La santé comme sport de combat

Écrit dans le sillage d’une « médecine inhospitalière », ce nouveau livre poursuit l’œuvre de Yannick Jaffré en faveur d’une lecture socio-anthropologique des problèmes de santé. Cet auteur montre une fois de plus sa parfaite maîtrise d’une discipline qu’il pratique depuis plus de 35 ans, dont plus des deux tiers en Afrique subsaharienne, et la place qui lui revient parmi les sciences fondamentales de la santé publique. Le titre de ce livre est déjà éloquent. Ce rapprochement entre le combat..

Giving birth at a maternity hospital: the key strategic option to be adopted in order to combat maternal and neonatal mortality in Mali

The end result of the past 40 years of experience in combating maternal mortality in Mali suggests that the emphasis should be changed, and that giving birth at a maternity hospital should be the basic strategic option chosen. This means creating “compounds set aside for mothers-to-be”, where women approaching the end of their pregnancy will be invited to come and await the onset of labour, and at the same time enjoy the rest they need. However, the prerequisites for such an initiative will be first to guarantee the necessary quality of care in maternity hospitals, by virtue of an accreditation system, and second to ensure that the system is fully operational in terms of referring obstetric emergencies. Giving birth in the woman’s home village will then no longer be regarded as a clearly expressed strategic choice, but as an unintended course of events. The introduction of a subsidised system of fixed-charge obstetric care will remove any financial obstacles, and is a necessary step to ensure the feasibility of such a programme.Le bilan des 40 ans d’expérience du Mali en matière de lutte contre la mortalité maternelle plaide pour un recentrage faisant de l’accouchement en maternité l’option stratégique fondamentale. Pour cela, doivent être créées des « concessions des mamans » où les femmes en fin de grossesse seront invitées à se rendre pour y attendre le début du travail en bénéficiant notamment du repos qui doit s’imposer à elles. Le préalable à cette initiative sera cependant de garantir d’une part la qualité des soins dans les maternités grâce à un mécanisme d’accréditation, d’autre part la pleine fonctionnalité du système de référence des urgences obstétricales. Ainsi, l’accouchement au village ne devra-t-il être plus considéré comme un choix stratégique affirmé, mais comme un incident de parcours. La mise en place d’un forfait obstétrical subventionné permettra de lever l’obstacle financier nécessaire pour assurer la faisabilité d’un tel programme.El resultado final arrojado por los últimos 40 años de experiencia en la lucha contra la mortalidad materna en Malí sugiere que hay que cambiar el énfasis y que dar a luz en un hospital maternal debería ser la opción estratégica básica a escoger. Esto supone la creación de “residencias reservadas para futuras madres”, a las que se invitará a acudir a las madres que están el tramo final del embarazo para esperar el inicio del parto, mientras disfrutan del descanso que necesitan. Sin embargo, los requisitos previos para dicha iniciativa serán, en primer lugar, garantizar la calidad necesaria de los cuidados en los hospitales maternales, a través de un sistema de acreditación, y, en segundo lugar, asegurar que el sistema de derivación de emergencias obstétricas funcione correctamente. El parto en la propia aldea de la mujer ya no se contemplará como una opción estratégica claramente expresada, sino como un desarrollo imprevisto de los acontecimientos. La introducción de un sistema subvencionado de atención obstétrica de coste fijo eliminará los obstáculos económicos, y es un paso necesario para asegurar la viabilidad de un programa de este tipo

Giving birth at a maternity hospital: the key strategic option to be adopted in order to combat maternal and neonatal mortality in Mali

