Application of click chemistry to the synthesis of glycosyl-coupled triazoles bearing amino acids and heteroaromatic compounds

The synthetic methodology and experimental results concerning to the preparation of glycoconjugates bearing an amino acid unit or a heteroaromatic moiety will be discussed.Fundação para a Ciência e Tecnologia and FEDER, for National NMR Network (Bruker Avance III 400

Insights into the biochemical strategies of adaptation to heat stress in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus

Organisms that thrive optimally at temperatures above 80°C are called hyperthermophiles. These prokaryotes have been isolated from a variety of hot environments, such as marine geothermal areas, hence they are usually slightly halophilic. Like other halophiles, marine hyperthermophiles have to cope with fluctuations in the salinity of the external medium and generally use low-molecular mass organic compounds to adjust cell turgor pressure. These compounds can accumulate to high levels without interfering with cell metabolism, thereby deserving the designation of compatible solutes. Curiously, the accumulation of compatible solutes also occurs in response to supraoptimal temperatures.(...)Fundação para a Ciência e a Tecnologi

Implementação de um plano de segurança de águas num hospital

Dissertação de Natureza Científica para obtenção do grau de Mestre em Engenharia CivilO sistema de distribuição predial (SDP) de água de um hospital apresenta determinados componentes, que caso não sejam devidamente instalados, operados e alvo de uma manutenção e monitorização adequada, podem constituir um foco de contaminação da água. A implementação de um plano de segurança de águas (PSA) constitui uma ferramenta importante na avaliação e na gestão de risco de um SDP, que permite garantir uma maior qualidade da água, constituindo um elemento importante das políticas de saúde. O PSA é uma abordagem de avaliação e gestão de risco onde são identificados potenciais riscos microbiológicos (nomeadamente, bactérias e vírus), químicos, radiológicos e físicos. Num SDP o PSA é implementado desde o contador (local onde cessa a responsabilidade da entidade gestora do sistema de distribuição público) até ao dispositivo de utilização. A OMS (2004, 2007 e 2011a)) estende a implementação de PSA’s a hotéis, navios de cruzeiro, urbanizações, entre outros. A implementação de uma avaliação de riscos já é uma recomendação da atual legislação nacional em vigor (Decreto Lei 307/2006, de 27 de agosto) verificando-se a suaimplementação em várias entidades gestoras de sistemas de abastecimento. É importante referir que atualmente já existem PSA em sistemas de abastecimento público de águas. A Diretiva (EU) nº 1787/2015, de 6 Outubro, que altera os anexos II e III da Diretiva 98/83/CE relativa à qualidade da água destinada ao consumo humano, de modo a incorporar o progresso científico e técnico, vem reforçar a importância da implementação de um PSA, recomenda a incorporação de aspetos relativos à avaliação de risco segundo a norma europeia EN 15975-1-2011, Security of drinking water supply – Guidelines for risk and crisis management. A implementação de um PSA num hospital deve ter em conta não só as recomendações por parte da OMS (referenciadas nas Guidelines for DrinkingWater Quality (2004), Legionella and the Prevention of Legionellosis (2007), Water Safety in Buildings (2011) e Water Safety in Distribution Systems (2014)) e a norma europeia (Security of drinking water supply – Guidelines for risk and crisis management (2013)), mas também a legislação portuguesa e outras recomendações nacionais. Para implementar com sucesso um PSA devem-se considerar as seguintes etapas: - etapas preliminares, que engloba a constituição da equipa e a descrição do sistema; - avaliação do sistema, onde são avaliados e caracterizados os riscos; - monitorização do sistema, com o detalhe dos diferentes procedimentos; - elaboração de procedimentos, implementando uma gestão de rotina em condições normais e excecionais, e a documentação e protocolos de comunicação; - validação e verificação do PSA. O objetivo deste trabalho final de mestrado é desenvolver um PSA num hospital, contribuindo para o abastecimento seguro e com qualidade da água para todos os usos e atividades a desenvolver. O hospital selecionado foi o Hospital Beatriz Ângelo (HBA), um hospital recente, com três anos de funcionamento, situado no concelho de Loures.Abstract: The building distribution system (BDS) of water in a hospital presents certain components, if not correctly installed, operated, maintained and monitored, can be a focus of water contamination. The implementation of a water safety plan (WSP) is an important tool to evaluate and manage the risk of a BDS, it allows to guarantee a bigger