Epidemiología y bioinformática en el estudio de la leucemia linfoma de células t del adulto asociada a la infección con vlht-1

Objetivos Establecer la relación entre el número de provirus VLHT-1 y las características de la cromatina adyacente en casos de Leucemia Linfoma de Células T del Adulto. Metodología Se realizó una revisión sistemática y un metaanálisis de la literatura publica que considero como variables de estudio los provirus por cromosoma y características estructurales y funcionales de la cromatina adyacente a los sitios de integración. La concordancia entre los resultados de la evaluación que emitieron dos expertos fue evaluada con el coeficiente de Spearman Rho. Se evaluó el sesgo de publicación  mediante el gráfico de embudo y el estadígrafo Egger. De acuerdo con los resultados de la evaluación de la heterogeneidad se aplicó el modelo de efectos fijos para la combinación de los resultados de las integraciones que ocurrieron en: secuencias codificantes y secuencias codificantes de acuerdo con su función molecular. Resultados La concordancia entre expertos evaluadores fue de 0,7. No se encontró sesgo de publicación. Se determinó homogeneidad entre los estudios seleccionados (p and gt;0,05). El provirus VLHT-1 se integró en secuencias en regiones teloméricas y subteloméricas. La combinación de los resultados mostró una integración sitio dirigida hacia regiones codificantes del genoma humano (

Caracterización genómica de la integración in vitro del VIH-1 en células mononucleares de sangre periférica, macrófagos y células T de Jurkat

ResumenIntroducciónLa mayor parte del genoma celular es accesible a la integración retroviral; sin embargo, se propone que este proceso no es aleatorio y es dependiente de cada retrovirus.ObjetivosIdentificar y caracterizar las regiones del genoma humano en donde ocurre la integración del virus de la inmunodeficiencia humana de tipo 1 (VIH-1) en células mononucleares de sangre periférica, macrófagos y células T de Jurkat infectadas.Materiales y métodosSe seleccionaron 300 secuencias de ADN humano obtenidas por el método de ligación mediada por PCR, previamente depositadas en el GenBank. Utilizando el programa BLAST, sólo 264 de ellas se incluyeron en el estudio, pues se pudo obtener información sobre localización cromosómica, genes anotados, secuencias repetidas, número de islas CpG y tiempo medio de replicación, entre otras variables genómicas. Estas secuencias se exportaron a otras bases de datos.ResultadosEl 53% (140/264) de las integraciones se registraron en bandas G. El 70,45% de los provirus se localizaron en los genes humanos anotados, mientras que el restante lo hizo en elementos repetidos. En general, la selección del sitio de integración se relacionó con las características locales genómicas y estructurales de la cromatina, entre las que se incluyen secuencias Alu-Sx y L1, densidad génica y de islas CpG, remodelación de la cromatina y tiempo de replicación. Éstas influenciarían la interacción eficiente del complejo de preintegración con los genomas celulares.ConclusiónSe determinó que la integración del VIH-1 en los genomas celulares estudiados estaría condicionada por características diferenciales de la cromatina y por procesos epigenéticos que influirían la selección del sitio blanco de integración.AbstractIntroductionMost of the infected host cell genome is available for retroviral integration; however, it has been proposed that this process does not occur at random and depends upon each type of retrovirus.ObjectiveThe objective is to identify and characterize differences in human genome regions of peripheral blood mononuclear cells, macrophages and Jurkat T cells in which integration of HIV-1 occurs.Material and MethodsThree hundred human DNA genome sequences, previously deposited in the GenBank, were selected at random. Using program BLAST, only 264 of them were included in the study because relevant information about chromosomal position, associated genes, repetitive sequences, number of CpG islands and average replication time was available; these sequences were exported to other data bases for analysis.Results53% (140/264) of integrations were located on G bands. 70.45% of provirus was located in human genes and the rest was located in repetitive elements. In general the integration site selection was correlated with genomics and structural characteristics of cell chromatin including Alu-Sx and L1 sequences, gene and CpG island densities, remodeling of chromatin, and replication time. All of them would influence the efficient interaction between the pre-integration complex and target cell genomes.ConclusionIt was determined that HIV-1 integration in target cellular genomes would be conditioned by differential characteristics of associated chromatin and by epigenetic processes that would influence the selection of integration sites

Temporal and Spatial Differential Expression of Glutamate Receptor Genes in the Brain of Down Syndrome

