Aplicaciones catalíticas de oligonucleótidos modificados

Oligonucleotides whose function is associated with catalytic or molecular recognition processes\nare known as functional oligonucleotides (ribozymes, DNAzymes, aptamers) and their applications\ninclude gene silencing therapy, diagnostic tools and sensor development, biocatalysis and\nnanotechnology.\nIn this work, we studied how to optimize the use of these oligonucleotides by incorporating\nchemical modifications.\nInitially, we studied the modulating effect of 2'-deoxy-2'-C-methylpyrimidin nucleosides on:\nthe hydrolytic activity and stability in biological media of 8-17 DNAzyme when incorporated in\ndifferent positions of their catalytic core; the silencing potency and specificity of siRNAs when\nincorporated in different positions of the antisense and sense strands; the thermodynamic stability\nof duplex and i-motif-forming DNA.\nFinally, the study was extended to the peroxidase DNAzyme using a fully modified sequence\nwith L-nucleotides and also an immobilized sequence testing a wide repertoire of substrates,\nincluding sulfides and paracetamol.Fil: Dellafiore, María Andrea. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Buenos Aires, ArgentinaLos oligonucleótidos cuya función se encuentra asociada a procesos catalíticos o de\nreconocimiento molecular se los conoce como oligonucleótidos funcionales (ribozimas, DNAzimas,\naptámeros) y sus aplicaciones abarcan el silenciamiento génico, el desarrollo de herramientas de\ndiagnóstico y sensores, la biocatálisis y la nanotecnología.\nEn este trabajo se estudió cómo optimizar el uso de estos oligonucleótidos mediante la\nincorporación de modificaciones químicas.\nInicialmente, se estudió el efecto modulador de 2?-desoxi-2?-C-metilpirimidín nucleósidos\nsobre: la actividad hidrolítica y estabilidad en medios biológicos de la DNAzima 8-17 al ser\nincorporados en distintas posiciones de su núcleo catalítico; la potencia silenciadora y la\nespecificidad de siRNAs al ser incorporados en distintas posiciones de las cadenas antisentido y\nsentido; la estabilidad termodinámica de oligonucleótidos de ADN formadores de dúplex e i-motif.\nPor último, se amplió el estudio a la DNAzima peroxidasa utilizando el oligonucleótido\nmodificado en su totalidad con L-nucleótidos y el oligonucleótido inmovilizado, empleando un\namplio repertorio de sustratos, entre ellos sulfuros y paracetamol

EFECTO DE LAS AVES SOBRE LA GERMINACIÓN DE COTONEASTER FRANCHETTI BOIS (ROSACEAE)

Invasive plants change the structure and species composition of community invaded and create microhabitats that modify their abiotic characteristics. Cotoneaster genus includes ninety species distributed in temperate regions of Europe, North Africa and most of Asia. Several species have been introduced in many countries as ornamental and in some of them have become invasive weeds. Cotoneaster franchetti has invaded native forests in the province of Cordoba - Argentina and birds have been considered responsible for its spread. However, the fact that birds disperse seeds does not necessarily imply an effective dispersion because passage through digestive tract can adversely affect germination. The aim of this study was to determine if the seeds of C. franchetti suffer damage when passes through bird's digestive tract and if this process affects their viability and germination. Germination power, initiation and rate germination was compared between seed from fruits and feces bird. Viability test of tetrazollium was performed at the end of the experience. According the results, the germination power was significantly lower for seeds passed through the bird's digestive tract than the fruits. Seeds ingested by birds showed an earlier onset of germination and a higher germination rate, this would benefit to C. franchetti because they decrease the risk of mortality from predation or burial and would favour fast seedling establishmen

Modified Nucleoside Triphosphates for In-vitro Selection Techniques

The development of SELEX (Selective Enhancement of Ligands by Exponential Enrichment) provides a powerful tool for the search of functional oligonucleotides with the ability to bind ligands with high affinity and selectivity (aptamers) and for the discovery of nucleic acid sequences with diverse enzymatic activities (ribozymes and DNAzymes). This technique has been extensively applied to the selection of natural DNA or RNA molecules but, in order to improve chemical and structural diversity as well as for particular applications where further chemical or biological stability is necessary, the extension of this strategy to modified oligonucleotides is desirable. Taking into account these needs, this review intends to collect the research carried out during the past years, focusing mainly on the use of modified nucleotides in SELEX and the development of mutant enzymes for broadening nucleoside triphosphates acceptance. In addition, comments regarding the synthesis of modified nucleoside triphosphate will be briefly discussed.Fil: Dellafiore, María Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigación en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres". Grupo Vinculado al INGEBI- Laboratorio de Biocatálisis y Biotransformaciones - LBB - UNQUI; ArgentinaFil: Montserrat, Javier Marcelo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigación en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres". Grupo Vinculado al INGEBI- Laboratorio de Biocatálisis y Biotransformaciones - LBB - UNQUI; Argentina. Universidad Nacional de General Sarmiento. Instituto de Ciencias; ArgentinaFil: Iribarren, Adolfo Marcelo. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Área Química. Laboratorio de Biotransformaciones; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigación en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres". Grupo Vinculado al INGEBI- Laboratorio de Biocatálisis y Biotransformaciones - LBB - UNQUI; Argentin