water quality, allowing to guarantee a better water quality constituting an important element in health politics. A WSP is an assessment and risk management approach where the potentialrisks are identified: microbiologic (such as bacteria and virus), chemical, radiological and physical. In a BDS the WSP is implemented from the counter (local where the responsability of the management entity of the public distribution system ends) to the user device. WHO (2004, 2007 and 2011a)) extends WSPs implementations to hotels, cruise ships, urbanizations, etc. The risk management implementation is currently a recommendation of an existing national legislation (Decreto Lei 307/2006, de 27 de agosto), verifying their implementation in many management companies of supply systems. It is important to note that currently there are already WSP in water for public supply systems. The directive (EU) nº 1787/2015, of October 6th, that changes the annexes II and III of the directiva 98/83/CE related to water quality to human consumption, to incorporate the scientific and technical progress, reinforcing the importance of implementing a WSP, it recommends the incorporation of aspects such as risk assessment in accordance with the European Norm EN 15975-1-2011, Security of drinking water supply – Guidelines for risk and crisis management. The implementation of a WSP in a hospital should have in consideration not only the recommendations by WHO referenced in Guidelines for Drinking-Water Quality (2004), Legionella and the Prevention of Legionellosis (2007), Water Safety in Buildings (2011) and Water Safety in Distribution Systems (2014), but also Portuguese legislation and other national recommendations. To implement a WSP with success the following steps should be considered: • preliminary step, where it is considered the team constitution and the system description; - system evaluation, where the risks are identified and characterized; - system monitorization, with the different procedures; - procedures elaboration, related with routine management procedures in normal and exceptional conditions, and documents and communicationprotocols; - WSP validation and verification. The objective of this final work of master degree is to implement a WSP in a hospital, contributing for a safe supply with a water quality for all uses and activities developed. The selected hospital was Hospital Beatriz Ângelo (HBA), a recent hospital, with three years of operation, located in the municipality of Loures

Práticas parentais de controlo alimentar: relação com o peso da criança

Trabalho Complementar apresentado à Universidade Fernando Pessoa como parte dos requisitos para obtenção do grau de licenciada em Ciências da NutriçãoÉ na infância que se formam os comportamentos alimentares, sendo os pais agentes cruciais neste processo. Os pais adotam práticas de controlo alimentar que influenciam a alimentação das crianças, no sentido de aumentar ou diminuir a sua ingestão, podendo desta forma comprometer o seu normal desenvolvimento ponderal. Com esta revisão pretende-se abordar as diferentes práticas parentais de controlo alimentar, identificando os instrumentos disponíveis para a sua avaliação e os vários estudos conduzidos para estabelecer uma associação entre estas práticas e o peso da criança. Para a elaboração desta revisão foi realizada uma pesquisa na base de dados PubMed®, complementada por uma pesquisa em snowball. Incluíram-se estudos longitudinais (observacionais ou experimentais) que abordassem a relação das práticas parentais de controlo alimentar com a ingestão ou peso/índice de massa corporal da criança em idade pré-escolar. As práticas parentais de controlo alimentar de crianças em idades precoces são frequentemente avaliadas através do Child Feeding Questionnaire (CFQ), que inclui três domínios que incidem sobre a pressão para comer, a restrição e a monitorização. A associação entre as práticas parentais e o peso da criança tem sido inconsistente na literatura, dada a natureza transversal de muitos estudos, o que limita a avaliação da direção das associações, já que este efeito pode ser bidirecional, ou seja as práticas podem condicionar longitudinalmente o peso da criança, mas também podem ser exercidas em reação ao peso da criança. De um modo geral, a pressão para comer parece diminuir o peso da criança, enquanto que a restrição alimentar parece aumentar o peso infantil. Ambas as práticas de controlo alimentar apresentam efeitos bidirecionais. Para a prática da monitorização, os resultados são ainda inconclusivos. O controlo encoberto parece associar-se positivamente com o peso da criança e o controlo explícito mostra uma associação negativa. O conhecimento acerca das práticas parentais de controlo alimentar e a sua complexa associação com o