211. Cytometryczna analiza ploidii DNA komórek uzyskanych techniką aspiracyjnej biopsji cienkoigłowej (BAC) w pierwotnych rakach piersi

Założenia i cel pracyCelem badania było wykazanie przydatności aspiracyjnej biopsji cienkoigłowej, jako źródła materiału do analizy ploidii DNA komórek guzów nowotworowych oraz oceny stanu receptorów estrogenowych, progesteronowych i Ki-67 w pierwotnych rakach piersi.Materiał i metodykaMateriał do analizy ploidii DNA w cytometrze przepływowym stanowiła zawiesina komórek guzów piersi pobierana przez lekarzy patomorfologów metodą BAC. Badania immunocytochemiczne i preparaty cytologiczne przygotowywano w sposób typowy.WynikiW latach (1999–2002 r.) wykonano badania u 275 kobiet w wieku od 24 do 85 lat. W tej grupie znalazło się 195 przypadków guzów o typie aneuploidalnym cyklu komórkowego, gdzie wartość CV mieściła się w granicach od 1.4 – 9.0 (śr. 4,76), a liczba komórek będących w fazie S cyklu aneuploidalnego wynosiła od 0.4% – 87.4%. W 80 przypadkach guzów piersi o wyłącznie diploidalnym typie cyklu komórkowego, wartość CV mieściła się w granicach od 2.1 – 7.8 (śr. 4.7), a liczba komórek będących w fazie S cyklu diploidalnego wynosiła od 0.1% – 28.5%. Ploidię DNA porównywano ze stanem receptorowym badanych komórek. Aneuploidia DNA korelowała ze słabą reakcją (27 przypadków) lub brakiem reakcji (81 przypadków) na obecność receptora estrogenowego oraz progesteronowego (odpowiednio 26 i 96 przypadków), natomiast towarzyszyła silnej reakcji na obecność Ki-67 (15 – 60%).WnioskiNiskie wartości CV w parametrach zarówno guzów aneuploidalnych jak i diploidalnych wskazują na przydatność metody oceny ploidii DNA oraz fazy S cyklu aneuploidalnego w materiale cytologicznym uzyskanym na drodze BAC. Badania wskazują, że cytometryczna analiza zawartości komórkowego DNA oraz fazy S cyklu aneuploidalnego, korelują z wynikami immunocytochemicznymi (PgR, ER, Ki-67). Metody te mogą być szczególnie użyteczne klinicznie przy prognozowaniu i przewidywaniu odpowiedzi na indywidualne leczenie pacjentek, kwalifikujących się do wcześniejszej chemioterapii lub/i hormonoterapii. Oznaczanie wymienionych markerów przy użyciu BAC jest bardzo przydatne dla leczenia pacjentów (gdy nie dysponujemy materiałem tkankowym a tylko cytologicznym) z np. nieoperacyjnym rakiem piersi lub w przypadku małych zmian pierwotnych

StreamLab Collaboratory: Experiments, Data Sets, and Research Synthesis

A series of community-led, large-scale laboratory experiments, termed “StreamLab”, were performed by the National Center for Earth-surface Dynamics (NCED) with the purpose of advancing multidisciplinary research, education, and knowledge transfer at the interface of physical/chemical/biological processes in streams, science-based stream restoration practice, and environmental sensing technologies. Two series of experiments, StreamLab06 and StreamLab08, were conducted in the Main Channel of the St. Anthony Falls Laboratory at the University of Minnesota, a flume 84 m long and 2.75 m wide with water fed by the Mississippi River at a rate of up to 8.5 m3/s. The purpose of this paper is to share with the broader community the data collected with the hope of stimulating further analysis and future experimental campaigns toward advancing our predictive understanding of the physical, chemical, and biological processes in streams. Toward this end, a brief summary of the results to date is included and some ideas for further research are provided

The Power of Environmental Observatories for Advancing Multidisciplinary Research, Outreach, and Decision Support: The Case of the Minnesota River Basin

