Structural and functional analysis of Zika Virus NS5 protein

[eng] Zika virus (ZIKV) belongs to the Flaviviridae family and constitute an important public health concern since ZIKV infection produced devastating effects in new born infants. Flaviviruses present a positive sense single stranded RNA genome flanked by highly structured untranslated regions (UTR) carrying one open reading frame that codifies for three structural proteins (C, prM, E) and five nonstructural proteins (NS1-5). At the most C-terminal end, NS5 protein carries a RNA dependent RNA polymerase (RdRP) and a methyl transferase domain (MTase) for genome copying and 5’ capping activities of the newly synthesized RNA, respectively. Given the crucial role of this enzyme for viral replication, NS5 constitutes an attractive antiviral target to inhibit viral replication. In this study, we determined the structure of the ZIKV NS5 protein using X-Ray crystallography combined with several structural biology approaches to characterize the supramolecular arrangement of the ZIKV NS5 protein. We identified the monomer-monomer and dimer-diner interactions to form fibril-like structures, and evaluated the role of oligomer formation, using in-vitro polymerization assays. We also evaluated the in-vivo effect of NS5-oligomerisation in chicken embryos, stablishing a connection between this protein and microcephaly. One of the most important RNA structures present at the 5’UTR of flavivirus genomes is the 5SLA. This structure was identified previously to bind the NS5 protein, acting as a promoter and being essential for viral replication. We assayed and optimized the NS5-5SLA complex stability using biophysical and biochemical techniques and determined the structure of the complex by single particle cryo-EM. Comparisons between the NS5-5SLA complex and the NS5 crystallographic structure revealed for the first time in flavivirus, important conformational changes in the NS5 RdRP. We identified the residues involved in complex formation and characterized the effect of this binding on NS5 polymerization, shedding new light on the understanding of replication mechanisms in flaviviruses.[spa] El virus Zika (ZIKV) pertenece a la familia Flaviviridae y constituye una amenaza para la salud pública, especialmente debido a las malformaciones provocadas en neonatos. Los flavivirus presentan un genoma RNA de simple cadena con polaridad positiva, flanqueado por regiones no traducidas (UTR) que presentan una elevada estructura secundaria, seguido de una región codificante para una única poliproteína que por proteólisis dará lugar a tres proteínas estructurales (C, prM, E) y cinco proteinas no estructurales (NS1-5). En el extremo C-terminal se encuentra la proteina NS5 que presenta actividad ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRP) y un dominio metil-transferasa (MTase) para copiar el genoma y añadir una caperuza al extremo 5’ del nuevo ARN sintetizado, respectivamente. Dado el papel crucial de este enzima en la replicación viral, la proteina NS5 constituye una diana antiviral muy atractiva para inhibir la replicación del virus. En este estudio, determinamos la estructura de la proteína NS5 de ZIKV, usando cristalografía de Rayos-X combinada con diferentes técnicas biofísicas para caracterizar la organización supramolecular de la proteína. Identificamos las interacciones monomero-monomero y dimero-dimero para caracterizar las estructuras fibrilares de la proteína y evaluamos los efectos de la dimerización en la actividad polimerasa in-vitro. También evaluamos los efectos de la oligomerización de NS5 in-vivo en embriones de pollo, estableciendo una conexión entre esta proteína y la aparición de microcefalia en fetos infectados. Una de las estructuras de ARN más importantes presentes en el 5’UTR del genoma de los flavivirus es el 5SLA. Previamente se describió que esta estructura se unía a NS5 y actuaba como un promotor, siendo ademas esencial para la replicación viral. Medimos y optimizamos la estabilidad del complejo NS5-5SLA mediante técnicas biofísicas y bioquímicas y determinamos la estructura del complejo mediante cryo-EM. Las comparaciones entre la estructura cristalográfica y cryo-EM de NS5 revelaron, por primera vez en flavivirus, cambios conformacionales importantes en el dominio RdRP. Identificamos los residuos implicados en la formación del complejo y caracterizamos el efecto de la unión de NS5 a 5SLA sobre su actividad polimerasa. Estos resultados arrojan nueva luz para entender los mecanismos de replicación en los flavivirus

CFD Modeling and Validation of Blast Furnace Gas/Natural Gas Mixture Combustion in an Experimental Industrial Furnace

