Propositions méthodologiques pour l'évaluation du dispositif CODEV-OGAF de la province Nord en Nouvelle-Calédonie : travaux réalisés par l'axe III de l'IAC avec un mission d'appui du CIRAD département Environnement et Sociétés

Nota: dans ce qui suit, les projets soutenus par le CODEV ou soutenus par le dispositif CODEV OGAF seront désignés sous le terme générique projet CODEV et ce pour des commodités de rédaction uniquement ? Ce rapport est une contribution au montage de l'étude d'évaluation du CODEV1 en province Nord de Nouvelle-Calédonie, confié à l'IAC (convention n°09C248/2009). Il rend compte des travaux conduits par l'équipe de l'IAC associée à deux chercheurs du Cirad durant le mois de février 2010. Conformément aux termes de la convention, les travaux conduits ont permis de préparer les travaux proprement dits de l'évaluation (enquête et entretiens, traitement des données), devant faire l'objet d'une autre convention et devant déboucher sur la remise du rapport final d'évaluation fin juillet. La question de l'évaluation du CODEV suppose que l'on replace ce dispositif dans l'histoire récente des politiques publiques de la province constituée en tant qu'exécutif territorial à partir de 1988 date des Accords Matignon Oudinot. Cette évaluation pose des problèmes de méthode pour plusieurs raisons et notamment, la durée du dispositif (1990-2010) et les évolutions du contexte, l'absence de situation de référence ou d'échantillon de "contrôle", les changements d'orientations... Il a été retenu de combiner une approche qualitative et quantitative (quand cela est possible) qui fait appel à: (i) une enquête représentative sur un échantillon tiré de manière aléatoire dans l'ensemble des projets soutenus par le CODEV; (ii) une série d'entretiens semi ouverts conduits à partir d'une grille auprès d'un échantillon raisonné de promoteurs choisis en collaboration avec les services techniques de la province pour leur signification économique et sociale; (iii) une série d'entretiens avec les acteurs en charge du dispositif CODEV. Enfin sur la base des premiers résultats et analyses, deux sessions d'échanges avec les services de la province permettront de déboucher sur une analyse partagée des conclusions et des perspectives. Une partie du travail a consisté à préparer la base de données pour le tirage de l'échantillon. Cette base a été constituée à partir d'une extraction de la base de données de la province Nord, contenant l'ensemble des projets enregistrés jusqu'en février 2010 et les ajouts de la base de suivi constituée par l'IAC en collaboration avec la province en 2009. Ont enfin été retirés de la base d'échantillonnage les quelques projets de trop grande ampleur, dont le suivi en peut se résoudre à un passage rapide d'un questionnaire, mais relève davantage de l'audit. Des analyses préalables au tirage au sort permettent d'ores et déjà de dresser un état des projets financés par le CODEV. Ces analyses ont permis de stratifier la population des projets et de préparer le tirage au sort. La base de données préparée pour le tirage représente la population qui fait l'objet de cette évaluation est constituée de 3 362 projets financés entre 1989 et 2008 (compris) pour 2 720 promoteurs. Ces projets représentent un montant total des plans de financement de 9,8 milliards dont 3,4 milliards de subventions versées par la province Nord. L'objectif fixé pour cette évaluation était 400 projets enquêtés soit un taux de sondage de 12%. Pour disposer d'un échantillon un peu plus large, 448 projets ont été tirés au hasard dans la base de sondage (tirage avec stratification par période et type de projet), soit un taux de sondage de plus de 13%. Cette enquête sur échantillon représentatif produira des informations extrapolables sur l'ensemble du dispositif CODEV. L'autre partie du travail a consisté à mettre au point les guides d'enquêtes et d'entretien pour les promoteurs. Un premier questionnaire a été élaboré à partir de quelques tests successifs auprès d'un petit nombre de promoteurs choisis pour leur disponibilité et leur ouverture pour se prêter à ce type d'exercice. Ce questionnaire permet de saisir les caractéristiques socio économiques des promoteurs et de leur m

A Plant-Derived Morphinan as a Novel Lead Compound Active against Malaria Liver Stages

BACKGROUND: The global spread of multidrug–resistant malaria parasites has led to an urgent need for new chemotherapeutic agents. Drug discovery is primarily directed to the asexual blood stages, and few drugs that are effective against the obligatory liver stages, from which the pathogenic blood infection is initiated, have become available since primaquine was deployed in the 1950s. METHODS AND FINDINGS: Using bioassay-guided fractionation based on the parasite's hepatic stage, we have isolated a novel morphinan alkaloid, tazopsine, from a plant traditionally used against malaria in Madagascar. This compound and readily obtained semisynthetic derivatives were tested for inhibitory activity against liver stage development in vitro (P. falciparum and P. yoelii) and in vivo (P. yoelii). Tazopsine fully inhibited the development of P. yoelii (50% inhibitory concentration [IC(50)] 3.1 μM, therapeutic index [TI] 14) and P. falciparum (IC(50) 4.2 μM, TI 7) hepatic parasites in cultured primary hepatocytes, with inhibition being most pronounced during the early developmental stages. One derivative, N-cyclopentyl-tazopsine (NCP-tazopsine), with similar inhibitory activity was selected for its lower toxicity (IC(50) 3.3 μM, TI 46, and IC(50) 42.4 μM, TI 60, on P. yoelii and P. falciparum hepatic stages in vitro, respectively). Oral administration of NCP-tazopsine completely protected mice from a sporozoite challenge. Unlike the parent molecule, the derivative was uniquely active against Plasmodium hepatic stages. CONCLUSIONS: A readily obtained semisynthetic derivative of a plant-derived compound, tazopsine, has been shown to be specifically active against the liver stage, but inactive against the blood forms of the malaria parasite. This unique specificity in an antimalarial drug severely restricts the pressure for the selection of drug resistance to a parasite stage limited both in numbers and duration, thus allowing researchers to envisage the incorporation of a true causal prophylactic in malaria control programs

