Contribution of EQA to improve Preanalytical practices by systematic verification of Laboratory Services

International literature describes the preanalytical phase as the most susceptible to errors due to the numerous non automated activities it involves Most EQA organizers offer preanalytical schemes to participants. There are basically three types of surveys procedures registration, samples circulation and errors registration The Portuguese EQA Programme ( provides these type of schemes for 13 years, using as a guide the ISO 15189 2012 In order to improve the evaluation of the preanalytical phase, PNAEQ recently launched two other preanalytical EQA schemes, mystery client and presential audits in 2015 and 2016 respectively. The aim of the mystery client survey is to verify whether the information provided to the patient is constant regardless the day and time or if it is dependent on the collaborator. The aim of the presential audit survey is to give the participants a tool to verify if the procedures performed daily are in accordance with laboratorial good practices recommendations. Conclusions: Results from Mystery Client surveys demonstrate the need for written procedures and harmonization of practices for all collaborators, as more than a third of the responses differed in date/time and operator in a global view. In the Presential Audit surveys we highlight as critical points the results regarding questions 3 5 and 6 as they point to specific problems that occurred during the blood collection procedure, such as operator and patient safety, as well as the quality of the sample collected, suggesting the need to review legal and normative issues and to train collaborators. Participants who use systematically these two methodologies are monitoring some of the requirements of ISO 15189:2012, namely 4. 1.2.6, 4.3, 4.4.1, 4.14, 5.4.2 (both), 5.4.4.2 (mystery client) and 5.1.2, 5.2.2, 5.2.5, 5.3.2.5, 5.3.2.7, 5.4.4 (presential audit), contributing to release reliable results for medical decisions. For the future, we will extend the questions and items in evaluation in these two surveys to Microbiology area and continuing to offer training in Preanalytical matters.N/

Study of the role of SETD2 mutations in clear cell renal cell carninoma (ccRCC)