Studying the dysregulation of expression of glutamate receptors is crucial to better understand the mechanisms associated with cognitive disabilities in Down syndrome (DS) patients. By using data of microarray experiments previously deposited in GEO Dataset, we studied the expression of 26 glutamate receptor genes in DS brain samples since prenatal to adult age in several brain structures. Overall, our results showed a complexity in the expression of the genes which were dependent mainly on the brain structure analyzed; especially, the hippocampus showed a different expression pattern. While in the general brain analysis the overexpressed genes were GRIN3A and GRIN2C, higher expression levels of GRM1, GRID2, and GRIK1 gene receptors were recorded in hippocampus. Our results suggest that the glutamatergic system in association with other neurotransmitter systems in the human brain would associate with glutamatergic receptor alterations to bring upon synaptic changes and cognitive deficits in DS models

Proposiciones de la Filosofía, que defenderá D. Felipe Carlos de Vallejo y Alcedo : asistido del Doct. D. Josef Tomas y García ... día 26 de Noviembre de 1782

Marcan tipográfica en la portadaSign.: A-E4, F

Análisis sistémico IN SILICO de la expresión diferencial de genes localizados en la región crítica del síndrome de Down (DSCR) en el cerebro humano

Uno de los retos más importantes de este siglo en la neurología genómica es construir mapas de expresión espacial de genes a lo largo de las distintas estructuras cerebrales con el fin de correlacionarlos con ciertas neuropatologías. Se analizaron los perfiles de transcripción de ocho genes HAS21 localizados en la región crítica del síndrome de Down en diferentes estructuras del cerebro humano normal. Se tomaron como referencia los valores de expresión de ocho genes HAS21/DSCR provenientes de experimentos de micromatrices de ADN de cerebros humanos normales y cuyos valores están disponibles en la base de datos del proyecto cerebro humano del Atlas del Cerebro del Allen Institute for Brain Sciences en Seattle, Washington (http://www.brain-map.org). Se determinó una expresión diferencial de estos genes HAS21/DSCR a lo largo de las estructuras localizadas en el lóbulo frontal, el lóbulo límbico y en los núcleos centrales. En el putamen, el núcleo caudado, el giro parahipocampal y en las áreas centrales se registraron los mayores niveles de transcripción global; estas áreas del cerebro parecen estar asociadas con diversos procesos de aprendizaje y de memoria. Se correlacionó la transcripción diferencial de genes DSCR con la localización cerebral y su potencial papel funcional

Perspectiva y comprensión bioquímica del síndrome de Down

Down Syndrome (DS) is a chromosomal aberration where 21 chromosome is total or partial duplicate. DS is a common cause for mental retardation and its prevalence in general population is 1/600 to 1/1000 in live borns becoming an important resource spending cause to national public health programs. Embryonary ethiology of DS is associated to non chromosomal disjunction at meiosis I on maternal gametes. However, molecular explanation for this phenomenom is not known. The only epidemiological factor accepted for DS is maternal age. Currently, several research groups have proposed metabolic errors on Folate cycle as a possible factor associated to DS specially genetic mutation on Methylene Tetrahydrofolate Reductase (MTHFR) and Mehionine Synthase Reductase (MTRR). This review shows cur¬rently literature in this topic and proposed an association between high levels of plasmatic homocysteineEl síndrome de Down (SD) es una alteración cromosómica numérica consistente en un cromosoma 21 extra o una porción del mismo en el complemento normal de un individuo, convirtiéndose en la causa genética más común de retardo mental en humanos con una incidencia de 1/600 – 1/1.000 nacidos vivos lo que genera una gran carga para el sistema de salud y condiciona en alto grado el desarrollo y atención de estos niños. La etiología embriológica del SD es principalmente debida a la no disyunción del cromosoma 21 durante la división meiótica I materna, evento cuya naturaleza molecular no se ha aclarado plenamente. La única variable aceptada en todo el mundo relacionada con la aparición de este síndrome es la edad materna y recientemente se ha planteado que dentro de las posibles causas estudiadas están los defectos en el metabolismo del ácido fólico, principalmente los debidos a errores congénitos en los genes que codifican las enzimas mutilentetrahidrofolatorreductasa MTHFR y metionina sintetasa reductasa MTRR. La presente revisión muestra los estudios realizados en la última década, donde se observa una asociación entre concentraciones elevadas de homocisteína total en plasma e hipometilación y el incremento del riesgo de tener hijos con SD

Evaluación del daño oxidativo y por metilación del ADN de pintores expuestos ocupacionalmente a solventes orgánicos y pinturas

