Conservation genomics of Casearia sylvestris Sw. in the Brazilian Savannah and Atlantic Forest of the State of São Paulo

Orientador: Maria Imaculada ZucchiTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: As restaurações florestais e o estabelecimento de unidades de conservação têm sido os principais meios para a conservação dos biomas Cerrado e Mata Atlântica no Brasil mas pouca atenção tem sido dada à diversidade genética nas populações de espécies vegetais destas áreas. Por isso, realizou-se dois estudos com os objetivos de: 1) Avaliar a diversidade e estruturação genética de Casearia sylvestris Sw. em restaurações florestais e em remanescentes naturais de Mata Atlântica; 2) Estudar a diversidade e estruturação genética de populações naturais de C. sylvestris do Cerrado e Mata Atlântica do Brasil e verificar a ocorrência de seleção positiva nestas populações. Construiram-se e foram sequenciadas bibliotecas genômicas da espécie C. sylvestris Sw. utilizando as técnicas de genotyping-by-sequencing (GBS) e double-digested restriction associated DNA (ddRADseq). Calcularam-se estimativas de diversidade e diferenciação genética para todas as populações (número total de alelos, heterozigosidades, número de alelos privados, riqueza alélica, coeficientes de endogamia e índices de fixação) e o estudo de estruturação genética foi realizado através da análise discriminante de componentes principais (DAPC). Não houveram diferenças significativas entre as estimativas de diversidade e diferenciação genética calculadas no primeiro estudo indicando que as restaurações florestais têm oferecido condições de conservação da diversidade genética. No segundo estudo foi observado que as populações de C. sylvestris do Cerrado e Mata Atlântica estão geneticamente estruturadas. Além disso, relatou-se ineditamente a ocorrência de seleção positiva nas populações destes biomas. Conclui-se com estes dois estudos que o modelo o qual as restaurações florestais foram implementadas no Brasil tem possibilitado a conservação da diversidade genética das populações e que as diferenças nas características ambientais entre o Cerrado e Mata Atlântica podem levar a ocorrência de eventos microevolutivos que levam a adaptação local a estes biomasAbstract: Forest restorations and conservation units have been the main ways for the conservation of Brazilian Savannah (Cerrado) and Atlantic Forest biomes in Brazil, but little attention has been given to genetic diversity in the populations of plant species of these areas. Therefore, two studies were carried out with the objectives of: 1) Evaluate the genetic diversity and structure of Casearia sylvestris Sw. In forest restorations and in natural remnants of Atlantic Forest; 2) Study the genetic diversity and structure of natural populations of C. sylvestris from the Cerrado and Atlantic Forest of Brazil and verify the occurrence of positive selection in these populations. Genomic libraries of C. sylvestris were built and sequenced using genotyping-by-sequencing (GBS) and double-digested restriction associated DNA (ddRADseq) techniques. Estimates of genetic diversity and differentiation were estimated for all populations (total number of alleles, heterozygosities, number of private alleles, allelic richness, inbreeding coefficients and fixation indices) and the genetic structuring study was performed through the discriminant analysis of components (DAPC). There were no significant differences between the estimates of diversity and genetic differentiation calculated in the first study, indicating that forest restorations have offered conservation conditions of genetic diversity. In the second study it was observed that the populations of C. sylvestris from Cerrado and Atlantic Forest are genetically structured. In addition, the occurrence of positive selection in the populations of these biomes was reported. It is concluded with these two studies that the model that the forest restorations were implemented in Brazil has made possible the conservation of the genetic diversity of the populations and that the differences in the environmental characteristics between the Cerrado and Atlantic Forest can lead to the occurrence of microevolutionary events that lead local adaptation to these biomesDoutoradoGenetica Vegetal e MelhoramentoDoutor em Genetica e Biologia Molecular2013/05762-6;141039/2013-2FAPESPCNPQCAPE

