Genetic Analysis of the Early Natural History of Epithelial Ovarian Carcinoma

The high mortality rate associated with epithelial ovarian carcinoma (EOC) reflects diagnosis commonly at an advanced stage, but improved early detection is hindered by uncertainty as to the histologic origin and early natural history of this malignancy.Here we report combined molecular genetic and morphologic analyses of normal human ovarian tissues and early stage cancers, from both BRCA mutation carriers and the general population, indicating that EOCs frequently arise from dysplastic precursor lesions within epithelial inclusion cysts. In pathologically normal ovaries, molecular evidence of oncogenic stress was observed specifically within epithelial inclusion cysts. To further explore potential very early events in ovarian tumorigenesis, ovarian tissues from women not known to be at high risk for ovarian cancer were subjected to laser catapult microdissection and gene expression profiling. These studies revealed a quasi-neoplastic expression signature in benign ovarian cystic inclusion epithelium compared to surface epithelium, specifically with respect to genes affecting signal transduction, cell cycle control, and mitotic spindle formation. Consistent with this gene expression profile, a significantly higher cell proliferation index (increased cell proliferation and decreased apoptosis) was observed in histopathologically normal ovarian cystic compared to surface epithelium. Furthermore, aneuploidy was frequently identified in normal ovarian cystic epithelium but not in surface epithelium.Together, these data indicate that EOC frequently arises in ovarian cystic inclusions, is preceded by an identifiable dysplastic precursor lesion, and that increased cell proliferation, decreased apoptosis, and aneuploidy are likely to represent very early aberrations in ovarian tumorigenesis

International consensus recommendations on the diagnostic work-up for malformations of cortical development

Malformations of cortical development (MCDs) are neurodevelopmental disorders that result from abnormal development of the cerebral cortex in utero. MCDs place a substantial burden on affected individuals, their families and societies worldwide, as these individuals can experience lifelong drug-resistant epilepsy, cerebral palsy, feeding difficulties, intellectual disability and other neurological and behavioural anomalies. The diagnostic pathway for MCDs is complex owing to wide variations in presentation and aetiology, thereby hampering timely and adequate management. In this article, the international MCD network Neuro-MIG provides consensus recommendations to aid both expert and non-expert clinicians in the diagnostic work-up of MCDs with the aim of improving patient management worldwide. We reviewed the literature on clinical presentation, aetiology and diagnostic approaches for the main MCD subtypes and collected data on current practices and recommendations from clinicians and diagnostic laboratories within Neuro-MIG. We reached consensus by 42 professionals from 20 countries, using expert discussions and a Delphi consensus process. We present a diagnostic workflow that can be applied to any individual with MCD and a comprehensive list of MCD-related genes with their associated phenotypes. The workflow is designed to maximize the diagnostic yield and increase the number of patients receiving personalized care and counselling on prognosis and recurrence risk

Endovascular strategy or open repair for ruptured abdominal aortic aneurysm: one-year outcomes from the IMPROVE randomized trial.

AIMS: To report the longer term outcomes following either a strategy of endovascular repair first or open repair of ruptured abdominal aortic aneurysm, which are necessary for both patient and clinical decision-making. METHODS AND RESULTS: This pragmatic multicentre (29 UK and 1 Canada) trial randomized 613 patients with a clinical diagnosis of ruptured aneurysm; 316 to an endovascular first strategy (if aortic morphology is suitable, open repair if not) and 297 to open repair. The principal 1-year outcome was mortality; secondary outcomes were re-interventions, hospital discharge, health-related quality-of-life (QoL) (EQ-5D), costs, Quality-Adjusted-Life-Years (QALYs), and cost-effectiveness [incremental net benefit (INB)]. At 1 year, all-cause mortality was 41.1% for the endovascular strategy group and 45.1% for the open repair group, odds ratio 0.85 [95% confidence interval (CI) 0.62, 1.17], P = 0.325, with similar re-intervention rates in each group. The endovascular strategy group and open repair groups had average total hospital stays of 17 and 26 days, respectively, P < 0.001. Patients surviving rupture had higher average EQ-5D utility scores in the endovascular strategy vs. open repair groups, mean differences 0.087 (95% CI 0.017, 0.158), 0.068 (95% CI -0.004, 0.140) at 3 and 12 months, respectively. There were indications that QALYs were higher and costs lower for the endovascular first strategy, combining to give an INB of £3877 (95% CI £253, £7408) or €4356 (95% CI €284, €8323). CONCLUSION: An endovascular first strategy for management of ruptured aneurysms does not offer a survival benefit over 1 year but offers patients faster discharge with better QoL and is cost-effective. CLINICAL TRIAL REGISTRATION: ISRCTN 48334791

NOX1 loss-of-function genetic variants in patients with inflammatory bowel disease.