An edited version of this paper was published by AGU. Copyright 2019 American Geophysical Union.Observatory‐scale data collection efforts allow unprecedented opportunities for integrative, multidisciplinary investigations in large, complex watersheds, which can affect management decisions and policy. Through the National Science Foundation‐funded REACH (REsilience under Accelerated CHange) project, in collaboration with the Intensively Managed Landscapes‐Critical Zone Observatory, we have collected a series of multidisciplinary data sets throughout the Minnesota River Basin in south‐central Minnesota, USA, a 43,400‐km2 tributary to the Upper Mississippi River. Postglacial incision within the Minnesota River valley created an erosional landscape highly responsive to hydrologic change, allowing for transdisciplinary research into the complex cascade of environmental changes that occur due to hydrology and land use alterations from intensive agricultural management and climate change. Data sets collected include water chemistry and biogeochemical data, geochemical fingerprinting of major sediment sources, high‐resolution monitoring of river bluff erosion, and repeat channel cross‐sectional and bathymetry data following major floods. The data collection efforts led to development of a series of integrative reduced complexity models that provide deeper insight into how water, sediment, and nutrients route and transform through a large channel network and respond to change. These models represent the culmination of efforts to integrate interdisciplinary data sets and science to gain new insights into watershed‐scale processes in order to advance management and decision making. The purpose of this paper is to present a synthesis of the data sets and models, disseminate them to the community for further research, and identify mechanisms used to expand the temporal and spatial extent of short‐term observatory‐scale data collection efforts

The Power of Environmental Observatories for Advancing Multidisciplinary Research, Outreach, and Decision Support: The Case of the Minnesota River Basin

Observatory‐scale data collection efforts allow unprecedented opportunities for integrative, multidisciplinary investigations in large, complex watersheds, which can affect management decisions and policy. Through the National Science Foundation‐funded REACH (REsilience under Accelerated CHange) project, in collaboration with the Intensively Managed Landscapes‐Critical Zone Observatory, we have collected a series of multidisciplinary data sets throughout the Minnesota River Basin in south‐central Minnesota, USA, a 43,400‐km2 tributary to the Upper Mississippi River. Postglacial incision within the Minnesota River valley created an erosional landscape highly responsive to hydrologic change, allowing for transdisciplinary research into the complex cascade of environmental changes that occur due to hydrology and land use alterations from intensive agricultural management and climate change. Data sets collected include water chemistry and biogeochemical data, geochemical fingerprinting of major sediment sources, high‐resolution monitoring of river bluff erosion, and repeat channel cross‐sectional and bathymetry data following major floods. The data collection efforts led to development of a series of integrative reduced complexity models that provide deeper insight into how water, sediment, and nutrients route and transform through a large channel network and respond to change. These models represent the culmination of efforts to integrate interdisciplinary data sets and science to gain new insights into watershed‐scale processes in order to advance management and decision making. The purpose of this paper is to present a synthesis of the data sets and models, disseminate them to the community for further research, and identify mechanisms used to expand the temporal and spatial extent of short‐term observatory‐scale data collection efforts

