Global analysis of the apple fruit microbiome: are all apples the same?

We present the first worldwide study on the apple (Malus × domestica) fruit microbiome that examines questions regarding the composition and the assembly of microbial communities on and in apple fruit. Results revealed that the composition and structure of the fungal and bacterial communities associated with apple fruit vary and are highly dependent on geographical location. The study also confirmed that the spatial variation in the fungal and bacterial composition of different fruit tissues exists at a global level. Fungal diversity varied significantly in fruit harvested in different geographical locations and suggests a potential link between location and the type and rate of postharvest diseases that develop in each country. The global core microbiome of apple fruit was represented by several beneficial microbial taxa and accounted for a large fraction of the fruit microbial community. The study provides foundational information about the apple fruit microbiome that can be utilized for the development of novel approaches for the management of fruit quality and safety, as well as for reducing losses due to the establishment and proliferation of postharvest pathogens. It also lays the groundwork for studying the complex microbial interactions that occur on apple fruit surfaces.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Genome-wide association and HLA fine-mapping studies identify risk loci and genetic pathways underlying allergic rhinitis

Allergic rhinitis is the most common clinical presentation of allergy, affecting 400 million people worldwide, with increasing incidence in westernized countries1,2. To elucidate the genetic architecture and understand the underlying disease mechanisms, we carried out a meta-analysis of allergic rhinitis in 59,762 cases and 152,358 controls of European ancestry and identified a total of 41 risk loci for allergic rhinitis, including 20 loci not previously associated with allergic rhinitis, which were confirmed in a replication phase of 60,720 cases and 618,527 controls. Functional annotation implicated genes involved in various immune pathways, and fine mapping of the HLA region suggested amino acid variants important for antigen binding. We further performed genome-wide association study (GWAS) analyses of allergic sensitization against inhalant allergens and nonallergic rhinitis, which suggested shared genetic mechanisms across rhinitis-related traits. Future studies of the identified loci and genes might identify novel targets for treatment and prevention of allergic rhinitis

17q21 variant increases the risk of exacerbations in asthmatic children despite inhaled corticosteroids use

_To the Editor,_ Approximately 25% of the asthmatic children suffer from uncontrolled asthma despite regular use of inhaled corticosteroids (ICS). Variation within the 17q21 locus is the strongest genetic determinant for childhood‐onset asthma. Recently, the influence of this locus on treatment outcomes has been shown in several studies. The Pharmacogenomics in Childhood Asthma (PiCA) consortium is a multiethnic consortium that brings together data from ≥14 000 asthmatic children/young adults from 12 different countries to study the pharmacogenomics of uncontrolled asthma despite treatment. In 14 PiCA populations (with over 4000 asthmatic patients), we studied the association between variation in the 17q21 locus, and asthma exacerbations despite ICS use. We specifically focused on rs7216389, a single nucleotide polymorphism (SNP) in the 17q21 locus strongly associated with childhood asthma and initially identified by Moffatt et al. [...

Wissenschaftliche Begründung der STIKO zur Implementierung der COVID-19-Impfung in die allgemeinen Empfehlungen der STIKO 2023

Die COVID-19-Impfempfehlungen der STIKO ha¬ben seit Beginn der Impfkampagne im Winter 2020/2021 das vordringliche Ziel, schwere Verläufe und Langzeit¬folgen von COVID-19 zu verhindern sowie Beschäf¬tigte in der medizinischen und pflegenden Versor¬gung vor SARS-CoV-2-Infektionen zu schützen. Die STIKO hat ihre COVID-19-Impfempfehlung seit der Erstpublikation im Dezember 2020 unter der Berücksichtigung neuer Daten und wei¬teren Impfstoffzulassungen fortlaufend angepasst. Beim Übergang von der pandemischen in die ende¬mische Phase des Infektionsgeschehens hat sich die STIKO mit der Überführung der bisherigen Emp¬fehlungen in eine längerfristige COVID-19-Impfempfehlung befasst. Im Epidemiologischen Bulletin 21/2023 wird die dazugehörige wissenschaftliche Begründung der aktualisierten Empfehlung und der Integration in den Impfkalender veröffentlicht. Die neue Empfehlung ersetzt die 25. Aktualisierung der COVID-19-Impfempfehlung von Februar 2023, die nicht mehr länger gültig ist

Wissenschaftliche Begründung der STIKO zur Implementierung der COVID-19-Impfung in die allgemeinen Empfehlungen der STIKO 2023

