Análisis filogenético del virus del chikungunya en Colombia: evidencia de selección purificadora en el gen E1

Introduction: Chikungunya virus (CHIKV) is a single-stranded positive sense RNA virus that belongs to the Alphavirus genus of the family Togaviridae. Its genome is 11.8 kb in length, and three genotypes have been identified worldwide: Asian, East/Central/South African (ECSA) and West African. Chikungunya fever is an acute febrile disease transmitted by Aedes spp. that usually presents with polyarthralgia and cutaneous eruption. Following introduction of the virus to the Americas in 2013, the first cases in Colombia occurred in September of 2014, and they reached a cumulative total of 399,932 cases by June of 2015. Objective: To identify the genotype or genotypes responsible for the current epidemic in Colombia and to describe the genetic variability of the virus in the country. Materials and methods: Serum samples from patients presenting with symptoms compatible with Chikungunya fever during 2014-2015 were selected for the study. RT-PCR products of the E1 gene from these samples were used for sequencing and subsequent phylogenetic and adaptive evolution analyses. Results: The study identified only the presence of the Asian genotype in Colombia. Comparing the Colombian sequences with other sequences from the Americas revealed an average of 0.001 base substitutions per site, with 99.7% and 99.9% nucleotide identity and 99.9% amino acid identity. The adaptive evolution analysis indicated that the E1 gene is under strong purifying selection. Conclusions: The first epidemic of Chikunguya fever in Colombia was caused by the circulation of the virus Asian genotype. Further genotypic surveillance of the virus in Colombia is required to detect possible changes in its epidemiology, fitness and pathogenicity.Introducción. El virus del chikungunya, perteneciente al género Alphavirus de la familia Togaviridae, es un virus ARN de 11,8 kb, de cadena sencilla y polaridad positiva, transmitido por Aedes spp. Se han identificado tres genotipos a nivel mundial: el de Asia, el del este-centro-sur de África (East/Central/South African, ECSA) y el de África occidental (West African, WA). La fiebre del chikungunya es una enfermedad febril aguda, acompañada principalmente de inflamación en las articulaciones y erupción cutánea. Después de su aparición en las Américas en el 2013, los primeros casos en Colombia ocurrieron en septiembre de 2014 y hasta junio del 2015 se habían notificado 399.932 casos.Objetivo. Identificar el genotipo o los genotipos responsables de la primera epidemia por el virus del chikungunya en Colombia y la variabilidad genética asociada a su dispersión en el territorio nacional.Materiales y métodos. Se seleccionaron muestras de suero de pacientes con síntomas indicativos de fiebre del chikungunya durante 2014 y 2015. Se hizo una transcripción inversa seguida de reacción en cadena de la polimerasa del gen E1, así como su secuenciación, análisis filogenético y análisis de evolución adaptativa.Resultados. Se demostró la presencia exclusiva del genotipo de Asia en Colombia. Se registró un promedio de 0,001 sustituciones de bases por sitio, una identidad de 99,7 a 99,9 % en los nucleótidos y de 99,9 % en los aminoácidos entre las secuencias colombianas y las secuencias de las Américas. Los análisis de evolución adaptativa indicaron una fuerte selección purificadora en el gen E1.Conclusiones. Se determinó la circulación del genotipo de Asia del virus del chikungunya como la causa de la primera epidemia en Colombia. Es necesario continuar con la vigilancia de genotipos, con el fin de detectar posibles cambios en la epidemiología, la eficacia (fitness) viral y la patogenia del virus

Manual para el análisis de biocompuestos en frutas : aplicaciones en el estudio de la gulupa

El documento describe información básica sobre algunos de los compuestos bioactivos encontrados en frutos y verduras y se detallan ensayos de laboratorio empleados para medirlos a partir de matrices vegetales o alimentosThe document describes basic information on some of the bioactive compounds found in fruits and vegetables and details laboratory tests used to measure them from vegetable or food matrices¿Por qué es útil esta información en el estudio de frutas como la gulupa? -- ¿Qué son los fitoquímicos bioactivos? -- ¿Qué son los antioxidantes? -- ¿Cómo se puede evaluar la capacidad antioxidante? -- Métodos por transferencia de átomos de hidrógeno -- Métodos por transferencia de electrones individuales -- Método de capacidad antioxidante equivalente a trolox (teac) u otros ensayos con abts -- ¿Qué son los compuestos fenólicos? -- ¿Qué son las antocianinas? -- ¿Qué son los carotenoides? -- ¿Qué es el ácido ascórbico? -- protocolos para análisis de biocompuestos en matrices vegetales y alimentos -- Evaluación de la capacidad antioxidante en alimentos: protocolo para ensayo frap -- Protocolo para ensayo dpph -- Protocolo para ensayo abts -- Protocolo para determinar compuestos fenólicos totales -- Protocolo para determinar corotenoides totales -- Protocolo para determinar antocianinas totales por el método diferencial del ph -- Determinación de ácido ascórbico (vitamina c) por el método titulométrico con dcpipna44 página