The end result of the past 40 years of experience in combating maternal mortality in Mali suggests that the emphasis should be changed, and that giving birth at a maternity hospital should be the basic strategic option chosen. This means creating “compounds set aside for mothers-to-be”, where women approaching the end of their pregnancy will be invited to come and await the onset of labour, and at the same time enjoy the rest they need. However, the prerequisites for such an initiative will be first to guarantee the necessary quality of care in maternity hospitals, by virtue of an accreditation system, and second to ensure that the system is fully operational in terms of referring obstetric emergencies. Giving birth in the woman’s home village will then no longer be regarded as a clearly expressed strategic choice, but as an unintended course of events. The introduction of a subsidised system of fixed-charge obstetric care will remove any financial obstacles, and is a necessary step to ensure the feasibility of such a programme.Le bilan des 40 ans d’expérience du Mali en matière de lutte contre la mortalité maternelle plaide pour un recentrage faisant de l’accouchement en maternité l’option stratégique fondamentale. Pour cela, doivent être créées des « concessions des mamans » où les femmes en fin de grossesse seront invitées à se rendre pour y attendre le début du travail en bénéficiant notamment du repos qui doit s’imposer à elles. Le préalable à cette initiative sera cependant de garantir d’une part la qualité des soins dans les maternités grâce à un mécanisme d’accréditation, d’autre part la pleine fonctionnalité du système de référence des urgences obstétricales. Ainsi, l’accouchement au village ne devra-t-il être plus considéré comme un choix stratégique affirmé, mais comme un incident de parcours. La mise en place d’un forfait obstétrical subventionné permettra de lever l’obstacle financier nécessaire pour assurer la faisabilité d’un tel programme.El resultado final arrojado por los últimos 40 años de experiencia en la lucha contra la mortalidad materna en Malí sugiere que hay que cambiar el énfasis y que dar a luz en un hospital maternal debería ser la opción estratégica básica a escoger. Esto supone la creación de “residencias reservadas para futuras madres”, a las que se invitará a acudir a las madres que están el tramo final del embarazo para esperar el inicio del parto, mientras disfrutan del descanso que necesitan. Sin embargo, los requisitos previos para dicha iniciativa serán, en primer lugar, garantizar la calidad necesaria de los cuidados en los hospitales maternales, a través de un sistema de acreditación, y, en segundo lugar, asegurar que el sistema de derivación de emergencias obstétricas funcione correctamente. El parto en la propia aldea de la mujer ya no se contemplará como una opción estratégica claramente expresada, sino como un desarrollo imprevisto de los acontecimientos. La introducción de un sistema subvencionado de atención obstétrica de coste fijo eliminará los obstáculos económicos, y es un paso necesario para asegurar la viabilidad de un programa de este tipo

Pepper Mild Mottle Virus, a Plant Virus Associated with Specific Immune Responses, Fever, Abdominal Pains, and Pruritus in Humans

Background: Recently, metagenomic studies have identified viable Pepper mild mottle virus (PMMoV), a plant virus, in the stool of healthy subjects. However, its source and role as pathogen have not been determined. Methods and Findings: 21 commercialized food products containing peppers, 357 stool samples from 304 adults and 208 stool samples from 137 children were tested for PMMoV using real-time PCR, sequencing, and electron microscopy. Anti-PMMoV IgM antibody testing was concurrently performed. A case-control study tested the association of biological and clinical symptoms with the presence of PMMoV in the stool. Twelve (57%) food products were positive for PMMoV RNA sequencing. Stool samples from twenty-two (7.2%) adults and one child (0.7%) were positive for PMMoV by real-time PCR. Positive cases were significantly more likely to have been sampled in Dermatology Units (p<10−6), to be seropositive for anti-PMMoV IgM antibodies (p = 0.026) and to be patients who exhibited fever, abdominal pains, and pruritus (p = 0.045, 0.038 and 0.046, respectively). Conclusions: Our study identified a local source of PMMoV and linked the presence of PMMoV RNA in stool with a specific immune response and clinical symptoms. Although clinical symptoms may be imputable to another cofactor, including spicy food, our data suggest the possibility of a direct or indirect pathogenic role of plant viruses in humans

Low root-to-root transmission of a tobamovirus, yellow tailflower mild mottle virus, and resilience of its virions

Tobamoviruses are serious pathogens because they have extremely stable virions, they are transmitted by contact, and they often induce severe disease in crops. Knowledge of the routes of transmission and resilience of tobamovirus virions is essential in understanding the epidemiology of this group of viruses. We used an isolate of the tobamovirus yellow tailflower mild mottle virus (YTMMV) to examine root-to-root transmission in soil and in a hydroponic growth environment. Root-to-root transmission occurred rarely, and when it occurred plants did not exhibit systemic movement of the virus from the roots to the shoots over a 30-day period. The resilience of YTMMV virions was tested in dried leaf tissue over time periods from one hour to one year under temperatures ranging from -80°C to 160°C. Infectivity was maintained for at least a year when incubated at -80°C, 22°C or at fluctuating ambient temperatures of 0.8°C to 44.4°C, but incubation under dry conditions at 160°C for >4 days eliminated infectivity. Exposure of virions to 0.1 M sodium hydroxide or 20% w/v skim milk solution for 30 min, treatments recommended for tobamovirus inactivation, did not abolish infectivity of YTMMV

