566 research outputs found
The separating variety for the basic representations of the additive group
For a group acting on an affine variety , the separating variety is
the closed subvariety of encoding which points of are separated
by invariants. We concentrate on the indecomposable rational linear
representations of dimension of the additive group of a field of
characteristic zero, and decompose the separating variety into the union of
irreducible components. We show that if is odd, divisible by four, or equal
to two, the closure of the graph of the action, which has dimension , is
the only component of the separating variety. In the remaining cases, there is
a second irreducible component of dimension . We conclude that in these
cases, there are no polynomial separating algebras.Comment: 14 page
Ville et prison : discours d'hygiénistes réformateurs à Montréal au cours de la deuxième moitié du XIXe siècle
This study is a discursive analysis which emphasises the notions of moral depravation, urban milieu and prison in the hygienists' discourse. Their knowledge focuses on the human-milieu relationship and is structured in such a way as to promote a vast program of reform. From their standpoint, filth, miasmas, putrefaction, and the cramming together of a massive population with a large contingent of indigents, meant the spread of physical diseases and moral depravation. Packed in the slums, repeatedly entering the local prison for a few days, a segment of the population was at the center of the hygienist preoccupation. Furthermore, the prison was perceived as reproducing defective urban conditions. Reforming both the city and the prison was conceived as a similar project. Reading the social organization as an entity meant that moral depravation is an indicator of the state of society as a whole and therefore should be a concern for everyone
Les effets de vĂ©ritĂ© du discours de l’ADN pĂ©nal au CanadaÂ
À une vitesse folle, l’ADN est devenu un fétiche, un symbole chargé d’une force presque divine. Le système pénal n’échappe pas à ses charmes. Cet article porte sur l’ADN tel qu’il est produit lors des débats au comité permanent de la Chambre des communes qui sont à la base de la politique canadienne sur les empreintes génétiques. À travers l’analyse des mémoires soumis au comité, nous attirons l’attention sur deux effets de vérité produits par le discours de l’ADN pénal, soit la production d’un système pénal à la recherche de la vérité (par opposition à la recherche de la justice) et la réification des infracteurs en criminels monstrueux.In an incredible short period, DNA became a cultural icon, a symbol invested with an almost divine power. The penal system doesn’t escape it. This contribution aims at uncovering the way DNA is constructed in the debates of the standing committee of the House of Commons. Those debates lead to the Canadian DNA policy. Through the analysis of the briefs, we point at two effects of truth that are produced by the penal DNA discourse. The first is the construction of the penal system as truth searching mechanism (rather than a justice mechanism) and the second is the production of the monstrous criminal
Technologies du risque et technologies de soi : Gouverner les jeunes par la prévention pénale des risques
Les auteurs conceptualisent l’émergence de la notion jeune-à -risque à l’aide des travaux de Castel. Ils utilisent la notion foucaldienne de gouvernement pour explorer la signification d’un sujet jeune-à -risque qu’ils associent aux psychologies humaniste et cognitiviste. Puis, ils illustrent brièvement leurs propos en décrivant une modulation possible des mesures extrajudiciaires de la Loi sur le système de justice pénale pour les adolescents (LSJPA) au Québec. Enfin, à l’aide de cette problématisation, les auteurs veulent aussi souligner les limites concrètes de la notion jeune-à -risque.This text looks at the emergence of the notion of youth-at-risk from the work of Castel. They further conceptualize this notion by referring to Foucault’s government and by linking the youth subject to humanist and psychologist psychology. With this framework, they present one type of modulation of extrajudiciary measures authorized by the recent Youth Criminal Justice Act (YCJA). In the end, the authors also insist on the practical limits of that sort of problematization
The Multiplicities of Dust: Showing the Skills of DNA at Assembling humans and Non-Humans
Unique to each of us, our DNA nevertheless has multiple ontologies. Following dust through a crime scene, a forensic laboratory and a criminal court, we see that DNA is enacted in three different ways: as a sign, as a result and as a proof. Each of these DNAs entails its own regime of practice, codes and meaning. While forensic genetics has been associated with certainty, stability and truth, we contend that this characterisation is made possible by DNA’s multiplicities.Unique to each of us, our DNA nevertheless has multiple ontologies. Following dust through a crime scene, a forensic laboratory and a criminal court, we see that DNA is enacted in three different ways: as a sign, as a result and as a proof. Each of these DNAs entails its own regime of practice, codes and meaning. While forensic genetics has been associated with certainty, stability and truth, we contend that this characterisation is made possible by DNA’s multiplicities.Unique to each of us, our DNA nevertheless has multiple ontologies. Following dust through a crime scene, a forensic laboratory and a criminal court, we see that DNA is enacted in three different ways: as a sign, as a result and as a proof. Each of these DNAs entails its own regime of practice, codes and meaning. While forensic genetics has been associated with certainty, stability and truth, we contend that this characterisation is made possible by DNA’s multiplicities
