Quantitative proteomic dataset from oro- and naso-pharyngeal swabs used for COVID-19 diagnosis: detection of viral proteins and host's biological processes altered by the infection

Since January 2020, the world is facing the COVID-19 pandemic caused by SARS-CoV-2. In a big effort to cope with this outbreak, two Uruguayan institutions, Institut Pasteur de Montevideo and Universidad de la República, have developed and implemented a diagnosis pipeline based on qRT-PCR using entirely local resources. In this context, we performed comparative quantitative proteomic analysis from oro- and naso-pharyngeal swabs used for diagnosis. Tryptic peptides obtained from five positive and five negative samples were analysed by nano-LC-MS/MS using a Q-Exactive Plus mass spectrometer. Data analysis was performed using PatternLab for Proteomics software. From all SARS-CoV-2 positive swabs we were able to detect peptides of the SARS-CoV-2 nucleoprotein that encapsulates and protect the RNA genome. Additionally, we detected an average of 1100 human proteins from each sample. The most abundant proteins exclusively detected in positive swabs were “Guanylate-binding protein 1”, “Tapasin” and “HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain”. The biological processes overrepresented in infected host cells were “SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane”, “nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay”, “viral transcription” and “translational initiation”. Data is available via ProteomeXchange with identifier PXD020394. We expect that this data can contribute to the future development of mass spectrometry based approaches for COVID-19 diagnosis. Also, we share this preliminary proteomic characterization concerning the host response to infection for its reuse in basic investigation

Serine/threonine protein kinase PrkA of the human pathogen Listeriamonocytogenes: Biochemical characterization and identification of interacting partners through proteomic approaches

Listeria monocytogenes is the causative agent of listeriosis, a very serious food-borne human disease. The analysis of the proteins coded by the L. monocytogenes genome reveals the presence of two eukaryotic-type Ser/Thr-kinases (lmo1820 and lmo0618) and a Ser/Thrphosphatase (lmo1821). Protein phosphorylation regulates enzyme activities and protein interactions participating in physiological and pathophysiological processes in bacterial diseases. However in the case of L. monocytogenes there is scarce information about biochemical properties of these enzymes, as well as the physiological processes that they modulate. In the present work the catalytic domain of the protein coded by lmo1820 was produced as a functional His6-tagged Ser/Thr-kinase, and was denominated PrkA. PrkA was able to autophosphorylate specific Thr residues within its activation loop sequence. A similar autophosphorylation pattern was previously reported for Ser/Thr-kinases from related prokaryotes, whose role in kinase activity and substrate recruitment was demonstrated. We studied the kinase interactome using affinity chromatography and proteomic approaches. We identified 62 proteins that interact, either directly or indirectly, with the catalytic domain of PrkA, including proteins that participate in carbohydrates metabolism, cell wall metabolism and protein synthesis. Our results suggest that PrkA could be involved in the regulation of a variety of fundamental biological processes.Agencia Nacional de Investigación e Innovació

Cambios históricos en el aporte terrígeno de la cuenca del Río de la Plata sobre la plataforma interna Uruguaya

