Plataforma de supercomputación para bioinformática

En el año 2007 la Universidad de Málaga amplió y trasladó sus recursos de cálculo a un nuevo centro dedicado exclusivamente a la investigación: el edificio de Supercomputación y Bioinnovación sito en el Parque Tecnológico de Andalucía. Este edificio albergaría también la Plataforma Andaluza de Bioinformática junto con otras unidades y laboratorios con instrumentación muy especializada. Desde aquel momento he trabajado como administrador de los recursos de supercomputación del centro y como parte del equipo bioinformático para proporcionar soporte a un gran número de investigadores en sus tareas diarias. Teniendo una visión de ambas partes, fue fácil detectar las carencias existentes en la bioinformática que podían ser cubiertas con una aplicación adecuada de los recursos de cálculo disponibles, y ahí es donde surgió la semilla que nos llevó a comenzar los primeros trabajos que componen este estudio. Al haberse realizado en un entorno tan orientado a la resolución de problemas como el que hemos descrito, esta tesis tendrá un carácter eminentemente práctico, donde cada aportación realizada lleva un importante estudio teórico detrás, pero que culmina en un resultado práctico concreto que puede aplicarse a problemas cotidianos de la bioinformática o incluso de otras áreas de la investigación. Así, con el objetivo de facilitar el acceso a los recursos de supercomputación para los bioinformáticos, hemos creado un generador automático de interfaces web para programas que se ejecutan en línea de comandos, que permite ejecutar los trabajos utilizando recursos de supercomputación de forma transparente para el usuario. Además aportamos un sistema de escritorios virtuales que permiten el acceso remoto a un conjunto de programas ya instalados que proporcionan interfaces visuales para analizar pequeños conjuntos de datos o visualizar los resultados más complejos que hayan sido generados con recursos de supercomputación. Para optimizar el uso de los recursos de supercomputación hemos diseñado un nuevo algoritmo para la ejecución distribuida de tareas, que puede utilizarse tanto en el diseño de nuevas herramientas como para optimizar la ejecución de programas ya existentes. Por otra parte, preocupados por el incremento en la cantidad de datos producidos por las técnicas de ultrasecuenciación, aportamos un nuevo formato de compresión de secuencias, que además de reducir el espacio de almacenamiento utilizado, permite buscar y extraer rápidamente cualquier secuencia almacenada sin necesidad de descomprimir el archivo completo. En el desarrollo de nuevos algoritmos para resolver problemas biológicos concretos, proporcionamos cuatro herramientas nuevas que abarcan la búsqueda de regiones divergentes en alineamientos, el preprocesamiento y limpieza de lecturas obtenidas mediante técnicas de ultrasecuenciación, el análisis de transcriptomas de especies no modelo obtenidos mediante ensamblajes de novo y un prototipo para anotar secuencias genómicas incompletas. Como solución para la difusión y el almacenamiento a largo plazo de resultados obtenidos en diversas investigaciones, se ha desarrollado un sistema genérico de máquinas virtuales para bases de datos de transcriptómica que ya está siendo utilizado en varios proyectos. Además, con el ánimo de difundir los resultados de nuestro trabajo, todos los algoritmos y herramientas productos de esta tesis se han publicado como código abierto en https://github.com/dariogf

Tecnología de la información y la comunicación como estrategias para la competitividad en el sector hotelero de Montañita, Ecuador

En Ecuador, la comuna de Montañita es en un importante destino para los turistas, reconocido en América Latina, como un atractivo para quienes visitan la costa ecuatoriana. En la investigación se desarrolla un estudio sobre el uso de las TIC como una estrategia de marketing que contribuya a mejorar la competitividad del sector hotelero en la comunidad Montañita, en la provincia de Santa Elena, Ecuador. El objetivo de la presente investigación es evaluar el uso de las Tics como estrategias para mejorar la competitividad del sector turístico hotelero de Montañita, Ecuador. La investigación tiene un enfoque mixto, es aplicada y descriptiva; donde se consultan información a partir de la demanda y oferta turística. Para el desarrollo del estudio fueron encuestados 393 turistas y entrevistados 43 gerentes/propietarios de establecimientos hoteleros. Los resultados de la aplicación de las encuestas reflejaron que la mayoría de los turistas obtienen información de Montañita es a través de Internet y casi todos los negocios disponen de al menos una computadora. El estudio demuestra la existencia de un grupo de barreras que no permiten mayor avance como son: problemas de seguridad, empresas no están preparadas para las ventas por internet, problemas de infraestructura tecnológica y falta de preparación del personal. Se propone la aplicación de un grupo de estrategias de marketing digital que se deben aplicar en el sector hotelero de la comuna de Montañita en busca de la mejora de la competitividad

