The Spectrum of FANCM Protein Truncating Variants in European Breast Cancer Cases

Germline protein truncating variants (PTVs) in the FANCM gene have been associated with a 2–4-fold increased breast cancer risk in case-control studies conducted in different European populations. However, the distribution and the frequency of FANCM PTVs in Europe have never been investigated. In the present study, we collected the data of 114 European female breast cancer cases with FANCM PTVs ascertained in 20 centers from 13 European countries. We identified 27 different FANCM PTVs. The p.Gln1701* PTV is the most common PTV in Northern Europe with a maximum frequency in Finland and a lower relative frequency in Southern Europe. On the contrary, p.Arg1931* seems to be the most common PTV in Southern Europe. We also showed that p.Arg658*, the third most common PTV, is more frequent in Central Europe, and p.Gln498Thrfs*7 is probably a founder variant from Lithuania. Of the 23 rare or unique FANCM PTVs, 15 have not been previously reported. We provide here the initial spectrum of FANCM PTVs in European breast cancer cases

Processing of a complex multiply damaged DNA site by human cell extracts and purified repair proteins

by human cell extracts and purified repair protein

Excision efficiency at oG and hU sites by purified hOGG1 and APE1 proteins: 100 fmol of different substrates, 5′-end-labeled on strand bearing oG (A and B) or hU (C), were incubated for 30 min at 37°C with increasing amount of purified hOGG1 (0–19

<p><b>Copyright information:</b></p><p>Taken from "Processing of a complex multiply damaged DNA site by human cell extracts and purified repair proteins"</p><p>Nucleic Acids Research 2005;33(1):260-271.</p><p>Published online 12 Jan 2005</p><p>PMCID:PMC546153.</p><p>© 2005, the authors © </p>2 nM) (A), with 4.8 nM of hOGG1 and 0–28 nM of APE1 (B), or with 0–28 nM APE1 (C). Proteins were eliminated by phenol/chloroform treatment, and DNA samples were subjected to a 12% denaturing polyacrylamide gel. The efficiency of oG excision as a function of hOGG1 concentration is shown in (). The error bars represent the SD from 4–5 independent experiments. The cleavage efficiency at oG by hOGG1 and increasing concentration of APE1 is shown in (). The error bars correspond to the SD of four independent experiments. In () hU excision by APE1 is shown. SD values of three independent experiments are represented by error bars

Plateforme d’investigation en génétique et épidémiologie des cancers (PIGE)

AbstractNational audienc

Genesis : identification et caractérisation de nouveaux gènes de prédisposition au cancer du sein à partir de l'étude de paires de soeurs atteintes et de témoins apparentées et non apparentées

AbstractNational audienceContexte et Objectifs Le cancer du sein (CS) est une pathologie qui concerne environ 10 % des femmes dont l’espérance de vie est de plus de 80 ans. Les études de ségrégation ont montré que 5 % des cas sont liés à un facteur génétique transmis selon un mode dominant. Deux gènes, BRCA1 et BRCA2, ont été identifiés ; leurs mutations sont impliquées dans environ 5 % des CS et 20 % des cas familiaux testés (Miki et al., 1994, Wooster et al., 1995). Une partie des 80 % restant pourrait être expliquée par des prédispositions encore non identifiées mais dont le mode de transmission serait plus vraisemblablement récessif ou oligogénique. L’étude GENESIS a pour objectif d’identifier de nouveaux gènes de prédisposition et d’évaluer leur rôle dans l’apparition d’un CS ainsi que celui de facteurs non génétiques qui pourraient modifier leur effet. Données et Méthode GENESIS combine une étude de liaison génétique non paramétrique chez des paires de soeurs atteintes de CS et non porteuses d’unemutation des gènes BRCA et une étude d’association avec deux groupes témoins : soeurs indemnes et proches non apparentées (amies, collègues). Les analyses de liaison génétique exploreront l’ensemble du génome (GW). Les études d’association seront plus particulièrement centrées sur les régions d’intérêt désignées par les études de liaison et par les résultats publiés des études d’association GW. Les études d’association permettront, outre d’identifier de nouveaux facteurs génétiques, d’estimer les risques de CS associés et d’évaluer les éventuelles interactions gènes-environnement/style de vie. Le recueil de caractéristiques phénotypiques des cas (densité mammaire, caractéristiques tumorales examinées en tissu-array...) permettra de définir des endophénotypes et ainsi de diminuer l’hétérogénéité génétique attendue au sein de la population d’étude. L’effectif attendu est 6 000 personnes (1 000 paires de soeurs et 4 000 témoins et apparentés). Protocole du recueil des données et des prélèvements biologiques Les diverses étapes du protocole se font par courrier et sont coordonnées par le Centre Coordonnateur* et le Centre de Ressources Biologiques#. Les femmes index sont invitées à participer par les consultants en génétique du Groupe Génétique et Cancer (GGC) de la Fédération Nationale des Centres de Lutte Contre le Cancer. Les soeurs atteintes et indemnes, les frères et les parents ainsi qu’une proche non apparentée sont invités par les index. Les données épidémiologiques concernent les antécédents gynécologiques et obstétriques, les traitements hormonaux, les habitudes tabagiques actives et passives, la consommation d’alcool, l’activité physique,les expositions aux radiations,... Les échantillons sanguins (sang total, lymphocytes, plasma, sérum) et tumoraux sont collectés. Les mammographies des index, soeurs atteintes et de leurs témoins sont numérisées pour la mesure de la densité mammaire. État d’avancement Une étude pilote aété réalisée sur 48 cas index invités en novembre 2006. La participation a été de 81 %. L’étude nationale a commencé en avril 2007. Le protocole et l’avancement de GENESIS seront présentés en détail et la population incluse en janvier 2008 sera décrite. Retombées : L’identification de nouveauxgènes de prédisposition au CS aura un impact sur la prise en charge des femmes à risque. La connaissance de ces gènes permettra également de mieux comprendre l’origine d’un certain nombre de cas de CS a priori non familiaux et permettra d’optimiser la prise en charge de leurs apparentées.Enfin, la connaissance des fonctions biologiques de ces gènes, de leurs interactions avec des facteurs environnementaux permettra de proposer des actions de prévention. Remerciements : GENESIS est soutenue par la Ligue Nationale Contre le Cancer depuis 200