Desarrollo de un suero equino hiperinmune para el tratamiento de COVID-19 en Argentina

La enfermedad denominada COVID-19 es causada por el coronavirus SARS-CoV-2 y es actualmente considerada una pandemia a nivel global. El desarrollo de vacunas es sin duda la mejor estrategia a largo plazo, pero debido a la emergencia sanitaria, existe una necesidad urgente de encontrar soluciones rápidas y efectivas para el tratamiento de la enfermedad. Hasta la fecha, el uso de plasma de convalecientes es la única inmunoterapia disponible para pacientes hospitalizados con COVID-19. El uso de anticuerpos policlonales equinos (EpAbs) es otra alternativa terapéutica interesante. La nueva generación de EpAbs incluyen el procesamiento y purificación de los mismos y la obtención de fragmentos F(ab’)2 con alta pureza y un excelente perfil de seguridad en humanos. Los EpAbs son fáciles de producir, lo cual permite el desarrollo rápido y la elaboración a gran escala de un producto terapéutico. En este trabajo mostramos el desarrollo de un suero terapéutico obtenido luego de la inmunización de caballos utilizando el receptor-binding domain de la glicoproteína Spike del virus. Nuestro producto mostró ser alrededor de 50 veces más potente en ensayos de seroneutralización in vitro que el promedio de los plasmas de convalecientes. Estos resultados nos permitirían testear la seguridad y eficacia de nuestro producto en ensayos clínicos de fase 2/3 a realizarse a partir de julio de 2020 en la zona metropolitana de Buenos Aires, Argentina.The disease named COVID-19, caused by the SARS-CoV-2 coronavirus, is currently generating a global pandemic. Vaccine development is no doubt the best long-term immunological approach, but in the current epidemiologic and health emergency there is a need for rapid and effective solutions. Convalescent plasma is the only antibody-based therapy available for COVID-19 patients to date. Equine polyclonal antibodies (EpAbs) put forward a sound alternative. The new generation of processed and purified EpAbs containing highly purified F(ab’)2 fragments demonstrated to be safe and well tolerated. EpAbs are easy to manufacture allowing a fast development and scaling up for a treatment. Based on these ideas, we present a new therapeutic product obtained after immunization of horses with the receptor-binding domain of the viral Spike glycoprotein. Our product shows around 50 times more potency in in vitro seroneutralization assays than the average of convalescent plasma. This result may allow us to test the safety and efficacy of this product in a phase 2/3 clinical trial to be conducted in July 2020 in the metropolitan area of Buenos Aires, Argentina.Fil: Zylberman, Vanesa. Inmunova; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Sanguineti, Santiago. Inmunova; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Pontoriero, Andrea. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; ArgentinaFil: Higa, Sandra V.. Instituto Biológico Argentino S.A.I.C.; ArgentinaFil: Cerutti, Maria Laura. Universidad Nacional de San Martín. Centro de Rediseño e Ingeniería de Proteínas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Morrone Seijo, Susana María. Inmunova; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Pardo, Romina Paola. Inmunova; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Muñoz, Luciana. Inmunova; ArgentinaFil: Acuña Intieri, María Eugenia. Universidad Nacional de San Martín. Centro de Rediseño e Ingeniería de Proteínas; ArgentinaFil: Alzogaray, Vanina Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Avaro, Martín M.. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; ArgentinaFil: Benedetti, Estefanía. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; ArgentinaFil: Berguer, Paula Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Bocanera, Laura. mAbxience; ArgentinaFil: Bukata, Lucas. Inmunova; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Bustelo, Marina S.. Inmunova; ArgentinaFil: Campos, Ana M.. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; ArgentinaFil: Colonna, Mariana. Inmunova; ArgentinaFil: Correa, Elisa. mAbxience; ArgentinaFil: Cragnaz, Lucí­a. mAbxience; ArgentinaFil: Dattero, María E.. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; ArgentinaFil: Dellafiore, María Andrea. mAbxience; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Foscaldi, Sabrina Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: González, Joaquí­n V.. Inmunova; ArgentinaFil: Guerra, Luciano Lucas. mAbxience; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Klinke, Sebastian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Labanda, María Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Lauché, Constanza Elena. Inmunova; ArgentinaFil: López, Juan C.. Instituto Biológico Argentino S.A.I.C.; ArgentinaFil: Martínez, Anabela M.. Instituto Biológico Argentino S.A.I.C.; ArgentinaFil: Otero, Lisandro Horacio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Peyric, Elías H.. Instituto Biológico Argentino S.A.I.C.; ArgentinaFil: Ponziani, Pablo F.. Instituto Biológico Argentino S.A.I.C.; ArgentinaFil: Ramondino, Romina. Inmunova; ArgentinaFil: Rinaldi, Jimena Julieta. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Rodrí­guez, Santiago. mAbxience; ArgentinaFil: Russo, Javier E.. Instituto Biológico Argentino S.A.I.C.; ArgentinaFil: Russo, Mara Laura. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Saavedra, Soledad Lorena. Instituto Biológico Argentino S.A.I.C.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Seigelchifer, Mauricio. mAbxience; ArgentinaFil: Sosa, Santiago. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Vilariño, Claudio. Universidad Nacional de San Martín. Centro de Rediseño e Ingeniería de Proteínas; ArgentinaFil: López Biscayart, Patricia. Instituto Biológico Argentino S.A.I.C.; ArgentinaFil: Corley, Esteban. mAbxience; ArgentinaFil: Spatz, Linus. Inmunova; ArgentinaFil: Baumeister, Elsa. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; ArgentinaFil: Goldbaum, Fernando Alberto. Universidad Nacional de San Martín. Centro de Rediseño e Ingeniería de Proteínas; Argentina. Inmunova; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentin

