Structural and functional analysis of Zika Virus NS5 protein

[eng] Zika virus (ZIKV) belongs to the Flaviviridae family and constitute an important public health concern since ZIKV infection produced devastating effects in new born infants. Flaviviruses present a positive sense single stranded RNA genome flanked by highly structured untranslated regions (UTR) carrying one open reading frame that codifies for three structural proteins (C, prM, E) and five nonstructural proteins (NS1-5). At the most C-terminal end, NS5 protein carries a RNA dependent RNA polymerase (RdRP) and a methyl transferase domain (MTase) for genome copying and 5’ capping activities of the newly synthesized RNA, respectively. Given the crucial role of this enzyme for viral replication, NS5 constitutes an attractive antiviral target to inhibit viral replication. In this study, we determined the structure of the ZIKV NS5 protein using X-Ray crystallography combined with several structural biology approaches to characterize the supramolecular arrangement of the ZIKV NS5 protein. We identified the monomer-monomer and dimer-diner interactions to form fibril-like structures, and evaluated the role of oligomer formation, using in-vitro polymerization assays. We also evaluated the in-vivo effect of NS5-oligomerisation in chicken embryos, stablishing a connection between this protein and microcephaly. One of the most important RNA structures present at the 5’UTR of flavivirus genomes is the 5SLA. This structure was identified previously to bind the NS5 protein, acting as a promoter and being essential for viral replication. We assayed and optimized the NS5-5SLA complex stability using biophysical and biochemical techniques and determined the structure of the complex by single particle cryo-EM. Comparisons between the NS5-5SLA complex and the NS5 crystallographic structure revealed for the first time in flavivirus, important conformational changes in the NS5 RdRP. We identified the residues involved in complex formation and characterized the effect of this binding on NS5 polymerization, shedding new light on the understanding of replication mechanisms in flaviviruses.[spa] El virus Zika (ZIKV) pertenece a la familia Flaviviridae y constituye una amenaza para la salud pública, especialmente debido a las malformaciones provocadas en neonatos. Los flavivirus presentan un genoma RNA de simple cadena con polaridad positiva, flanqueado por regiones no traducidas (UTR) que presentan una elevada estructura secundaria, seguido de una región codificante para una única poliproteína que por proteólisis dará lugar a tres proteínas estructurales (C, prM, E) y cinco proteinas no estructurales (NS1-5). En el extremo C-terminal se encuentra la proteina NS5 que presenta actividad ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRP) y un dominio metil-transferasa (MTase) para copiar el genoma y añadir una caperuza al extremo 5’ del nuevo ARN sintetizado, respectivamente. Dado el papel crucial de este enzima en la replicación viral, la proteina NS5 constituye una diana antiviral muy atractiva para inhibir la replicación del virus. En este estudio, determinamos la estructura de la proteína NS5 de ZIKV, usando cristalografía de Rayos-X combinada con diferentes técnicas biofísicas para caracterizar la organización supramolecular de la proteína. Identificamos las interacciones monomero-monomero y dimero-dimero para caracterizar las estructuras fibrilares de la proteína y evaluamos los efectos de la dimerización en la actividad polimerasa in-vitro. También evaluamos los efectos de la oligomerización de NS5 in-vivo en embriones de pollo, estableciendo una conexión entre esta proteína y la aparición de microcefalia en fetos infectados. Una de las estructuras de ARN más importantes presentes en el 5’UTR del genoma de los flavivirus es el 5SLA. Previamente se describió que esta estructura se unía a NS5 y actuaba como un promotor, siendo ademas esencial para la replicación viral. Medimos y optimizamos la estabilidad del complejo NS5-5SLA mediante técnicas biofísicas y bioquímicas y determinamos la estructura del complejo mediante cryo-EM. Las comparaciones entre la estructura cristalográfica y cryo-EM de NS5 revelaron, por primera vez en flavivirus, cambios conformacionales importantes en el dominio RdRP. Identificamos los residuos implicados en la formación del complejo y caracterizamos el efecto de la unión de NS5 a 5SLA sobre su actividad polimerasa. Estos resultados arrojan nueva luz para entender los mecanismos de replicación en los flavivirus

Programa de Anatomía Comparada

Programa Analítico del curso de Anatomía Comparada, correspondiente al Segundo Año de la Carrera de Medicina Veterinaria de la Facultad de Ciencias Veterinarias de la Universidad Nacional de La Plata.Dado que no se cuenta con la fecha de aprobación y publicación por el Honorable Consejo Directivo, se asigna la fecha de su primer ciclo lectivo: 1° de marzo de 1939.Facultad de Ciencias Veterinaria

Aplicación de la Guía del PMBOK para la gestión de un proyecto de E-Commerce de una Organización No Gubernamental

El autor no autorizó la publicación de la tesis

Diseño y construcción de un equipo enfriador de agua tratada de una capacidad de 50 galones /

En el campo de la refrigeración los equipos enfriadores de agua constituyen uno de los mejores medios para satisfacer una de las necesidades del ser humano como es el de saciar la sed. Estos equipos prestan un gran servicio en colegios, universidades y empresas industriales, para que las personas que se encuentren dentro de sus instalaciones se sientan cómodas disfrutando de dicho servicio. Durante el desarrollo de ampliación de la sede externa de la Corporación Universitaria Tecnológica de Bolívar se han presentado oportunidades para los estudiantes en la realización de proyectos con temas como ampliación y sistematización de laboratorios tanto de eléctricas como de mecánicas, montajes de equipos industriales como compresores de aire, generación de energía eólica y equipos de refrigeración, etc. Que se ponen al servicio de la universidad para una mejor educación en el campo de la practica.Incluye bibliografía, anexo