A lima bean core collection based on molecular markers

Some germplasm collections have a high number of accessions, which makes it difficult to explore the genetic variability present in the germplasm bank due to the redundancy and the difficulty of detailed analysis of all conserved accessions. Therefore, our study aimed to analyze the genetic diversity of 153 lima bean (Phaseolus lunatus) accessions for the purpose of constructing a core collection. Eleven SSRs were used for this purpose. The 153 lima bean accessions can be represented by low redundancy using a minimum of 34 accessions, thus representing 22 % of the size of the entire germplasm bank. The core collection had a higher Shannon diversity index and expected heterozygosity (1.906 and 0.811, respectively) than those presented by the entire germplasm bank (1.605 and 0.713, respectively), indicating a higher polymorphism of the representative cultivars in relation to the entire collection. The accessions selected for the core collection may be used in future studies of genome association as well as in genetic crosses in breeding programs aimed at developing improved cultivars with high genetic diversity which can meet current and future market needs

Fine mapping and cloning of the major seed protein quantitative trait loci on soybean chromosome 20

Soybean [Glycine max (L.) Merr.] is a unique crop species because it has high levels of both protein and oil in its seed. Of the many quantitative trait loci (QTL) controlling soybean seed protein content, alleles of the cqSeed protein-003 QTL on chromosome 20 exert the greatest additive effect. The high-protein allele exists in both cultivated and wild soybean (Glycine soja Siebold & Zucc.) germplasm. Our objective was to fine map this QTL to enable positional-based cloning of its underlying causative gene(s). Fine mapping was achieved by developing and testing a series of populations in which the chromosomal region surrounding the segregating high- versus low-protein alleles was gradually narrowed, using marker-based detection of recombinant events. The resultant 77.8 kb interval was directly sequenced from a G. soja source and compared with the reference genome to identify structural and sequence polymorphisms. An insertion/deletion variant detected in Glyma.20G85100 was found to have near-perfect +/- concordance with high/low-protein allele genotypes inferred for this QTL in parents of published mapping populations. The indel structure was concordant with an evolutionarily recent insertion of a TIR transposon into the gene in the low-protein lineage. Seed protein was significantly greater in soybean expressing an RNAi hairpin downregulation element in two independent events relative to control null segregant lineages. We conclude that a transposon insertion within the CCT domain protein encoded by the Glyma.20G85100 gene accounts for the high/low seed protein alleles of the cqSeed protein-003 QTL

Diatraea saccharalis history of colonization in the Americas: The case for human-mediated dispersal

The sugarcane borer moth, Diatraea saccharalis, is one of the most important pests of sugarcane and maize crops in the Western Hemisphere. The pest is widespread throughout South and Central America, the Caribbean region and the southern United States. One of the most intriguing features of D. saccharalis population dynamics is the high rate of range expansion reported in recent years. To shed light on the history of colonization of D. saccharalis, we investigated the genetic structure and diversity in American populations using single nucleotide polymorphism (SNPs) markers throughout the genome and sequences of the mitochondrial gene cytochrome oxidase (COI). Our primary goal was to propose possible dispersal routes from the putative center of origin that can explain the spatial pattern of genetic diversity. Our findings showed a clear correspondence between genetic structure and the geographical distributions of this pest insect on the American continents. The clustering analyses indicated three distinct groups: one composed of Brazilian populations, a second group composed of populations from El Salvador, Mexico, Texas and Louisiana and a third group composed of the Florida population. The predicted time of divergence predates the agriculture expansion period, but the pattern of distribution of haplotype diversity suggests that human-mediated movement was most likely the factor responsible for the widespread distribution in the Americas. The study of the early history of D. saccharalis promotes a better understanding of range expansion, the history of invasion, and demographic patterns of pest populations in the Americas.Fil: Francischini, Fabricio J. B.. Universidade Estadual de Campinas. Instituto de Biología; BrasilFil: Cordeiro, Erick M. G.. Universidade do Sao Paulo. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz; BrasilFil: Campos, Jaqueline B. de. Universidade Estadual de Campinas. Instituto de Biología; BrasilFil: Alves Pereira, Alessandro. Universidade Estadual de Campinas; BrasilFil: Gomes Viana, João Paulo. Universidade Estadual de Campinas. Instituto de Biología; BrasilFil: Wu, Xing. University of Illinois; Estados UnidosFil: Wei, Wei. University of Illinois; Estados UnidosFil: Brown, Patrick. University of Illinois; Estados UnidosFil: Joyce, Andrea. University of California; Estados UnidosFil: Murúa, María Gabriela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino. Provincia de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial "Obispo Colombres" (p). Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; ArgentinaFil: Fogliata, Sofia Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino. Provincia de Tucumán. Ministerio de Desarrollo Productivo. Estación Experimental Agroindustrial "Obispo Colombres" (p). Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; ArgentinaFil: Clough, Steven J.. University of Illinois; Estados Unidos. United States Department of Agriculture; Estados UnidosFil: Zucchi, María Inmaculada. Universidade Estadual de Campinas; Brasi