Trabalho de projecto de mestrado em Bioestatística, apresentado à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2013Clear cell Renal Cell Carcinoma, ccRCC, is the most common form of Renal Cancer, accounting for 90% of these cancers cases. It is well established that the majority of these cancers happen when both alleles of VHL (Von Hippel Lindau) tumour suppressor gene are mutated. It has also been observed that patients with this form of cancer present mutations on the SETD2 gene which applies its functions during transcription. In the last few years the growth within sequencing technologies has been astonishing. Next Generation Sequencing technology, NGS, provides tools for assessing full genomes to a reference sequence in a matter of days, being extremely accurate, while also increasingly cost effective. One of its many applications is RNA-Sequencing, a method for transcriptome analysis. Throughout this thesis we aimed at analysing RNA-Seq data from six samples: four with mutations on the SETD2 gene and two control samples. The main goal was to understand how the remaining genes on the transcriptome respond to these genes mutations. In the first part of this work we aimed at analysing several forms to normalize the data, resorting to R software packages (EDASeq, DESeq and edgeR). Data normalization is a crucial step on NGS techniques, as these techniques have some inherent bias that need to be accounted for. DESeq proved to be the most selective, while EDASeq is not as stringent. The second part of this work aimed at identifying deferentially expressed genes, to infer which genes behave in a significant way in the samples, packages edgeR, DESeq and RankProd. We identified six new genes as differentially expressed.O carcinoma renal de células claras, ccRCC, é o tipo mais comum de cancro renal, sendo responsável por cerca de 70% destes tumores, com a mais alta taxa de mortalidade entre todos os tipos de cancro renal. A grande maioria destes tumores deve-se a mutações no gene VHL, um gene supressor de cancro. Não obstante, vários estudos de sequenciação do ccRCC acabaram por revelar a ocorrência de mutações somáticas no gene SETD2, uma Histone methyltransferase que trimetila a lisina 36 na histona H3 (H3K36me3). Este gene tem um papel fundamental na transcrição, um dos principais passos na expressão genética { processo pelo qual são geradas proteínas perfeitamente funcionais, permitindo que o ADN se desenrole e seja posteriormente transcrito. Está localizado no braço curto do cromossoma 3 e as mutações deste gene conduzem à perda de funções deste mesmo cromossoma. O objectivo biológico da presente tese é avaliar as alterações do transcriptoma, induzidas pelas mutações no gene SETD2. Esta questão será abordada utilizando dados do transcriptoma completo, de linhas celulares mutadas no gene SETD2 e de linhas celulares não mutadas do gene wild tipe (WT), no ccRCC. Os dados desta análise consideraram 4 amostras biológicas de transcriptomas mutados do genoma SETD2 e 2 amostras wild tipe, dados estes que foram gerados pela unidade do investigador Sérgio Almeida, do Instituto de Medicina Molecular (IMM da FMUL). Recentemente, o desenvolvimento de novas tecnologias de métodos de sequenciação, designadas por Next Generation Sequencing (NGS), disponibilizou um novo método que, em simultâneo, executa o mapeamento e a quantificação de transcriptomas, chamado sequenciação de RNA (RNA-seq). Apesar de mais expendioso do que os estudos de microarrays e ainda com alguns problemas de análise de dados por resolver, a sequenciação do RNA pode avaliar o transcriptoma completo, disponibilizando a derradeira solução para a análise dos níveis e da estrutura de transcriptomas processados e não processados, sob diferentes condições. Esta técnica disponibiliza uma importante poupança de tempo (o genoma humano completo pode ser sequenciado em menos de uma semana, dependendo das opções do investigador) com qualidade, precisão de leitura (cerca de 98%) e poupanças de tempo. O transcriptoma completo de cada amostra _e convertido em cRNA e separado em pequenos fragmentos (cerca de 200, 300nt), estes fragmentos são posteriormente utilizados como modelos no passo de sequenciação, onde só uma pequena sequência da parte final do fragmento irá ser sequenciada (chamada de read). Este processo gera milhões de reads, que podem ser depois alinhadas com o genoma e originar uma tabela de contagens para cada gene (número de reads, por gene) por amostra. Algumas ferramentas bioinformáticas foram recentemente desenvolvidas, para analisar esta imensa informação gerada pela técnica RNA-seq. Estas ferramentas diferem entre si quanto à normalização e às técnicas estatísticas aplicadas, com impacto nos resultados finais. Assim, o objectivo da presente tese é explorar e comparar os diferentes métodos aplicados ao problema biológico acima mencionado. Para o efeito, a nossa análise recorreu ao Bioconductor. O Bioconductor é um software de utilização gratuita, não impondo quaisquer licenças de utilização, que disponibiliza código aberto para Bioinformática. Aqui, encontram-se packages que permitem processar a informação no que respeita aos 2 passos da análise: normalização e análise da expressão diferencial dos genes. O trabalho desta tese foi desenvolvido considerando a análise dividida nestes dois passos principiais: normalização e expressão diferencial. Os nossos estudos irão ser desenvolvidos em torno das diferentes formas de normalização dos dados, analisando posteriormente os diferentes resultados que se obtiveram na expressão diferencial dos dados. A normalização