor with an overall survival lower than 3 years. One of our goal is to better understand the physiopathology of this lymphoma and identify oncogenic events that lead to its development. In this project, our study was focused on ROQUIN gene that encodes a RING E3 ubiquitin ligase and whose mutation induces an AITL-like syndrom in sanroque mice.Although we did not detect any mutation in ROQUIN coding sequence, we identified a novel alternative transcript referred as ROQUIN ØE17. It encodes a protein that, like wild type protein, localizes to stress granules and P bodies and interacts with mRNAs and microRNAs. However, only ROQUIN ØE17 inhibits the expression of the costimulatory molecule ICOS. This transcript, whose expression varies between T cell populations, is hardly expressed in AITL. Consequently, the loss of ROQUIN ØE17 could be involved in the genesis and/or development of this lymphoma.PARIS-EST-Université (770839901) / SudocPARIS12-Bib. électronique (940280011) / SudocSudocFranceF

Vaccination anti-tumorale dans les hémopathies malignes (étude de deux antigènes tumoraux candidats)

De nos jours, malgré l'efficacité des thérapeutiques classiques dans les proliférations malignes hématopoïétiques, il est difficile d'obtenir des rémissions cliniques durables. En effet, de par la persistance d'une maladie résiduelle, un certain nombre de patients rechutent. L'avancée des connaissances concernant le rôle du système immunitaire dans le contrôle des tumeurs a donné un nouvel élan à la vaccination anti-tumorale. L'objectif de ce travail a été d'évaluer deux antigènes tumoraux dans une perspective de vaccination. Dans une première partie, nous avons évalué l'immunogénicité de l'AID, antigène tumoral candidat dans le lymphome folliculaire. Les résultats obtenus in vitro chez l'homme, lors de l'induction de lymphocytes T cytotoxiques, et in vivo chez la souris, dans un modèle d'immunisation anti-AID, ont montré la faible immunogenicité de cette protéine. En parallèle, nous avons développé un modèle animal de lymphome systémique à partir de la lignée cellulaire A20. Le suivi de l'évolution des masses intra-abdominales chez des souris, inclues dans un protocole de vaccination, a été effectué par tomographie par émission de positon (TEP) avec une machine dédiée au petit animal. Nous avons ainsi pu démontrer l'intérêt de la TEP dans l'évaluation de l'efficacité d'une stratégie de vaccination anti-tumorale. Enfin dans une dernière partie, nous avons démontré l'efficacité du vaccin plasmidique p.DOM-peptide, appliqué à l'antigène tumoral candidat dans les leucémies aiguës, WT1. Nous avons également mis en évidence pour la première fois l'immunogénicité et la présentation par les cellules tumorales leucémiques de l'épitope WT1.37.To date, despite efficacy of classical treatments in haematopoïetic cancers, durable clinical remissions ar difficult to obtain. Indeed, because of the existence of a residual disease, some patients relapse. The improvement of knowledge about the role of the immune system in tumour control has given a boost to anti-tumour vaccination. The objective of this work was to assess two tumour antigens as veccination targets. Firstly we assessed immunogenicity of AID, a tumour antigen candidate in follicular lymphoma. Human cytotoxic T lymphocyte inductions in vitro, and anti-AID immunisations in mice, showed the low immunogenicity of this protein. Secondly, we developed an animal model of systemic lymphoma using the lymphoma cell line, A20. Intra-abdominal disease in mice was visualised by positon emission tomography (PET) with a machine designed for small animals. Thus, we demonstrated that PET can be used to assess the efficacy of an anti-tumour vaccination strategy. Finally, we demonstrated efficacy of the p.DOM-peptide DNA vaccine, applied to the leukaemia tumour antigen, WT1. We also highlighted for the first time the immunogenicity and the presentation by leukaemic cells of the WT1.37 epitope.PARIS12-CRETEIL BU Multidisc. (940282102) / SudocSudocFranceF