peso da criança pode servir de suporte para a implementação com êxito de programas de intervenção para prevenir e tratar a obesidade infantil, pelo que deve ser futuramente valorizado.It is during childhood that eating behaviors are formed, and parents are crucial agents in this process. Parents adopt feeding control practices which influence children’s diet, in a way to increase or decrease their consumption, which could compromise their normal weight development. This review aims to study different parental feeding control practices, identifying the available instruments to evaluate them and the research studies conducted to establish an association between those practices and child’s weight. To conduct this review, a research in the PubMed® database was undertaken, complemented by a snowball search. Only longitudinal studies (observational or experimental) which focus on the relation between parental feeding control practices and dietary consumption and or weight/body mass index of preschool-aged children were included. Parental feeding control practices in early ages are frequently evaluated by the Child Feeding Questionnaire (CFQ), which includes three domains - pressure to eat, restriction and monitoring. The association between parental feeding practices and child’s weight has been inconsistent in the literature, due to the cross-sectional nature of several studies, which hampers the evaluation of the direction of these associations, because this effect could be bidirectional, which means the practices could influence child’s weight, but they also could be a reaction to the weight. Generally speaking, pressure to eat seems to decrease child’s weight, while restriction appears to increase childhood weight. Both practices of feeding control present bidirectional effects. Monitoring practices still show inconclusive results. The covert control looks to be associated positively with child’s weight while overt control shows a negative association. The knowledge on parental feeding control practices and their complex association with child’s weight could serve as support to develop successful intervention programs to prevent and treat childhood obesity, which should be given value in the future.N/

Hear what you feel, feel what you hear : the effect of musical sequences on emotional processing

Dissertação de mestrado, Psicologia (Área de Especialização em Psicologia Clínica e da Saúde - Psicoterapia Cognitivo-Comportamental e Integrativa), Universidade de Lisboa, Faculdade de Psicologia, 2021Music has a unique ability to access affective and motivational systems of the brain (Thaut & Wheeler, 2010). However, there is a large gap in research on the association between musical stimuli and their impact on emotional processing, a crucial component for the success of the therapeutic process (Greenberg & Paivio, 1997). The present study thus sought to explore both the capacity of music to access the affective system, to induce emotions, and to change emotional states, as well as to facilitate emotional processing leading to the resolution of emotional distress. An empirically validated sequential model of emotional processing from Pascual-Leone and Greenberg (2007) was used to test this dual capacity. Three musical sequences with distinct components were developed and presented in an online platform. One musical sequence followed the order of the sequential model (EED>AMM), another musical sequence inverted that same order (AMM>EED Sequence), and the last musical sequence was intended to serve as a baseline (Control Sequence). All musical sequences, not only led to shifts in participant’s emotional states, but also led to an increase of participant’s emotional resolution. Some of the results were surprising, since the Control Sequence also led the increase of emotional resolution and the EED>AMM Sequence didn’t present itself as the winning candidate of leading to a higher emotional resolution. Nevertheless, these surprising results still demonstrated the power of music to impact emotional processing and allow future studies to keep exploring this relationship.A música pode ser descrita como a criação de emoções. Juslin e Västjfäll (2008, p. 572) focam esta ideia ao referirem que “aquilo que torna as emoções musicais únicas, não são os seus mecanismos subjacentes ou as emoções que evocam, mas sim o facto de que a música é, muitas vezes, intencionalmente desenhada para induzir emoções”. Pelo menos, é difícil, se não impossível, imaginar a ausência de uma relação entre música e emoção. Tendo uma forte presença na cultura humana (Blood & Zatorre, 2001; Marin & Bhattacharya, 2011; Sacks, 2007; Zentner et al., 2008), diversas formas de utilização da música no nosso dia-a-dia são apontadas na literatura, estando entre elas a