BMJ Open

In low-income settings with limited access to diagnosis, COVID-19 information is scarce. In September 2020, after the first COVID-19 wave, Mali reported 3086 confirmed cases and 130 deaths. Most reports originated from Bamako, with 1532 cases and 81 deaths (2.42 million inhabitants). This observed prevalence of 0.06% appeared very low. Our objective was to estimate SARS-CoV-2 infection among inhabitants of Bamako, after the first epidemic wave. We assessed demographic, social and living conditions, health behaviours and knowledges associated with SARS-CoV-2 seropositivity. We conducted a cross-sectional multistage household survey during September 2020, in three neighbourhoods of the commune VI (Bamako), where 30% of the cases were reported. We recruited 1526 inhabitants in 3 areas, that is, 306 households, and 1327 serological results (≥1 years), 220 household questionnaires and collected answers for 962 participants (≥12 years). We measured serological status, detecting SARS-CoV-2 spike protein antibodies in blood sampled. We documented housing conditions and individual health behaviours through questionnaires among participants. We estimated the number of SARS-CoV-2 infections and deaths in the population of Bamako using the age and sex distributions. The prevalence of SARS-CoV-2 seropositivity was 16.4% (95% CI 15.1% to 19.1%) after adjusting on the population structure. This suggested that ~400 000 cases and ~2000 deaths could have occurred of which only 0.4% of cases and 5% of deaths were officially reported. Questionnaires analyses suggested strong agreement with washing hands but lower acceptability of movement restrictions (lockdown/curfew), and mask wearing. The first wave of SARS-CoV-2 spread broadly in Bamako. Expected fatalities remained limited largely due to the population age structure and the low prevalence of comorbidities. Improving diagnostic capacities to encourage testing and preventive behaviours, and avoiding the spread of false information remain key pillars, regardless of the developed or developing setting. This study was registered in the registry of the ethics committee of the Faculty of Medicine and Odonto-Stomatology and the Faculty of Pharmacy, Bamako, Mali, under the number: 2020/162/CA/FMOS/FAPH