El Río de la Plata (RdlP) presenta significativas variaciones naturales (hidrodinámicas y oceanográficas) asociadas a diferentes condiciones climáticas. El propósito de este trabajo es inferir los cambios de aportes continentales de sedimentos y su relación con las variaciones hidrológicas del Río de la Plata, a través del análisis de proxies sedimentológicos y geoquímicos en testigos de sedimentos de la plataforma interna uruguaya que registran los últimos 100 años, aproximadamente. A partir de ladatación por 210Pb de dos testigos de sedimentos (GeoB 13813-4 y BAR1) se reconstruyó la geocronología del ambiente, y se relacionó con datos de las forzantes climáticas Pacific Decadal Oscillation, El Niño/La Niña Southern Oscillation, Atlantic MultidecadalOscillation, y las anomalías hidrológicas de los ríos Paraná y Uruguay. Los valores máspositivos y estables del Southern Oscillation Index, los cuales corresponden a fases La Niña,se observan en el periodo correspondiente entre 1910-1970, respecto al resto de la serie,donde se aprecia una mayor variabilidad y una tendencia hacia valores más negativos(eventos El Niño). Se hicieron dendrogramas (clustering) jerárquicos para ambos testigos. Para el testigo GeoB 13813-4, se utilizó la relación Ca/Ti y la granulometría, mientras que para BAR1 se recurrió a variables granulométricas y la tasa de sedimentación. El mayoraporte continental hacia la región de la plataforma adyacente al Río de la Plata registrado a partir del año 1970, podría ser el factor principal de los agrupamientos observados en los clusters para ambos testigos. Las agrupaciones mostraron una diferenciación en la década de 1970 lo que estaría asociado al aumento de los caudales de los ríos Paraná y Uruguay, durante las últimas tres décadas del siglo XX. Por otra parte se observa que la granulometría del testigo BAR1 presentó un mayor tamaño de grano y más variabilidad que en el caso del testigo GeoB 13813-4. También se determinó una mayor acumulación de sedimentos a través del tiempo en el cinturón de barro del Río de la Plata (plataforma continental adyacente), comparado con aquel registrado en la Barra del Indio (límite entre zona intermedia y externa del estuario). Estas diferencias podrían estar relacionadas con la influencia del Río de la Plata la cual genera un ambiente altamente dinámico sobre la Barra del Indio y un ambiente más estable sobre el cinturón de barro en la plataforma continental.Fil: Marrero, Analía. Universidad de la República. Facultad de Ciencias; UruguayFil: Tudurí, Adriana. Universidad de la República. Facultad de Ciencias; UruguayFil: Perez, Laura. Universidad de la República. Facultad de Ciencias; UruguayFil: Cuña Rodriguez, Carolina Celeste. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Centro de Investigaciones en Ciencias de la Tierra. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas Físicas y Naturales. Centro de Investigaciones en Ciencias de la Tierra; ArgentinaFil: Muniz, Pablo. Universidad de la República. Facultad de Ciencias; UruguayFil: Lopes Figueira, Rubens C.. Instituto Oceanografico; BrasilFil: Michcelovitch de Mahiques, Michel. Instituto Oceanografico; BrasilFil: Alves de Lima Ferreira, Paulo. Instituto Oceanografico; BrasilFil: Pittauerová, Daniela. Center For Marine Environmental Sciences, Marum; AlemaniaFil: Hanebuth, Till. Center For Marine Environmental Sciences, Marum; AlemaniaFil: Garcia Rodriguez, Felipe. Universidad de la República. Facultad de Ciencias; Urugua

A Phenotypic characterization of two isolates of a multidrug resistant outbreak strain of mycobacterium tuberculosis with opposite epidemiological fitness

Tuberculosis (TB) is an infectious disease, caused by Mycobacterium tuberculosis, primarily affecting the lungs. The M. tuberculosis strain of the Haarlem family named M was responsible for a large multidrug-resistant TB (MDR-TB) outbreak in Buenos Aires. This outbreak started in the early 1990s and in the mid 2000s still accounted for 29% of all MDR-TB cases in Argentina. By contrast, a clonal variant of strain M, named 410, has caused a single tuberculosis case since the onset of the outbreak. The molecular bases of the high epidemiological fitness of the M strain remain unclear. To assess its unique molecular properties, herein, we performed a comparative protein and lipid analysis of a representative clone of the M strain (Mp) and the nonprosperous M variant 410. We also evaluated their growth in low pH. The variant 410 had higher levels of latency proteins under standard conditions and delayed growth at low pH, suggesting that it is more sensitive to stress stimuli than Mp. Moreover, Mp showed higher levels of mycolic acids covalently attached to the cell wall and lower accumulation of free mycolic acids in the outer layer than the 410 strain. The low expression of latency proteins together with the reduced content of surface mycolic acids may facilitate Mp to evade the host immune responses.Fil: Bei, Jinlong. Guangdong Academy of Agricultural Sciences; ChinaFil: Bigi, María Mercedes. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomía; ArgentinaFil: Lima, Analía. Instituto Pasteur de Montevideo; UruguayFil: Zhang, Qi. Guangdong Academy of Agricultural Sciences; ChinaFil: Blanco, Federico Carlos. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Lopez, Beatriz. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; ArgentinaFil: Yu, Ting. Guangdong Academy of Agricultural Sciences; ChinaFil: Wang, Zhilin. Guangdong Academy of Agricultural Sciences; ChinaFil: Dai, Zhangyan. Guangdong Academy of Agricultural Sciences; ChinaFil: Chen, Zhuang. Guangdong Academy of Agricultural Sciences; ChinaFil: Cataldi, Angel Adrian. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Sasiain, María del Carmen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Medicina Experimental. Academia Nacional de Medicina de Buenos Aires. Instituto de Medicina Experimental; ArgentinaFil: Ritacco, Gloria Viviana. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: de la Barrera, Silvia Susana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Medicina Experimental. Academia Nacional de Medicina de Buenos Aires. Instituto de Medicina Experimental; ArgentinaFil: Soria, Marcelo Abel. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomía. Departamento de Biología Aplicada y Alimentos. Cátedra de Microbiología Agrícola; ArgentinaFil: Durán, Rosario. Instituto Pasteur de Montevideo; UruguayFil: Bigi, Fabiana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