libertação e regulação das emoções (DeNora, 2000; Juslin et al., 2008; Juslin & Västjfäll, 2008; Knobloch & Zillmann, 2002; Marin & Bhattacharya, 2011), conforto e alívio do stress (DeNora, 2000, 2016), revivência de experiências passadas valorizadas (Hays & Minichiello, 2005) ou acompanhamento na realização de tarefas do quotidiano (Sloboda et al. , 2009). Apesar desta forte presença na cultura, o estudo da relação entre a música e emoções vê-se fortemente dividido entre duas posições: uma posição cognitivista e uma posição emotivista. Por um lado, a posição cognitivista defende que o estímulo musical é incapaz de induzir, verdadeiramente, emoções (Kivy, 1990; Meyer, 1956; Scherer, 2004; Zentner et al. 2008), pelo que estas são apenas percecionadas perante o estímulo musical. Por outro lado, na posição emotivista, são propostas diversas teorias explicativas para o como e porquê de o estímulo musical induzir, verdadeiramente, emoções. Blood e Zatorre (2001), Juslin e Västjfäll (2008), Koelsh (2012), Krumhansl (1997) e outros revistos por Juslin e Sloboda (2010) demonstraram como estímulos musicais são capazes de induzir emoções básicas, entre elas, tristeza, medo, nojo, raiva e felicidade. Dentro da posição emotivista, foi, então, formulada a perspetiva de que a música tem uma capacidade única de aceder aos sistemas afetivos e motivacionais do cérebro (Thaut, 2005). Especificamente, Thaut e Wheeler (2010) afirmam que a música foi considerada como um dos maiores mecanismos para a eficácia terapêutica ao: 1) assumir um papel eficaz na influência e modificação em estados afetivos e 2) assumir um papel central através da modificação afetiva ao aceder à totalidade das cognições, perceções, estados e organização comportamental do paciente. No entanto, Thaut e Wheeler (2010) afirmam que ainda não existem teorias unificadoras que expliquem os mecanismos neuropsicológicos e psicológicos subjacentes às respostas afetivas na audição da música, nem modelos científicos sobre o papel de emoções evocadas pela música em contexto terapêutico. Adicionalmente, embora não faltem artigos e estudos que comprovem como estímulos musicais podem, efetivamente, induzir emoções, pelo contrário, há uma grande falta de estudos que analisem a influência dos estímulos musicais no processamento emocional. No campo da terapia musical, o Bonny Method of Guided Imagery and Music (Bonny, 1994) destaca-se como o único método comumente conhecido e utilizado, onde a música interage com o cérebro para evocar imagens que induzem emoções e memórias, permitindo a transformação de emoções dolorosas para emoções positivas (Lee et al., 2016). Este método não é suportado e não tem ligação com nenhum modelo de processamento emocional teórico, sendo largamente baseado na exploração e interpretação livre. Assim, o papel do cliente é partilhar abertamente as suas perceções e experiências dentro da música, e o papel do terapeuta é facilitar uma reflexão e uma integração dos sentimentos compartilhados do cliente. Esta é uma importante lacuna sobre a qual refletir, uma vez que o processamento emocional é considerado como um dos principais elementos do processo terapêutico. Greenberg e Paivio (1997) descrevem-no através de três passos: (1) evocação de estados emocionais, (2) exploração das sequências cognitivo-afetivas associadas e (3) reestruturação dos estados afetivos através da introdução de algo novo. Estes passos estavam subjacentes a tarefas terapêuticas específicas, mas, Pascual-Leone e Greenberg (2007) apresentaram um modelo sequencial de processamento emocional, a um nível de abstração mais elevado, que explica a resolução do distress emocional consoante a evolução terapêutica. Neste modelo sequencial, parte-se de emoções indiferenciadas e não integradas (estados representativos de Early Expressions of Distress, EED), para experiências emocionais de aceitação (estados representativos de Advanced Meaning Making, AMM), independentemente da especificidade das tarefas terapêuticas percorridas. Esta independência permite a exploração de diferentes métodos com potencial terapêutico, mesmo fora do âmbito da psicoterapia. No presente estudo, como principal objetivo pretendeu-se explorar se a experiência de estar exposto a sequências musicais com determinadas características, permite alcançar uma menor ou maior resolução emocional face a alguma angústia emocional. Assim, hipotetiza-se que: • A audição de ambos os tipos de sequências musicais (experimental e de controlo) conduzirá a uma mudança no estado emocional dos participantes, que se refletirá em mudanças nas dimensões de valência, ativação e controlo • Ouvir as sequências musicais experimentais, independentemente da ordem de progressão, e em comparação com a sequência musical de controlo, levará a um aumento da resolução