Détection et impact potentiel des tobamovirus chez l’homme

A current paradigm in virology is that plant viruses cannot affect vertebrates and are not pathogenic for humans. However, several recent findings challenge this paradigm.Thus, plant viruses can be present in invertebrates, but also in vertebrates, and that this presence may be non neutral. First, sorne plant and animal viroses belong to same viral families, and can harbor almost identical gene repertoires. Second, there are many examples of plant viroses that circulate and multiply in insects. Third, plant viroses have been detected in vertebrates, including humans. Indeed, recent metagenomic studies showed that plant viruses were predominant RNA viruses in human stools. Fourth, immune responses against plant viroses have been detected in animals and humans. Finally, the presence of plant viroses in animais and humans may be non neutral, and some works have suggested their pathogenicity for insects and humans. The aim of this thesis was to investigate whether tobamoviruses may be pathogenic in humans. The first part of my work is a review of the literature of the reasons why plant viruses may cross the border from plants to vertebrates and on the presence and possible impact of these viruses in animals including humans. The second part focuses on exposure to tobamoviros and possible effects of these viroses for humans. In the Marseille geographical area, we showed the presence of Pepper mild mottle virus (PMMoV) in 7.2% of stools from patients tested and in 57% of food products containing hot peppers. In addition, PMMoV from food items was still infectious for plants and the presence of PMMoV in the stools of patients could be significantly associated with a specific immune response and clinical symptoms including fever, abdominal pain and pruritus. Then, we showed that TMV was present in the tobacco of all cigarettes tested and was infectious from half of the cigarettes. In addition, TMV RNA was detected in 45% of smokers' saliva that we tested. The third part of this manuscript focuses on the study of a possible pathogenic role of tobamoviroses, in particular TMV, for vertebrate animais through the use of mouse and cellular experimental models. We inoculated TMV by the intra-tracheal way to mice to mimic exposure to TMV-infected tobacco and TMV was also inoculated to murine macrophages. The results showed the persistence until 14 days of viroses in the lung tissue and in lung alveolar macrophages of mice. In addition, we detected TMV in the cytoplasm of murine macrophages up to 15 days after inoculation. In summary, our results suggest that the boundary between plant viroses and animal viroses is not as strict as it is commonly accepted and prompt to reassess the potential pathogenicity of these plant viroses for humans, especially in prospect of the use of vaccines with recombinant plant viroses.Un paradigme actuel en virologie est que les virus de plantes ne peuvent pas affecter les animaux vertébrés et ne sont pas pathogènes pour 1'homme, qui est pourtant exposé quotidiennement à ces virus. Cependant, plusieurs éléments remettent en question ce paradigme. Ainsi, les virus de plantes peuvent être présents chez les invertébrés, mais aussi chez des vertébrés, et cette présence pourrait ne pas être neutre. Premièrement, certains virus végétaux et animaux appartiennent à de mêmes familles et peuvent posséder des répertoires de gènes quasi-identiques. Deuxièmement, il existe de nombreux exemples de phytovirus qui circulent et se multiplient chez les insectes. Troisièmement, des virus de plantes ont été détectés chez les animaux vertébrés, y compris chez l'homme. En particulier, des études récentes de métagénomique portant sur le virome intestinal humain ont mis en évidence que des virus de plantes étaient très majoritaires dans les selles. Quatrièmement, des réponses immunitaires contre des virus de plantes ont été détectées chez des animaux et chez l'homme. De plus, la présence des virus de plantes chez les animaux et l'homme pourraient ne pas être neutre, et des travaux ont suggéré leur pathogénicité chez les insectes et l'homme. L'objectif de cette Thèse a été d'étudier si les tobamovirus peuvent être pathogènes chez l'homme. La première partie de mon travail correspond à une revue de la littérature portant sur la présence et l'impact potentiel des virus de plantes chez les animaux dont l'homme. La seconde partie porte sur l'exposition aux tobamovirus et les effets possibles de ces virus des tobamovirus chez l'homme. Dans la région de Marseille, nous avons montré la présence du Pepper mild mottle virus (PMMoV) dans 7.2% des selles de patients et dans 57% des produits alimentaires à base de piment. De plus, le PMMoV peut rester infectieux dans les aliments et la présence du PMMoV dans les selles de patients a pu être associée de façon significative à une réponse immunitaire spécifique et des signes cliniques (fièvres, douleurs abdominales ou prurit). De plus, nous avons montré que le Tobacco mosaic virus (TMV) était présent dans le tabac de toutes les cigarettes testées et restait infectieux dans une cigarette sur 2. Par ailleurs, nous avons montré que ce virus était retrouvé dans 45% des salives de fumeurs testées. La troisième partie de ce travail porte sur l'étude d'un éventuel rôle pathogène des tobamovirus, notamment le TMV, pour les animaux vertébrés, via l'utilisation de modèles expérimentaux murin et cellulaire. Nous avons inoculé des particules virales de TMV à des souris par voie intra-trachéale afm de mimer l'exposition au TMV via le tabac de cigarette, et avons également inoculé du TMV à des macrophages murins. Les résultats ont montré chez la souris une persistance du virus jusqu'à 14 jours dans le tissu pulmonaire et les macrophages pulmonaires. De plus, nous avons détecté du TMV dans le cytoplasme des macrophages murins jusqu'à 15 jours après inoculation. En résumé, nos résultats suggèrent que la frontière entre virus de plantes et virus d'animaux n'est pas aussi stricte qu'il est communément admis et incitent à ré-évaluer l'éventuel pathogénicité des phytovirus pour l'homme, particulièrement dans la perspective d'une utilisation vaccinale de virus de plantes recombinants