Genetic defects that affect intestinal epithelial barrier function can present with very early-onset inflammatory bowel disease (VEOIBD). Using whole-genome sequencing, a novel hemizygous defect in NOX1 encoding NAPDH oxidase 1 was identified in a patient with ulcerative colitis-like VEOIBD. Exome screening of 1,878 pediatric patients identified further seven male inflammatory bowel disease (IBD) patients with rare NOX1 mutations. Loss-of-function was validated in p.N122H and p.T497A, and to a lesser degree in p.Y470H, p.R287Q, p.I67M, p.Q293R as well as the previously described p.P330S, and the common NOX1 SNP p.D360N (rs34688635) variant. The missense mutation p.N122H abrogated reactive oxygen species (ROS) production in cell lines, ex vivo colonic explants, and patient-derived colonic organoid cultures. Within colonic crypts, NOX1 constitutively generates a high level of ROS in the crypt lumen. Analysis of 9,513 controls and 11,140 IBD patients of non-Jewish European ancestry did not reveal an association between p.D360N and IBD. Our data suggest that loss-of-function variants in NOX1 do not cause a Mendelian disorder of high penetrance but are a context-specific modifier. Our results implicate that variants in NOX1 change brush border ROS within colonic crypts at the interface between the epithelium and luminal microbes

3 years of liraglutide versus placebo for type 2 diabetes risk reduction and weight management in individuals with prediabetes: a randomised, double-blind trial

Background: Liraglutide 3·0 mg was shown to reduce bodyweight and improve glucose metabolism after the 56-week period of this trial, one of four trials in the SCALE programme. In the 3-year assessment of the SCALE Obesity and Prediabetes trial we aimed to evaluate the proportion of individuals with prediabetes who were diagnosed with type 2 diabetes. Methods: In this randomised, double-blind, placebo-controlled trial, adults with prediabetes and a body-mass index of at least 30 kg/m2, or at least 27 kg/m2 with comorbidities, were randomised 2:1, using a telephone or web-based system, to once-daily subcutaneous liraglutide 3·0 mg or matched placebo, as an adjunct to a reduced-calorie diet and increased physical activity. Time to diabetes onset by 160 weeks was the primary outcome, evaluated in all randomised treated individuals with at least one post-baseline assessment. The trial was conducted at 191 clinical research sites in 27 countries and is registered with ClinicalTrials.gov, number NCT01272219. Findings: The study ran between June 1, 2011, and March 2, 2015. We randomly assigned 2254 patients to receive liraglutide (n=1505) or placebo (n=749). 1128 (50%) participants completed the study up to week 160, after withdrawal of 714 (47%) participants in the liraglutide group and 412 (55%) participants in the placebo group. By week 160, 26 (2%) of 1472 individuals in the liraglutide group versus 46 (6%) of 738 in the placebo group were diagnosed with diabetes while on treatment. The mean time from randomisation to diagnosis was 99 (SD 47) weeks for the 26 individuals in the liraglutide group versus 87 (47) weeks for the 46 individuals in the placebo group. Taking the different diagnosis frequencies between the treatment groups into account, the time to onset of diabetes over 160 weeks among all randomised individuals was 2·7 times longer with liraglutide than with placebo (95% CI 1·9 to 3·9, p&lt;0·0001), corresponding with a hazard ratio of 0·21 (95% CI 0·13–0·34). Liraglutide induced greater weight loss than placebo at week 160 (–6·1 [SD 7·3] vs −1·9% [6·3]; estimated treatment difference −4·3%, 95% CI −4·9 to −3·7, p&lt;0·0001). Serious adverse events were reported by 227 (15%) of 1501 randomised treated individuals in the liraglutide group versus 96 (13%) of 747 individuals in the placebo group. Interpretation: In this trial, we provide results for 3 years of treatment, with the limitation that withdrawn individuals were not followed up after discontinuation. Liraglutide 3·0 mg might provide health benefits in terms of reduced risk of diabetes in individuals with obesity and prediabetes. Funding: Novo Nordisk, Denmark

The impact of surgical delay on resectability of colorectal cancer: An international prospective cohort study