Introduction: The exposure to organic solvents and paints has been associated with genotoxicity and a greater risk of neoplasms. However, the type of DNA damage induced in humans by the exposure to these compounds, which would help explain the mechanisms of their genotoxicity, is still not fully characterized. Due to inadequate practices of occupational safety, car painters in the informal sector are a highly exposed group to organic solvents and paints.Objective: To identify the oxidative and methylating damage in the DNA of lymphocytes of car painters exposed to organic solvents and paints.Materials and methods: Isolated peripheral blood lymphocytes from 62 painters and 62 unexposed subjects were analyzed by the modified high-throughput comet assay with the Fpg and AlkA enzymes. The categories used for the evaluation of the DNA damage were basal damage (without enzymes), oxidative and methylating damage. The measurement parameter used to establish the damage was the percentage of DNA in the tail.Results: The percentage of DNA in the tail was higher in the exposed group compared to the unexposed group (p<0.05). In the exposed group, this percentage was higher in the oxidative damage category than the baseline (16.50 vs. 12.87; p<0.001), whereas methylating damage did not show significant differences (14.00 vs. 12.87; p>0.05).Conclusion: In this study, exposure to organic solvents and paints was associated with an increase in oxidative lesions in the DNA of car painters’ lymphocytes, such as the production of 8-oxodG and other formamidopyrimidine products which are considered highly mutagenic.Introducción. La exposición a solventes orgánicos y pinturas se ha asociado con efectos genotóxicos y mayor riesgo de neoplasias. Sin embargo, aún no se ha caracterizado bien el tipo de daño que esta exposición induce en el ADN humano, ni los mecanismos por los cuales se genera. Uno de los grupos con mayor exposición a dichos solventes y pinturas son los pintores de automóviles del sector informal que trabajan sin adecuadas prácticas de seguridad ocupacional.Objetivo. Determinar el daño oxidativo y por metilación del ADN de linfocitos de pintores de automóviles expuestos a solventes orgánicos y pinturas.Materiales y métodos. Se analizaron linfocitos aislados de sangre periférica de 62 pintores y 62 sujetos no expuestos mediante el ensayo cometa de gran eficiencia acoplado a las enzimas Fpg y AlkA. Las categorías de daño en el ADN evaluadas fueron el daño basal (sin enzimas), el daño oxidativo y el daño por metilación, y el parámetro de medición, el porcentaje de ADN en la cola.Resultados. El porcentaje de ADN en la cola fue mayor en el grupo expuesto con respecto al no expuesto (p<0,05). En el grupo expuesto, dicho porcentaje fue mayor en la categoría de daño oxidativo comparado con la del basal (16,50 Vs. 12,87; p<0,001), en tanto que en el daño por metilación no se encontraron diferencias significativas (14,00 Vs. 12,87; p>0,05).Conclusión. La exposición a solventes orgánicos y pinturas se asoció con el aumento de las lesiones oxidativas del ADN de los linfocitos de pintores de automóviles, tales como la producción de 8-oxo-2’-desoxiguanosina (8-oxodG) y otros productos formamidopirimidina, los cuales se consideran considerablemente mutagénicos

Functional Neurogenomics: A New Approach to Study Cognitive Disability in Down Syndrome Brain

Functional neurogenomics is the interface between neurosciences knowledge and Omics sciences data. It characterizes, identifies, and analyzes expression of genes involved in the function of several structures of brain and cognition. Its major goal is to understand the main pathways of brain function, plasticity, and the etiopathogenesis of brain diseases. We have done an integrate analysis of global brain gene expression linked to cognitive disability in Down syndrome. It is a new approach to better understand the control of complex brain networks of gene expression involved in this syndrome. The objective of the chapter is to present computationally simulate data of global expression of 108 genes associated with cognitive disability and neuroplasticity from DNA microarray experiments of postmortem brain from normal controls and patients with Down syndrome. Some genes that were studied are involved in metabolic process and also promote hippocampal plasticity; interventions reawaken the neural plasticity may permit improved cognition. One of the striking findings was that some of the causes of dysregulation appear to result in the brain being trapped in an immature state of synaptic development. Understanding the functional neurogenomics of Down syndrome brain, emerge a new scenario to partially overcome cognitive disability through new prospective genomic therapies

Caracterização estrutural e funcional de genes associados à Pré-eclâmpsia expressaram em humanos placenta