Detection and potential impact of Tobamovirus in humans

Un paradigme actuel en virologie est que les virus de plantes ne peuvent pas affecter les animaux vertébrés et ne sont pas pathogènes pour l'homme. Cependant, plusieurs éléments remettent en question ce paradigme. L'objectif de cette Thèse a été d'étudier si les tobamovirus peuvent être pathogènes chez l'homme. Ce manuscrit comprend :1) une revue de la littérature portant sur la présence et l'impact potentiel des virus de plantes chez les animaux dont l'homme. 2) une étude sur l'exposition humaine aux tobamovirus et les effets possibles Dans la région de Marseille, nous avons montré la présence du PMMoV dans 7.2% des selles de patients et dans 57 % des produits alimentaires à base de piment. De plus, la présence du PMMoV dans les selles de patients a pu être corrélée des signes cliniques. De plus, nous avons montré que le TMV infectieux était présent dans le tabac de toutes les cigarettes testées mais aussi dans 45 % des salives de fumeurs testées. 3) une étude in vivo. Suite à une inoculation intra-trachéal des souris avec du TMV, nous avons constaté que le virus persiste jusqu'à 14 jours dans le tissu pulmonaire et les macrophages pulmonaires. De plus, nous avons détecté du TMV dans le cytoplasme des macrophages murins jusqu'à 15 jours après inoculation. 4) une étude sur le mode de transmission du TMV à l'homme. Le TMV détecté dans la salive des fumeurs ne serait pas véhiculé par la fumée de cigarette, mais par contact avec du tabac infecté. Nos résultats suggèrent que la frontière entre virus de plantes et virus d'animaux n'est pas aussi stricte qu'il est communément admis et incitent à réévaluer l'éventuelle pathogénicité des phytovirus pour l'homme.A current paradigm in virology is that plant viruses cannot affect vertebrates and are not pathogenic for humans. However, several recent findings challenge this paradigm. The aim of this thesis was to investigate whether tobamoviruses may be pathogenic in humans. This manuscript contains: 1) A review of the literature of the reasons why plant viruses may cross the border from plants to vertebrates and the possible impact of plant viruses in animals including humans. 2) A study on exposure to tobamovirus and possible effects of these viruses for humans. In the Marseille geographical area, we showed the presence PMMoV in 7.2% of stools from patients tested and in 57% of food products containing hot peppers. In addition, the presence of PMMoV in the stools of patients could be significantly correlated with clinical symptoms. Then, we showed that infectious TMV was present in the tobacco of all cigarettes tested and TMV RNA was detected in 45% of smokers' saliva tested. 3) In vivo study: mice intra-tracheal inoculation with TMV. The results showed the persistence until 14 days of viruses in the lung tissue and in lung alveolar macrophages of mice. In addition, we detected TMV in the cytoplasm of murine macrophages up to 15 days after inoculation. 4) A study of TMV transmission to humans through cigarette smoking. TMV does not seem to be vehicled by cigarette smoke to smoker's saliva but by direct contact with infected tobacco. Our results suggest that the boundary between plant viruses and animal viruses is not as strict as it is commonly accepted and prompt to reassess the potential pathogenicity of these plant viruses for humans

Can Plant Viruses Cross the Kingdom Border and Be Pathogenic to Humans?

Phytoviruses are highly prevalent in plants worldwide, including vegetables and fruits. Humans, and more generally animals, are exposed daily to these viruses, among which several are extremely stable. It is currently accepted that a strict separation exists between plant and vertebrate viruses regarding their host range and pathogenicity, and plant viruses are believed to infect only plants. Accordingly, plant viruses are not considered to present potential pathogenicity to humans and other vertebrates. Notwithstanding these beliefs, there are many examples where phytoviruses circulate and propagate in insect vectors. Several issues are raised here that question if plant viruses might further cross the kingdom barrier to cause diseases in humans. Indeed, there is close relatedness between some plant and animal viruses, and almost identical gene repertoires. Moreover, plant viruses can be detected in non-human mammals and humans samples, and there are evidence of immune responses to plant viruses in invertebrates, non-human vertebrates and humans, and of the entry of plant viruses or their genomes into non-human mammal cells and bodies after experimental exposure. Overall, the question raised here is unresolved, and several data prompt the additional extensive study of the interactions between phytoviruses and non-human mammals and humans, and the potential of these viruses to cause diseases in humans

Identification des systèmes d’acquisition d’image adaptés au phénotypage des plantes et validation des algorithmes associés

Master 2 Electronique - Vision - Automatique (EVA) BAPEAGeapsiAgrosupil s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATIONMasterL’imagerie multispectrale est très utilisé en agronomie comme, par exemple, pour l'estimation des pigments foliaires. Mais les systèmes multispectraux traditionnels, comme multi-CCD/CMOS ou filtre rotatif, ont des limites propres. LCTF (Liquid-Crystal Tunable Filter) a certains avantages : plus de bandes qui sont configurés par programme en respectant une résolution spectrale plus précise (bande passante est plus étroite), et le temps de réponse court.Dans ce projet, nous développons une méthode de calibration et comparons les performances deLCTF et filtres classiques, en termes de transmittance et précision spectrale.Enfin nous avons développé une solution pour comparer les précisions spectrales et noustrouvons que la préision spectrale de LCTF est meilleure que les filtres classiques. Mais latransmittance est très faible, notamment pour les bandes du visible, où la transmittance maximumne dépasse pas 9.5%. Pour l'application au champ, il faudra utiliser une caméra dont le gain est plus élevé ou le temps d’exposition plus long afin d’augmenter le SNR des images