AIM: The SARS-CoV-2 pandemic has provided a unique opportunity to explore the impact of surgical delays on cancer resectability. This study aimed to compare resectability for colorectal cancer patients undergoing delayed versus non-delayed surgery. METHODS: This was an international prospective cohort study of consecutive colorectal cancer patients with a decision for curative surgery (January-April 2020). Surgical delay was defined as an operation taking place more than 4 weeks after treatment decision, in a patient who did not receive neoadjuvant therapy. A subgroup analysis explored the effects of delay in elective patients only. The impact of longer delays was explored in a sensitivity analysis. The primary outcome was complete resection, defined as curative resection with an R0 margin. RESULTS: Overall, 5453 patients from 304 hospitals in 47 countries were included, of whom 6.6% (358/5453) did not receive their planned operation. Of the 4304 operated patients without neoadjuvant therapy, 40.5% (1744/4304) were delayed beyond 4 weeks. Delayed patients were more likely to be older, men, more comorbid, have higher body mass index and have rectal cancer and early stage disease. Delayed patients had higher unadjusted rates of complete resection (93.7% vs. 91.9%, P = 0.032) and lower rates of emergency surgery (4.5% vs. 22.5%, P < 0.001). After adjustment, delay was not associated with a lower rate of complete resection (OR 1.18, 95% CI 0.90-1.55, P = 0.224), which was consistent in elective patients only (OR 0.94, 95% CI 0.69-1.27, P = 0.672). Longer delays were not associated with poorer outcomes. CONCLUSION: One in 15 colorectal cancer patients did not receive their planned operation during the first wave of COVID-19. Surgical delay did not appear to compromise resectability, raising the hypothesis that any reduction in long-term survival attributable to delays is likely to be due to micro-metastatic disease

Dalla progettazione all’utilizzo di un sistema informativo geologico al servizio del rilevamento geologico: la banca dati della Regione Lombardia e la cartografia geologica derivata