Comparação de métodos de isolamento do DNA em Handroanthus Serratifolius / Comparison of insulation methods of the DNA in Handroanthus Serratifolius

O ipê-amarelo (Handroanthus serratifolius) é uma espécie com grande potencial econômico devido ao uso da sua madeira e de diversos compostos com propriedades medicinais. Devido a sua importância econômica faz-se necessário o desenvolvimento de estudos moleculares que visam a caracterização genética dessa espécie. Uma vez que os estudos moleculares requerem um DNA puro e íntegro, o objetivo desse trabalho foi avaliar cinco métodos de extração de DNA genômico total em H. serratifolius: Dellaporta et al. (1983), Doyle e Doyle (1987), Clarke et al. (1989), Ferreira e Grattapaglia (1995) e Romano e Brasileiro (1998), com o objetivo de modificá-los e identificar o protocolo mais eficiente. O DNA foi extraído do tecido foliar e do caule de árvores de H. serratifolius e foi realizada na presença e na ausência de nitrogênio líquido. Com base nos resultados, foi possível identificar que o protocolo mais eficiente para a extração de DNA em H. serratifolius foi o descrito por Clarke et al. (1989), utilizando-se nitrogênio líquido na maceração. O DNA foliar apresentou uma concentração de 889,4ng/µl, com relação A260/280 de 2,03 e relação A260/230 de 0,64. Nos protocolos descritos por Dellaporta et al. (1983), Ferreira e Grattapaglia (1995) e Romano e Brasileiro (1998) obteve-se, respectivamente, os seguintes valores médios de concentração de DNA: 446,3ng/µl, 773,9ng/µl e 529,2ng/µl. A relação A260/280 foi de 1,87, 1,70 e 2,09; já para a relação A260/230 os valores obtidos foram 0,73, 1,20 e 0,68, respectivamente. O método descrito por Doyle e Doyle (1987) não apresentou ácido nucleico nas amostras analisadas. Nas extrações em que não utilizou-se nitrogênio líquido, o protocolo mais eficiente também foi o descrito por Clarke et al. (1989), gerando um DNA com concentração de 1371ng/µl, a relação A260/280 foi de 1,75 e a relação A260/230 foi de 0,95. Entretanto, os outros quatro protocolos também apresentaram resultados satisfatórios em relação à pureza do DNA. Para a extração de DNA a partir do caule, o protocolo mais eficiente, quantitativamente, para a extração de DNA de H. serratifolius foi o descrito por Dellaporta et al. (1983), na ausência de nitrogênio líquido durante a maceração. Sugere-se também o protocolo de Clarke et al. (1989) por ter sido o mais eficiente qualitativamente, na extração de DNA a partir do caule, sem a utilização de nitrogênio líquido

Euterpe edulis

We investigated the effects of E. edulis bioproducts (lyophilized pulp [LEE], defatted lyophilized pulp [LDEE], and oil [EO]) on nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) induced by a high-fat diet (HFD) in rats. All products were chemically analyzed. In vivo, 42 rats were equally randomized into seven groups receiving standard diet, HFD alone or combined with EO, LEE, or LDEE. After NAFLD induction, LEE, LDEE, or EO was added to the animals’ diet for 4 weeks. LEE was rich in polyunsaturated fatty acids. From LEE degreasing, LDEE presented higher levels of anthocyanins and antioxidant capacity in vitro. Dietary intake of LEE and especially LDEE, but not EO, attenuated diet-induced NAFLD, reducing inflammatory infiltrate, steatosis, and lipid peroxidation in liver tissue. Although both E. edulis bioproducts were not hepatotoxic, only LDEE presented sufficient benefits to treat NAFLD in rats, possibly by its low lipid content and high amount of phenols and anthocyanins

Arquivo de Memória Oral das Profissões da Comunicação (AMOPC)