In situcharacterization of floc morphology by image analysis in a turbulent Taylor-Couette reactor

Flocculation of bentonite was performed in a turbulent Taylor–Couette reactor under various shear rates. Image processing enabled to determine various morphological characteristics of individual flocs. Not only their mean values but also their distributions were studied under various hydrodynamic conditions. Relevant properties were selected. The temporal evolution of radius of gyration and circularity distributions was monitored during the flocculation process. Although size and shape are obviously correlated, this article points out that their dependency to hydrodynamics is different, showing that flocs of similar sizes produced under different hydrodynamic conditions exhibit different shapes. The sizes are calibrated by the turbulence as the double radius of gyration is close to Kolmogorov microscale, whereas the circularity seems correlated to the rotation speed. © 2014 American Institute of Chemical Engineers AIChE J, 60: 2389–2403, 201

Sequence-sensitive elastic network captures dynamical features necessary for miR-125a maturation.

The Elastic Network Contact Model (ENCoM) is a coarse-grained normal mode analysis (NMA) model unique in its all-atom sensitivity to the sequence of the studied macromolecule and thus to the effect of mutations. We adapted ENCoM to simulate the dynamics of ribonucleic acid (RNA) molecules, benchmarked its performance against other popular NMA models and used it to study the 3D structural dynamics of human microRNA miR-125a, leveraging high-throughput experimental maturation efficiency data of over 26 000 sequence variants. We also introduce a novel way of using dynamical information from NMA to train multivariate linear regression models, with the purpose of highlighting the most salient contributions of dynamics to function. ENCoM has a similar performance profile on RNA than on proteins when compared to the Anisotropic Network Model (ANM), the most widely used coarse-grained NMA model; it has the advantage on predicting large-scale motions while ANM performs better on B-factors prediction. A stringent benchmark from the miR-125a maturation dataset, in which the training set contains no sequence information in common with the testing set, reveals that ENCoM is the only tested model able to capture signal beyond the sequence. This ability translates to better predictive power on a second benchmark in which sequence features are shared between the train and test sets. When training the linear regression model using all available data, the dynamical features identified as necessary for miR-125a maturation point to known patterns but also offer new insights into the biogenesis of microRNAs. Our novel approach combining NMA with multivariate linear regression is generalizable to any macromolecule for which relatively high-throughput mutational data is available

Synthesis and antimalarial evaluation of a series of piperazinyl flavones

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Pearson correlation coefficient between predicted and experimental B-factors for ENCoM and ANM.

A) The mean Pearson correlation is shown as a function of the β scaling factor for the three ENMs. B) The Entropic Signature using the best scaling factor for each model is compared to the mean square fluctuations (MSF). The p-values from paired Wilcoxon signed-rank tests are shown for pairs of the two types of predictions for every model and for every pair of models, only for the Entropic Signature predictions since they outperform the MSF.</p

Performance of LASSO linear regression on the inverted benchmark.

A) Predictive R2 for each model alone or in combination with the MC-Fold enthalpy of folding, as in Fig 6. B) Performance on the test set for the best combination of parameters for every model alone or in tandem with MC-Fold.</p

Supplementary information.

Fig A. Correlation between miR-125a maturation efficiency and Dynamical Signature distance to WT for both ENCoM and MD simulations. Fig B. Cut-ANM and PD-ANM parameter sweep for the B-factors benchmark. Fig C. Performance of multiple linear regression on an 80–20 train-test split. Fig D. Size distributions of the sequence clusters from the 3 benchmarks. Fig E. Number of nontrivial normal modes at 5% for the overlap and NMR benchmarks. Fig F. Simulation of predictive R-squared from combinations of MC-Fold enthalpy with random noise. Fig G. Computational cost of the ENMs on the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit and on miR-125a. Table H. Atom type assignation of the four standard nucleotides. Table I. PDB codes of the structures used for the three benchmarks. Table J. Performance on individual structures for the B-factors correlation benchmark. Table K. Performance on individual pairs of conformations for the X-ray conformational change benchmark. Table L. Performance on individual NMR ensembles for the ensemble variance benchmark. Table M. MD trajectories of miR-125a variants. Table N. ENCoM interaction strength for different base pairs. (PDF)</p