Pharmaceutical pollution of the world's rivers

Environmental exposure to active pharmaceutical ingredients (APIs) can have negative effects on the health of ecosystems and humans. While numerous studies have monitored APIs in rivers, these employ different analytical methods, measure different APIs, and have ignored many of the countries of the world. This makes it difficult to quantify the scale of the problem from a global perspective. Furthermore, comparison of the existing data, generated for different studies/regions/continents, is challenging due to the vast differences between the analytical methodologies employed. Here, we present a global-scale study of API pollution in 258 of the world's rivers, representing the environmental influence of 471.4 million people across 137 geographic regions. Samples were obtained from 1,052 locations in 104 countries (representing all continents and 36 countries not previously studied for API contamination) and analyzed for 61 APIs. Highest cumulative API concentrations were observed in sub-Saharan Africa, south Asia, and South America. The most contaminated sites were in low- to middle-income countries and were associated with areas with poor wastewater and waste management infrastructure and pharmaceutical manufacturing. The most frequently detected APIs were carbamazepine, metformin, and caffeine (a compound also arising from lifestyle use), which were detected at over half of the sites monitored. Concentrations of at least one API at 25.7% of the sampling sites were greater than concentrations considered safe for aquatic organisms, or which are of concern in terms of selection for antimicrobial resistance. Therefore, pharmaceutical pollution poses a global threat to environmental and human health, as well as to delivery of the United Nations Sustainable Development Goals

Diseño de un modelo para automatizar la predicción del rendimiento académico en estudiantes del IPN

La minería de datos educativa permite extraer conocimiento útil y comprensible a partir de datos académicos para la solución de problemas acerca de diversos procesos de enseñanza y de aprendizaje. Una de las aplicaciones más populares de la minería de datos educativa es la predicción del rendimiento académico. El principal objetivo de este trabajo fue diseñar y automatizar un modelo predictivo del rendimiento académico de estudiantes del Instituto Politécnico Nacional (IPN).Para la construcción del modelo, se analizaron las calificaciones de actividades académicas y la calificación final de 94 estudiantes inscritos en una carrera de ingeniería perteneciente al IPN. Este modelo se aplicó a 86 estudiantes para predecir su rendimiento académico. Posteriormente, se compararon estas predicciones con los resultados reales obtenidos por los estudiantes al final del curso. Se obtuvieron exactitudes de las predicciones de la aprobación del curso de hasta 73%, únicamente con cinco atributos correspondientes a las calificaciones de las actividades académicas iniciales del mismo. Además, se construyó una plataforma que facilita la implementación del modelo para predecir automáticamente el desempeño académico de nuevos estudiantes. También se identificaron las principales actividades académicas que influyen en el desempeño académico a través del valor de las probabilidades del modelo. En particular, los resultados muestran que las actividades 3, 4 y 5 fueron las que influyeron de manera más significativa en la predicción de aprobación de los estudiantes que participaron en este estudio. El desarrollo de este tipo de modelos permite a las instituciones educativas predecir el rendimiento académico de sus estudiantes e identificar los principales factores que influyen en él

Human respiratory syncytial virus and metapneumovirus in patients with acute respiratory infection in Colombia, 2000 - 2011