Cambios históricos en el aporte terrígeno de la Cuenca del Río de la Plata sobre la plataforma interna uruguaya.

El Río de la Plata (RdlP) presenta significativas variaciones naturales (hidro- dinámicas y oceanográficas) asociadas a diferentes condiciones climáticas. El propósito de este trabajo es inferir los cambios de aportes continentales de sedimentos y su relación con las variaciones hidrológicas del Río de la Plata, a través del análisis de proxies sedimentológicos y geoquímicos en testigos de sedimentos de la plataforma interna uruguaya que registran los últimos 100 años, aproximadamente. A partir de la datación por 210Pb de dos testigos de sedimentos (GeoB 13813-4 y BAR1) se reconstruyó la geocronología del ambiente, y se relacionó con datos de las forzantes climáticas Pacific decadal oscillation, El Niño/La Niña southern oscillation, Atlantic Multidecadal oscillation, y las anomalías hidrológicas de los ríos Paraná y Uruguay. Los valores más positivos y estables del southern oscillation index, los cuales corresponden a fases La Niña, se observan en el periodo correspondiente entre 1910-1970, respecto al resto de la serie, donde se aprecia una mayor variabilidad y una tendencia hacia valores más negativos (eventos El Niño). Se hicieron dendrogramas (clustering) jerárquicos para ambos testigos. Para el testigo GeoB 13813-4, se utilizó la relación Ca/Ti y la granulometría, mientras que para BAR1 se recurrió a variables granulométricas y la tasa de sedimentación. El mayor aporte continental hacia la región de la plataforma adyacente al Río de la Plata registrado a partir del año 1970, podría ser el factor principal de los agrupamientos observados en los clusters para ambos testigos. Las agrupaciones mostraron una diferenciación en la década de 1970, lo que estaría asociado al aumento de los caudales de los ríos Paraná y Uruguay, durante las últimas tres décadas del siglo XX. Por otra parte se observa que la granulometría del testigo BAR1 presentó un mayor tamaño de grano y más variabilidad que en el caso del testigo GeoB 13813-4. También se determinó una mayor acumulación de sedimentos a través del tiempo en el cinturón de barro del Río de la Plata (plataforma continental adyacente), comparado con aquel registrado en la Barra del Indio (límite entre zona intermedia y externa del estuario). Estas diferencias podrían estar relacionadas con la influencia del Río de la Plata, el cual genera un ambiente altamente dinámico sobre la Barra del Indio y un ambiente más estable sobre el cinturón de barro en la plataforma continental

Facing COVID-19: Situation of People with Autism and their Families in Latin America