emocional, levando os participantes a relatar uma menor angústia intra- ou interpessoal • Ouvir a sequência musical com a progressão EED-AMM conduzirá a um maior nível de resolução emocional, em comparação com a sequência musical de controlo (sem progressão especificada) e com a progressão AMM-EED De forma a responder às referidas hipóteses, o presente estudo recorreu a métodos quantitativos e a um breve elemento qualitativo, caracterizando-se por um estudo de abordagem de método misto. Quanto aos métodos quantitativos empregues, estes caracterizam-se por métodos experimentais, uma vez que pretende-se analisar e explorar relações causais entre diferentes sequências musicais, o estado emocional e a resolução emocional. São utilizados três grupos distintos, duas condições experimentais e uma condição de controlo. Foi aplicado um desenho pré-pós-teste, uma vez que este se apresenta como um design robusto com várias vantagens associadas que permitem isolar melhor o efeito nas análises (Christense et al., 2015). Os estímulos musicais utilizados resumem-se a três sequências musicais: duas sequências experimentais que pretendiam simular os estados afetivos descritos no modelo sequencial (Sequência EED-AMM que seguia a ordem do referido modelo e Sequência AMM-EED que invertia a ordem do referido modelo), e uma sequência controlo. A seleção dos excertos musicais que integraram as duas sequências musicais experimentais apresentadas aos participantes passaram, assim, por duas fases de seleção: 1) opções com base na revisão de literatura, 2) melhor candidata com base num pré-teste aplicado à população geral. Quanto à sequência controlo, foram selecionados os primeiros 6 minutos e 6 segundos da peça musical Les Sylphides, de Chopin, uma vez que, num estudo de Zimny e Weidenfeller (2015), os dados revelaram uma associação desta peça musical a um estado de neutralidade com base em medidas GSR (resposta galvânica da pele). As medidas e escalas utilizadas foram: • Self-Assessment Manikin (SAM): a utilização desta escala foi pertinente para o presente estudo pois permitiu averiguar se as sequências musicais impactaram o estado emocional dos participantes, nas dimensões valência, ativação e controlo • Resolution of Long-Standing Interpersonal Grievances (UFB-RS): a utilização desta escala foi pertinente para o presente estudo pois permitiu determinar se as sequências musicais tiveram impacto no nível de resolução emocional sentido pelos participantes que selecionaram o marcador emocional de ressentimento e mágoa numa relação importante • Resolution of Long-Standing Emotional Self-Neglect (ESN-RS): a utilização desta escala foi pertinente para o presente estudo pois permitiu determinar se as sequências musicais tiveram impacto no nível de resolução emocional sentido pelos participantes que selecionarem o marcador emocional de autonegligência • Bern Post Session Report (BPSR-P): a utilização desta escala foi pertinente para o presente estudo pois permitiu aprofundar o possível impacto terapêutico que as sequências musicais tiveram nos participantes • Tarefa de Escrita Expressiva: imediatamente após a indução experimental, foi dada a escolha aos participantes de realizarem uma tarefa de escrita expressiva, pelo que a realização desta tarefa por parte dos participantes pretendeu melhor averiguar o nível de processamento emocional induzido O presente estudo foi desenvolvido sob o formato de um questionário online, através da plataforma Qualtrics (www.qualtrics.com). Em primeiro lugar, os participantes tiveram a oportunidade de escolher trabalhar: ou um marcador emocional de Autonegligência ou um marcador emocional de Ressentimento e Mágoa numa Relação Importante. Seguidamente, foi pedido que os participantes preenchessem as medidas SAM, UFB-RS ou ESN-RS. Posteriormente, foi iniciada a indução experimental através da audição de uma das três sequências musicais. Imediatamente após a audição da sequência musical, foi perguntado aos participantes se notaram alguma mudança ou transformação interna relativamente ao tema que escolheram trabalhar, e, caso respondessem sim, era pedido que descrevessem em alguns detalhes a transformação sentida. Por último, foi pedido que preenchessem as medidas SAM, UFB-RS ou ESN-RS e BPSR-P. Os dados quantitativos obtidos no presente estudo foram analisados estatisticamente com recurso ao software IBM SPSS Statistics (versão 26.0) e os dados qualitativos foram analisados com recurso o software Nvivo12. Para todas as análises estatísticas realizadas, os dados das amostras de participantes atribuídos às escalas UFBRS ou ESN-RS foram agregados, uma vez que ambas permitem a medição do nível de resolução emocional. Não era pretendido diferenciar entre o nível de resolução emocional alcançado em cada marcador, mas sim