Prevalence, associated factors and outcomes of pressure injuries in adult intensive care unit patients: the DecubICUs study

Funder: European Society of Intensive Care Medicine; doi: http://dx.doi.org/10.13039/501100013347Funder: Flemish Society for Critical Care NursesAbstract: Purpose: Intensive care unit (ICU) patients are particularly susceptible to developing pressure injuries. Epidemiologic data is however unavailable. We aimed to provide an international picture of the extent of pressure injuries and factors associated with ICU-acquired pressure injuries in adult ICU patients. Methods: International 1-day point-prevalence study; follow-up for outcome assessment until hospital discharge (maximum 12 weeks). Factors associated with ICU-acquired pressure injury and hospital mortality were assessed by generalised linear mixed-effects regression analysis. Results: Data from 13,254 patients in 1117 ICUs (90 countries) revealed 6747 pressure injuries; 3997 (59.2%) were ICU-acquired. Overall prevalence was 26.6% (95% confidence interval [CI] 25.9–27.3). ICU-acquired prevalence was 16.2% (95% CI 15.6–16.8). Sacrum (37%) and heels (19.5%) were most affected. Factors independently associated with ICU-acquired pressure injuries were older age, male sex, being underweight, emergency surgery, higher Simplified Acute Physiology Score II, Braden score 3 days, comorbidities (chronic obstructive pulmonary disease, immunodeficiency), organ support (renal replacement, mechanical ventilation on ICU admission), and being in a low or lower-middle income-economy. Gradually increasing associations with mortality were identified for increasing severity of pressure injury: stage I (odds ratio [OR] 1.5; 95% CI 1.2–1.8), stage II (OR 1.6; 95% CI 1.4–1.9), and stage III or worse (OR 2.8; 95% CI 2.3–3.3). Conclusion: Pressure injuries are common in adult ICU patients. ICU-acquired pressure injuries are associated with mainly intrinsic factors and mortality. Optimal care standards, increased awareness, appropriate resource allocation, and further research into optimal prevention are pivotal to tackle this important patient safety threat

Correction to: Prevalence, associated factors and outcomes of pressure injuries in adult intensive care unit patients: the DecubICUs study

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Prevalence, associated factors and outcomes of pressure injuries in adult intensive care unit patients: the DecubICUs study

Funder: European Society of Intensive Care Medicine; doi: http://dx.doi.org/10.13039/501100013347Funder: Flemish Society for Critical Care NursesAbstract: Purpose: Intensive care unit (ICU) patients are particularly susceptible to developing pressure injuries. Epidemiologic data is however unavailable. We aimed to provide an international picture of the extent of pressure injuries and factors associated with ICU-acquired pressure injuries in adult ICU patients. Methods: International 1-day point-prevalence study; follow-up for outcome assessment until hospital discharge (maximum 12 weeks). Factors associated with ICU-acquired pressure injury and hospital mortality were assessed by generalised linear mixed-effects regression analysis. Results: Data from 13,254 patients in 1117 ICUs (90 countries) revealed 6747 pressure injuries; 3997 (59.2%) were ICU-acquired. Overall prevalence was 26.6% (95% confidence interval [CI] 25.9–27.3). ICU-acquired prevalence was 16.2% (95% CI 15.6–16.8). Sacrum (37%) and heels (19.5%) were most affected. Factors independently associated with ICU-acquired pressure injuries were older age, male sex, being underweight, emergency surgery, higher Simplified Acute Physiology Score II, Braden score 3 days, comorbidities (chronic obstructive pulmonary disease, immunodeficiency), organ support (renal replacement, mechanical ventilation on ICU admission), and being in a low or lower-middle income-economy. Gradually increasing associations with mortality were identified for increasing severity of pressure injury: stage I (odds ratio [OR] 1.5; 95% CI 1.2–1.8), stage II (OR 1.6; 95% CI 1.4–1.9), and stage III or worse (OR 2.8; 95% CI 2.3–3.3). Conclusion: Pressure injuries are common in adult ICU patients. ICU-acquired pressure injuries are associated with mainly intrinsic factors and mortality. Optimal care standards, increased awareness, appropriate resource allocation, and further research into optimal prevention are pivotal to tackle this important patient safety threat