Сейсмічний експеримент TTZ-South

The wide-angle reflection and refraction (WARR) TTZ-South transect carried out in 2018 crosses the SW region of Ukraine and the SE region of Poland. The TTZ-South profile targeted the structure of the Earth’s crust and upper mantle of the Trans-European Suture Zone, as well as the southwestern segment of the East European Craton (slope of the Ukrainian Shield). The ~550 km long profile (~230 km in Poland and ~320 km in western Ukraine) is an extension of previously realized projects in Poland, TTZ (1993) and CEL03 (2000). The deep seismic sounding study along the TTZ-South profile using TEXAN and DATA-CUBE seismic stations (320 units) made it possible to obtain high-quality seismic records from eleven shot points (six in Ukraine and five in Poland). This paper presents a smooth P-wave velocity model based on first-arrival travel-time inversion using the FAST (First Arrival Seismic Tomography) code.The obtained image represents a preliminary velocity model which, according to the P-wave velocities, consists of a sedimentary layer and the crystalline crust that could comprise  upper, middle and lower crustal layers. The Moho interface, approximated by the 7.5 km/s isoline, is located at 45—47 km depth in the central part of the profile, shallowing to 40 and 37 km depth in the northern (Radom-Łysogóry Unit, Poland) and southern (Volyno-Podolian Monocline, Ukraine) segments of the profile, respectively. A peculiar feature of the velocity cross-section is a number of high-velocity bodies distinguished in the depth range of 10—35 km. Such high-velocity bodies were detected previously in the crust of the Radom-Łysogóry Unit. These bodies, inferred at depths of 10—35 km, could be allochthonous fragments of what was originally a single mafic body or separate mafic bodies intruded into the crust during the break-up of Rodinia in the Neoproterozoic, which was accompanied by considerable rifting. The manifestations of such magmatism are known in the NE part of the Volyno-Podolian Monocline, where the Vendian trap formation occurs at the surface.Сейсмический профиль TTZ-South с использованием преломленных и отраженных в закритической области преломленных волн, отработанный в 2018 г., пересекает юго-западный район Украины и юго-восточный регион Польши. Профиль TTZ-South был направлен на изучение структуры земной коры и верхней мантии Трансъевропейской шовной зоны (ТЕШЗ) и юго-западного сегмента Восточно-Европейского кратона (склона Украинского щита). Профиль длиной ~550 км (~230 км в Польше и ~320 км на западе Украины) является продолжением ранее реализованных проектов в Польше — профиля TTZ (1993 г.) и CEL03 (2000 г.). Глубинное сейсмическое зондирование по профилю TTZ-South, выполненное с использованием 320 сейсмических станций TEXAN и DATA-CUBE, позволило получить сейсмические записи высокого качества из одиннадцати пунктов взрыва (шесть в Украине и пять в Польше). В данной статье представлена упрощенная Р-скоростная модель, основанная на инверсии времен пробега первых вступлений Р-волн, построенная с использованием программы сейсмической томографии первых вступлений FAST. Полученное изображение представляет собой предварительную скоростную модель, которая состоит из осадочного слоя и кристаллической коры, включающей верхний, средний и нижний ее слои. Поверхность Мохо, аппроксимируемая изолинией 7,5 км/с, расположена на глубине 45—47 км в центральной части профиля, воздымаясь до 40 и 37 км в северной (Радом-Лысогорский блок в Польше) и южной (Волыно-Подольская моноклиналь в Украине) частях профиля соответственно. Особенностью скоростного разреза является ряд высокоскоростных тел, выявленных в диапазоне глубин 10—35 км. Аналогичные высокоскоростные тела ранее были обнаружены в коре Радом-Лысогорского блока. Тела, обнаруженные на глубине 10—35 км, могут быть аллохтонными фрагментами изначально единого массива основных пород или отдельными телами основного состава, внедрившимися в кору в неопротерозое во время раскола суперконтинета Родиния, который сопровождался мощным рифтогенезом. Проявления рифтогенного магматизма известны в северо-восточной части Волыно-Подольской моноклинали, где на поверхность выходят вендские трапы.Сейсмічний профіль TTZ-South з використанням заломлених і відбитих у за критичній зоні заломлених хвиль, відпрацьований у 2018 р., перетинає південно-західний район України і південно-східний регіон Польщі. Профіль TTZ-South був спрямований на вивчення структури земної кори і верхньої мантії Транс'єв ропейської шовної зони (ТЄШЗ) і південно-західного сегмента Східно-Європейського кратона (схила Українського щита). Профіль довжиною ~550 км (~230 км в Польщі і ~320 км на заході України) є продовженням раніше реалізованих проєктів у Польщі — профілю TTZ (1993 р.) і CEL03 (2000 р). Глибинне сейсмічне зондування за профілем TTZ-South, виконане з використанням 320 сейсмічних станцій TEXAN і DATA-CUBE, дало змогу отримати сейсмічні записи високої якості з одинадцяти пунктів вибуху (шість в Україні і п'ять у Польщі). У даній статті представлена спрощена Р-швидкісна модель, що базується на інверсії часів пробігу перших вступів Р-хвиль, побудована з використанням програми сейсмічної томографії перших вступів FAST. Отримане зображення являє собою попередню швидкісну модель, яка складається з осадового шару і кристалічної кори, що включає верхній, середній і нижній її шари. Поверхня Мохо, що апроксимується ізолінією 7,5 км/с, розташована на глибині 45—47 км у центральній частині профілю, здіймається до 40 і 37 км у північній (Радом-Лисогорський блок у Польщі) і південній (Волино-Подільська монокліналь в Україні) частинах профілю відповідно. Особливістю швидкісного розрізу є ряд високошвидкісних тіл, виявлених у діапазоні глибин 10—35 км. Подібні високошвидкісні тіла раніше були виявлені в корі Радом-Лисогірського блоку. Тіла, виявлені на глибині 10—35 км, можуть бути алохтонними фрагментами спочатку єдиного масиву основних порід або окремими тілами основного складу, що впровадилися в кору в неопротерозої під час розколу суперконтінета Родінія, який супроводжувався потужним рифтогенезом. Прояви рифтогенного магматизму відомі в північно-східній частині Волино-Подільської моноклінали, де на поверхню виходять вендські трапи