é o passo pelo qual se consegue que uma base de dados com contagens profundamente discrepantes entre si possa ser comparável, aplicando a estes dados um denominador comum que toma em consideração os erros associados à utilização desta técnica. A expressão diferencial é o passo onde se identificaram os genes que revelaram significativas alterações da expressão estatística, entre duas amostras, tal como a mutação do gene SETD2 e as linhas das células do ccRCC wild type. No essencial, isto significa que estes genes revelam uma alteração significativa da sua expressão, das amostras mutadas para as wild type. A nossa análise baseou-se na utilização de 4 packages, EDASeq, edgeR, DESeq e RankProd. Enquanto o primeiro foi desenhado apenas para realizar a normalização, o último foca-se apenas na análise da expressão diferencial. Ambos os packages edgeR e DESeq possuem abordagens próprias para realizar ambos os passos, podendo ao mesmo tempo receber contagens de dados normalizados pelo EDASeq. O método RankProd pode receber dados normalizados pelos métodos EDASeq e DESeq, e o método edgeR também pode receber dados normalizados obtidos pelo método DESeq. A forma como estes dados são normalizados vai depender das premissas que cada método utiliza para normalizar os dados: o edgeR e o DESeq consideram abordagens diferentes na normalização between lane, enquanto o método EDASeq realiza uma normalização na própria lane relativamente ao conteúdo em GC, antes de proceder à normalização textitbetween lanes. Observámos ainda que todas estas abordagens disponibilizam bons níveis de normalização, bem correlacionados entre si (obtendo valores de 0.98/1.00 no coeficiente de correlação de Pearson) e no que respeita aos dados em bruto. As combinações estudadas entre os vários métodos tiveram o objectivo de permitir uma comparação detalhada das metodologias, no que respeita aos seus próprios protocolos (normalização DESeq combinada com a análise de expressão diferencial com DESeq e normalização edgeR combinada com a análise da expressão diferencial com edgeR) e à juncão de protocolos: nomeadamente as diferentes abordagens no passo da normalização pelos métodos – EDASeq ou DESeq { e ainda as diferentes abordagens no passo da expressão diferencial dos métodos { edgeR, DESeq ou RankProd. No que respeita a protocolos próprios, observámos que o protocolo completo do método edgeR identificou muito mais genes que o método DESeq, independentemente dos níveis de significância considerados (1%, 5% e 10%). No que respeita à juncão de protocolos, quando se juntou a normalização do EDASeq à expressão diferencial do edgeR, obteve-se um número significativamente maior de genes identificados quando comparado com quaisquer outros métodos. O método RankProd acabou por apresentar uma nova perspectiva sobre os dados, tendo sido concebido para trabalhar os dados numa lógica de microarrays; contudo, ao assumir que cada lane dos nossos dados funciona como um array, propusemo-nos investigar se este package se podia ajustar aos nossos dados de NGS. Observámos que o RankProd se ajustava adequadamente ao receber dados normalizados oriundos do método DESeq, mas falhava quando recebia dados normalizados pelo método EDASeq. Observámos que, globalmente, o método DESeq, quando utilizado como processo de normalização, conduz à identificação de um número menor de genes diferencialmente expressos que o EDASeq, para todos os níveis de significância considerados (1%, 5% e 10%). Por outro lado, quando considerados todos os métodos para a expressão diferencial, detectamos que o método edgeR identificou mais genes que o RankProd ou o DESeq, para os mesmos níveis de significância. Observámos ainda que a maioria dos genes identificados com estes métodos (com excepção dos procedimentos de normalização do EDASeq) conduziram a um maior número de contagens para genes up regulated que para genes down regulated, o que significa que estes genes demonstram possuir maior expressão diferencial quando mutados do que nas amostras wt. O passo seguinte na análise foi perceber se os genes que estes métodos identificam como diferencialmente expressos são os mesmos. Considerando todos os métodos do R, identificamos 6 genes diferencialmente expressos comuns a todos eles (para uma FDR=5%): "SLC2A10", "COL14A1", "GPR173", "LOC100506178", "EREG" e "ADAMTSL1". Uma vez excluído o RankProd desta comparação, foram identificados 27 genes como diferencialmente expressos, considerando o mesmo valor para a FDR. Considerando investigações futuras, e no que respeita aos resultados obtidos pelo Bioconductor, a combinação entre técnicas que revelou um maior número de genes com expressão diferencial é entre o método EDASeq para a normalização com o método edgeR para a análise da expressão diferencial. Adicionalmente, todas as combinações de técnicas onde o método EDASeq executa a normalização, claramente resultaram em amostras com um maior número de contagens. No princípio deste projecto, propusemo-nos estudar 6 amostras de transcriptoma, obtidas com o RNA-Seq, duas correspondendo a amostras controlo, as outras quatro apresentando mutações no gene SETD2, o que leva à ocorrência do ccRCC. O desafio foi analisar os dados, procurando identificar genes que reagissem às mutações do SETD2, respondendo à questão de como este gene afecta os restantes genes no transcriptoma. Outro desafio a que nos propusemos, conforme indicado neste texto, foi a comparação de metodologias por forma a melhor aferir sobre o objectivo primário deste trabalho. Este trabalho permitiu identificar 6 novos genes que respondem às mutações do SETD2