We present a multicenter study conducted through an online survey of 1826 families of people with ASD from Argentina, Brazil, Chile, Mexico, Peru, the Dominican Republic, Uruguay and Venezuela. Our objective is to describe the impact of the pandemic –and social isolation– on the behavior, mood, sleep and diet of people with ASD. To this end, we have surveyed sociodemographic and housing characteristics and the modality of confinement. We analyze the effects of discontinuity in educational and therapeutic services and assess the scope of remote interventions. Some of the consequences of confinement –obligatory for the majority– has been increased irritability in people with ASD, increased wandering behavior, higher levels of anxiety, and difficulties in eating, sleeping and concentrating. Most of the families have noticed setbacks in their children during the confinement. The beneficial effects of outings and walks are highlighted. Many treatments and classes have been discontinued. Remote interventions are positively highlighted. The current crisis should be an opportunity to reorganize education and treatment devices, attending to the need for changes, with a more ecological, inclusive and autism-friendly perspective.Presentamos un estudio multicéntrico realizado a través de una encuesta en línea a 1826 familias de personas con TEA de Argentina, Brasil, Chile, México, Perú, República Dominicana, Uruguay y Venezuela. Nuestro objetivo es describir el impacto de la pandemia –y el aislamiento social– en la conducta, el estado de ánimo, el sueño y la alimentación de las personas con TEA. A tal fin hemos relevado características sociodemográficas, habitacionales y modalidad de confinamiento. Analizamos los efectos de la discontinuidad de los servicios educativos y terapéuticos y valoramos los alcances de las intervenciones a distancia. Algunas de las consecuencias del confinamiento –obligatorio para la mayoría– han sido el aumento de irritabilidad en las personas con TEA, el incremento de la conducta de deambular, mayores niveles de ansiedad, dificultades en alimentación, sueño y concentración. La mayor parte de las familias han notado retrocesos en sus hijos durante el encierro. Se destacan los efectos beneficiosos de salidas y paseos. Muchos tratamientos y clases se han suspendido. Se subrayan positivamente las intervenciones a distancia. La crisis actual debería ser una oportunidad para reorganizar dispositivos de educación y tratamiento, atendiendo a la necesidad de cambios, con una perspectiva más ecológica, inclusiva y amigable con el autismo

Deep Learning assessment of galaxy morphology in S-PLUS Data Release 1

The morphological diversity of galaxies is a relevant probe of galaxy evolution and cosmological structure formation, but the classification of galaxies in large sky surveys is becoming a significant challenge. We use data from the Stripe-82 area observed by the Southern Photometric Local Universe Survey (S-PLUS) in 12 optical bands, and present a catalogue of the morphologies of galaxies brighter than r = 17 mag determined both using a novel multiband morphometric fitting technique and Convolutional Neural Networks (CNNs) for computer vision. Using the CNNs, we find that, compared to our baseline results with three bands, the performance increases when using 5 broad and 3 narrow bands, but is poorer when using the full 12 band S-PLUS image set. However, the best result is still achieved with just three optical bands when using pre-trained network weights from an ImageNet data set. These results demonstrate the importance of using prior knowledge about neural network weights based on training in unrelated, extensive data sets, when available. Our catalogue contains 3274 galaxies in Stripe-82 that are not present in Galaxy Zoo 1 (GZ1), and we also provide our classifications for 4686 galaxies that were considered ambiguous in GZ1. Finally, we present a prospect of a novel way to take advantage of 12 band information for morphological classification using morphometric features, and we release a model that has been pre-trained on several bands that could be adapted for classifications using data from other surveys. The morphological catalogues are publicly available.Facultad de Ciencias Astronómicas y GeofísicasInstituto de Astrofísica de La Plat

VIII Encuentro de Docentes e Investigadores en Historia del Diseño, la Arquitectura y la Ciudad