Vision and visual history in elite-/near-elite level cricketers and rugby-league players

Background: The importance of optimal and/or superior vision for participation in high-level sport remains the subject of considerable clinical research interest. Here we examine the vision and visual history of elite/near-elite cricketers and rugby-league players. Methods: Stereoacuity (TNO), colour vision, and distance (with/without pinhole) and near visual acuity (VA) were measured in two cricket squads (elite/international-level, female, n=16; near-elite, male, n=23) and one professional rugby-league squad (male, n=20). Refractive error was determined, and details of any correction worn and visual history were recorded. Results: Overall, 63% had their last eye-examination within 2 years. However, some had not had an eye examination for 5 years, or had never had one (near-elite-cricketers: 30%; rugby-league players: 15%; elite-cricketers: 6%). Comparing our results for all participants to published data for young, optimally-corrected, non-sporting adults, distance VA was ~1 line of letters worse than expected. Adopting α=0.01, the deficit in distance-VA deficit was significant, but only for elite-cricketers (p0.02 for all comparisons). On average, stereoacuity was better than in young adults, but only in elite-cricketers (p<0.001; p=0.03, near-elite-cricketers; p=0.47, rugby-league -players). On-field visual issues were present in 27% of participants, and mostly (in 75% of cases) comprised uncorrected ametropia. Some cricketers (near-elite: 17.4%; elite: 38%) wore refractive correction during play but no rugby-league player did. Some individuals with prescribed correction choose not to wear it when playing. Conclusion: Aside from near stereoacuity in elite-cricketers, these basic visual abilities were not better than equivalent, published data for optimally-corrected adults. 20-25% exhibited sub-optimal vision, suggesting that the clearest possible vision might not be critical for participation at the highest levels in the sports of cricket or rugby-league. Although vision could be improved in a sizeable proportion of our sample, the impact of correcting these, mostly subtle, refractive anomalies on playing performance is unknown

The genomics of heart failure: design and rationale of the HERMES consortium

AIMS: The HERMES (HEart failure Molecular Epidemiology for Therapeutic targetS) consortium aims to identify the genomic and molecular basis of heart failure. METHODS AND RESULTS: The consortium currently includes 51 studies from 11 countries, including 68 157 heart failure cases and 949 888 controls, with data on heart failure events and prognosis. All studies collected biological samples and performed genome-wide genotyping of common genetic variants. The enrolment of subjects into participating studies ranged from 1948 to the present day, and the median follow-up following heart failure diagnosis ranged from 2 to 116 months. Forty-nine of 51 individual studies enrolled participants of both sexes; in these studies, participants with heart failure were predominantly male (34–90%). The mean age at diagnosis or ascertainment across all studies ranged from 54 to 84 years. Based on the aggregate sample, we estimated 80% power to genetic variant associations with risk of heart failure with an odds ratio of ≥1.10 for common variants (allele frequency ≥ 0.05) and ≥1.20 for low-frequency variants (allele frequency 0.01–0.05) at P < 5 × 10^{-8} under an additive genetic model. CONCLUSIONS: HERMES is a global collaboration aiming to (i) identify the genetic determinants of heart failure; (ii) generate insights into the causal pathways leading to heart failure and enable genetic approaches to target prioritization; and (iii) develop genomic tools for disease stratification and risk prediction

Moho depths beneath the European Alps: a homogeneously processed map and receiver functions database

We use seismic waveform data from the AlpArray Seismic Network and three other temporary seismic networks, to perform receiver function (RF) calculations and time-to-depth migration to update the knowledge of the Moho discontinuity beneath the broader European Alps. In particular, we set up a homogeneous processing scheme to compute RFs using the time-domain iterative deconvolution method and apply consistent quality control to yield 112 205 high-quality RFs. We then perform time-to-depth migration in a newly implemented 3D spherical coordinate system using a European-scale reference P and S wave velocity model. This approach, together with the dense data coverage, provide us with a 3D migrated volume, from which we present migrated profiles that reflect the first-order crustal thickness structure. We create a detailed Moho map by manually picking the discontinuity in a set of orthogonal profiles covering the entire area. We make the RF dataset, the software for the entire processing workflow, as well as the Moho map, openly available; these open-access datasets and results will allow other researchers to build on the current study.</p