Evaluation of the Sigma Quality level for Serum Iron determination by two colorimetric methods, Ferrozine and Ferene S

Iron plays important functions in the body such as the formation and functioning of hemoglobin and it’s disorders are among the most common diseases of human1. It is essential to ensure that its levels determination through laboratory tests are accurate and precise. The participation of laboratories in the External Quality Assessment (EQA) allows the increases of the quality level of the laboratory results and improvement of its performance.2This study was developed in the Portuguese Nacional EQA Program (PNAEQ) concerning the laboratories results from the Clinical Chemistry Scheme. The main objective of this study was to evaluate and improve the sigma quality level regarding the Iron parameter and reduce the variability of the laboratories results participating in the EQA program of Clinical Chemistry of the Nacional External Quality Assessment Program (PNAEQ). The mean Sigma quality level indicated that the Ferrozine method had a better performance compared with Ferene S method. Half of the control samples had a sigma quality level higher than 3.0, which is set as the minimum acceptable quality.3 Despite of the improved of the Sigma quality level in the Pilot Test, the results demonstrated a need to improved the analytical process performance and to identified more potential causes and implement new improvement actions. It becomes necessary to raise awareness with the laboratories, improving the Pilot Test participation frequency, resulting in a recurrent and current assessment of the laboratory activity performance. Developing Six Sigma projects on a periodic basis is important for continuously and progressively increasing the level of Sigma quality in laboratory examinations. The main advantage of quality assessment on the sigma scale is providing evidence of overall laboratory performance, taking into account random and systematic errors.N/

Sonae MC: the road model of Kaizen

Sonae MC is considered the first success case of Kaizen in the retail industry. Before becoming a true role model for so many companies, there was a long road to walk. However, it may still be hard to understand the steps taken on the way. How could a training program develop into an integral continuous improvement system, and how did it affect the company – its people, culture, operations and strategy? How was it possible to get everyone on board? How could it be sustained until today, when Kaizen usually fails in the West? What were the critical factors for success

Performance of PNAEQ participant’s results for HIV and HCV infection in the First EQA round 2019

The Portuguese National External Quality Assessment Program (PNAEQ) has been collaborating with Labquality since 2002. One of the first schemes distributed to PNAEQ participants was for HIV laboratory tests, followed by HCV laboratory tests scheme in 2003. A suitable scheme for Point of Care Testing (POCT) is available for HIV since 2012 and for HCV since 2018. Given the burden of HIV and HCV diseases, the Portuguese legislation allows, since 2018, that other locations than laboratories, such as pharmacies and Non-Governmental-Organizations (NGOs), perform tests for detect HIV and HCV infection. For this purpose, and in order to assure reliable results that leads to an early correct diagnostic and a timely treatment, leading to a decrease in the person-to-person transmission of HIV and HCV infection, a specific training to perform POCT for HIV and HCV is mandatory for these entities, as well as the participation in such EQA schemes, namely the PNAEQ-Labquality. The performance of PNAEQ participants for HIV and HCV tests in the First EQA round 2019 was considered in general good. For HIV POCT, the user that reported an undetermined result proceeded correctly requesting a second sample for confirmation. Regarding the two incorrect results reported by laboratories, it is necessary to review the internal validation procedure and revalidation of the laboratory test, and implement corrective and preventive actions. The training of participants that used POCT for the first time proved to be effective in acquiring skills to perform the tests properly. PNAEQ will continue to provide education and training in quality control and motivate all the participants to continuously evaluate the results from the internal quality control and the reports from the external quality assessment.N/