Acta de congresoLa conmemoración de los cien años de la Reforma Universitaria de 1918 se presentó como una ocasión propicia para debatir el rol de la historia, la teoría y la crítica en la formación y en la práctica profesional de diseñadores, arquitectos y urbanistas. En ese marco el VIII Encuentro de Docentes e Investigadores en Historia del Diseño, la Arquitectura y la Ciudad constituyó un espacio de intercambio y reflexión cuya realización ha sido posible gracias a la colaboración entre Facultades de Arquitectura, Urbanismo y Diseño de la Universidad Nacional y la Facultad de Arquitectura de la Universidad Católica de Córdoba, contando además con la activa participación de mayoría de las Facultades, Centros e Institutos de Historia de la Arquitectura del país y la región. Orientado en su convocatoria tanto a docentes como a estudiantes de Arquitectura y Diseño Industrial de todos los niveles de la FAUD-UNC promovió el debate de ideas a partir de experiencias concretas en instancias tales como mesas temáticas de carácter interdisciplinario, que adoptaron la modalidad de presentación de ponencias, entre otras actividades. En el ámbito de VIII Encuentro, desarrollado en la sede Ciudad Universitaria de Córdoba, se desplegaron numerosas posiciones sobre la enseñanza, la investigación y la formación en historia, teoría y crítica del diseño, la arquitectura y la ciudad; sumándose el aporte realizado a través de sus respectivas conferencias de Ana Clarisa Agüero, Bibiana Cicutti, Fernando Aliata y Alberto Petrina. El conjunto de ponencias que se publican en este Repositorio de la UNC son el resultado de dos intensas jornadas de exposiciones, cuyos contenidos han posibilitado actualizar viejos dilemas y promover nuevos debates. El evento recibió el apoyo de las autoridades de la FAUD-UNC, en especial de la Secretaría de Investigación y de la Biblioteca de nuestra casa, como así también de la Facultad de Arquitectura de la UCC; va para todos ellos un especial agradecimiento

Mineralocorticoid treatment upregulates the hypothalamic vasopressinergic system of spontaneously hypertensive rats

Mineralocorticoid effects in the brain include the control of cardiovascular functions, induction of salt appetite, interaction with the vasoactive neuropeptides arginine vasopressin (AVP) and angiotensin II and development or aggravation of hypertension. In this regard, mineralocorticoids may play a pathogenic role in rats with a genetic form of hypertension (spontaneously hypertensive rats, SHR). Our objective was to compare the response of the hypothalamic vasopressinergic system to mineralocorticoid administration in SHR and control Wistar-Kyoto (WKY) rats. Sixteen-week-old male SHR showing a systolic blood pressure of 190 +/- 5 mm Hg and normotensive WKY rats (130 +/- 5 mm Hg) were treated subcutaneously with oil vehicle or a single 10-mg dose of deoxycorticosterone acetate (DOCA). After 2 h, rats were sacrificed and brains prepared for immunocytochemistry of Fos and vasopressin V1a receptor (V1aR) and for non-isotopic in situ hybridization of AVP mRNA. In the basal state, SHR demonstrated a higher number of AVP mRNA- and V1aR-immunopositive cells in the magnocellular division of the paraventricular hypothalamic nucleus (PVN) than WKY rats. After DOCA injection, SHR responded with a significant increase in both parameters with respect to vehicle-injected SHR. In WKY rats, DOCA was without effect on AVP mRNA although it increased the number of V1aR-positive cells. Changes in the number of Fos-positive nuclei were measured in the PVN, median preoptic nucleus (MnPO) and organum vasculosum of the lamina terminalis (OVLT), a circumventricular region showing anatomical connections with the PVN. In vehicle-injected rats, the PVN of SHR showed a higher number of Fos-positive nuclei than in WKY rats, whereas after DOCA treatment, a significant increment occurred in the OVLT but not in the PVN or MnPO of the SHR group only. These data suggest that the enhanced response of the vasopressinergic system to mineralocorticoids may contribute to the abnormal blood pressure of SHR.Fil: Pietranera, Luciana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Departamento de Bioquímica Humana; ArgentinaFil: Saravia, Flavia Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Departamento de Bioquímica Humana; ArgentinaFil: Roig, Paulina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; ArgentinaFil: Lima, Analía. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; ArgentinaFil: de Nicola, Alejandro Federico. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina. Instituto Universidad de la Fundación "Héctor Barceló"; Argentin