o nível global de resolução emocional alcançado. As variáveis foram analisadas separadamente consoante cada condição (Sequência EEDAMM, n = 30; Sequência AMM-EED, n = 30; Sequência Control, n = 30). Quanto à primeira hipótese, os resultados demonstraram que, dentro de cada condição, ocorreram mudanças nas dimensões valência, ativação e controlo do estado emocional dos participantes entre o pré- e o pós-indução experimental. Adicionalmente, entre condições, foi demonstrado como os participantes estavam igualmente emocionalmente ativos, tanto no pré- como no pós-indução experimental. Quanto à segunda hipótese, inversamente ao esperado, os resultados demonstraram como todas as sequências musicais levaram ao alcance de uma maior resolução emocional. Quanto à terceira e última hipótese, os resultados quantitativos demonstraram como a sequência musical com a progressão EED-AMM não conduziu a um maior nível de resolução emocional, em comparação com as restantes sequências. Os resultados aqui encontrados permitiram explorar uma relação entre a audição de sequências musicais que simulam o modelo sequencial de processamento emocional de Pascual-Leone e Greenberg (2007) e o alcance de uma tentativa de maior resolução emocional. Este estudo permite ponderar sobre o potencial de intervenções mais curtas, simples e económicas, mesmo fora do âmbito de psicoterapia. Igualmente, os dados aqui registados permitem começar a preencher uma lacuna, ao associarem estímulos musicais a um modelo de processamento emocional empírico. Conclusivamente, o presente estudo demonstra como, não só a música pode ser descrita como a criação de emoções, como também pode ser descrita como o a transformação de emoções

Depicting epigenetic mechanisms involved in the regulation of pseudogene expression

Tese de mestrado em Biologia Molecular e Genética, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2017A epigenética dedica-se ao estudo de modificações que ocorrem, principalmente, sobre a dupla cadeia de DNA, sem que exista a edição da sequência nela contida (Waddington 1942b, 1942a). Graças às descobertas feitas nesta área nos últimos anos, existem vários tipos de modificações epigenéticas já descritas, entre as quais se destaca as modificações de histonas e a metilação do DNA (Li et al. 2007). Assim, avaliando a presença ou ausência destas modificações, poderemos inferir relativamente à activação ou silenciamento de uma determinada região do genoma. Vários estudos têm sido realizados para caracterizar a forma como estas modificações afectam a transcrição de genes codificadores de proteína (Kouzarides 2007), no entanto, pouco se sabe como estas modificações podem condicionar outras classes de genes, nomeadamente, os pseudogenes. Neste sentido, o objectivo deste trabalho consiste na determinação de modificações epigenéticas que possam estar envolvidas na expressão dos pseudogenes, potencialmente exercendo um papel crucial na sua regulação. Os pseudogenes são cópias ancestrais de sequências codificantes que, possivelmente devido à perda de pressão selectiva, degeneraram em novas unidades genéticas (Jacq et al. 1977). Actualmente, os pseudogenes são classificados em três grandes grupos que são definidos com base no seu processo de formação: processados, a classe de pseudogenes mais representada e cuja formação envolve um processo de transcrição reversa e integração de um RNA mensageiro novamente no DNA, num processo conhecido por retrotransposição; não processados, no caso do processo de formação do pseudogene acontecer através da duplicação de um gene completo; e unitários, quando a própria estrutura física do gene sofre modificações que levam à perda da capacidade de codificar uma proteína (Pink et al. 2011). O processo de formação dos pseudogenes que resulta na incapacidade do novo pseudogene codificar uma proteína denomina-se “pseudogenização” (Gregório 2016). Graças ao recente desenvolvimento de plataformas de sequenciação em larga escala, revelou-se que os pseudogenes são transcritos e que a sua transcrição pode estar envolvida na condução de importantes processos celulares nos quais os pseudogenes podem desempenhar funções celulares específicas. Presentemente, sabe-se que os pseudogenes conseguem também actuar através de diferentes mecanismos para modular a regulação dos seus genes parentais, nomeadamente através da competição para esponjas de microRNAs (Thomson and Dinger 2016), transcritos antisense ou lncRNAs com a capacidade de conduzir complexos proteicos remodeladores de cromatina (Groen et al. 2014). Para além desta actuação mediada por RNA através dos potenciais transcritos dos pseudogenes, pensa-se também que os pseudogenes podem ter mecanismos de acção ao nível do DNA que podem condicionar a actividade do gene parental, por exemplo