Doença Mental, Qualidade de Vida e Sobrecarga na Família

Objetivo: O presente trabalho pretende avaliar a relação entre a qualidade de vida de indivíduos diagnosticados com uma doença mental e a sobrecarga familiar suportada pelos cuidadores. Metodologia: Neste estudo, participaram 62 indivíduos diagnosticados com uma doença mental (15 diagnosticados com esquizofrenia, 25 diagnosticados com depressão, 10 com perturbações de ansiedade e 10 com doença bipolar), em seguimento na Consulta Externa de Psiquiatria, e 62 familiares cuidadores dos sujeitos doentes. Foram aplicados o Instrumento de Avaliação da Qualidade de Vida da Organização Mundial de Saúde (WHOQOL-BREF) (Canavarro et al., 2007) e um questionário de caracterização sociodemográfica e de dados complementares. Aos familiares foi aplicado o Questionário de Problemas Familiares (QPF) (Xavier, Pereira, Corrêa, & Almeida, 2002). Resultados: Os sujeitos diagnosticados com doença mental apresentam uma boa perceção de qualidade de vida e os seus familiares referem uma sobrecarga relativamente baixa. As mulheres doentes apresentam uma perceção de qualidade de vida mais baixa, nos domínios físico e ambiental, em comparação com os homens. Os doentes cujos cuidadores são mulheres referem melhor qualidade de vida. Não foram, contudo, encontradas diferenças na perceção de qualidade de vida em função do diagnóstico dos pacientes e da existência de acompanhamento psicológico. Conclusões: Esta investigação permite concluir que os indivíduos doentes e seus familiares são resilientes. Os familiares demonstram atitudes positivas em relação aos cuidados ao doente. São discutidas possíveis explicações clínicas destes resultados e acerca das práticas dos profissionais de saúde mental. / Objective: The present work aims to analyse the relation between quality of life of persons with mental illness and the family burden experienced by their caregivers. Methodology: 62 individuals with mental illness (15 diagnosed with schizophrenia, 25 diagnosed with depression, 10 with anxiety disorders and 10 with bipolar disorder), followed in a psychiatric service, and their 62 family caregivers took part in this study. The data collection consisted of an application of The World Health Organization Quality of Life Instrument (WHOQOL-BREF) and a questionnare to assess social, demographic and other clinical data. The family caregivers filled the Family Problems Questionnare (FPQ). Results: The mentally ill subjects report high perception of quality of life and their caregivers report low values of family burden. The women diagnosed with mental illness report lower quality of life – related to physical health and social relationships – comparing to men. The mentally ill whose caregivers are women report better quality of life. However, no differences were found in quality of life regarding the diagnostic and the existence of psychological therapy. Conclusions: This investigation shows that individuals diagnosed with a mental illness and caregivers are resilient. The families demonstrate positive attitudes towards mentally ill and care giving. Possible clinical explanations for these results are discussed and some reflections of mental health practices by professionals are made