Evidence of shared bovine viral diarrhea infections between red deer and extensively raised cattle in south-central Spain

Bovine viral diarrhea virus (BVDV) is a pestivirus that affects cattle production worldwide and that can infect other ungulates such as cervids and even wild boar (Sus scrofa). It is believed that domestic livestock can become infected through contact with wild animals, though it is known that infection can spread among wild animals in the absence of contact with livestock. Little is known about the sharing of BVDV infection between wild and domestic animals in the same habitat, which is important for designing eradication campaigns and preventing outbreaks, especially on hunting estates with high animal densities

A Sensor-Based Methodology to Differentiate Pure and Mixed White Tequilas Based on Fused Infrared Spectra and Multivariate Data Treatment

[Abstract]: Mexican Tequila is one of the most demanded import spirits in Europe. Its fast-raising worldwide request makes counterfeiting a profitable activity affecting both consumers and legal distillers. In this paper, a sensor-based methodology based on a combination of infrared measurements (IR) and multivariate data analysis (MVA) is presented. The case study is about differentiating two categories of white Tequila: pure Tequila (or ‘100% agave’) and mixed Tequila (or simply, Tequila). The IR spectra were treated and fused with a low-level approach. Exploratory data analysis was performed using PCA and partial least squares (PLS), whilst the authentication analyses were carried out with PLS-discriminant analysis (DA) and soft independent modeling for class analogy (SIMCA) models. Results demonstrated that data fusion of IR spectra enhanced the outcomes of the authentication models capable of differentiating pure from mixed Tequilas. In fact, PLS-DA presented the best results which correctly classified all fifteen commercial validation samples. The methodology thus presented is fast, cheap, and of simple application in the Tequila industry.Universidad Nacional Autónoma de México; PIAPI 2042Universidad Nacional Autónoma de México; PAPIIT IT20091

Cómo enseñar y aprender diseño durante la pandemia y no sucumbir en el intento

El trimestre 20-I en que inició el Programa Emergente de Enseñanza Remota (PEER), concebido desde el Colegio Académico de la Universidad Autónoma Metropolitana (UAM) a consecuencia del confinamiento por la pandemia de COVID-19 del año 2020, con los retos y desafíos que implicó, motivó al grupo de las y los profesores que imparten las unidades de enseñanza-aprendizaje (UEAs) Diseño de Mensajes Gráficos VII (Sistemas de Signos de Orientación en Espacios) y Teoría y Metodología Aplicada IV (Apoyo a Diseño de Mensajes Gráficos VII) de noveno trimestre de la licenciatura de Diseño de la Comunicación Gráfica, a conformarse como un grupo colaborativo, que en conjunto ayudaría a planear y organizar cursos en línea durante ese trimestre. Realizar dicho trabajo colegiado nos permitió fortalecer nuestro desempeño docente y avanzar sin sucumbir en el intento. Cinco profesores del turno matutino y vespertino, con voluntad y el mejor ánimo, unieron sus esfuerzos y desarrollaron cursos en un trimestre inédito, que promovió la actividad académica colegiada. Con exposiciones en conjunto, planeación de proyectos similares y la resolución de un proyecto real, obteniendo de esta manera que el trabajo de las casi cien alumnas y alumnos de los primeros cursos de Señalética Online en el marco del PEER consolidaran un trimestre productivo, con arduo trabajo colaborativo y totalmente satisfactorio para ambas partes

Noninvasive early detection of colorectal cancer by hypermethylation of the LINC00473 promoter in plasma cell-free DNA

Background Current noninvasive assays have limitations in the early detection of colorectal cancer. We evaluated the clinical utility of promoter methylation of the long noncoding RNA LINC00473 as a noninvasive biomarker to detect colorectal cancer and associated precancerous lesions. Methods We evaluated the epigenetic regulation of LINC00473 through promoter hypermethylation in colorectal cancer cell lines using bisulfite genomic sequencing and expression analyses. DNA methylation of LINC00473 was analyzed in primary colorectal tumors using 450K arrays and RNA-seq from The Cancer Genome Atlas (TCGA). Tissue-based findings were validated in several independent cohorts of colorectal cancer and advanced colorectal polyp patients by pyrosequencing. We explored the clinical utility of LINC00473 methylation for the early detection of colorectal cancer in plasma cell-free DNA by quantitative methylation-specific PCR and droplet digital PCR. Results LINC00473 showed transcriptionally silencing due to promoter hypermethylation in colorectal cancer cell lines and primary tumors. Methylation of the LINC00473 promoter accurately detected primary colorectal tumors in two independent clinical cohorts, with areas under the receiver operating characteristic curves (AUCs) of 0.94 and 0.89. This biomarker also identified advanced colorectal polyps from two other tissue-based clinical cohorts with high diagnostic accuracy (AUCs of 0.99 and 0.78). Finally, methylation analysis of the LINC00473 promoter in plasma cell-free DNA accurately identified patients with colorectal cancer and advanced colorectal polyps (AUCs of 0.88 and 0.84, respectively), which was confirmed in an independent cohort of patients. Conclusions Hypermethylation of the LINC00473 promoter is a new promising biomarker for noninvasive early detection of colorectal cancer and related precancerous lesions

Memorias : Coloquio Vida Cotidiana y Diseño

1 archivo PDF (259 páginas)Memorias del coloquio realizado en noviembre de 2007 en las instalaciones de la UAM Azcapotzalco en donde la temática, incluyó investigaciones variadas que iban desde utensilios para comer hasta las librerías y vecindades en el siglo XIX, pasando por el diseño japonés, empaques y embalajes, cooperativas y la España Musulmana, todo esto relacionado con la vida cotidiana ya que dicho concepto está modificando la manera en que los científicos sociales se acercan a la realidad