Ecology and Physiology of Aerobic Aromatic Catabolism in Roseobacters

Roseobacters are an abundant and trophically versatile lineage of marine bacteria that are especially dominant in coastal salt marshes. Central to understanding of how members of the Roseobacter clade contribute to biogeochemical cycling in the world’s oceans is how these bacteria physiologically respond to mixtures of usable growth substrates present in their environmental niches. A prior study provided evidence that bacterioplankton transcripts most closely related to the Roseobacter Sagitulla stellata E-37 are among the most abundant in coastal systems for biogeochemically significant processes of N, P, and S cycling. Thus, this strain was used throughout this dissertation as an environmentally relevant model. Most roseobacter isolates contain multiple aerobic ring-cleaving pathways for the degradation of aromatic compounds, yet it was unknown whether cross-regulation occurred between different parallel pathways. In S. stellata E-37, benzoate is catabolized through the aerobic benzoyl-CoA oxidation (box) pathway, and p-hydroxybenzoate proceeds through the protocatechuate (pca) branch of the beta-ketoadipate pathway. Temporal analysis of S. stellata E-37 was performed in a mixed-substrate environment containing both benzoate and p-hydroxybenzoate and showed that both substrates were simultaneously catabolized at the same rate. Computational and further experimental studies suggest this phenotype appears unique to roseobacters and is anticipated to confer an ecological growth advantage. Additional studies focusing on the environmental relevance of the box pathway revealed it is an abundant yet taxonomically constrained pathway to Betaproteobacteria and Roseobacter. Finally, a study was performed to examine the response of S. stellata E-37 to a more chemically complex environment. In coastal salt marshes where roseobacters are dominant, Spartina alterniflora (cordgrass) is the most abundant primary producer and Phaeosphaeria spartinicola is an abundant and active lignocellulose-degrading fungus. Cordgrass degradation products (mediated by P. spartinicola), representing a salt marsh-like dissolved organic carbon (DOC) mixture, were provided to S. stellata E-37 to link metabolic processes to mineralization of cordgrass. Multiple ring-cleaving and carbohydrate metabolism genes were induced during growth on the DOC mixture. Furthermore, the overexpression of central metabolism pathways such as the tricarboxylic acid (TCA) cycle, ATPase, and NADH dehydrogenase suggest a hyperactive trophic strategy for this metabolically versatile roseobacter

Morphological variability of Sejus togatus (Acari: Mesostigmata: Sejina)

Variability of selected morphological features was analyzed from 54 Sejus togatus females. The principle morphological features used in taxonomic studies to describe new species in the genus Sejus, and which are included in keys to determine species from this genus, were selected for the analysis. Defining new features for taxonomic studies of the genus Sejus are called for

Genomic diversity of burkholderia pseudomalleiIsolates, Colombia

We report an analysis of the genomic diversity of isolates of Burkholderia pseudomallei, the cause of melioidosis, recovered in Colombia from routine surveillance during 2016–2017. B. pseudomallei appears genetically diverse, suggesting it is well established and has spread across the region

Makt på 280 tegn.

I denne oppgava analyserer og sammenlikner jeg debatten i fire utvalgte debatt-tråder fra Twitter i uke 47 2018, og med utgangspunkt i emneknaggene likestilling, abortloven, klima og bompenger. Overordna har jeg en sosialsemiotisk og hermeneutisk innfallsvinkel, mens analysemetoden er retorisk kritikk. Både analyse, fortolkning og vurdering er sentrale innafor retorisk kritikk. Videre er det begrepene retorisk situasjon, retorisk medborgerskap, online etos, retorisk agency/handlekraft, aptum, stil og tone som styrer analysen. For å få med det kritiske blikket kjører jeg i retninga kritisk retorikk, da mange ytringer på Twitter kan ses på som makttekster. Analysen gir et bilde av hvordan det ytres om politiske saker på Twitter, hva slags debatter som blir generert ut fra de forskjellige temaene og hvordan deltakerne håndterer uenighet. Parallelt drøfter jeg det didaktiske potensialet rundt både teori, emneknaggene og analysene. Videre analyserer jeg fiktive twittertekster, der elever i videregående skole ytrer seg og definerer hva de mener er god tone i offentlig debatt. Det at halvparten ikke klarer å holde seg under 280 tegn, viser at den presise og poengterte stilen på Twitter kan være krevende for elever. Hovedfunna i analysen er at ingen av debattene oppnår konsensus, men jeg finner heller ikke så mye fornuftig uenighet. Tonen i alle debattene er gjennomsnittlig middels god, med mer eller mindre innslag av dårlig tone. Noen av ytrerne i trådene kan fint gå i skole hos elevene som ytrer seg om god tone i offentlig debatt. Videre viser det seg at de abstrakte temaene likestilling og klima skaper mindre engasjement enn de konkrete temaene abortloven og bompenger i utvalget fra november 2018. Hovedavsenderne er menn, med mer eller mindre veletablert etos og makt. Alle styrker de etos og viser handlekraft gjennom kvalifiserende språkhandlinger, da de definerer og setter saker på dagsorden. Kun to av dem opprettholder handlekraften gjennom å gå i dialog. Alle debattene domineres av menn, noe jeg vurderer som et demokratisk problem. Jeg diskuterer hvordan retorisk analyse og skaping av twittertekster kan ruste elevene til retorisk medborgerskap og handlekraft, og viser slektskapet mellom de sistnevnte begrepene til kritisk literacy. På grunn av oppgavas omfang gjennomfører jeg ikke didaktiske feltstudier, men jeg drøfter hvorfor Twitter generelt, utvalgte emneknagger og twitterprofiler spesielt, er tekster som bør implementeres i norsk- og samfunnsfagsundervisninga

