The protist Trichomonas vaginalis harbors multiple lineages of transcriptionally active Mutator-like elements

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>For three decades the <it>Mutator </it>system was thought to be exclusive of plants, until the first homolog representatives were characterized in fungi and in early-diverging amoebas earlier in this decade.</p> <p>Results</p> <p>Here, we describe and characterize four families of <it>Mutator</it>-like elements in a new eukaryotic group, the Parabasalids. These <b><it>T</it></b><it>richomonas </it><b><it>v</it></b><it>aginalis </it><it><b>Mu</b>tator- <b>l</b>ike </it><it><b>e</b>lements</it>, or <it>TvMULEs</it>, are active in <it>T. vaginalis </it>and patchily distributed among 12 trichomonad species and isolates. Despite their relatively distinctive amino acid composition, the inclusion of the repeats <it>TvMULE1</it>, <it>TvMULE2</it>, <it>TvMULE3 </it>and <it>TvMULE4 </it>into the <it>Mutator </it>superfamily is justified by sequence, structural and phylogenetic analyses. In addition, we identified three new <it>TvMULE</it>-related sequences in the genome sequence of <it>Candida albicans</it>. While <it>TvMULE1 </it>is a member of the <it>MuDR </it>clade, predominantly from plants, the other three <it>TvMULEs</it>, together with the <it>C. albicans </it>elements, represent a new and quite distinct <it>Mutator </it>lineage, which we named <it>TvCaMULEs</it>. The finding of <it>TvMULE1 </it>sequence inserted into other putative repeat suggests the occurrence a novel TE family not yet described.</p> <p>Conclusion</p> <p>These findings expand the taxonomic distribution and the range of functional motif of <it>MULEs </it>among eukaryotes. The characterization of the dynamics of <it>TvMULEs </it>and other transposons in this organism is of particular interest because it is atypical for an asexual species to have such an extreme level of TE activity; this genetic landscape makes an interesting case study for causes and consequences of such activity. Finally, the extreme repetitiveness of the <it>T. vaginalis </it>genome and the remarkable degree of sequence identity within its repeat families highlights this species as an ideal system to characterize new transposable elements.</p

Determinação do índice de risco ambiental das instalações de uma unidade de uma instituição federal multicampi de ensino superior

The concern about sustainable development has been gaining momentum at public and private organizations, and they include Higher Education Institutions (HEI). For those organizations which have not yet adopted an Environmental Management System (SEM), a preliminary step consists in a survey and analysis of the environmental aspects and impacts. Therefore, the goal of this paper consisted in conducting a Survey of the Environmental Aspects and Impacts (SEAI) of a unit of a Federal Multicampus Institution of Higher Education, with the use of the Failures Modes and Effects Analysis (FMEA) tool, identifying the Environmental Risk Index (ERI). The choice of this method stemmed, basically, from the possibility to assess the environmental risks by virtue of the facility in implementing corrective actions, thus generating a list of actions to be developed in several time stages, allowing for beginning a SEM plan. After a collective visit to the venues, the environmental impacts and aspects of the following environments were verified on the spot: library / study hall; staff room / Educational Development Nucleus (EDN); recreation hall and corridors; restrooms; student administration services and laboratories. Through this survey it was possible to ascertain that the major potential cause of the environmental impacts is the poorly maintained electrical system.Apreocupação com o desenvolvimento sustentável vem ganhando importância nasorganizações públicas e privadas, dentre as quais, incluem-se as Instituiçõesde Ensino Superior (IES). Para aquelas organizações que ainda não adotaram umSistema de Gestão Ambiental (SGA), uma etapa preliminar é o levantamento e aanálise dos aspectos e impactos ambientais. Desta forma, o objetivo destetrabalho foi realizar o Levantamento dos Aspectos e Impactos Ambientais (LAIA)de uma unidade de uma Instituição Federal Multicampi de Ensino Superior, com autilização da ferramenta FMEA (Análise dos Modos de Falha e seus Efeitos),identificando o Índice de Risco Ambiental (IRA). A escolha por este métododeu-se, basicamente, pela possibilidade de se avaliar os riscos ambientais emfunção da facilidade de implantação de ações corretivas gerando, desta forma,uma lista de ações a serem desenvolvidas em vários estágios de tempo,permitindo o início do planejamento de um SGA. Após a visita coletiva aosespaços, verificaram-se in loco os aspectos e impactosambientais dos seguintes ambientes: biblioteca/sala de estudos; salas dosprofessores/Núcleo de Desenvolvimento Educacional (NUDE); hall e corredores;banheiros; secretaria acadêmica/administrativa e laboratórios. Através destapesquisa foi possível constatar que a principal causa potencial dos impactosambientais é a falta de manutenção do sistema elétrico