In questa Tesi è descritto il processo di creazione di un Sistema Informativo Geologico e degli strumenti informatici per la gestione dell’informazione su base geografica, o più semplicemente GIS (Geographic Information System), al servizio delle attività di rilevamento geologico, finalizzato alla raccolta dei dati ed alla loro rappresentazione cartografica nell'ambito di un Sistema Informativo Territoriale (SIT). Un SIT è definibile come l'insieme di uomini, strumenti e procedure che, nell’ambito di una organizzazione, permettono l’acquisizione e la distribuzione dei dati relativi alla conoscenza dei fenomeni e degli attori presenti su territorio; tutto questo è facilitato in gran parte dalle capacità e funzionalità dei GIS. Il Sistema Informativo Territoriale orientato alla Geologia (SIG – Sistema Informativo Geologico) della Regione Lombardia è costituito da un gruppo di lavoro composto da geologi, informatici e geologi-informatici dell’Ente regionale e della società Lombardia Servizi (Gruppo Lombardia Informatica). Ho fatto parte del team di consulenza tecnico-scientifica incaricato da Lombardia Servizi per la realizzazione del SIG regionale. I compiti del gruppo di lavoro sono: - definizione di ruoli e metodi per la costituzione del SIG; - definizione delle logiche per la creazione di strumenti finalizzati all’archiviazione del dato geologico in una banca dati geologica e loro manutenzione; Il progetto è inserito nel più ampio processo di aggiornamento della Cartografia Geologica nazionale (progetto CARG). Il SIG ha come principali obiettivi: - la pianificazione ed esecuzione del rilevamento geologico di dettaglio (scala 1:10.000) del territorio lombardo; - la costruzione di un database della geologia di superficie (ma anche del sottosuolo per le aree di pianura) interrogabile e aggiornabile ; - il supporto ai processi di analisi finalizzati alla descrizione della geologia superficiale e ricostruzione degli eventi che hanno creato il paesaggio attuale; - la rappresentazione cartografica dell’ambiente geologico a partire dal database creato. - la distribuzione dell’informazione geologica archiviata in vari formati (cartaceo e digitale); Sono qui descritte ed analizzate criticamente la filosofia di costruzione delle procedure e le soluzioni tecniche e metodologiche adottate per realizzare gli obiettivi prefissi. L’APAT (Agenzia per la Protezione dell'Ambiente e per i servizi Tecnici nazionali) ha ereditato dal Servizio Geologico il compito di rilevare, aggiornare e pubblicare la Carta Geologica d'Italia (progetto nazionale CARG) quale organo cartografico dello Stato in base alla legge 68/60. Nel 1976 era stato completato il rilevamento della Carta geologica d'Italia alla scala 1:100.000 costituita da 278 fogli a copertura del territorio nazionale; per il suo aggiornamento sono stati definiti strumenti normativi idonei a garantire l'omogeneità dei contenuti e della rappresentazione cartografica; la definizione delle norme discende dall'applicazione di linee guida, frutto dell'attività di Commissioni e Gruppi di lavoro, pubblicate nei Quaderni della serie III (ed. APAT). L’Ente Regione Lombardia, per rispondere all’impegno istituzionale di aggiornamento della Carta Geologica, all’interno del più ampio e strutturato Sistema Informativo Territoriale regionale, ha dunque creato il Sistema Informativo Geologico (SIG) regionale. Il rapido evolversi delle ricerche nel campo delle Scienze della Terra e l'importanza che riveste la cartografia geologica nella gestione del territorio, hanno spinto la Regione Lombardia a progettare un rilevamento geologico di dettaglio per dotarsi di una banca dati geologica dalla quale derivare la propria cartografia geologica (alla scala 1:10.000). Sono stati quindi definiti standard specifici rispondenti a questa esigenza di maggior dettaglio (rispetto a quanto indicato dal progetto nazionale CARG) ed è stato pianificato e in gran parte realizzato un rilevamento ex-novo finalizzato alla pubblicazione del dato alla scala del rilevamento e per la sua generalizzazione alle scale 1:25.000 e 50.000. Alla fine del processo saranno stati realizzati 14 fogli del territorio lombardo relativamente alle aree alpine e di passaggio alla pianura (Bergamo, Bormio, Breno, Clusone, Lecco, Iseo, Malonno, Ponte di Legno, Sondrio, Vimercate, Milano, Bagolino, Seregno, Voghera). In tale progetto sono anche coinvolti le Università di Milano, di Pavia e di Bolona, il Politecnico di Milano e il CNR - Centro di Studio per la Geodinamica Alpina e Quaternaria di Milano. L’attività di rilevamento geologico è di competenza dei funzionari regionali della Struttura Sistema Informativo Territoriale della Direzione Generale Territorio e Urbanistica che, coadiuvati da geologi rilevatori, realizzano tutte le fasi del lavoro, dalla raccolta del dato fino alla sua pubblicazione. L’ambiente informatico GIS sviluppato, denominato CARGeo (Cartografia Geologica), permette di inserire i dati raccolti da geologi rilevatori in un database appositamente predisposto, mediante interfacce grafiche semplificate e procedure standard di archiviazione e controllo di correttezza formale. La banca dati è costruita in modo da facilitare l’archiviazione della maggior parte dei dati che normalmente il geologo registra nella carta e nei taccuini di terreno e, allo stesso tempo, guidarlo nella raccolta organica dell’informazione geologica. Nella strutturazione del database è stata privilegiata la possibilità di inserire attributi direttamente associabili agli elementi geometrici anziché attraverso schede associate a punti di osservazione. Il geologo rilevatore interviene per correggere errori di digitalizzazione o di attribuzione con un processo ciclico, fino ad ottenere una banca dati corretta secondo gli standard predefiniti. Gli strumenti di creazione della banca dati permettono anche di: - disegnare gli schemi accessori (sezioni geologiche, schemi stratigrafici e strutturali etc.); - eseguire lo “sfoltimento” e posizionamento delle annotazioni sulla mappa (sigle di unità litologiche e parametri di inclinazione delle giaciture) secondo criteri di leggibilità della carta - creare le legende; - creare banche dati a scala inferiore (1:25.000 e 50.000); - stampare e pubblicare carte geologiche complete di schemi e legende. Il sistema contiene gli strumenti necessari alla migrazione della banca dati dalla struttura proprietaria CARG-Regione Lombardia a quella CARG-APAT secondo la struttura definita nei Quaderni della serie III Il Sistema nel corso del biennio 2006-2007 ha raggiunto la fase di consegna dei dati (derivazione e generalizzazione della banca dati CARG-APAT 1.50.000 da quella 1:10.000 CARG-Regione Lombardia) dei primi fogli completati (ISEO, MALONNO, LECCO e SONDRIO) con ritardo rispetto alla programmazione. Sono state analizzate le cause che hanno portato a questo rallentamento del flusso di lavoro, quindi apportate le necessarie modifiche al Sistema. Sono qui descritti i problemi e le soluzioni trovate per migliorare l'efficienza del sistema. Attualmente il Sistema Informativo Geologico è in una fase di ristrutturazione, che vede la migrazione verso un’architettura informatica basata sulla piattaforma ARCGis® 9.x. Attraverso il Sistema Informativo Geologico viene tentata una sintesi fra le logiche metodologiche dei due ambiti tecnico-scientifici coinvolti (Geologia e Informatica), in un ambiente dove ricercatori e tecnici lavorano sperimentando l’interazione tra le conoscenze e le metodologie conoscitive tipiche delle Scienze Geologiche e le tecnologie e processi logici delle Scienze Informatiche. Con questa Tesi è documentato tutto il percorso di costruzione della banca dati geologica attraverso e all’interno del sistema realizzato assieme gruppo di lavoro composto da geologi e tecnici informatici, cui ho partecipato, riassumendo gli oltre 9 anni di lavoro dall’ideazione del progetto CARGeo, anche in funzione del suo miglioramento

Erratum to: Study protocol: differential effects of diet and physical activity based interventions in pregnancy on maternal and fetal outcomes: individual patient data (IPD) meta-analysis and health economic evaluation

After publication of this work [1], we noted that we inadvertently failed to include the complete list of all coauthors and that sample sizes of some of the trials listed in Table two were incorrect