OBJECTIVE: To describe the epidemiology of respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (hMPV) in Colombia from 2000 - 2011, including seasonal trends. METHODS: Nasopharyngeal aspirates and/or throat swabs from 14 870 patients with acute respiratory infections (ARI) were studied. Two subgroups were analyzed using molecular biology techniques. The first consisted of 264 RSV indirect fluorescence assay (IFA)-positive samples, the second of 264 RSV IFA-negative samples. RSV and hMPV were detected using reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). RESULTS: 2 799 samples (18.8%) contained a respiratory virus. RSV was detected by IFA in 1 333 samples (8.9%). RSV was detected by RT-PCR in 192 samples from the RSV IFA-positive subgroup and in 25 samples from the RSV IFA-negative subgroup. hMPV was detected in eight samples from the RSV IFA-positive subgroup and in 11 samples from the RSV IFA-negative subgroup. Among the RSV infections, subtype A was dominant in two-year intervals, subtype B was dominant in one-year intervals. 85.3% of RSV and 74% of hMPV infections occurred in children younger than 5 years old. RSV and hMPV infections were associated with rainy seasons. Co-infection with RSV A and RSV B was detected in two patients. Five cases of co-infection with RSV and hMPV were detected. CONCLUSIONS: This report is the first to examine the epidemiology of ARIs in Colombia, with an emphasis on RSV and hMPV. The samples studied here were obtained over a 12-year period and represent all age groups and both genders

Brotes de rabia humana transmitida por vampiros en los municipios de Bajo y Alto Baudó, departamento del Chocó, Colombia 2004-2005

Introducción. Entre mayo y julio de 2004 ocurrió en la comunidad Embera de Birrinchao de cuenca del río Purricha, Bajo Baudó, Chocó un brote de rabia humana con 14 víctimas. En enero de 2005 otro brote similar ocurrió en las comunidades negras de Pató y Nauca, Alto Baudó, Chocó, con tres nuevas víctimas. Objetivos. Describir los brotes de rabia humana transmitida por vampiros de mayor magnitud hasta ahora reportados en Colombia. Describir las técnicas diagnósticas utilizadas y las acciones de control de foco aplicadas. Discutir sobre el significado epidemiológico de estos brotes y sus implicaciones en salud pública. Materiales y métodos. Los casos se diagnosticaron por inmunofluorescencia directa, prueba biológica en ratones e inmunohistoquímica. Los virus se tipificaron por inmunofluorescencia indirecta utilizando anticuerpos monoclonales. Las acciones de control de foco en Bajo Baudó consistieron en un censo poblacional, aplicación de vacuna y tratamientos antirrábicos a los pobladores, vacunación canina y felina y aplicación de anticoagulante a murciélagos. Resultados. Cuatro casos humanos fueron confirmados positivos para rabia de ambos brotes. Otros 13 se dedujeron por nexos epidemiológicos. La variante antigénica 3 fue caracterizada en dichos casos. Se llevaron a cabo acciones en Bajo Baudó diseñadas para el control de foco de rabia humana transmitida por vampiros. Conclusiones. El brote de rabia humana en Bajo Baudó 2004 ha sido el de mayor magnitud reportado en Colombia. Este fue causado por vampiros, demostrando la amenaza que representa la rabia de especies silvestres para la salud pública, y la necesidad de implementar acciones para evitar su impacto en humanos. Se desconoce si existen vínculos entre este brote y el reportado en Alto Baudó seis meses después

Outbreaks of human rabies transmitted by vampire bats in Alto Baudó and Bajo Baudó municipalities, department of chocó, Colombia, 2004-2005

eng: The human rabies outbreak in Bajo Baudó has been the largest reported in Colombia. It was caused by vampire bats, showing that these animals are a threat for human health. The implementation of control strategies for this kind of epizootic outbreaks is needed in South America. It remains unknown whether there is a link between this outbreak and one reported 6 months later in the neighboring municipality of Alto Baudó.spa: El brote de rabia humana en Bajo Baudó 2004 ha sido el de mayor magnitud reportado en Colombia. Este fue causado por vampiros, demostrando la amenaza que representa la rabia de especies silvestres para la salud pública, y la necesidad de implementar acciones para evitar su impacto en humanos. Se desconoce si existen vínculos entre este brote y el reportado en Alto Baudó seis meses después

Phylogenetic analysis of Chikungunya virus in Colombia: Evidence of purifying selection in the E1 gene