PANDEMIA DE COVID-19: REFLEXÕES ACERCA DO AUXÍLIO EMERGENCIAL E SEUS IMPACTOS SOCIAIS

O objetivo da pesquisa é analisar o impacto da pandemia do Covid-19 acerca do mercado de trabalho e com ênfase na política pública que estabeleceu o pagamento do auxílio emergencial em prol de pessoas em situação de vulnerabilidade econômica. Para tanto, a pesquisa se faz bibliográfica, referenciada em dados governamentais oficiais de mídias, corroborados com doutrinas que alargam a temática, a partir da pesquisa de natureza qualitativa, para elaboração das tratativas referentes ao tema, enfatizando a conceituação científica relativa ao momento pandêmico, ao vírus propagado, posteriormente a narrativa do mercado de trabalho e renda permissiva aos sujeitos acerca do auxílio emergencial

VARIAÇÃO TEMPORAL DE PARÂMETROS BIOFÍSICOS DA SUPERFÍCIE POR IMAGENS Landsat 5 EM DIFERENTES COBERTURAS DO SOLO EM UMA ÁREA DE TRANSIÇÃO DE CERRADO E PANTANAL EM MATO GROSSO

A substituição da vegetação nativa e a sazonalidade climática modificam os parâmetros biofísicos da superfície. Como 50% do Cerrado tem sido convertido em lavouras e pastagens, o objetivo desse estudo foi avaliar a variação temporal de parâmetros biofísicos em áreas nativas e convertidas em uma área de transição entre Cerrado e Pantanal no Mato Grosso. O estudo foi conduzido na Fazenda Experimental da UFMT (15° 51’ 15.23’’ S e 56° 04’ 13.50’’ W) com imagens do sensor TM-Landsat 5 entre abril e setembro de 2011. O Índice de Vegetação da Diferença Normalizada (NDVI), o albedo da superfície (α) e a temperatura da superfície (Ts) foram estimados em áreas de Cerrado strito sensu (CER), pastagem de Brachiaria brizantha (PAS) e mangueiral (MAN). Os maiores valores de NDVI e menores valores de α e Ts foram observados nas áreas mais densamente vegetadas. O Cerrado apresentou menores valores de α e a MAN apresentou maiores valores de NDVI ao longo de todo experimento. A substituição da cobertura nativa da região de transição de Cerrado e Pantanal por vegetação exótica modificou significativamente os parâmetros biofísicos avaliados, com potencial de modificar os balanços de radiação, energia, carbono da superfície. Palavras-chave: desmatamento; sensoriamento remoto; aquecimento regional.   TEMPORAL VARIATION OF BIOPHYSICAL PARAMETERS OF THE SURFACE BY LANDSAT 5 IMAGES IN DIFFERENT SOIL COVERS IN A TRANSITIONAL AREA OF CERRADO AND PANTANAL IN MATO GROSSO   ABSTRACT: The substitution of native vegetation and climatic seasonality modify the surface biophysical parameters. As 50% of the Cerrado has been converted to crops and pastures, the objective of this study was to evaluate the temporal variation of biophysical parameters in native areas and converted into a transition area between Cerrado and Pantanal in Mato Grosso. The study was conducted at the UFMT Experimental Farm (15° 51’ 15.23’’ S e 56° 04’ 13.50’’ W) with TM Landsat 5 images between April and September 2011. The Normalized Difference Vegetation Index (NDVI), and the surface albedo (α) and surface temperature (Ts) were obtained from a Cerrado stricto sensu (CER), a pasture of Brachiaria brizantha (PAS) and a mangrove (MAN). The highest NDVI values and lowest α and Ts values were observed in the most densely vegetated areas. The replacement of the native cover of the Cerrado and Pantanal transition region with exotic vegetation significantly modified the biophysical parameters evaluated, with the potential to modify the radiation, energy and carbon balances of the surface. Keywords: deforestation; remote sensing; regional warming

Composição química de cladódios de palma forrageira sob diferentes manejos de adubação e colheita