The use of residual gases from steel production processes as fuel for steel treatment furnaces has attracted great interest as a method for reducing fossil fuel consumption and the steel footprint. However, these gases often have a low calorific value, and a direct substitution can lead to low temperatures or combustion instability issues. CFD simulations of the combustion of these gases can help steel producers forecast the results of the substitution before real testing and implementation. In this study, a CFD model of an industrial experimental furnace in the steel sector is developed and validated. The results are calculated using the combustion, radiation, and heat transfer models included in the software Ansys Fluent. The validation of the simulated results is performed with data acquired from experimental tests under the same simulated conditions at three air-to-fuel equivalence ratios, which vary from an excess of 0% to an excess of 5% oxygen at the outlet. The model is adjusted to the results, capturing the trends of the measured physical variables and pollutant concentrations. In the case of the combustion temperature, the differences between the simulated and measured values vary from 0.03% to 6.9. Based on the simulation results, the use of blast furnace gas as fuel produces temperatures inside the chamber between 1004 °C and 1075 °C and high stream velocities because of the high flow needed to keep the power constant. Flames exhibit straight movements since the high flows absorb the effect of the swirling flames. The addition of natural gases increases the combustion temperature up to 1211 °C and reduces the flow and length of the flames. Finally, temperatures up to 1298 °C and shorter flames are reached with natural gas enriched with a stream of oxygen, but in this case, NOx emissions need to be controlled

Estudio de aislados no patogénicos de Fusarium oxysporum para el control biológico de patógenos fúngicos oportunistas

Los hongos oportunistas afectan numerosas especies vegetales tanto en los cultivos como en productos almacenados. Este tipo de enfermedades son muy difíciles de combatir mediante el empleo de fitosanitarios. La aplicación de los mismos se encuentra muy limitada y es especialmente importante en productos destinados a consumo. Por ello, en el presente estudio planteamos el control biológico como alternativa. Para conseguir este objetivo, trabajamos con siete aislados no patogénicos de Fusarium oxysporum. Estos aislados son aislados de crecimiento saprofito asociados a cultivos de judía y que han probado su eficiencia en control de la fusarosis vascular tanto de judía como en planta de tabaco. Por ello se han planteado evaluar su espectro de acción frente a otro tipo de patógenos para su posible uso como agentes de control biológico. Siguiendo la experiencia de trabajos anteriores se ha evaluado la competencia de estos aislados tanto en medio artificial (PDA) como sobre sustrato vegetal (semillas de judía y naranja). Del mismo modo se ha comprobado la posible producción de sustancias de carácter antibiótico mediante el estudio de la inhibición de la germinación de esporas de los patógenos. Como conclusión no es aconsejable usar estos aislados no patogénicos porque producen efectos sinérgicos.Departamento de Ingeniería Agrícola y ForestalMáster en Ingeniería Agronómic

USO DE DIFERENTES ASOCIACIONES VEGETALES POR LAGOMORFOS EN MAPIMÍ, DURANGO, MÉXICO

This study shows that there is a spatial segregation of lagomorphs (Sylvilagus audubonii and Lepus californicus) due to a differential use of vegetation associations in Mapimí (Durango, Mexico), which could contribute to their coexistence in this reserve. Debido principalmente a estrategia

Agentes de fermentación y crianza de los mostos y vinos de Montilla y los Moriles

Tesis inédita de la Universidad de Madrid, Facultad de Ciencias, leída el 21-05-1962.Universidad de MadridTRUEProQuestpu

Programa de Anatomía Comparada

Programa Analítico del curso de Anatomía Comparada, correspondiente al Segundo Año de la Carrera de Medicina Veterinaria de la Facultad de Ciencias Veterinarias de la Universidad Nacional de La Plata.Dado que no se cuenta con la fecha de aprobación y publicación por el Honorable Consejo Directivo, se asigna la fecha de su primer ciclo lectivo: 1° de marzo de 1939.Facultad de Ciencias Veterinaria

Uniform Distributed Pushdown Automata Systems.