Die COVID-19-Impfempfehlungen der STIKO ha¬ben seit Beginn der Impfkampagne im Winter 2020/2021 das vordringliche Ziel, schwere Verläufe und Langzeit¬folgen von COVID-19 zu verhindern sowie Beschäf¬tigte in der medizinischen und pflegenden Versor¬gung vor SARS-CoV-2-Infektionen zu schützen. Die STIKO hat ihre COVID-19-Impfempfehlung seit der Erstpublikation im Dezember 2020 unter der Berücksichtigung neuer Daten und wei¬teren Impfstoffzulassungen fortlaufend angepasst. Beim Übergang von der pandemischen in die ende¬mische Phase des Infektionsgeschehens hat sich die STIKO mit der Überführung der bisherigen Emp¬fehlungen in eine längerfristige COVID-19-Impfempfehlung befasst. Im Epidemiologischen Bulletin 21/2023 wird die dazugehörige wissenschaftliche Begründung der aktualisierten Empfehlung und der Integration in den Impfkalender veröffentlicht. Die neue Empfehlung ersetzt die 25. Aktualisierung der COVID-19-Impfempfehlung von Februar 2023, die nicht mehr länger gültig ist

Wissenschaftliche Begründung der STIKO zur Implementierung der COVID-19-Impfung in die allgemeinen Empfehlungen der STIKO 2023

Die COVID-19-Impfempfehlungen der STIKO ha¬ben seit Beginn der Impfkampagne im Winter 2020/2021 das vordringliche Ziel, schwere Verläufe und Langzeit¬folgen von COVID-19 zu verhindern sowie Beschäf¬tigte in der medizinischen und pflegenden Versor¬gung vor SARS-CoV-2-Infektionen zu schützen. Die STIKO hat ihre COVID-19-Impfempfehlung seit der Erstpublikation im Dezember 2020 unter der Berücksichtigung neuer Daten und wei¬teren Impfstoffzulassungen fortlaufend angepasst. Beim Übergang von der pandemischen in die ende¬mische Phase des Infektionsgeschehens hat sich die STIKO mit der Überführung der bisherigen Emp¬fehlungen in eine längerfristige COVID-19-Impfempfehlung befasst. Im Epidemiologischen Bulletin 21/2023 wird die dazugehörige wissenschaftliche Begründung der aktualisierten Empfehlung und der Integration in den Impfkalender veröffentlicht. Die neue Empfehlung ersetzt die 25. Aktualisierung der COVID-19-Impfempfehlung von Februar 2023, die nicht mehr länger gültig ist

