Eestis ringlevate HIV-1 CRF06_cpx ja tema rekombinantsete viiruste looduslikud polümorfismid ja ülekanduv ravimresistentsus

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone.Viimastel kümnenditel on HIV-1 infektsioon muutunud maailma üheks olulisemaks nakkushaiguseks. HIV-1 on väga mitmekesine jagunedes nelja gruppi (M, N, O ja P), millest grupp M on jaotatud 9 subtüübiks ja kümneteks rekombinantseteks vormideks. Põhimõtteline murrang HIV vastases ravis saavutati 1990ndate keskel, mil kasutusele võeti HAART – kombinatsioon kolmest või enamast antiretroviirus (ARV) ravimist, mis on suunatud vähemalt kahe erineva sihtmärgi vastu. Siiani on jäänud ARV ravi üheks olulisemaks probleemiks kiiresti kujunev ravimresistentsus (RR), mille tagajärjel on tõusnud ka ülekanduv RR. Lisaks on teadmata HIV-1 subtüüpide mõju RR tekkele. Eestis sai kontsentreeritud HIV epideemia alguse 2000. aastal kui hakkas kiirelt levima siiani Euroopas haruldane HIV-1 CRF06_cpx tüvi. Demograafiliselt on Eesti HIV epideemia sarnane Ida-Euroopa omale, kus nakatunuteks olid põhiliselt noored meessoost süstivad narkomaanid. Käesoleva töö eesmärk oli määrata: (i) Eestis levinud HIV-1 CRF06_cpx viiruse looduslikult levinud RR mutatsioonid peamiste ARV ravimite märklaud piirkondades (proteaas, revertaas ja integraas); (ii) ülekanduva RR määr vahetult peale intensiivse ARV alustamist; (iii) CRF06_cpx viirustüve mõju RR mutatsioonide kujunemisele. Töö käigus selgus, et: 1. Eesti HIV-1 CRF06_cpx viirustel ei esine loodulikke RR mutatsioone ei PR, RT ega IN piirkondades, mis näitab, et need viirused on tundlikud kõigile laialtlevinud ARV ravimitele. Samas leiti, et Eesti HIV-1 CRF06_cpx viirusel esinevad mitmed looduslikud polümorfismis PR ja IN piirkonnas. 2. Ülekandunud RR oli 2008. aastaks tõusnud 5,5%. Nimetatud tase on piiriks, kust alates rahvusvahelised ravijuhised soovitavad HIV-1 genotüüpilist RR testi. 3. RR mutatsioonid Eesti CRF06_cpx ravikogemusega viirustel sarnanevad subtüüp B viirustega, viidates nimetatud viiruste sarnasele ravivastusele laiemalt kasutaud ARV ravirežiimide korral.During the last decades HIV-1 infection has emerged as one of the most important infection diseases. Based on HIV-1 diversity these viruses can be divided into four groups (M, N, O and P) from which group M contains 9 subtypes and tens of recombinant forms. Breakthrough in HIV treatment took place in mid-1990s when HAART was introduced. It contains the combination of three or more antiretroviral (ARV) agents against at least two different targets. The major problem in HIV treatment is emerging drug resistance (DR) and due to that also the increasing number of transmitted DR. Additionally, the influence of HIV-1 subtypes on DR is unknown. In Estonia the concentrated HIV epidemic burst in year 2000 when rare recombinant CRF06_cpx was introduced into the population of mainly young male intravenous drug users. The aim of current study was to determine: (i) natural DR mutations of HIV-1 CRF06_cpx in main ARV agents target regions (protease, revertase and integrase); (ii) the level of transmitted DR; (iii) the influence of CRF06_cpx on the development of DR mutations. Current study revealed that: 1. Estonian CRF06_cpx viruses do not possess natural DR mutations in PR, RT and IN regions indicating that these viruses are susceptible to all main ARV classes. However, Estonian HIV-1 CRF06_cpx viruses possess several naturally occurring polymorphisms in PR and IN region. 2. In 2008 the level of transmitted DR has been raised to 5.5% which is the threshold for the pretreatment HIV genotypic DR testing by the international HIV treatment guidelines. 3. The pattern of treatment experienced HIV-1 CRF06_cpx viruses are comparable to that seen in subtype B viruses suggesting their similar response to the most widely used ARV therapies