O AMOPC designa um repositório de memórias orais dos profissionais das várias áreas da comunicação. O objetivo é a criação de um arquivo audiovisual em formato eletrónico, para recolha, recuperação, catalogação, preservação, disponibilização e aproveitamento de registos de memória histórica sobre as profissões da comunicação, aberto à sociedade civil e à comunidade académica mais alargada. O AMOPC poderá ser acedido e pesquisável através da internet, permitindo a rentabilização de materiais que se constituirão como fonte permanente de informação pedagógica e científica. Os media constituem um dos elementos mais determinantes das sociedades contemporâneas. À medida que à escala mundial se vai constituindo um híper sector, assistindo-se a fenómenos de convergência e de homogeneização cultural, os estudos na área da comunicação assumem um papel relevante para a compreensão das reconfigurações da esfera pública. Face à mudança nas atividades profissionais da área da comunicação, em termos tecnológicos, organizacionais e laborais, consideramos como prioridade o resgatar de memórias e vestígios plurais que tendem a ser ignorados e esquecidos, nas fontes oficiais e nos registos institucionais sobre a área da comunicação social. Optámos aqui por tomar a atividade da comunicação social como um todo, rejeitando a perspectiva de uma análise parcelar, por sector ou por suporte tecnológico, colocando as várias áreas ligadas aos media como um conjunto ocupacional (onde muitas trajetórias de vida cruzam diferentes áreas). Procuraremos diversificar as “ vozes” que “contam”, a nossa preocupação recairá na inclusão dos diversos grupos de profissionais, do diretor de informação de um canal de televisão, ao tipógrafo, ao gestor de comunicação, ao jornalista, ao account em comunicação, ao diretor do serviço ao cliente, ao revisor, ao assessor de imprensa, ao operador de imagem, ao copyright, ao fotógrafo, ao regente de estúdios, ao sonoplasta, etc. O caracter interdisciplinar é assegurado por uma equipa que 21 investigadores, de várias instituições do ensino superior, de Portugal e do Brasil. O nosso objectivo é alargar o projeto a outras instituições académicas e associações profissionais da área da comunicação. O projeto está numa fase de arranque, para a qual obteve financiamento em Dezembro de 2017, no Concurso Anual para Projectos de Investigação, Desenvolvimento, Inovação e Criação Artística do IPL-2016.Este trabalho insere-se no projeto de Investigação, Desenvolvimento, Inovação e Criação Artística do Instituto Politécnico de Lisboa (IDI&CA do IPL – 2016) com a referência IPL/2016/AMOPC_ESCS.N/

Manual de boas práticas e sustentabilidade no turismo

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The alpha-galactosidase A p.Arg118Cys variant does not cause a Fabry disease phenotype: data from individual patients and family studies

Lysosomal α-galactosidase A (α-Gal) is the enzyme deficient in Fabry disease (FD), an X-linked glycosphingolipidosis caused by pathogenic mutations affecting the GLA gene. The early-onset, multi-systemic FD classical phenotype is associated with absent or severe enzyme deficiency, as measured by in vitro assays, but patients with higher levels of residual α-Gal activity may have later-onset, more organ-restricted clinical presentations. A change in the codon 118 of the wild-type α-Gal sequence, replacing basic arginine by a potentially sulfhydryl-binding cysteine residue – GLA p.(Arg118Cys) –, has been recurrently described in large FD screening studies of high-risk patients. Although the Cys118 allele is associated with high residual α-Gal activity in vitro, it has been classified as a pathogenic mutation, mainly on the basis of theoretical arguments about the chemistry of the cysteine residue. However its pathogenicity has never been convincingly demonstrated by pathology criteria. We reviewed the clinical, biochemical and histopathology data obtained from 22 individuals of Portuguese and Spanish ancestry carrying the Cys118 allele, including 3 homozygous females. Cases were identified either on the differential diagnosis of possible FD manifestations and on case-finding studies (n=11; 4 males), or on unbiased cascade screening of probands’ close relatives (n=11; 3 males). Overall, those data strongly suggest that the GLA p.(Arg118Cys) variant does not segregate with FD clinical phenotypes in a Mendelian fashion, but might be a modulator of the multifactorial risk of cerebrovascular disease, since the allelic frequency in stroke patients was 0.0087 (p=0.0185 vs the general population). The Cys118 allelic frequency in healthy Portuguese adults (n=696) has been estimated as 0.001, therefore not qualifying for “rare” conditio