Multi-ancestry genome-wide association study of asthma exacerbations

Altres ajuts: European Regional Development Fund "ERDF A way of making Europe"; Allergopharma-EAACI award 2021; SysPharmPedia grant from the ERACoSysMed 1st Joint Transnational Call from the European Union under the Horizon 2020; Sandler Family Foundation; American Asthma Foundation; RWJF Amos Medical Faculty Development Program; National Heart, Lung, and Blood Institute of the National Institutes of Health (R01HL117004, R01HL128439, R01HL135156, X01HL134589, R01HL141992, R01HL141845); National Institute of Health and Environmental Health Sciences (R01ES015794, R21ES24844); National Institute on Minority Health and Health Disparities (NIMHD) (P60MD006902, R01MD010443, R56MD013312); National Institute of General Medical Sciences (NIGMS) (RL5GM118984); Tobacco-Related Disease Research Program (24RT-0025, 27IR-0030); National Human Genome Research Institute (NHGRI) (U01HG009080); GlaxoSmithKline and Utrecht Institute for Pharmaceutical Sciences; Slovenian Research Agency (P3-0067); SysPharmPediA grant, co-financed by the Ministry of Education, Science and Sport Slovenia (MIZS) (C3330-16-500106); NHS Research Scotland; Wellcome Trust Biomedical Resource (099177/Z/12/Z); Genotyping National Centre (CeGEN) CeGen-PRB3-ISCIII (AC15/00015); UK Medical Research Council and Wellcome (102215/2/13/2); University of Bristol; Swedish Heart-Lung Foundation, Swedish Research Council; Region Stockholm (ALF project and database maintenance); NHS Chair of Pharmacogenetics via the UK Department of Health; Innovative Medicines Initiative (IMI) (115010); European Federation of Pharmaceutical Industries and Associations (EFPIA); Spanish National Cancer Research Centre; Fundación Canaria Instituto de Investigación Sanitaria de Canarias (PIFIISC19/17); Erasmus Medical Center; Erasmus University Rotterdam; Netherlands Organization for the Health Research and Development (ZonMw); the Research Institute for Diseases in the Elderly (RIDE); Ministry of Education, Culture and Science; Ministry for Health, Welfare and Sports; European Commission (DG XII); Municipality of Rotterdam; German Federal Ministry of Education and Research (Bundesministerium für Bildung und Forschung, BMBF); U.S. National Institutes of Health (HL07966); European Social Fund "ESF Investing in your future"; Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades; Universidad de La Laguna (ULL); European Academy of Allergy and Clinical Immunology (EAACI); European Respiratory Society (ERS) (LTRF202101-00861); Ministry of Education, Science and Sport of the Republic of Slovenia (C3330-19-252012); Singapore Ministry of Education Academic Research Fund; Singapore Immunology Network (SIgN); National Medical Research Council (NMRC Singapore); Biomedical Research Council (BMRC Singapore); Agency for Science Technology and Research (A*STAR Singapore, N-154-000-038-001, R-154-000-191-112, R-154-000-404-112, R-154-000-553-112, R-154-000-565-112, R-154-000-630-112, R-154-000-A08-592, R-154-000-A27-597, R-154-000-A91-592, R-154-000-A95-592, R-154-000-B99-114, BMRC/01/1/21/18/077, BMRC/04/1/21/19/315, SIgN-06-006, SIgN-08-020, NMRC/1150/2008, H17/01/a0/008); Sime Darby Technology Centre; First Resources Ltd; Genting Plantation; Olam International; U.S. National Institutes of Health (HL138098).Background: Asthma exacerbations are a serious public health concern due to high healthcare resource utilization, work/school productivity loss, impact on quality of life, and risk of mortality. The genetic basis of asthma exacerbations has been studied in several populations, but no prior study has performed a multi-ancestry meta-analysis of genome-wide association studies (meta-GWAS) for this trait. We aimed to identify common genetic loci associated with asthma exacerbations across diverse populations and to assess their functional role in regulating DNA methylation and gene expression. Methods: A meta-GWAS of asthma exacerbations in 4989 Europeans, 2181 Hispanics/Latinos, 1250 Singaporean Chinese, and 972 African Americans analyzed 9.6 million genetic variants. Suggestively associated variants (p ≤ 5 × 10) were assessed for replication in 36,477 European and 1078 non-European asthma patients. Functional effects on DNA methylation were assessed in 595 Hispanic/Latino and African American asthma patients and in publicly available databases. The effect on gene expression was evaluated in silico. Results: One hundred and twenty-six independent variants were suggestively associated with asthma exacerbations in the discovery phase. Two variants independently replicated: rs12091010 located at vascular cell adhesion molecule-1/exostosin like glycosyltransferase-2 (VCAM1/EXTL2) (discovery: odds ratio (OR) = 0.82, p = 9.05 × 10 and replication: OR = 0.89, p = 5.35 × 10) and rs943126 from pantothenate kinase 1 (PANK1) (discovery: OR = 0.85, p = 3.10 × 10 and replication: OR = 0.89, p = 1.30 × 10). Both variants regulate gene expression of genes where they locate and DNA methylation levels of nearby genes in whole blood. Conclusions: This multi-ancestry study revealed novel suggestive regulatory loci for asthma exacerbations located in genomic regions participating in inflammation and host defense

Wissenschaftliche Begründung der STIKO zur Auffrischimpfung von Personen ≥ 12 Jahren mit einem Omikron-BA.1- oder einem Omikron-BA.4/5-adaptierten bivalenten mRNA-Impfstoff

Die STIKO empfiehlt in der 22. Aktualisierung ihrer COVID-19-Impfempfehlung für Auffrischimpfungen ab 12 Jahren vorzugsweise einen der zugelassenen und verfügbaren Omikron-adaptierten bivalenten mRNA-Impfstoffe einzusetzen. Wie das Epidemiologische Bulletin 40/2022 ausführt, gilt dies sowohl für die BA.1- als auch für die BA.4/5-adaptierten Impfstoffe, da beide im Vergleich zu den bisherigen monovalenten mRNA-Impfstoffen eine verbesserte Antikörperantwort gegenüber verschiedenen Omikron-Varianten auslösen und gegenüber dem SARS-CoV-2-Wildtypstamm eine gleichbleibend gute Antikörperantwort erzielen. Es ist trotz der limitierten Datenlage anzunehmen, dass die bivalenten Impfstoffe ebenso wie die herkömmlichen monovalenten Impfstoffe Schutz vor schweren Infektionen, Hospitalisierung und Tod durch jede der bisher aufgetretenen SARS-CoV-2-Varianten vermitteln