Genesis : identification et caractérisation de nouveaux gènes de prédisposition au cancer du sein à partir de l'étude de paires de soeurs atteintes et de témoins apparentées et non apparentées

AbstractNational audienceContexte et Objectifs Le cancer du sein (CS) est une pathologie qui concerne environ 10 % des femmes dont l’espérance de vie est de plus de 80 ans. Les études de ségrégation ont montré que 5 % des cas sont liés à un facteur génétique transmis selon un mode dominant. Deux gènes, BRCA1 et BRCA2, ont été identifiés ; leurs mutations sont impliquées dans environ 5 % des CS et 20 % des cas familiaux testés (Miki et al., 1994, Wooster et al., 1995). Une partie des 80 % restant pourrait être expliquée par des prédispositions encore non identifiées mais dont le mode de transmission serait plus vraisemblablement récessif ou oligogénique. L’étude GENESIS a pour objectif d’identifier de nouveaux gènes de prédisposition et d’évaluer leur rôle dans l’apparition d’un CS ainsi que celui de facteurs non génétiques qui pourraient modifier leur effet. Données et Méthode GENESIS combine une étude de liaison génétique non paramétrique chez des paires de soeurs atteintes de CS et non porteuses d’unemutation des gènes BRCA et une étude d’association avec deux groupes témoins : soeurs indemnes et proches non apparentées (amies, collègues). Les analyses de liaison génétique exploreront l’ensemble du génome (GW). Les études d’association seront plus particulièrement centrées sur les régions d’intérêt désignées par les études de liaison et par les résultats publiés des études d’association GW. Les études d’association permettront, outre d’identifier de nouveaux facteurs génétiques, d’estimer les risques de CS associés et d’évaluer les éventuelles interactions gènes-environnement/style de vie. Le recueil de caractéristiques phénotypiques des cas (densité mammaire, caractéristiques tumorales examinées en tissu-array...) permettra de définir des endophénotypes et ainsi de diminuer l’hétérogénéité génétique attendue au sein de la population d’étude. L’effectif attendu est 6 000 personnes (1 000 paires de soeurs et 4 000 témoins et apparentés). Protocole du recueil des données et des prélèvements biologiques Les diverses étapes du protocole se font par courrier et sont coordonnées par le Centre Coordonnateur* et le Centre de Ressources Biologiques#. Les femmes index sont invitées à participer par les consultants en génétique du Groupe Génétique et Cancer (GGC) de la Fédération Nationale des Centres de Lutte Contre le Cancer. Les soeurs atteintes et indemnes, les frères et les parents ainsi qu’une proche non apparentée sont invités par les index. Les données épidémiologiques concernent les antécédents gynécologiques et obstétriques, les traitements hormonaux, les habitudes tabagiques actives et passives, la consommation d’alcool, l’activité physique,les expositions aux radiations,... Les échantillons sanguins (sang total, lymphocytes, plasma, sérum) et tumoraux sont collectés. Les mammographies des index, soeurs atteintes et de leurs témoins sont numérisées pour la mesure de la densité mammaire. État d’avancement Une étude pilote aété réalisée sur 48 cas index invités en novembre 2006. La participation a été de 81 %. L’étude nationale a commencé en avril 2007. Le protocole et l’avancement de GENESIS seront présentés en détail et la population incluse en janvier 2008 sera décrite. Retombées : L’identification de nouveauxgènes de prédisposition au CS aura un impact sur la prise en charge des femmes à risque. La connaissance de ces gènes permettra également de mieux comprendre l’origine d’un certain nombre de cas de CS a priori non familiaux et permettra d’optimiser la prise en charge de leurs apparentées.Enfin, la connaissance des fonctions biologiques de ces gènes, de leurs interactions avec des facteurs environnementaux permettra de proposer des actions de prévention. Remerciements : GENESIS est soutenue par la Ligue Nationale Contre le Cancer depuis 200