¿Afectan las aves la germinación del arbusto Pyracantha atalantoides (Rosaceae)?

Birds play a fundamental role in many ecosystems because they spread a variety of fruits and seeds through endozoochory. Pyracantha are very attractive for birds, which have contributed to spread this species in natural ecosystems. However, dispersion only is effective if seeds can germinate after passage through of bird digestive tract. Our goal was to assess if birds affect the start, speed and germination rate of P. atalantoides. Germination was compared between seeds from fruit and seed from bird feces. The germination percentage was similar between fruit and feces seeds. However, the seeds pass through the digestive tract delay speed, start and rate of germination. Our results support the idea that the advantage of being consumed by birds may lie more in seed movement away from the parent plant than in any seed treatment itself.Las aves juegan un rol fundamental en muchos ecosistemas ya que a través de mecanismos como la endozoocoria pueden dispersar una gran variedad de frutos y semillas. La especie Pyracantha atalantoides ha invadido los bosques autóctonos de la provincia de Córdoba y las aves han sido consideradas como responsables de su propagación. Sin embargo, el hecho de que las aves dispersen las semillas no implica necesariamente que dicha dispersión sea efectiva ya que el paso a través del tracto digestivo puede afectar negativamente su germinación. El objetivo del presente trabajo fue conocer si el paso de las semillas de P. atalantoide a través del tracto digestivo de las aves afecta el poder germinativo, la velocidad, inicio y tasa de germinación. Para ello se comparó la germinación de semillas extraídas directamente de los frutos y de las excretas de las aves. De acuerdo con nuestros resultados se observó que el poder germinativo fue similar entre las semillas de los frutos y de las excretas. Sin embargo, el paso de las semillas a través del tracto digestivo disminuyó la velocidad, el inicio y tasa de germinación. Nuestro resultados apoyan la idea de que la ventaja de P. atalantoides al ser consumida por las aves radica más en el hecho de poder ser dispersadas lejos de la planta madre y de llegar a nuevas áreas abiertas a la colonización que por el tratamiento que sufren las semillas al pasar a través del tracto digestivo

Core modified 8–17 DNAzymes with 2′-deoxy-2′-C-methylpyrimidine nucleosides

The catalytic core of an 8–17 DNAzyme directed against STAT 3 was modified using (2′R) and (2′S) 2′-deoxy-2′-C-methyluridine and cytidine. While 2′-deoxy-2′-C-methyluridine significantly diminished the catalytic activity, 2′-deoxy-2′-C-methylcytidine replacement was better accepted, being the kact of modified DNAzymes at 8- and 11-positions comparable to the non-modified one. When 2′-O-methyl and phosphorothioate nucleotides were tested in the binding arms together with core modified DNAzymes the kcat was affected in a non predictable way, emphasizing the fact that both chemical substitutions should be considered globally. Finally, 2′-deoxy-2′-C-methyl modified DNAzymes stability was assayed finding that the double 2′-C-methyl modification in the catalytic core enhanced 70% the stability against a T47D cell lysate compared to a non-modified control.Fil: Dellafiore, María Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigación en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres". Grupo Vinculado al INGEBI- Laboratorio de Biocatálisis y Biotransformaciones - LBB - UNQUI; ArgentinaFil: Montserrat, Javier Marcelo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de General Sarmiento. Instituto de Ciencias. Área de Química; ArgentinaFil: Iribarren, Adolfo Marcelo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigación en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres". Grupo Vinculado al INGEBI- Laboratorio de Biocatálisis y Biotransformaciones - LBB - UNQUI; Argentin

Exploring the Use of a Guanine-Rich Catalytic DNA for Sulfoxide Preparation.

A guanine-rich DNA oligonucleotide complexed with hemin was used to catalyze controlled oxygen transfer reactions to different sulfides for sulfoxide preparation in the presence of H2O2. Comparable activities were obtained when using fully modified L-DNA. In addition, oligonucleotide immobilization led to an active catalyst which could be successfully recovered and reused without loss of activity