We consider here uniform distributed pushdown automata systems (UDPAS), namely distributed pushdown automata systems having all components identical pushdown automata. We consider here just a single protocol for activating/deactivating components, namely a component stays active as long as it can perform moves, as well as two ways of accepting the input word: by empty stacks (all components have empty stacks) or by final states (all components are in final states), when the input word is completely read. We mainly investigate the computational power of UDPAS accepting by empty stacks and a few decidability and closure properties of the families of languages they define. Some directions for further work and open problems are also discussed

Networks of Polarized Evolutionary Processors as Problem Solvers.

In this paper, we propose a solution to an NP-complete problem, namely the "3-colorability problem", based on a network of polarized processors. Our solution is uniform and time efficient

Effect of graphene on the fracture behaviour of 3D printed PLA SENB specimens

ABSTRACT: This paper analyses the effect of graphene addition on the fracture behaviour of 3D printed PLA SENB specimens containing crack-like defects. The addition of graphene is assumed to improve the tensile behaviour of 3D printed PLA material, but the integrity of structural components strongly depends on the material fracture resistance. Tensile and fracture SENB specimens have been tested with different raster orientations (0/90, 30/-60 and 45/-45), showing that the effect of graphene addition (1 wt. %) is very sensitive to the raster orientation: this effect is significant for raster orientation 45/-45 and very limited for 0/90 (with 30/-60 providing intermediate results).The authors of this work would like to express their gratitude to the Spanish Ministry of Science and Innovation for the financial support of the project PGC2018-095400-B-I00 “Comportamiento en fractura de materiales compuestos nano-reforzados con defectos tipo entalla”

Estudio estratégico y de mercado para el proyecto de prefactibilidad para la implementación de una planta de producción y comercialización de macerados de camu camu y maracuyá con pisco

En el presente estudio de prefactibilidad se realizó el estudio estratégico, de mercado y análisis de insumos para la implementación de un planta productora y distribuidora de macerados de maracuyá y camu camu con pisco, para el mercado de Lima moderna y enfocada en los niveles socioeconómicos A y B, detallado en tres capítulos. En el primero se presenta el estudio estratégico, en el segundo el estudio de mercado y finalmente en el tercero se brinda un análisis de los insumos que este requiere. En el estudio estratégico, se analiza el macroentorno, en la cual se analizan los factores políticos, económicos, socioculturales, tecnológicos, ecológicos y legales, las cuales concluyen que el mercado peruano se posiciona como un mercado arriesgado, pero es posible invertir para el 2021. Por otro lado, también se analiza el microentorno, para ello se utiliza como herramienta el análisis de las fuerzas de Porter, donde la información recopilada e investigada indica que el mercado para los macerados es óptimo dado que se cuenta con competidores no industrializados, proveedores diversos que brindarían insumos de calidad y clientes con facilidad de pago y que desean probar una nueva bebida alcohólica. El análisis del entorno permitió realizar el análisis FODA, donde se identificaron y cuantificaron las estrategias planteadas, además, permitió determinar la estrategia genérica que utilizará el proyecto, la cual sería una diferenciación focalizada. Luego de ello se presentan los objetivos del proyecto, además de su visión y misión. En el estudio de mercado, inicia con la investigación sobre el mercado de bebidas alcohólicas, en específico en el sector de macerados, donde se identificaron a los principales integrantes como competidores, proveedores, clientes y producto. Con respecto a los competidores se confirma que la gran parte es informal y que estos producen de manera artesanal; asimismo, con la información recopilada por fuentes secundarias permitieron calcular la oferta de producción formal de macerados. Con respecto a los clientes y usuarios se investigaron sus preferencias y necesidades por medio de información primaria (encuestas) lo cual permitió definir el producto a desarrollar. Asimismo, confirmar la existencia de una demanda insatisfecha para los macerados y permitió conocer la cantidad de macerados que el público objetivo estaría dispuesto a comprar durante el horizonte del proyecto. Con respecto a la investigación de los competidores indirectos permitieron definir la estrategia comercial del producto, determinando estrategias como el sampling en supermercados, campañas publicitarias en redes sociales y televisión. Además de realizar promociones en fechas festivas y de apertura del proyecto. Adicionalmente, la investigación a los proveedores permitió definir las políticas comerciales y los canales de venta. Finalmente, se analiza el impacto de la adquisición de los insumos para el proyecto, para ello se recabó información de los principales insumos del proyecto como el pisco, maracuyá y camu camu; concluyendo que existe disponibilidad de estos insumos para poder desarrollar el proyecto