Genesis : identification et caractérisation de nouveaux gènes de prédisposition au cancer du sein à partir de l'étude de paires de soeurs atteintes et de témoins apparentées et non apparentées

AbstractNational audienceContexte et Objectifs Le cancer du sein (CS) est une pathologie qui concerne environ 10 % des femmes dont l’espérance de vie est de plus de 80 ans. Les études de ségrégation ont montré que 5 % des cas sont liés à un facteur génétique transmis selon un mode dominant. Deux gènes, BRCA1 et BRCA2, ont été identifiés ; leurs mutations sont impliquées dans environ 5 % des CS et 20 % des cas familiaux testés (Miki et al., 1994, Wooster et al., 1995). Une partie des 80 % restant pourrait être expliquée par des prédispositions encore non identifiées mais dont le mode de transmission serait plus vraisemblablement récessif ou oligogénique. L’étude GENESIS a pour objectif d’identifier de nouveaux gènes de prédisposition et d’évaluer leur rôle dans l’apparition d’un CS ainsi que celui de facteurs non génétiques qui pourraient modifier leur effet. Données et Méthode GENESIS combine une étude de liaison génétique non paramétrique chez des paires de soeurs atteintes de CS et non porteuses d’unemutation des gènes BRCA et une étude d’association avec deux groupes témoins : soeurs indemnes et proches non apparentées (amies, collègues). Les analyses de liaison génétique exploreront l’ensemble du génome (GW). Les études d’association seront plus particulièrement centrées sur les régions d’intérêt désignées par les études de liaison et par les résultats publiés des études d’association GW. Les études d’association permettront, outre d’identifier de nouveaux facteurs génétiques, d’estimer les risques de CS associés et d’évaluer les éventuelles interactions gènes-environnement/style de vie. Le recueil de caractéristiques phénotypiques des cas (densité mammaire, caractéristiques tumorales examinées en tissu-array...) permettra de définir des endophénotypes et ainsi de diminuer l’hétérogénéité génétique attendue au sein de la population d’étude. L’effectif attendu est 6 000 personnes (1 000 paires de soeurs et 4 000 témoins et apparentés). Protocole du recueil des données et des prélèvements biologiques Les diverses étapes du protocole se font par courrier et sont coordonnées par le Centre Coordonnateur* et le Centre de Ressources Biologiques#. Les femmes index sont invitées à participer par les consultants en génétique du Groupe Génétique et Cancer (GGC) de la Fédération Nationale des Centres de Lutte Contre le Cancer. Les soeurs atteintes et indemnes, les frères et les parents ainsi qu’une proche non apparentée sont invités par les index. Les données épidémiologiques concernent les antécédents gynécologiques et obstétriques, les traitements hormonaux, les habitudes tabagiques actives et passives, la consommation d’alcool, l’activité physique,les expositions aux radiations,... Les échantillons sanguins (sang total, lymphocytes, plasma, sérum) et tumoraux sont collectés. Les mammographies des index, soeurs atteintes et de leurs témoins sont numérisées pour la mesure de la densité mammaire. État d’avancement Une étude pilote aété réalisée sur 48 cas index invités en novembre 2006. La participation a été de 81 %. L’étude nationale a commencé en avril 2007. Le protocole et l’avancement de GENESIS seront présentés en détail et la population incluse en janvier 2008 sera décrite. Retombées : L’identification de nouveauxgènes de prédisposition au CS aura un impact sur la prise en charge des femmes à risque. La connaissance de ces gènes permettra également de mieux comprendre l’origine d’un certain nombre de cas de CS a priori non familiaux et permettra d’optimiser la prise en charge de leurs apparentées.Enfin, la connaissance des fonctions biologiques de ces gènes, de leurs interactions avec des facteurs environnementaux permettra de proposer des actions de prévention. Remerciements : GENESIS est soutenue par la Ligue Nationale Contre le Cancer depuis 200