Introduction: Chikungunya virus (CHIKV) is a single-stranded positive sense RNA virus that belongs to the Alphavirus genus of the family Togaviridae. Its genome is 11.8 kb in length, and three genotypes have been identified worldwide: Asian, East/Central/South African (ECSA) and West African. Chikungunya fever is an acute febrile disease transmitted by Aedes spp. that usually presents with polyarthralgia and cutaneous eruption. Following introduction of the virus to the Americas in 2013, the first cases in Colombia occurred in September of 2014, and they reached a cumulative total of 399,932 cases by June of 2015. Objective: To identify the genotype or genotypes responsible for the current epidemic in Colombia and to describe the genetic variability of the virus in the country. Materials and methods: Serum samples from patients presenting with symptoms compatible with Chikungunya fever during 2014-2015 were selected for the study. RT-PCR products of the E1 gene from these samples were used for sequencing and subsequent phylogenetic and adaptive evolution analyses. Results: The study identified only the presence of the Asian genotype in Colombia. Comparing the Colombian sequences with other sequences from the Americas revealed an average of 0.001 base substitutions per site, with 99.7% and 99.9% nucleotide identity and 99.9% amino acid identity. The adaptive evolution analysis indicated that the E1 gene is under strong purifying selection. Conclusions: The first epidemic of Chikunguya fever in Colombia was caused by the circulation of the virus Asian genotype. Further genotypic surveillance of the virus in Colombia is required to detect possible changes in its epidemiology, fitness and pathogenicity

Introducción a la química básica

El mundo de los átomos, las moléculas, las sustancias y sus interacciones estudiado por la química presenta una fascinante forma de comprender los diferentes fenómenos de la naturaleza y de la industria. Este libro invita a un primer acercamiento a los conceptos y procesos que se estudian en esta ciencia, y brinda la posibilidad de ampliar los conocimientos sobre la materia al estudiar su estructura, composición, propiedades y transformaciones; consolidar un lenguaje propio a partir de la nomenclatura de los diferentes compuestos; diferenciar las clases de reacciones químicas; y utilizar la estequiometría para determinar cálculos basados en las diferentes reacciones como una aplicación de la química en los procesos industriales. Esperamos que el lector, al comprender los temas desarrollados en este texto, pueda asumir una actitud de mente abierta y crítica frente al avance de la ciencia y logre desarrollar habilidades para resolver situaciones cotidianas que requieran el uso responsable de la química para beneficio de la humanidad.INTRODUCCION CAPITULO 1. EL MUNDO DEL ATOMO Y OTRAS MICROESTRUCTURAS CAPITULO 2. .COMO SE CLASIFICAN Y CUANTIFICAN LAS REACCIONES QUIMICAS? CAPITULO 3. ACERCA DE LAS DISOLUCIONES ACUOSAS CAPITULO 4. UN VIAJE AL ESTADO GASEOSO DE LA MATERIA CAPÍTULO 5. QUÍMICA EN ACCIÓN: GUÍA RÁPIDA SOBRE ASPECTOS CENTRALES DEL SISTEMA GLOBALMENTE ARMONIZADO (SGA) CONCLUSIONES1a ed

Performance Sensitivity to the High-Order Statistics of Time Interval Variables in Cellular Networks

Cell dwell time (DT) and unencumbered interruption time (IT) are fundamental time interval variables in the teletraffic analysis for the performance evaluation of mobile cellular networks. Although a diverse set of general distributions has been proposed to model these time interval variables, the effect of their moments higher than the expected value on system performance has not been reported in the literature. In this paper, sensitivity of teletraffic performance metrics of mobile cellular networks to the first three standardized moments of both DT and IT is investigated in a comprehensive manner. Mathematical analysis is developed considering that both DT and IT are phase-type distributed random variables. This work includes substantial numerical results for quantifying the dependence of system level performance metrics to the values of the first three standardized moments of both DT and IT. For instance, for a high mobility scenario where DT is modeled by a hyper-Erlang distribution, we found that call forced termination probability decreases around 60% as the coefficient of variation (CoV) and skewness of DT simultaneously change from 1 to 20 and from 60 to 2, respectively. Also, numerical results confirm that as link unreliability increases the forced termination probability increases while both new call blocking and handoff failure probabilities decrease. Numerical results also indicate that for low values of skewness, performance metrics are highly sensitive to changes in the CoV of either the IT or DT. In general, it is observed that system performance is more sensitive to the statistics of the IT than to those of the DT. Such understanding of teletraffic engineering issues is vital for planning, designing, dimensioning, and optimizing mobile cellular networks