Replication Fork Polarity Gradients Revealed by Megabase-Sized U-Shaped Replication Timing Domains in Human Cell Lines

In higher eukaryotes, replication program specification in different cell types remains to be fully understood. We show for seven human cell lines that about half of the genome is divided in domains that display a characteristic U-shaped replication timing profile with early initiation zones at borders and late replication at centers. Significant overlap is observed between U-domains of different cell lines and also with germline replication domains exhibiting a N-shaped nucleotide compositional skew. From the demonstration that the average fork polarity is directly reflected by both the compositional skew and the derivative of the replication timing profile, we argue that the fact that this derivative displays a N-shape in U-domains sustains the existence of large-scale gradients of replication fork polarity in somatic and germline cells. Analysis of chromatin interaction (Hi-C) and chromatin marker data reveals that U-domains correspond to high-order chromatin structural units. We discuss possible models for replication origin activation within U/N-domains. The compartmentalization of the genome into replication U/N-domains provides new insights on the organization of the replication program in the human genome

Global prevalence and genotype distribution of hepatitis C virus infection in 2015 : A modelling study

Publisher Copyright: © 2017 Elsevier LtdBackground The 69th World Health Assembly approved the Global Health Sector Strategy to eliminate hepatitis C virus (HCV) infection by 2030, which can become a reality with the recent launch of direct acting antiviral therapies. Reliable disease burden estimates are required for national strategies. This analysis estimates the global prevalence of viraemic HCV at the end of 2015, an update of—and expansion on—the 2014 analysis, which reported 80 million (95% CI 64–103) viraemic infections in 2013. Methods We developed country-level disease burden models following a systematic review of HCV prevalence (number of studies, n=6754) and genotype (n=11 342) studies published after 2013. A Delphi process was used to gain country expert consensus and validate inputs. Published estimates alone were used for countries where expert panel meetings could not be scheduled. Global prevalence was estimated using regional averages for countries without data. Findings Models were built for 100 countries, 59 of which were approved by country experts, with the remaining 41 estimated using published data alone. The remaining countries had insufficient data to create a model. The global prevalence of viraemic HCV is estimated to be 1·0% (95% uncertainty interval 0·8–1·1) in 2015, corresponding to 71·1 million (62·5–79·4) viraemic infections. Genotypes 1 and 3 were the most common cause of infections (44% and 25%, respectively). Interpretation The global estimate of viraemic infections is lower than previous estimates, largely due to more recent (lower) prevalence estimates in Africa. Additionally, increased mortality due to liver-related causes and an ageing population may have contributed to a reduction in infections. Funding John C Martin Foundation.publishersversionPeer reviewe

The SIB Swiss Institute of Bioinformatics' resources: focus on curated databases

The SIB Swiss Institute of Bioinformatics (www.isb-sib.ch) provides world-class bioinformatics databases, software tools, services and training to the international life science community in academia and industry. These solutions allow life scientists to turn the exponentially growing amount of data into knowledge. Here, we provide an overview of SIB's resources and competence areas, with a strong focus on curated databases and SIB's most popular and widely used resources. In particular, SIB's Bioinformatics resource portal ExPASy features over 150 resources, including UniProtKB/Swiss-Prot, ENZYME, PROSITE, neXtProt, STRING, UniCarbKB, SugarBindDB, SwissRegulon, EPD, arrayMap, Bgee, SWISS-MODEL Repository, OMA, OrthoDB and other databases, which are briefly described in this article

Renvoi au comité militaire des adresses du régiment Royal-Marine et La Reine des Dragons, lors de la séance du 1er juillet 1790

Leleu de la Ville au Bois Claude-Antoine. Renvoi au comité militaire des adresses du régiment Royal-Marine et La Reine des Dragons, lors de la séance du 1er juillet 1790. In: Archives Parlementaires de 1787 à 1860 - Première série (1787-1799) Tome XVI - Du 31 mai au 8 juillet 1790. Paris : Librairie Administrative P. Dupont, 1883. p. 602

Déclaration de divers ecclésiastiques du diocèse de Paris au sujet de la constitution civile du clergé, lors de la séance du 7 janvier 1791

Leleu de la Ville au Bois Claude Antoine. Déclaration de divers ecclésiastiques du diocèse de Paris au sujet de la constitution civile du clergé, lors de la séance du 7 janvier 1791. In: Archives Parlementaires de 1787 à 1860 - Première série (1787-1799) Tome XXII - Du 3 janvier au 5 février 1791. Paris : Librairie Administrative P. Dupont, 1885. p. 52

Décret concernant une saisie de piastres à Cavalaire, lors de la séance du 10 février 1791

Leleu de la Ville au Bois Claude Antoine. Décret concernant une saisie de piastres à Cavalaire, lors de la séance du 10 février 1791. In: Archives Parlementaires de 1787 à 1860 - Première série (1787-1799) Tome XXIII - Du 6 février 1791 au 9 mars 1791. Paris : Librairie Administrative P. Dupont, 1886. p. 112

Lettre de la Société des amis de la Constitution monarchique, lors de la séance du 27 janvier 1791

Leleu de la Ville au Bois Claude-Antoine. Lettre de la Société des amis de la Constitution monarchique, lors de la séance du 27 janvier 1791. In: Archives Parlementaires de 1787 à 1860 - Première série (1787-1799) Tome XXII - Du 3 janvier au 5 février 1791. Paris : Librairie Administrative P. Dupont, 1885. p. 506

Lecture par M. Leleu de La Ville-aux-Bois d’une adresse du directoire du département de l'Aisne, lors de la séance du 6 août 1791

Leleu de la Ville au Bois Claude-Antoine. Lecture par M. Leleu de La Ville-aux-Bois d’une adresse du directoire du département de l'Aisne, lors de la séance du 6 août 1791. In: Archives Parlementaires de 1787 à 1860 - Première série (1787-1799) Tome XXIX - Du 29 juillet au 27 août 1791. Paris : Librairie Administrative P. Dupont, 1888. pp. 235-236

Motion de M. Leleu de la Ville-aux-Bois sur le régiment des dragons de la reine, lors de la séance du 19 juin 1790

Leleu de la Ville au Bois Claude-Antoine. Motion de M. Leleu de la Ville-aux-Bois sur le régiment des dragons de la reine, lors de la séance du 19 juin 1790. In: Archives Parlementaires de 1787 à 1860 - Première série (1787-1799) Tome XVI - Du 31 mai au 8 juillet 1790. Paris : Librairie Administrative P. Dupont, 1883. p. 365

Lettre de la Société des amis de la Constitution monarchique, lors de la séance du 27 janvier 1791

Leleu de la Ville au Bois Claude Antoine. Lettre de la Société des amis de la Constitution monarchique, lors de la séance du 27 janvier 1791. In: Archives Parlementaires de 1787 à 1860 - Première série (1787-1799) Tome XXII - Du 3 janvier au 5 février 1791. Paris : Librairie Administrative P. Dupont, 1885. p. 506