Abstract P6-08-12: Feasibility of a nation-wide family-based study to assess cancer risks in families with a predicted pathogenic variant identified through hereditary breast and ovary multi-gene panel testing: The TUMOSPEC study

International audienceBackground. Assessment of the age-dependent cancer risk conferred by germline predicted pathogenic variants (PPV) in cancer susceptibility genes is often hampered by the way the data are collected. Cohort-based data frequently contain an overrepresentation of patients carrying a gene variant of interest and an underrepresentation of cancer-free gene variant carriers. In order to overcome this problem, penetrance estimates can be grounded on family-based study designs, through the evaluation of index patients (IP) and their family relatives. The purpose of the TUMOSPEC study is to estimate the penetrance of PPV in genes whose literature data are currently inaccurate or limited and to determine their associated tumour spectrum. This will lead to an appropriate assessment of the clinical utility of testing these genes. Methods. IP are enrolled consecutively among patients who are being offered a germline genetic test in a hereditary breast and ovary cancer (HBOC) context in a participating cancer genetics clinics. A panel of 24 genes (ATM, BAP1, BARD1, BRIP1, CHEK2, FANCM, FAM175A, MRE11A, NBN, STK11, RINT1, XRCC2, PALB2, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, CDH1, PTEN, RAD50, RAD51B, RAD51C, RAD51D, TP53) is tested in parallel of BRCA1 and BRCA2. If a PPV is identified, the IP is asked to give her/his first- and second-degree relatives and cousins address, regardless of their health status. Each relative is then contacted by the study coordinating centre (CC) to be invited. Each participant completes an epidemiological questionnaire addressing personal medical history and exposure to various risk factors, and provides a saliva sample to determine if he/she carries the familial PPV. The CC collects questionnaires, family history, clinical and genetic data. Results. Enrolment for the feasibility study takes place between Sep. 2017 and Dec. 2019 at each of the 46 participating french clinics. In June 2019, the study included 3,298 IP. So far, the CC received 1,241 TUMOSPEC panel results (37.6%) with a mean delay of 5 months [0.7 -17.5]. Among them, 169 carried a PPV in at least one of the genes (totalizing 183 PPV). Additionally, 44 IP with PPV identified beforehand were enrolled (table 1). Relatives’ invitation of these 213 IP began in June 2018. Among the relatives of the first 29 index cases contacted so far, 4.6 relatives per family consented to participate. Conclusions. The feasibility study showed that inclusion process is well adapted and that the communication between the various partners (clinicians, biologists, investigators and study participants) is quite smooth. Rates of inclusion for invited relatives (50%), for IP questionnaire completion (45%) and relatives biological sample collection (50%) are also very satisfactory and yet underestimated due to the recent start of relatives inclusions. Overall, this study shows that it is feasible to conduct a large-scale study to gather sufficient number of positive families for each gene included in the panel in a reasonable interval of time. This on-going national effort will allow to appropriately assess cancer risks cancer in families with a PPV in a gene often included in HBOC multi-gene panels. This is an essential step to optimize clinical management guidelines specific to each gene, and will represent a valuable resource for future research on the genetics of breast and ovary cancers

