IChem:AVersatile Toolkit for Detecting, Comparing, and Predicting Protein-Ligand Interactions

International audienceStructure-based ligand design requires an exact description of the topology of molecular entitiesu nder scrutiny.I Chem is a softwarep ackage that reflects the many contributions of our research group in this area over the last decade. It facilitates and automates many tasks (e.g.,l igand/cofactor atom typing, identification of key water molecules) usually left to the model-er's choice. It therefore permits the detection of molecular interactions between two molecules in av ery precise and flexible manner.M oreover,I Chem enables the conversion of intricate three-dimensional (3D) molecular objectsi ntos imple representations (fingerprints, graphs) that facilitate knowledge ac-quisitiona tv ery high throughput.T he toolkiti sa ni deal companion for setting up and performing many structure-based designc omputations

Ranking docking poses by graph matching of protein–ligand interactions: lessons learned from the D3R Grand Challenge 2

International audienceA novel docking challenge has been set by the Drug Design Data Resource (D3R) in order to predict the pose and affinity ranking of a set of Farnesoid X receptor (FXR) agonists, prior to the public release of their bound X-ray structures and potencies. In a first phase, 36 agonists were docked to 26 Protein Data Bank (PDB) structures of the FXR receptor, and next rescored using the in-house developed GRIM method. GRIM aligns protein–ligand interaction patterns of docked poses to those of available PDB templates for the target protein, and rescore poses by a graph matching method. In agreement with results obtained during the previous 2015 docking challenge, we clearly show that GRIM rescoring improves the overall quality of top-ranked poses by prioritizing interaction patterns already visited in the PDB. Importantly, this challenge enables us to refine the applicability domain of the method by better defining the conditions of its success. We notably show that rescoring apolar ligands in hydrophobic pockets leads to frequent GRIM failures. In the second phase, 102 FXR agonists were ranked by decreasing affinity according to the Gibbs free energy of the corresponding GRIM-selected poses, computed by the HYDE scoring function. Interestingly, this fast and simple rescoring scheme provided the third most accurate ranking method among 57 contributions. Although the obtained ranking is still unsuitable for hit to lead optimization, the GRIM–HYDE scoring scheme is accurate and fast enough to post-process virtual screening dat

On the feasibility of a secondary service transmission over an existent satellite infrastructure: design and analysis

International audience; In this paper, we present a realistic use case in order to investigate the feasibility of a secondary service transmission over an existent satellite infrastructure. By introducing the overlay cognitive radio paradigm towards satellite communications, we compute a theoretical achievable data rate greater than 16 kbps for the secondary service, which is suitable for most M2M applications. Using simulation results, we show that this can be achieved while preserving the primary service performance. In addition, a system design framework is discussed in order to dimension such systems

Contribuição para a determinação da separação geoide e quase-geoide no território brasileiro