Nouvelles stratégies analytiques favorisant l’augmentation de la spécificité et de la sensibilité en imagerie MS
La spectrométrie de masse est une technique analytique permettant de mesurer le ratio
masse sur charge d’un ion. Cette technique, très répandue en chimie analytique permet
d’élucider la composition moléculaire de mélanges complexes à partir de systèmes
homogénéisés. De ce fait, toute l’information sur la distribution spatiale des molécules est
perdue. L’imagerie par spectrométrie de masse (IMS) a été inventée afin de résoudre ce
problème et permettre d’élucider la distribution spatiale de molécules cibles sur des sections
tissulaires minces provenant de tissus biologiques tels que de mammifères ou de plantes. L’un
des grands avantages de l’IMS est sa complémentarité à l’histopathologie, technique
permettant de révéler la structure ainsi que la localisation de certaines biomolécules à partir de
sections tissulaires minces. Cependant, cette dernière se limite principalement aux protéines et
aux molécules pouvant avoir une interaction spécifique avec un anticorps. L’IMS permet la
détection d’une vaste gamme de biomolécules allant des petits métabolites aux polymères de
haut poids moléculaire. Parmi les biomolécules détectables par IMS, les lipides attirent de plus
en plus l’attention des analystes. En effet, ils occupent différentes fonctions clés au sein des
systèmes biologiques, autant structurales que métaboliques, comme constituants des parois
cellulaires, acteurs de la signalisation cellulaires ainsi que dans le stockage d’énergie. Leur
intérêt est d’autant plus important qu’aucune technique histologique classique ne permet
actuellement de détecter de façon spécifique les différentes classes de lipides.
De façon générale, l’IMS de lipides est effectuée en utilisant la désorption-ionisation
laser assistée par matrice (MALDI). Ce procédé permet de révéler l’emplacement de
ii
différentes classes de molécules en exploitant l’affinité que ces dernières ont pour une matrice
particulière. Au-delà du choix de la matrice, d’autres paramètres tels que le mode de
déposition de la matrice, le choix des solvants ainsi que le type de lavage utilisé vont
également affecter le type de molécules détectés lors d’une analyse MALDI. Malgré les très
bonnes performances du MALDI pour l’analyse de lipides, ce mode d’analyse se limite
souvent aux lipides polaires facilement ionisables. Les lipides neutres comme le cholestérol
(CHO) et les triacylglycérols (TAGs) sont impliqués à différents niveaux de fonctions
biologiques fondamentales. Ainsi, nous avons développé trois stratégies permettant l’analyse
de ces lipides neutres et de faibles abondances comme les gangliosides, directement Ă partir de
sections tissulaires minces par MALDI ainsi que par désorption-ionisation laser classique
(LDI).
L’implication du cholestérol en tant que molécule structurale et précurseur de la
synthèse de diverses hormones et vitamines, en fait une cible de choix pour l’analyse par IMS.
Historiquement, l’analyse du cholestérol par MALDI permettait de le détecter sous sa forme
déshydratée. De ce fait, il était impossible de le distinguer des autres métabolites tels que ses
esters qui produisaient le même fragment. Afin de permettre l’IMS du cholestérol intact nous
avons développé une nouvelle technique de préparation d’échantillons reposant sur le dépôt
d’une couche nanométrique d’argent (16±2 nm) sur une section tissulaire mince par
pulvérisation. Cette technique permet d’ioniser spécifiquement le cholestérol intact ainsi que
divers acides gras sous forme d’adduits d’argent, et ce, avec une haute résolution spatiale (5
µm).
iii
Au-delà du cholestérol et des acides gras, une autre classe de lipides neutres très
abondants, les triglycérides, reste difficilement analysable par MALDI IMS. En effet, les
TAGs constituent la principale classe de lipides impliqués dans le stockage énergétique au
niveau cellulaire. Ce rôle comme source d’énergie fait des TAGs un acteur incontournable de
plusieurs maladies métaboliques telles que la stéatose hépatique, l’athérosclérose ainsi que la
maladie d’Alzheimer. La difficulté d’analyser les TAGs par IMS provient de leur fragilité en
milieu acide ainsi que de leur faible tendance à former des adduits sodium nécessaire à leurs
analyses. En considérant ces limites, nous avons développé une méthodologie de préparation
d’échantillon en deux étapes permettant l’analyse hautement spécifique des TAGs par LDI
IMS. Dans un premier temps, les sections tissulaires minces sont initialement exposées à une
solution aqueuse contenant un tampon carbonate Ă base de sodium (pH 10.3, 85 mM) ainsi que
d’acétate de sodium (250 mM) afin de facilité la formation d’adduit sodium et de limiter la
fragmentation des TAGs en source. Par la suite, une couche nanométrique d’or (28±3 nm) est
déposée sur la section afin de permettre l’analyse des TAGs par IMS à haute résolution
spatiale (> 10 µm). Lorsque ces derniers ont une abondance réduite dans les sections
tissulaires, cette méthode permet aussi l’analyse d’esters de cholestérol (CE).