Cognitive and social interaction in cyberspace:Prosthetic functions of the Internet

This is a qualitative social constructivist research of individuals living in the area of Bergen and their daily Internet use. I argue that we are living in a prosthetic culture within the cyberculture. Cyberspace is influenced by offline environmental space and humans interconnect with the Internet and ICT-devices; humans interact with other humans through cyberspace, constructing what I have referred to as social/wired cyborgs. Moreover, humans may socially distribute their individual cognition online. I have studied informant's lives in cyberspace through the phenomenology of perception and how the Internet enhances and extended their cognitive, social, and motor skills/abilities. In addition my research consists of three individuals with reduced mobility and four able-bodied individuals. Key words: Cyborg, Cyberspace, ICT, Phenomenology, Cognition, De-compartmentaliz

Bok til alle? : En undersøkelse av bibliotekarers formidlings-praksiser rettet mot personer med dysleksi

Denne masteroppgaven undersøker hvordan bibliotekarer, definert som ansatte i folkebibliotek, formidler litteratur til personer med dysleksi. Hovedtema er dysleksi og litteratur, sett i et universell utformings-perspektiv Masteroppgavens empiriske materiale har fremkommet gjennom kvalitative intervjuer med 10 bibliotekarer, i én-til-én intervjuer. Kvalitativ metode er valgt for å få fram meninger, refleksjoner og erfaringer knyttet til formidling av litteratur og i møtet med personer med dysleksi. Problemstillingen for oppgaven er: “Hvilke praksiser og holdninger har bibliotekarer i folkebibliotek innenfor litteraturformidling rettet mot personer med dysleksi?

Effekten av personlighetsforstyrrelser på behandlingsutfall av kognitiv atferdsterapi for angstlidelser: En litteraturgjennomgang

Kognitiv atferdsterapi (KAT) og farmakologiske intervensjoner er på nåværende tidspunkt anbefalt som behandling av angstlidelser. Imidlertid viser forskning at mange pasienter ikke oppnår signifikant bedring eller dropper ut av behandling. Angstlidelser opptrer ofte sammen med personlighetsforstyrrelser (PF). Det er uvisst i hvor stor grad PF påvirker behandlingsutfallet for angstlidelser. Den overordnede hensikten med denne litteraturgjennomgangen var å gi et samlet og oppdatert bilde av PF som prediktor for behandlingsutfall av KAT for angstlidelser. Det ble gjennomført et systematisk søk i PsycInfo, Medline og Web of Science. 7 artikler ble inkludert, alle randomiserte kontrollerte studier. Sosial angstlidelse, panikklidelse, med eller uten agorafobi, og generalisert angstlidelse var representert. Resultatene for KAT gitt ansikt-til-ansikt viste sprikende funn. Resultatene indikerte at pasienter med angst og komorbid PF ikke har effekt av KAT gitt som selvhjelp. Det er ikke mulig å trekke sikre konklusjoner i henhold til om negativt behandlingsutfall er assosiert med spesifikke typer angstlidelser. Imidlertid indikerte resultatene at pasienter med sosial angstlidelse og komorbid PF kan nyttiggjøre seg KAT behandling. Studiene varierte med hensyn til operasjonalisering av PF, varighet av behandling og behandlingsformat, noe som gjør det vanskelig å trekke en overordnet konklusjon. Denne litteraturgjennomgangen hadde få inkluderte studier og var begrenset til visse angstlidelser og PF. Funnene bør undersøkes nærmere i fremtidig forskning for å muliggjøre en mer omfattende konklusjon

lskatz/lyve-SET: v2.0

v2.0 More thought out VCF format Plugins starting with Tinsel Better phage finding Array::IntSpan for faster range calculations C. bot settings Various bug fixes smarter makeRegions.pl avoiding mergeVcf namespace issue with snp-pipelin

Streptacidiphilus bronchialis sp. nov., a ciprofloxacin-resistant bacterium from a human clinical specimen; reclassification of Streptomyces griseoplanus as Streptacidiphilus griseoplanus comb. nov. and emended description of the genus Streptacidiphil

17 páginasThe taxonomic position of strain 15-057AT, an acidophilic actinobacterium isolated from the bronchial lavage of an 80-year-old male, was determined using a polyphasic approach incorporating morphological, phenotypic, chemotaxonomic and genomic analyses. Pairwise 16S rRNA gene sequence similarities calculated using the GGDC web server between strain 15-057AT and its closest phylogenetic neighbours, Streptomyces griseoplanus NBRC 12779T and Streptacidiphilus oryzae TH49T, were 99.7 and 97.6 %, respectively. The G+C content of isolate 15-057AT was determined to be 72.6 mol%. DNA–DNA relatedness and average nucleotide identity between isolate 15-057AT and Streptomyces griseoplanus DSM 40009T were 29.2±2.5 % and 85.97 %, respectively. Chemotaxonomic features of isolate 15-057AT were consistent with its assignment within the genus Streptacidiphilus: the whole-cell hydrolysate contained ll-diaminopimelic acid as the diagnostic diamino acid and glucose, mannose and ribose as cell-wall sugars; the major menaquinone was MK9(H8); the polar lipid profile consisted of diphosphatidylglycerol, phosphatidylethanolamine, phosphatidylinositol, glycophospholipid, aminoglycophospholipid and an unknown lipid; the major fatty acids were anteiso-C15 : 0 and iso-C16 : 0. Phenotypic and morphological traits distinguished isolate 15-057AT from its closest phylogenetic neighbours. The results of our taxonomic analyses showed that strain 15-057AT represents a novel species within the evolutionary radiation of the genus Streptacidiphilus, for which the name Streptacidiphilus bronchialis sp. nov. is proposed. The type strain is 15-057AT (=DSM 106435T=ATCC BAA-2934T).Peer reviewe