UNAIDSi kriteeriumid HIV-infektsiooni monitoorimiseks: olukord Eestis 2017. aastal E-HIVi põhjal

Inimese immuunpuudulikkuse viiruse (HIV) epideemia ülemaailmseks likvideerimiseks on Ühinenud Rahvaste Organisatsioon (ÜRO) seadnud 2020. aastaks 90 : 90 : 90 eesmärgi, mis tähendab, et kõigist HIVga nakatunutest oleksid teada 90%, neist 90% saaksid retroviirusvastast (ARV) ravi ning viimastest 90%-l oleks HIVi koormus veres (VK) alla määratavuse piiri. Eesmärk. Kirjeldada Eesti olukorda 90 : 90 : 90 eesmärgi saavutamisel 2017. aastal kahe viimase kriteeriumi osas ning teha kindlaks viiruse supressiooni mõjutavad tegurid. Meetodid. Eesti HIV-positiivsete andmekogus E-HIV analüüsiti 2017. aasta 1. oktoobri seisuga ARV-ravi saavaid elus olevad isikud. Viiruse supressioon on esitatud minimaalse (kõik ARV-ravi saajad) ja maksimaalse (ARV-ravi saanud üle 6 kuu ja VK olemasolu 18 kuu jooksul) ravitoimega haigete rühmana. Isikud, kelle kohta andmed puudusid, liigitati esimeses rühmas ebaõnnestunud ravi saajate hulka ja teises eemaldati analüüsist. Ravi õnnestumiseks peeti viiruskoormust alla 1000 viiruskoopia 1 ml-s vereplasmas. Tulemused. E-HIVi sisestatud 4870 isikust oli elus 4300 (suremus 11,7%), ARV-ravi sai 3985 (92,7%; teine 90% kriteerium) ja 2937 (68,3%) kuulus maksimaalse ravitoimega haigete rühma. Viiruse täieliku supressiooni (viiruskoormus alla 100 viiruskoopia/ml) saavutas 2218 (56% minimaalse ja 76% maksimaalse ravitoime rühmast) ning osalise (viiruskoormus 100–1000 viiruskoopiat/ml) 274 isikut. Seega õnnestus ravi (viiruskoormus vähem kui 1000 viirukoopiat/ml) 63%-l minimaalse ning 85%-l maksimaalse toime ravirühmast. Viiruse supressiooni mittesaavutanud olid sagedamini ravil Ida-Virumaal, C-hepatiidi viirusega patsiendid, alustanud ARV-ravi enne 2014. aastat, neil oli väiksem CD4+ rakkude arv ja suurem viiruskoormus veres ARV-ravi alustamisel. Järeldused. Eestis oli 2017. aastaks ÜRO 90 : 90 : 90 teine kriteerium täielikult saavutatud ning kolmanda kriteeriumi saavutamisele ollakse pidevalt ravi saavate isikute hulgas lähedal. Edasised tegevused peavad olema suunatud HIV-positiivsete isikute varajasele avastamisele, nende meditsiinilise järelevalve püsimisele ja ühtlase meditsiiniabi tagamisele kogu Eestis

Geographic and temporal trends in the molecular epidemiology and genetic mechanisms of transmitted HIV-1 drug resistance:an individual-patient- and sequence-level meta-analysis

Regional and subtype-specific mutational patterns of HIV-1 transmitted drug resistance (TDR) are essential for informing first-line antiretroviral (ARV) therapy guidelines and designing diagnostic assays for use in regions where standard genotypic resistance testing is not affordable. We sought to understand the molecular epidemiology of TDR and to identify the HIV-1 drug-resistance mutations responsible for TDR in different regions and virus subtypes.status: publishe

Dynamics of hepatitis C epidemic among people living with HIV in Estonia based on Estonian HIV cohort study

Materials to Dynamics of hepatitis C epidemic among people living with HIV in Estonia based on Estonian HIV cohort stud