La maladie de Hunter est une maladie génétique caractérisée par l’accumulation de
glycosaminoglycanes (GAGs) ainsi que de l’accumulation secondaire de gangliosides. Ce
phénomène est dû à l’absence de l’enzyme iduronate-2-sulfatase (IdS) qui permet la
dégradation des GAGs. L’accumulation des GAGs et des gangliosides a pour conséquence
l’apparition de problèmes fonctionnels et neurologiques majeurs entrainant la mort. Il existe
une thérapie de remplacement enzymatique où une forme recombinante de l’enzyme IdS est
injectée aux patients. Cette thérapie permet de rétablir le métabolisme normal des GAGs et
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gangliosides dans tous les organes sauf le cerveau où la barrière hémato-encéphalique
empêche l’IdS recombinante d’atteindre les zones affectées. L’étude de la composition
moléculaire des dépôts de GAGs et gangliosides au niveau cérébral constitue un défi important
afin de comprendre la progression des troubles neurologiques engendrés par cette
accumulation. À cette fin, nous avons développé une méthode MALDI spécifique à l’analyse
des gangliosides Ă partir de sections tissulaires minces de cerveau de souris simulant la
maladie Hunter (IdS-KO). Cette méthode d’analyse par MALDI IMS permet une révélation
immuno-histochimique (IHC) des dépôts suivant l’analyse IMS. Nous avons pu visualiser cinq
types de gangliosides dont quatre spécifiques au dépôt présent dans les cerveaux révélés par
IHC sur la même section tissulaire. Cette étude nous a permis de distinguer pour la première
fois des GM3 et GM2 selon la composition de leur chaine latérale et non de leur chaine
polysaccharidique révélée par l’analyse IHC.Mass spectrometry (MS) is an analytical technique that measures the mass-to-charge
ratio of ions. This technique is widely used in analytical chemistry to solve the molecular
composition of complex homogenized samples. The use of homogenized samples means that
all the information with respect to the initial distribution of analytes is lost. Imaging mass
spectrometry (IMS) is an MS technique which is able to provide the spatial localization of a
given analyte on a surface, such as thin tissue sections from various animal sources. One of the
greatest advantages of IMS is its complementarity with histopathology which normally reveals
the general structure of thin tissue sections as well as the localization of certain biomolecules
such as proteins or of any molecules capable of specific interactions with an antibody. On the
other hand, IMS is capable of imaging a wide variety of biomolecules ranging from small
metabolites to the high molecular weight proteins and polymers. Among these, lipids are of
particular interest for their key involvements in many biological processes. Their interest is
even greater when considering that lipid imaging by classical histology is unable to
differentiate between all lipid species.
IMS of lipids is typically performed using matrix assisted laser desorption/ionization
(MALDI). MALDI IMS can differentiate various classes of lipids and their localization within
a thin tissue section by taking advantage of the specific affinity that different classes of lipids
have for different matrices. The matrix deposition process, along with the choice of solvents,
are key parameters that need to be considered in MALDI IMS. While MALDI offers great
coverage of the phospholipidome, it fails miserably for neutral lipid analysis. Indeed,
cholesterol and triacylglycerols (TAGs) are two classes of neutral lipids with very important
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biological roles which are extremely difficult to image by MALDI. We have developed three
new strategies that enables the detection of neutral lipids, some of which are expressed in low
abundance such as gangliosides, directly from thin tissue section using either MALDI or laser
desorption/ionization (LDI).
Cholesterol is a precursor of many key biomolecules such as vitamins and hormones.
It’s also a major component of the cellular membrane. MALDI IMS allows in some cases
imaging of the dehydrated form of cholesterol. Unfortunately, detecting cholesterol as such
makes it impossible to distinguish some of its metabolites which ionize in a similar fashion
and dissociate to produce the same ions. To address this issue, we have developed a new
sample preparation method involving the deposition of a nanometer scale silver layer (16±2
nm) over a thin tissue section. This enables the detection by LDI MS of intact cholesterol and
some fatty acid species as silver adducts with up to 5 µm in spatial resolution.