através de um evento de recombinação homóloga entre o pseudogene e o gene parental que pode resultar na deleção do gene parental (Poliseno 2012). Dada esta possível contribuição em vários processos celulares, os pseudogenes definem um novo paradigma de como o genoma não codificante pode ter importantes contribuições em diversas funções biológicas, nomeadamente no desenvolvimento e no cancro. Um exemplo destas contribuições é o pseudogene Oct4p4, que tem a capacidade de regular a transcrição do seu gene parental, o regulador de pluripotência Oct4. Quando expresso, este pseudogene conduz a célula a iniciar o processo de diferenciação neural, através da imposição da modificação repressiva da histona H3 (H3K9me3) na região promotora do gene Oct4 (Liedtke et al. 2007). Um outro exemplo de um pseudogene com uma função importante, neste caso em cancro, é o PTENP1, um pseudogene do gene supressor tumoral PTEN. O PTENP1 é o exemplo de um pseudogene com diversificados mecanismos de acção através de um único pseudogene conseguindo actuar como uma esponja de microRNAs, um catalisador do recrutamento de remodeladores da cromatina para o promotor do gene PTEN e um transcrito antisense que consegue regular a estabilidade e a função de esponja de microRNAs do próprio transcrito sense do PTENP1 (Johnsson et al. 2013). Contudo, os mecanismos pelos quais a expressão dos pseudogenes é regulada e qual o seu papel biológico estão ainda por explorar. Grande porção dos pseudogenes não aparentam ter sequências regulatórias a montante do corpo do pseudogene, o que pode sugerir que outros mecanismos poderão estar envolvidos neste processo, em resultado da observação de modificações nas histonas de pseudogenes que são transcritos e que não são características nos seus genes parentais ou nos restantes genes codificadores de proteínas (Pei et al. 2012). Um destes exemplos é a presença de H3K9me3 na região do promotor de pseudogenes expressos (Guo et al. 2014). Tendo em consideração estas observações, propomos a hipótese que os pseudogenes possuem mecanismos epigenéticos próprios a regular a sua transcrição. Para testar esta hipótese, estudámos o transcriptoma e epigenoma dos pseudogenes durante a diferenciação neural de células estaminais embrionárias, através da combinação de análises de dados em larga de escala do transcriptoma (RNAseq e GRO-seq), metilação de DNA (BS-seq), regiões de cromatina aberta (hipersensibilidade à DNase) e modificações de histona (ChIP-seq). Os dados usados foram obtidos através da plataforma NIH Roadmap Epigenomics Consortium (Bernstein et al. 2010), consistindo em 72 amostras e um total de 194 replicados. Devido à elevada expressão de pseudogenes no cérebro (Pei et al. 2012), este projecto incidiu essencialmente na diferenciação neural, durante a qual células estaminais embrionárias (H1) foram diferenciadas in vitro em células progenitoras neuronais (H1N). As nossas análises referentes ao transcriptoma revelaram um número mais elevado de pseudogenes a serem expressos durante a diferenciação neural quando comparado com a diferenciação mesenquimal. No entanto, observámos que a detecção da transcrição dos pseudogenes pode ser incorrectamente determinada usando dados de RNA-seq, pois os perfis obtidos por esta tecnologia são influenciados pela estabilidade dos transcritos. Em concordância, os resultados obtidos usando dados de GRO-seq suportam esta hipótese, dado que permitem identificar um maior número de pseudogenes a serem transcritos. Após a identificação dos pseudogenes transcritos e silenciados, analisámos o seu enriquecimento em modificações de histonas. De todas as alterações observadas, destacamos três importantes observações associadas com a transcrição de pseudogenes, nomeadamente a presença de: H3K36me3 no corpo do pseudogenes transcritos, associada a episódios de continuação da transcrição do gene na região a montante (“read-through”); H3K9me3, uma marca epigenética usualmente associada a regiões não transcritas; e, por fim, domínios bivalentes (H3K4me3 e H3K27me3) na região promotora de alguns pseudogenes. Estas observações parecem sustentar a hipótese que sugere que a transcrição dos pseudogenes é regulada. Estudos mais profundos são necessários para perceber a extensão destas modificações na expressão dos pseudogenes, apesar da presença de H3K36me3 e H3K9me3 terem sido já observadas previamente em pseudogenes transcritos (Pei et al. 2012; Guo et al. 2014). No entanto, são ainda muitas as limitações associadas ao estudo dos pseudogenes e que precisam de um melhoramento no futuro. Primeiramente, a semelhança existente entre pseudogenes e os genes parentais dificulta o mapeamento destas regiões usando dados de sequenciação de transcriptoma. Adicionalmente, a expressão de pseudogenes por “read-through” do gene a