Revealing the diversity of introduced Coffea canephora germplasm in Ecuador: Towards a national strategy to improve robusta

Genetic resources of Coffea canephora have been introduced in several tropical countries with potential for crop development. In Ecuador, the species has been cultivated since the mid-20th century. However, little is known about the diversity and genetic structure of introduced germplasm. This paper provides an overview of the genetic and phenotypic diversity of C. canephora in Ecuador and some proposals for implementing a breeding program. Twelve SSR markers were used to analyze 1491 plants of C. canephora grown in different living collections in Ecuador, compared to 29 genotypes representing the main genetic and geographic diversity groups identified within the species. Results indicated that most of the genotypes introduced are of Congolese origin, with accessions from both main subgroups, SG1 and SG2. Some genotypes were classed as hybrids between both subgroups. Substantial phenotypic diversity was also found, and correlations were observed with genetic diversity. Ecuadorian Robusta coffee displays wide genetic diversity and we propose some ways of improving Robusta in Ecuador. A breeding program could be based on three operations: the choice of elite clones, the introduction of new material from other countries (Ivory Coast, Uganda), and the creation of new hybrid material using genotypes from the different diversity groups. (Résumé d'auteur

Propuesta en Supply Chain Management y logistica en la Empresa Agroindustrias del Cauca

Esta investigación se realizó para comprender la importancia del proceso de integración que las empresas siguen para implementar la Gestión de la Cadena de Suministro y las principales barreras y beneficios relacionados con esta estrategia. En el proceso exploratorio de este documento y la necesidad de obtener un conocimiento profundo del desarrollo de SCM en el sector azucarero colombiano, podemos demostrar que la Gestión de la Cadena de Suministro es una herramienta fundamental que influye significativamente en la calidad, la gestión del producto y la Cadena de valor de las empresas que nos permite ser más competitivos. Supply Chain Management es la integración de procesos comerciales claveThis research was carried out to understand the importance of the integration process that companies follow to implement Supply Chain Management and the main barriers and benefits related to this strategy. In the exploratory process of this document and the need to obtain a deep knowledge of the development of SCM in the Colombian sugar sector, we can demonstrate that Supply Chain Management is a fundamental tool that significantly influences quality, product management and the value chain of companies that allows us to be more competitive. Supply Chain Management is the integration of key business processes Key words: supply chain management, value chai

In Vitro Generation of Novel Functionalized Biomaterials for Use in Oral and Dental Regenerative Medicine Applications. Running Title: Fibrin–Agarose Functionalized Scaffolds

Supplementary Materials The following are available online at https://www.mdpi.com/1996-1944/13/7/1692/s1, Table S1: Statistical comparison of staining intensity for histochemical and immunohistochemical analyses in the specific samples considered in the present study.Recent advances in tissue engineering offer innovative clinical alternatives in dentistry and regenerative medicine. Tissue engineering combines human cells with compatible biomaterials to induce tissue regeneration. Shortening the fabrication time of biomaterials used in tissue engineering will contribute to treatment improvement, and biomaterial functionalization can be exploited to enhance scaffold properties. In this work, we have tested an alternative biofabrication method by directly including human oral mucosa tissue explants within the biomaterial for the generation of human bioengineered mouth and dental tissues for use in tissue engineering. To achieve this, acellular fibrin–agarose scaffolds (AFAS), non-functionalized fibrin-agarose oral mucosa stroma substitutes (n-FAOM), and novel functionalized fibrin-agarose oral mucosa stroma substitutes (F-FAOM) were developed and analyzed after 1, 2, and 3 weeks of in vitro development to determine extracellular matrix components as compared to native oral mucosa controls by using histochemistry and immunohistochemistry. Results demonstrate that functionalization speeds up the biofabrication method and contributes to improve the biomimetic characteristics of the scaffold in terms of extracellular matrix components and reduce the time required for in vitro tissue development.Spanish Plan Nacional de Investigacion Cientifica, Desarrollo e Innovacion Tecnologica (I +D +I) of the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness (Instituto de Salud Carlos III) (ERDF-FEDER, European Union) FIS PI18/331 PI18/332Plan propio, Universidad de Granada PSETC_19_001Consejeria de Economia, Conocimiento, Empresas y Universidad, Junta de Andalucia (European Regional Development Fund -FEDER

EuroPineDB: a high-coverage web database for maritime pine transcriptome

Pinus pinaster is an economically and ecologically important species that is becoming a woody gymnosperm model. Its enormous genome size makes whole-genome sequencing approaches are hard to apply. Therefore, the expressed portion of the genome has to be characterised and the results and annotations have to be stored in dedicated databases