Beyond cholesterol and fatty acids, TAGs is another class of highly abundant neutral
lipids still poorly detected by MALDI IMS. As TAGs are the main molecules involved in
energy storage of cells, they have been implicated in many metabolic diseases such as non-
alcoholic fatty liver disease, atherosclerosis and even Alzheimer’s disease. The reason why
TAGs are poorly detected by MALDI comes from two key factors. First, TAGs are unstable in
acidic environments, typical of MALDI matrices. Second, competition effects for the ionizing
proton provided by the MALDI matrix prevent TAGs from easily ionizing through this main
ionization process. To overcome these limitations, we have developed a new two-step sample
preparation method for TAG LDI IMS. We initially deposited a solution of carbonate buffer
(pH 10.3, 85 mM) and sodium acetate (250 mM) on the tissue section to increase the amount
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of available sodium for enhanced TAG ionization. The second step consisted of sputtering a
nanometer scale UV absorbing gold layer (28±3 nm) that allows for the detection of TAGs by
LDI IMS with spatial resolution as low as 10 µm. When TAGs are present in low amounts in
the tissue section, this method also enables the detection of cholesterol esters.
Hunter’s disease is a genetic disease characterized by the abnormal accumulation of
glucoaminoglycans (GAGs) and the secondary accumulation of gangliosides due to the lack of
iduronate-2-sulfatase (IdS) enzyme which controls their degradation. The accumulation of
both GAGs and gangliosides form deposits which induces various functional issues to
different organs as well as neurologic disorders. To minimize these effects, an enzyme
replacement therapy has been developed. Unfortunately, it shows efficacy in all organs except
the brain due to the inability of the recombinant enzyme to cross the blood-brain barrier. To
further our knowledge of the progression of the disease, using a mouse model of Hunter’s
disease we have developed a MALDI based method to specifically image gangliosides in brain
deposits with a spatial resolution of 5 µm. This method also permits subsequent ganglioside
staining by immunohistochemtry of the tissue section. With this method, we have identified
four types of ganglioside which are specific to the Hunter’s disease pathology. We were also
able to detect two types of deposits, one which is enriched in short chain gangliosides and the
other in long chain gangliosides
Diversity and evolution of phycobilisomes in marine Synechococcus spp.: a comparative genomics study
Background
Marine Synechococcus owe their specific vivid color (ranging from blue-green to orange) to their large extrinsic antenna complexes called phycobilisomes, comprising a central allophycocyanin core and rods of variable phycobiliprotein composition. Three major pigment types can be defined depending on the major phycobiliprotein found in the rods (phycocyanin, phycoerythrin I or phycoerythrin II). Among strains containing both phycoerythrins I and II, four subtypes can be distinguished based on the ratio of the two chromophores bound to these phycobiliproteins. Genomes of eleven marine Synechococcus strains recently became available with one to four strains per pigment type or subtype, allowing an unprecedented comparative genomics study of genes involved in phycobilisome metabolism.
Results
By carefully comparing the Synechococcus genomes, we have retrieved candidate genes potentially required for the synthesis of phycobiliproteins in each pigment type. This includes linker polypeptides, phycobilin lyases and a number of novel genes of uncharacterized function. Interestingly, strains belonging to a given pigment type have similar phycobilisome gene complements and organization, independent of the core genome phylogeny (as assessed using concatenated ribosomal proteins). While phylogenetic trees based on concatenated allophycocyanin protein sequences are congruent with the latter, those based on phycocyanin and phycoerythrin notably differ and match the Synechococcus pigment types.
Conclusion
We conclude that the phycobilisome core has likely evolved together with the core genome, while rods must have evolved independently, possibly by lateral transfer of phycobilisome rod genes or gene clusters between Synechococcus strains, either via viruses or by natural transformation, allowing rapid adaptation to a variety of light niches
Développement d'outils proteomiques basés sur la spectrométrie de masse
Comprendre comment une cellule réagit face à une condition comparativement à une autre est crucial. Afin de pouvoir faire ceci, des extraits cellulaires totaux ou des compartiments cellulaires peuvent être analysés par électrophorèse bidimensionnelle ou comparés en utilisant la chromatographie liquide bidimensionnelle couplée à un spectromètre de masse. Ces techniques sont utilisées pour étudier des mélanges complexes de protéines et comparer leur niveau d'expression, les modifications post-traductionnelles (comme la phosphorylation) et divers processus cellulaires. Dans cette étude, une technique a été développée, avec des protéines standard, afin de coupler l'immunobuvardage de type western avec la spectrométrie de masse directement au lieu d'utiliser un deuxième gel afin de pouvoir faire l'identification protéique. L'identification des protéines par 2D-LC-MS/MS sera utilisée en combinaison avec une colonne de cuivre afin de simplifier le mélange de peptides en sélectionnant seulement ceux qui possèdent des résidus histidine et/ou cystéine et d'identifier les protéines les moins abondantes.--Résumé abrégé par UMI
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