A separação entre o geoide e o quase geoide, entendida como a diferença entre as altitudes normal e ortométrica, pode ser da ordem de centímetros, podendo chegar a metros em áreas de grande variação altimétrica, estando relacionada com a densidade das massas topográficas e da resolução do modelo topográfico utilizado. Neste contexto, o objetivo principal de pesquisa consistiu em avaliar a SGQG no Brasil, a partir de quatro metodologias distintas. A primeira calculou a SGQG pela diferença entre as altitudes normais e ortométricas. A segunda empregou a anomalia da gravidade simplificada de Bouguer. A terceira introduziu a correção do terreno e na quarta foi adicionada a correção gravimétrica. O estudo foi desenvolvido utilizando - se dados altimétricos e gravimétricos disponibilizados pelo IBGE, dados altimétricos do SRTM com resolução 3” e do mapa de densidade variável derivado do mapa geológico do Brasil. Os resultados mostraram que a SGQG obtida através da primeira e segunda metodologias não apresentaram diferenças significativas entre si. A anomalia gravimétrica simplificada de Bouguer correspondeu no Brasil, em média, a cerca de 92, 5 % do total da SGQG, em ambos os modelos de densidade. Introduzindo - se as correções do terreno e gravimétrica, verifica - se que a combinação destas correspondeu a 7, 5 % da SGQG, sendo a maior contribuição na região sul, confirmando que essas correções não devem ser negligenciadas, principalmente em regiões de maiores altitudes , uma vez que produziram diferenças significativas estatisticamente conforme teste de Tukey realizado comparando - se os diferentes experimentos. A adoção do modelo de densidade variável produziu resultados que diferiram cerca de 4, 7% do modelo de densidade constante, sendo esta diferença maior na região centro - oeste, de 9 ,1 %. A principal contribuição desta pesquisa, foi a constatação da viabilidade da incorporação do modelo de densidade variável e das correções topográfica e gravimétrica no cálculo da SGQG em âmbito nacional.The geoid and quasi - geoid separation, understood as the difference between normal and orthometric heights, can be in order of centimeters, reaching meters in great height variation areas, being related to the topographic mass density and resolution of the elevation model used. In this context, the main objective of this research was evaluate the GQS in Brazil, using four different methodologies. The first calculated GQS by the difference between normal and orthometric heights. The second employed the simplified Bouguer gravity anomaly. The third introduced the terrain correction and the fourth added the gravimetric correction. The study was developed using heigh t and gravimetric data provided by IBGE, height data from SRTM with 3” resolution and the variable density map derived from the geological map of Brazil. Results showed that the GQS obtained through the first and second methodologies did not present significant differences. The simplified Bouguer gravimetric anomaly corresponded in Brazil, on average, about 92. 5 % of the total GQS, in both density models. By Introducing the terrain and gravimetric corrections, appears that the combination of these correspond ed to 7. 5 % of the GQS, being the largest contribution in the southern region, confirming that these corrections should not be neglected, especially in regions with higher variation heights, since they produced statistically significant differences accordin g to Tukey's test performed by comparing different experiments. The adoption of the variable density model produced results that differed about 4. 7 % from the constant density model, with this difference being greater in the Midwest region, close to 9 .1 %. The main contribution of this research was the feasibility of incorporation the variable density model and the topographic and gravimetric corrections in the nationwide calculation of the GQS

Hinos e marchas militares no Estado Novo (1933-1958): contributo para a história da música militar na propaganda do Estado Português

Tese de mestrado, Didáctica da História, Universidade de Lisboa, Faculdade de Letras, 2012O presente trabalho centra-se no estudo dos Hinos e Marchas, do período de 1933- 1958, e no seu contributo para a História da Música Militar. O conceito de História do Estado Novo serve de base para compreender os fundamentos da música, nomeadamente as Letras dos Hinos e Marchas e a sua prática didáctica na doutrinação do povo através da propaganda do Estado Novo. Através da realização deste trabalho tive como objectivo sistematizar toda a informação encontrada sobre a História do Estado Novo e Hinos e Marchas deste período, de forma a redigir um documento onde esta se concretizasse permitindo reconhecer a sua influência nas Letras dos Hinos e Marchas e a possibilidade de reflexão da sua orientação propagandística do regime vigente neste quadro da História. Estado Novo foi a designação atribuída ao regime autoritário corporativo e assente em valores conservadores como o totalitarismo, nacionalismo e culto do chefe, instaurado por António de Oliveira Salazar com a aprovação da Constituição de 1933. Este regime manteve uma forte propaganda de modo a aplicar o seu carácter acentuadamente nacionalista, nas suas preocupações de ordem social, impondo-se na Educação Nacional, destacando-se na música e também nas instituições militares, contribuindo para a História da Música Militar. A didáctica é a ciência do ensino que organiza e sistematiza a construção do conhecimento, utilizando a interdisciplinaridade e intercomplementaridade para torná-lo mais acessível e compreensível a todos que o utilizam. 4 No presente estudo a didáctica tem a ver com a selecção e a representação de argumentos que sejam valiosos para o regime salazarista e, portanto, apresentam-se como conteúdos a aprender. É aqui utilizada como técnica e também instrumento de nivelamento do ensino, homogeneizando o desenvolvimento do processo de ensinoaprendizagem a toda a população. A didáctica é usada como técnica de estimular, dirigir e encaminhar a formação da sociedade civil. A música militar estabelece aqui uma relação com a população através das suas actuações públicas realizadas pelas Bandas de Música que divulgam os Hinos e Marchas de acordo com a propaganda do Estado Novo. Tem uma eficácia formativa e instrutiva, conduz o povo à progressiva aquisição de hábitos, conhecimentos e ideias do regime político vigente. A música tem a capacidade de afectar as emoções e intelecto através do prazer da sua audição. Através da música, as Letras dos Hinos e Marchas podem estimular as acções populares, logo a música é uma poderosa forma de arte cujo apelo estético está altamente relacionado com a cultura na qual é composta e executada.Résumé: Ce travail met l'accent sur l'étude des Hymnes et des Marches, la période de 1933- 1958 et de sa contribution à l'histoire de la musique militaire. Le concept de l'histoire de l'État Nouveau sert de base pour comprendre les principes fondamentaux de la musique, surtout les paroles des Hymnes et des Marches et leur pratique d'enseignement à l'endoctrinement du peuple par la propagande de l'État Nouveau. Ce travail avait comme objectif de systématiser toutes les informations trouvées sur l'histoire de l'État Nouveau et des Hymnes et des Marches de cette période, afin de composer un document où cela se produire vous permettant de reconnaître son influence sur les paroles des Hymnes et des Marches et la possibilité d'une réflexion de l'orientation de la propagande de son régime dans cette partie de l'histoire. L'État Nouveau était la désignation donné au régime autoritaire et corporatif basée sur des valeurs conservatrices comme le totalitarisme, le nationalisme et le culte du chef, introduit par António de Oliveira Salazar, avec l'approbation de la Constitution de 1933. Ce régime a maintenu une forte propagande afin d'appliquer son caractère fortement nationaliste dans ses préoccupations d’ordre social, en s'imposant à l'éducation nationale, particulièrement en musique et aussi dans les institutions militaires, contribuant à l'histoire de la musique militaire. La Didactique est la science de l’enseignement qui organise et systématise la construction de la connaissance, à l'aide de l'interdisciplinarité et 6 l’intercomplementarité pour le rendre plus accessible et plus compréhensible pour tous qui l'utilisent. Dans la présente étude la didactique est liée à la sélection et à la représentation des arguments qui sont utiles pour le régime de Salazar et sont donc les contenus à apprendre. Il est utilisé ici comme une technique et aussi un instrument de nivellement d’apprentissage, l’homogénéisation du développement du processus d'enseignement-apprentissage à l'ensemble de la population. La didactique est utilisé comme une technique de stimuler, de diriger et de orienter la formation de la société civile. La musique militaire établit une relation avec la population par le biais de ses représentations publiques menées par les corps de musique qui révèle les Hymnes et des Marches selon la propagande de l'État Nouveau. Il a une efficacité formatif et instructif, conduit les gens à l’acquisition progressive des habitudes, des connaissances et des idées du régime politique de l’époque. La musique a la capacité d'influer sur les émotions et l'intellect à travers du plaisir de l’audition. À travers de la musique, les paroles des Hymnes et des Marches peuvent stimuler des actions populaires, la musique est une forme d'art puissante dont l'appel esthétique est fortement liée à la culture dans laquelle elle est composée et interprétée