The objective of this work was to evaluate the effects of combined phosphorus and nitrogen fertilization and of harvesting frequency on the chemical composition of 'Gigante' cactus pear (Opuntia ficus‑indica) cladodes. The experiment was carried out in two municipalities, Quixadá and Tejuçuoca, in the state of Ceará, Brazil. Fertilization with nitrogen (urea) and phosphorus (single superphosphate) was done with nine doses, respectively: 10 and 70, 70 and 10, 70 and 70, 70 and 130, 100 and 100, 130 and 70, 130 and 130, 130 and 190, and 190 and 130 kg ha-1 per year, besides 100 kg ha-1 N and P2O5 per year as the control. The harvesting frequencies evaluated were annual and biannual. A randomized complete block design was adopted, in split plot, with four replicates. The effect of fertilization on the contents of total dry matter, crude protein, neutral detergent fiber, organic matter, and total carbohydrates in the cladodes varies with harvesting frequency and site. Regarding harvesting frequency, there were higher contents of organic matter, total carbohydrates, and neutral detergent fiber, but lower contents of crude protein for the biannual harvesting in both municipalities. Annual harvesting improves the nutritional quality of primary and secondary cladodes in the municipality of Quixadá and of secondary and tertiary cladodes in Tejuçuoca.O objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos da adubação combinada de nitrogênio e fósforo, e da frequência de colheita sobre a composição química de cladódios de palma forrageira 'Gigante' (Opuntia ficus-indica). O experimento foi realizado em dois municípios cearenses, Quixadá e Tejuçuoca. A adubação com nitrogênio (ureia) e fósforo (superfosfato simples) foi realizada em nove doses, respectivamente: 10 e 70, 70 e 10, 70 e 70, 70 e 130, 100 e 100, 130 e 70, 130 e 130, 130 e 190, e 190 e 130 kg ha-1 por ano, além de 100 kg ha-1 de N e P2O5 por ano como controle. As frequências de colheita avaliadas foram anual e bianual. Adotou-se o delineamento de blocos ao acaso, em arranjo de parcelas subdivididas, com quatro repetições. O efeito da adubação sobre os teores de matéria seca total, proteína bruta, fibra em detergente neutro, matéria orgânica e carboidratos totais dos cladódios varia com a frequência de colheita e com o local. Quanto aos períodos de colheita, foram observados maiores teores de matéria orgânica, carboidratos totais e fibra em detergente neutro, mas menores teores de proteína bruta para a colheita bianual, nos dois municípios. A colheita anual melhora a qualidade nutritiva de cladódios primários e secundários em Quixadá e de cladódios secundários e terciários em Tejuçuoca

PhageWeb – Web Interface for Rapid Identification and Characterization of Prophages in Bacterial Genomes

This study developed a computational tool with a graphical interface and a web-service that allows the identification of phage regions through homology search and gene clustering. It uses G+C content variation evaluation and tRNA prediction sites as evidence to reinforce the presence of prophages in indeterminate regions. Also, it performs the functional characterization of the prophages regions through data integration of biological databases. The performance of PhageWeb was compared to other available tools (PHASTER, Prophinder, and PhiSpy) using Sensitivity (Sn) and Positive Predictive Value (PPV) tests. As a reference for the tests, more than 80 manually annotated genomes were used. In the PhageWeb analysis, the Sn index was 86.1% and the PPV was approximately 87%, while the second best tool presented Sn and PPV values of 83.3 and 86.5%, respectively. These numbers allowed us to observe a greater precision in the regions identified by PhageWeb while compared to other prediction tools submitted to the same tests. Additionally, PhageWeb was much faster than the other computational alternatives, decreasing the processing time to approximately one-ninth of the time required by the second best software. PhageWeb is freely available at http://computationalbiology.ufpa.br/phageweb

Interação: cuidar, amar e respeitar a natureza / Interaction: caring, loving and respecting nature

Para que um projeto educativo tenha êxito, é necessário o envolvimento de toda comunidade escolar, cada um com suas funções e responsabilidades. A aprendizagem acontece na interação com o outro e suas vivências significativas com o conhecimento. O objetivo é auxiliar o aluno a desenvolver o pensamento crítico e discutir os problemas ambientais na formação educacional através de práticas pedagógicas que proporcionem o protagonismo, promovendo assim a compreensão da necessidade de ser sustentável. Na tentativa de reforçar o interesse dos alunos, por disciplinas que são considerada “impossíveis” de aprender, como a matemática, é importante buscar utilizar diferentes métodos de aprendizagem, para um melhor rendimento do aluno e, consequentemente, melhoria na qualidade do ensino, unindo os conteúdos norteadores do tema “lixo” com os conteúdos base, como forma de conscientizar os alunos sobre o tema. Portanto esse projeto “InterAÇÃO: Cuidar, amar e respeitar a natureza”, se justifica de maneira geral por ser uma proposta inovadora, porque parte de problemas que os alunos identificaram, além de se fazer presente no contexto sócio-histórico-cultural dos estudantes