Etude Genesis : trois ans d'inclusion en France

AbstractNational audienceIntroduction.– Le cancer du sein (CS) concerne environ 10% des femmes. Des mutations dans les gènes BRCA1/2 sont impliquées dans environ 5% des CS et seulement 15 à 20%des cas familiaux testés. L’étude GENESIS a pour objectifs d’identifier et de caractériser de nouveaux gènes de prédisposition et d’évaluer le rôle de facteurs non génétiques qui pourraient modifier l’effet de ces gènes. Ceci permettra une meilleure prise en charge des femmes à risque.Méthodes.– GENESIS combine une étude de liaison génétique non paramétrique chez des paires de soeurs atteintes de CS, non porteuses d’une mutation des gènes BRCA et une étude d’association avec deux groupes témoins : soeurs indemnes et proches non apparentées. L’effectif attendu est 1000 paires de soeurs et 4000 témoins. Les cas index sont invités par les consultants en génétiquedu Groupe génétique et cancer de la Fédération nationale des Centres de lutte contre le cancer. Des caractéristiques phénotypiques des cas (caractéristiques tumorales, densité mammaire. . .) permettront de définir des endophénotypes et de diminuer ainsi l’hétérogénéité génétique de la population d’étude. Le centre coordonateur organise le recueil et la gestion des données épidémiologiques et des mammographies, le centre de ressources biologiques ceux des échantillonssanguins.Résultats.– Fin 2010, 1493 cas index, 740 soeurs atteintes, 520 soeurs indemnes et 1289 amies ont accepté de participer et ont rec¸u un dossier d’inclusion ; 75% ont renvoyé leur questionnaire, 76%ont fait leur prélèvement sanguin, 74% ont fourni des mammographies qui ont été numérisées et anonymisées.Discussion/conclusion.– Après trois ans d’inclusions, 630 paires de soeurs atteintes participent à l’étude. Le protocole a été étendu aux index sans soeur atteinte disponible afin d’augmenter la puissance des études d’association. Remerciements.–GENESIS est soutenue par la Ligue Nationale Contre le Cancer depuis 2006 et par l’INCa depuis 2008

Etude Genesis : deux ans d'inclusion !

AbstractNational audienceContexte et Objectifs- Le cancer du sein (CS) est une pathologie qui concerne environ 10 % des femmes. Deux gènes, BRCA1 et BRCA2, ont été identifiés (Miki et al. 1994, Wooster et al. 1995) ; leurs mutations sont impliquées dans environ 5 % des CS et seulement 15 à 20 % des cas familiaux testés. 80 % des cas familiaux restent inexpliqués. L’étude GENESIS a été mise en place pour identifier de nouveaux gènes de prédisposition et évaluer leur rôle dans l’apparition d’un CS ainsi que celui de facteurs non génétiques qui pourraient modifier leur effet. Ceci permettrait une meilleure prise en charge des femmes à risque. Nous proposons de présenter l’état d’avancement et un descriptif intermédiaire de GENESIS. Données et Méthodes- GENESIS combine une étude de liaison génétique non paramétrique chez des paires de soeurs atteintes de CS, non porteuses d’une mutation des gènes BRCA et une étude d’association avec deux groupes témoins : soeurs indemnes et proches non apparentées (amies, collègues). L’effectif attendu est 1 000 paires de soeurs et 4 000 témoins. Les diverses étapes du protocole sont coordonnées par le Centre Coordonnateur* et le Centre de Ressources Biologiques#. Les cas index sont invités par les consultants en génétique du Groupe Génétique et Cancer de la Fédération Nationale des Centres de Lutte Contre le Cancer. Le recueil de caractéristiques phénotypiques des cas (densité mammaire, caractéristiques tumorales etc.) permettra de définir des endophénotypes et de diminuer ainsi l’hétérogénéité génétique au sein de la population d’étude. Des données épidémiologiques (facteurs gynéco-obstétriques, traitements hormonaux, habitudes tabagiques actives et passives, expositions aux radiations etc.) et des échantillons sanguins sont collectés. La densité mammaire est calculée avec le logiciel « Cumulus » après numérisation des mammographies précédant le diagnostic de CS ou des dernières mammographies pour les témoinsindemnes. État d’avancement – En septembre 2009, 1022 cas index, 541 soeurs atteintes, 385 soeurs indemnes et 922 amies ont accepté de participer et ont reçu un dossier d’inclusion. 75 % ont renvoyé leur questionnaire, 78 % ont fait leur prélèvement sanguin, 70 % ont fourni des mammographies qui ont pu être numérisées. Perspectives- Un peu plus de la moitié des cas index inclus ont une soeur atteinte qui participe à l’étude. 1 820 cas index doivent donc être inclus pour atteindre l’objectif des 1 000 paires de soeurs atteintes. La dynamique d’inclusion des cas index doit s’accélérer, en particulier par l’invitation des cas « prospectifs », lors de la remise de leur résultat BRCA1/2 négatif. Le protocole de l’étude GENEGO portant sur les caractéristiques tumorales de GENESIS est en cours d’élaboration. Des études intermédiaires sur des gènes ou pathways « candidats » seront bientôt proposées. Remerciements – GENESIS est soutenue par la Ligue Nationale Contre le Cancer depuis 2006 et par l’Institut National du Cancer depuis 2008