ANÁLISE DA COMPETITIVIDADE DO MERCADO EXPORTADOR BRASILEIRO DE CAFÉ

O objetivo deste trabalho é o de analisar a competitividade do mercado exportador brasileiro de café, em relação à Alemanha e aos Estados Unidos, através dos índices de Orientação Regional (IOR) e de Vantagens Comparativas Reveladas (IVCR). Para isso, foram utilizados dados do Sistema de análise das Informações de Comércio Exterior (ALICE WEB) e da United Nations Commodity Trade Statistics Database- UNCOMTRADE, para o período de 2000 a 2014. Os resultados indicaram que as exportações brasileiras de café foram orientadas para a Alemanha, em todo o período, e para os Estados Unidos, a partir de 2006. Ressalta-se que estas orientações são crescentes para ambas as regiões. Porém, o mercado alemão é mais representativo. Além disso, o país apresenta vantagens comparativas na sua exportação, porém estas são decrescentes devido ao crescimento das exportações de café de outras regiões, do baixo valor agregado do produto exportado pelo Brasil, bem como da existência de barreiras tarifárias e não tarifárias

Competitividade das exportações australianas e brasileiras de minério de ferro para a China (1999-2014)

O objetivo deste trabalho é analisar a competitividade do mercado exportador australiano e brasileiro de minério de ferro para a China, através de indicadores de comércio internacional como o Coeficiente de Dependência das Importações (CDI) e o Índice de Orientação Regional (IOR). Para isso, foram utilizados dados da United Nations Commodity Trade Statistics Database - UNCOMTRADE, para o período de 1999 a 2014. O Índice de Orientação Regional (IOR) aponta que as exportações australianas são mais orientadas à China do que as exportações brasileiras. Além disso, as importações chinesas de minério de ferro apresentam maior dependência do mercado australiano do que do mercado brasileiro. A forte relação entre China e Austrália neste comércio pode estar relacionada à proximidade geográfica, bem como ao nível de agregação de valor à commodity pelas exportações australianas