PERFIL CLÍNICO EPIDEMIOLÓGICO DE PACIENTES SUBMETIDOS À UTILIZAÇÃO DE MARCA-PASSO NO PÓS-OPERATÓRIO DE CIRURGIA CARDÍACA

Introdução: O marca-passo (MP) cardíaco é um dispositivo eletrônico utilizado para estimular o coração quando a via de condução fisiológica está danificada. Entre as causas agudas para sua utilização está a lesão do sinus ou nó átrio ventricular (AV) ou sistema His-Purkinje que pode ocorrer durante procedimento cirúrgico de revascularização do miocárdio (RM) e/ou cirurgia valvar. Objetivo: Traçar o perfil clínico-epidemiológico de pacientes submetidos à utilização de marca-passo no pós-operatório de cirurgia cardíaca. Métodos: Estudo retrospectivo, descritivo e analítico, envolvendo pacientes submetidos à utilização de MP no pós-operatório de cirurgia cardíaca no Hospital Universitário Presidente Dutra, São Luís (MA), no período de janeiro de 2010 a dezembro de 2017. Os dados foram obtidos de fichas de evolução fisioterapêutica. Resultados: A idade média dos pacientes foi de 56,6 ±17,8 anos, predominantemente do gênero feminino (66,0%), a maioria idosos (53,2%) procedentes do interior do Estado do Maranhão (53,2%), com hipertensão arterial sistêmica (51,1%). O diagnóstico mais frequente foi insuficiência valvar (23,4%) e grande parte dos pacientes estudados foram submetidos a cirurgias envolvendo as valvas mitral (31,9%) e aórtica (19,1%). Conclusão: A maioria dos pacientes que necessitaram de MP no pós-operatório de cirurgia cardíaca eram idosos, com sobrepeso, do gênero feminino, possuíam algum tipo de disfunção valvar e iniciaram a utilização do MP no intra-operatório.Palavras-chave: Perfil de Saúde. Cirurgia Cardíaca. Marca-passo Cardíaco Artificial

Inference of gene regulatory networks from time series by Tsallis entropy

Background: The inference of gene regulatory networks (GRNs) from large-scale expression profiles is one of the most challenging problems of Systems Biology nowadays. Many techniques and models have been proposed for this task. However, it is not generally possible to recover the original topology with great accuracy, mainly due to the short time series data in face of the high complexity of the networks and the intrinsic noise of the expression measurements. In order to improve the accuracy of GRNs inference methods based on entropy (mutual information), a new criterion function is here proposed. Results: In this paper we introduce the use of generalized entropy proposed by Tsallis, for the inference of GRNs from time series expression profiles. The inference process is based on a feature selection approach and the conditional entropy is applied as criterion function. In order to assess the proposed methodology, the algorithm is applied to recover the network topology from temporal expressions generated by an artificial gene network (AGN) model as well as from the DREAM challenge. The adopted AGN is based on theoretical models of complex networks and its gene transference function is obtained from random drawing on the set of possible Boolean functions, thus creating its dynamics. On the other hand, DREAM time series data presents variation of network size and its topologies are based on real networks. The dynamics are generated by continuous differential equations with noise and perturbation. By adopting both data sources, it is possible to estimate the average quality of the inference with respect to different network topologies, transfer functions and network sizes. Conclusions: A remarkable improvement of accuracy was observed in the experimental results by reducing the number of false connections in the inferred topology by the non-Shannon entropy. The obtained best free parameter of the Tsallis entropy was on average in the range 2.5 <= q <= 3.5 (hence, subextensive entropy), which opens new perspectives for GRNs inference methods based on information theory and for investigation of the nonextensivity of such networks. The inference algorithm and criterion function proposed here were implemented and included in the DimReduction software, which is freely available at http://sourceforge.net/projects/dimreduction and http://code.google.com/p/dimreduction/.Fundacao de Amparo e Amparo a Pesquisa do Estado de Sao Paulo (FAPESP)Coordenacao de Aperfeicofamento de Pessoal de Nivel Superior (CAPES)Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico (CNPq

The reproductive performance of the Red-Algae shrimp Leander paulensis (Ortmann, 1897) (Decapoda, Palaemonidae) and the effect of post-spawning female weight gain on weight-dependent parameters

AbstractDecapod species have evolved with a variety of reproductive strategies. In this study reproductive features of the palaemonid shrimp Leander paulensiswere investigated. Individuals were collected in the coastal region of Ubatuba, São Paulo, Brazil. In all, 46 ovigerous females were examined in terms of the following reproductive traits: fecundity, reproductive output, brood loss and egg volume. Leander paulensis produces a large number of small eggs with an average fecundity of 635 ± 246 eggs. Egg volume increased significantly from early (0.034 ± 0.008 mm3) to late development stage (0.05 ± 0.012 mm3). The reproductive output did not correlate with female size. The weight of females bearing stage 2 eggs was significantly higher than that of females carrying stage 1 eggs. We assume that the reason for this weight gain is the recovery of female reserves that have been depleted for egg production. Moreover, we emphasize that this weight gain must be considered when evaluating weight-dependent variables such as reproductive output or brood loss in relation to female weight. Otherwise, an overestimation of these variables might lead to inaccurate results