Participação parental no jardim de infância : um estudo de caso

Mestrado em Ciências da Educação - Administração e Políticas EducativasAs mudanças que se têm vindo a verificar na sociedade e nas estruturas familiares repercutem-se inevitavelmente na vida da escola. Nesta medida, e partindo da necessidade de tornar a escola um espaço aberto à participação de todos, de modo a tornar o ensino mais rico e potenciador de sucesso, os pais são cada vez mais elementos de intervenção fundamentais em todo este processo. Para compreendermos, a relação que se estabelece entre os pais e o jardim-de-infância, a nossa investigação norteou-se pelo método de estudo de caso e desenvolveu-se tendo como objetivo caraterizar a participação parental num jardim-de-infância. Esta investigação contou com a participação de 36 pais que responderam a um inquérito por questionário e 2 educadoras de infância, que responderam a entrevistas semiestruturadas, permitindo-nos tirar importantes conclusões. Estas dão conta que os pais reconhecem o trabalho que o jardim-de-infância desenvolve no sentido da sua participação, mostrando-se satisfeitos com o mesmo. Reforçamos a necessidade de existir um empenho da escola e dos pais para que ocorra uma efetiva participação, tornando-se pertinente abordar formas de potenciar esta relação por forma a uma maior eficácia da educação. Assim, e após apresentação do estudo realizado num jardim-de-infância e respetivas conclusões, levantámos algumas questões para reflexão que poderão constituir pontos de partida para outras investigações.The changes that have been occurring in society and family structures inevitably have repercussions on the life of the school. To this extent, and based on the need to make the school a space open to all, so as to make education richer and enhancer of success, parents are increasingly key policy elements in this process. To understand the relationship established between parents and kindergarten, our research was guided by a case study method developed with the aim of characterizing parental involvement in a kindergarten. This research involved the participation of 36 parents who responded to a questionnaire and two kindergarten teachers who responded to semi-structured interviews, allowing us to draw important conclusions. They realize that parents recognize the work that the kindergarten develops towards their participation, being satisfied with the same. We reinforce the need for a commitment to the school and parents to occur effective participation, making it relevant to address ways of strengthening this relationship in order to more effective education. So, after presentation of the study in a kindergarten and their findings, we’ve bring up some questions for reflection that may constitute starting points for further investigations

Coping diádico, qualidade de vida, ansiedade e depressão: um estudo no âmbito da transição para a parentalidade

A gravidez e a transição para a maternidade têm um grande impacto sobre a saúde, bem-estar e papéis sociais maternos, sendo esta uma etapa que requer muitos ajustamentos nos domínios fisiológicos, familiares e ocupacionais. É nesta área que se contextualiza o nosso estudo, procurando analisar a influência do coping diádico sobre ansiedade, depressão e qualidade de vida maternas durante esta etapa e como é que outras variáveis relativas ao parto se podem relacionar com o coping diádico. Este foi um estudo de caráter misto. Na parte quantitativa verificámos que durante a gravidez o domínio físico da qualidade de vida das mães foi significativamente inferior e foram encontrados níveis mais elevados de depressão, as mães percecionaram as suas relações sociais como piores e passaram a percecionar de forma menos positiva e mais negativa o apoio do parceiro em situações de stresse. Na parte qualitativa 90% das mães tiveram alterações negativas no seu bem-estar físico ao longo deste processo e 80% das mães referiu ter sido emoções negativas ao longo deste processo. Todas as mães tiveram receios durante esta fase, sendo estes principalmente relacionados com a saúde e o bem-estar do bebé e com as competências próprias enquanto mães. Para além disso 80% das mães referiram que a experiência de transição para a parentalidade teve impacto na sua relação, tendo 50% das mães referido que este impacto foi negativo. Na amostra em estudo, a ansiedade, a depressão e a qualidade de vida relacionaram-se algumas dimensões do o coping diádico, em que formas positivas de coping diádico se encontram associadas a níveis mais elevados de ansiedade e depressão e a mais baixa qualidade de vida e o inverso ocorreu quando estudadas formas negativas de coping diádico. Na parte qualitativa do estudo 80% das mães destacaram a importância que o apoio do marido teve neste processo, quer a nível global, quer na prestação de cuidados do bebé, divisão de tarefas, durante a gravidez e o parto. Por outro lado, 70 % das mães falaram acerca do impacto da relação na experiência de maternidade, quer de forma positiva, quer de forma negativa. Estes dados parecem refletir o quanto as mulheres estão suscetíveis a alterações significativas durante esta etapa do ciclo familiar, o quanto estas podem ser negativas para as mães e que o coping diádico parece ter influência sobre estes aspetos. Assim, dada a existência de ferramentas que permitam melhorar o coping diádico esta poderá ser pertinente a existência de futuros estudos que possam utilizar o melhoramento do coping diádico como uma possível solução que possa auxiliar as mães durante a transição para a parentalidade