montante pode sugerir a existência de erros na anotação de bases de dados e pressiona para a crescente necessidade de melhoramento na caracterização de genomas. Concluindo, os resultados aqui observados e discutidos confirmam que os pseudogenes são transcritos e que a sua transcrição parece ser regulada, sugerindo que o seu papel não será assim tão “pseudo” como previamente se pensava. Contudo, mais esforços são necessários para caracterizar a extensão destas alterações, bem como para aferir a contribuição da metilação do DNA na regulação da expressão dos pseudogenes.Pseudogenes are genetic elements that derive from normal protein-coding genes which, through the accumulation of deteriorating mutations, have lost coding potential in a process which is known as “pseudogenization”. However, recent high throughput sequencing technology has shown that pseudogenes are transcribed and that their transcription is tissue-specific, which suggests that pseudogenes might have an important role in biological processes. Many pseudogenes have been described to regulate important processes in development or cancer. Yet, not much is known about how pseudogene expression is regulated. Most pseudogenes seem to have lost their upstream regulatory sequences, indicating that trans-acting mechanisms might be responsible for this regulation. Studies evidence that pseudogenes have different histone modifications compared to their parental genes, suggesting that they might have specific transcriptional mechanisms. In this project, we aimed at identifying the epigenetic pattern responsible for the regulation of pseudogene transcription through a genome-wide analysis. For this analysis, we used transcriptomic data (RNA-seq and GRO-seq) to detect pseudogene transcription and epigenomic data (ChIP-seq, DNase Hypersensitivity and WGBS-seq) to assess epigenomic changes in silent and expressed pseudogenes. Since pseudogene expression has been shown to be higher in the brain, we choose to address our research questions using in vitro neural differentiation of embryonic stem cells (ESCs) as a cell differentiation model system. Our analysis confirmed that there are more pseudogenes being expressed during neural differentiation when compared to mesenchymal differentiation. Regarding their epigenetic modifications, our results show that some pseudogenes, in which the histone modification H3K36me3 is present, might be transcribed as a consequence of transcription read-through from the upstream gene. Expressed pseudogenes also seem to be enriched with the histone modification H3K9me3, a modification that is known to be associated with inactive transcription. As well as in protein-coding genes and lncRNAs, pseudogenes are enriched with bivalent promoters features, such as the colocalized presence of H3K4me3 and H3K27me3 in both undifferentiated and neural differentiated cell lines. To conclude, although the regulation of pseudogene transcription still requires further work to truly apprehend the epigenetic mechanisms that contribute to pseudogene expression, our work has confirmed that mainly histone modification such as H3K36me3 and H3K9me3 may indeed play a role, either direct or indirect, that can help modulate the expression of these very particular genes

Mouraria: patologias correntes nos edifícios antigos e a sua reabilitação

Com esta dissertação pretende-se através de uma abordagem às anomalias construtivas mais frequentes nos edifícios antigos na área da Mouraria sem identificação de novas patologias, nem com implementação de qualquer técnica inovadora para a sua solução, a criação de um método simplificado e expedito de tratamento. Com recurso a inspecções, e com a constatação no local das anomalias serão diagnosticadas posteriormente as respectivas causas, a fim de se criar um sistema classificativo que aconselha técnicas complementares de diagnóstico ou soluções tecnológicas de tratamento a considerar nas futuras intervenções. Este sistema permitirá adquirir o conhecimento essencial acerca das condições de conservação e de segurança do edificado. Serão listadas e classificadas as principais anomalias, assim como as suas causas prováveis e as técnicas de reparação mais adequadas. Para tal proceder-se-á à concepção de uma ficha - tipo onde a abordagem às anomalias construtivas mais frequentes nos edifícios será apresentada assim como a solução clínica para cada um dos casos. Para elaboração das respectivas fichas -tipo, será necessários os seguintes conhecimentos: a)Data de construção do edifício e quais os seus principais materiais e elementos constituintes; b)Quais os materiais e tecnologias de intervenção ao nível das técnicas tradicionais e inovadoras; c)Do seu comportamento ao longo do tempo após a concretização dessas acções de reabilitação