Introduction: Preeclampsia still is the main cause of perinatal morbi-mortality; due to the advance in the application of the omics sciences the knowledge about its molecular etiology has increased in the last years, this has led to the identification of candidate genes, which would be involved in its pathogenesis.Objective: To identify those genes, expressed in placenta that are associated with preeclampsia and compare their structural and functional characteristics. Methods: From a literature review, 16 genes were found, whose expression in placenta was associated to the pathol­ogy. Data mining was performed including the following genomic variables: number of genes, genomic size, coding exon count, CpG islands and repeat elements in a 100Kbp window. For the Bioinformatics analysis, we used differ­ent resources of the NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) and the UCSC Genome Browser (http://genome.ucsc.edu/). Furthermore, the portal BioGPS (http://biogps.gnf.org/#goto=welcome) Was used to determine the expression levels of each gene per tissue.Results: Significant differences were found for the non-coding elements of the chromatin in that associated genes, in comparison with controls (Kruskall-Wallis test, P= 0.0341824). The genes LEP, EBI3, PROCR, FSTL3, HEXB, INHBA and ENG were the ones with the highest z- score values in preeclampsic placenta.Conclusion: The application of computational tools has become a powerful instrument for the integrated analysis of gene expression and its role in the pathogenesis of PE. This would lead to an early detection of affected women.Introducción: La preeclampsia continúa siendo la primera causa de morbimortalidad perinatal. El conocimiento sobre su etiología molecular se ha incrementado en los últimos años debido al avance en la aplicación de las ciencias “ómicas”. Ello ha llevado a identificar genes candidatos que participarían en su patogénesisObjetivo: Identificar y caracterizar estructural y funcionalmente genes expresados en placenta que se asocian con preeclampsia.Métodos: A partir de una revisión de literatura de los últimos diez años, se identificaron 16 genes cuya expresión en placenta estaba asociada con la patología. Se realizó la minería de datos incluyendo las siguientes variables: número de genes, tamaño de los genes, número de exones codificantes, islas CpG y las familias de los diferentes elementos repetidos en una ventana de 100Kbp. Mediante un análisis bioinformático, usando los diferentes recursos del NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) y del Genome Browser de UCSC (http://genome.ucsc.edu/). Adicionalmente se usó el portal BioGPS (http://biogps.gnf.org/#goto=welcome), se determinaron los niveles de expresión de cada gen por tejidosResultados: Se registraron diferencias en la cromatina que contiene las familias de elementos no codificantes de los genes asociados en comparación con los controles (Prueba de Kruskall-Wallis, P= 0.0341824). Los genes LEP, EBI3, PROCR, FSTL3, HEXB, INHBA y ENG fueron los que registraron el mayor puntaje z en placentas preeclámpsicas.Conclusión: La aplicación de las herramientas bioinformáticas se convierte en un instrumento potente para el análisis integrado de la expresión de genes y su papel en la patogénesis de la PE. Esto conllevaría a la identificación temprana de mujeres afectadas. Introdução: A pré-eclâmpsia ainda é a principal causa perinatal Morbi-mortalidade; devido ao avanço na aplicação das ciências “ómicas” o conhecimento sobre sua etiologia molecular tem aumentado nos últimos anos, Isto levou à identificação de genes candidatos, que estariam envolvidos na sua Patogênese.Objetivo: Para identificar esses genes, Expresso em placenta que está associada à pré-eclâmpsia e comparar as suas características estruturais e funcionais.Métodos: A partir de uma revisão da literatura, foram encontrados 16 genes, cuja expressão na placenta foi asociada à patología. Extração de dados Foi realizada incluindo as seguintes variáveis genómicas: Número de genes, tamanho genômico, exon contagem de codificação, CpG ilhas e repetir elementos em uma janela de 100Kbp. Para a aná­lise bioinformática, Utilizamos diferentes recursos do NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) e do UCSC Genome Browser (http://genome.ucsc.edu/).Além disso, o portal BioGPS (http://biogps.gnf.org/#goto=welcome) foi utilizado para determinar os níveis de ex­pressão de cada gene por tecido.Resultados: Se encontrou diferenças significativas para os elementos não codificantes da cromatina nos genes asso­ciados, Em comparação com os controlos (teste de Kruskall-Wallis, P = 0,0341824). Os genes LEP, EBI3, PROCR, FSTL3, HEXB, INHBA e ENG foram os que apresentaram os maiores valores de z-score na placenta pré-eclâmpsica.Conclusão: A aplicação de ferramentas computacionais tornou-se um poderoso instrumento para a análise integra­da da expressão gênica e seu papel na patogênese da PE. Isso levaria a uma detecção precoce das mulheres afetadas