Host factor PLAC8 is required for pancreas infection by SARS-CoV-2

Although mounting evidence demonstrated that pancreas is infected by SARS-CoV-2 the severity and pathophysiology of pancreatic COVID-19 disease are still unclear. Here we investigated the consequences of SARS-CoV-2 infection of the pancreas and the role of Placenta-associated protein-8 (PLAC8). Our data showed pancreatic damage in patients who died from COVID-19. Notably, circulating pancreatic enzymes stratified patients according to COVID-19 severity and outcome. PLAC8 expression was associated with SARS-CoV-2 infection in postmortem analysis of COVID-19 patients and functional assays demonstrated the requirement of PLAC8 in SARS-CoV-2 pancreatic infection. Full SARS-CoV-2 infectious virus revealed a requirement of PLAC8 for efficient viral infection of pancreatic cell lines. Finally, we observed colocalization of PLAC8 and SARS-CoV-2 in the pancreas of deceased patients. In conclusion, our data confirm the human pancreas as a SARS-CoV-2 target and demonstrate the requirement of PLAC8 for SARS-CoV-2 pancreatic infection thereby opening new target opportunities for COVID-19-associated pancreatic pathogenesis.N

Gestión del conocimiento. Perspectiva multidisciplinaria. Volumen 17

El libro “Gestión del Conocimiento. Perspectiva Multidisciplinaria”, Volumen 17 de la Colección Unión Global, es resultado de investigaciones. Los capítulos del libro, son resultados de investigaciones desarrolladas por sus autores. El libro es una publicación internacional, seriada, continua, arbitrada, de acceso abierto a todas las áreas del conocimiento, orientada a contribuir con procesos de gestión del conocimiento científico, tecnológico y humanístico. Con esta colección, se aspira contribuir con el cultivo, la comprensión, la recopilación y la apropiación social del conocimiento en cuanto a patrimonio intangible de la humanidad, con el propósito de hacer aportes con la transformación de las relaciones socioculturales que sustentan la construcción social de los saberes y su reconocimiento como bien público

VIII Encuentro de Docentes e Investigadores en Historia del Diseño, la Arquitectura y la Ciudad

Acta de congresoLa conmemoración de los cien años de la Reforma Universitaria de 1918 se presentó como una ocasión propicia para debatir el rol de la historia, la teoría y la crítica en la formación y en la práctica profesional de diseñadores, arquitectos y urbanistas. En ese marco el VIII Encuentro de Docentes e Investigadores en Historia del Diseño, la Arquitectura y la Ciudad constituyó un espacio de intercambio y reflexión cuya realización ha sido posible gracias a la colaboración entre Facultades de Arquitectura, Urbanismo y Diseño de la Universidad Nacional y la Facultad de Arquitectura de la Universidad Católica de Córdoba, contando además con la activa participación de mayoría de las Facultades, Centros e Institutos de Historia de la Arquitectura del país y la región. Orientado en su convocatoria tanto a docentes como a estudiantes de Arquitectura y Diseño Industrial de todos los niveles de la FAUD-UNC promovió el debate de ideas a partir de experiencias concretas en instancias tales como mesas temáticas de carácter interdisciplinario, que adoptaron la modalidad de presentación de ponencias, entre otras actividades. En el ámbito de VIII Encuentro, desarrollado en la sede Ciudad Universitaria de Córdoba, se desplegaron numerosas posiciones sobre la enseñanza, la investigación y la formación en historia, teoría y crítica del diseño, la arquitectura y la ciudad; sumándose el aporte realizado a través de sus respectivas conferencias de Ana Clarisa Agüero, Bibiana Cicutti, Fernando Aliata y Alberto Petrina. El conjunto de ponencias que se publican en este Repositorio de la UNC son el resultado de dos intensas jornadas de exposiciones, cuyos contenidos han posibilitado actualizar viejos dilemas y promover nuevos debates. El evento recibió el apoyo de las autoridades de la FAUD-UNC, en especial de la Secretaría de Investigación y de la Biblioteca de nuestra casa, como así también de la Facultad de Arquitectura de la UCC; va para todos ellos un especial agradecimiento

Why Assembling Plant Genome Sequences Is So Challenging

In spite of the biological and economic importance of plants, relatively few plant species have been sequenced. Only the genome sequence of plants with relatively small genomes, most of them angiosperms, in particular eudicots, has been determined. The arrival of next-generation sequencing technologies has allowed the rapid and efficient development of new genomic resources for non-model or orphan plant species. But the sequencing pace of plants is far from that of animals and microorganisms. This review focuses on the typical challenges of plant genomes that can explain why plant genomics is less developed than animal genomics. Explanations about the impact of some confounding factors emerging from the nature of plant genomes are given. As a result of these challenges and confounding factors, the correct assembly and annotation of plant genomes is hindered, genome drafts are produced, and advances in plant genomics are delayed