O potencial regulatório em cis de sequências não codificantes associadas a diabetes tipo 2

Type 2 diabetes (T2D) affects over 300 million people, causing severe complications and premature death, yet the underlying molecular mechanisms are largely unknown. This condition is partially characterized by endocrine pancreatic islet dysfunction, leading to insufficient insulin production. By now, genome-wide association studies have shown that some single nucleotide polymorphisms (SNPs) are associated to T2D. Part of these variants are located in non-coding sequences with marks for enhancer activity, and some of them overlap with binding sites of transcription factors (TFs) known to be required for proper endocrine pancreas function. Enhancers are non-coding sequences that regulate the expression of their target genes by interacting with their promoters in cis. Our working hypothesis is that T2D associated SNPs might impair TF binding, affecting the enhancer activity of the sequence, ultimately translating into transcriptional changes of the downstream genes. At first, to approach this hypothesis, we have performed in vivo transgenesis assays in zebrafish to test if sequences overlapping with T2D associated loci were enhancers. We found that five out of ten tested sequences are endocrine pancreas enhancers. Secondly, we analyzed the impact of the risk associated variant in the enhancer activity. We found that in one out of three sequences, the enhancer activity was disrupted by the presence of a single nucleotide modification in a putative binding site for PDX1, an important transcription factor in pancreas development. We further analyzed this sequence by dividing it in fragments, testing them for endocrine enhancer activity. These results lead us to conclude that most likely the loss of the PDX1 binding site is accompanied by the gain of a repressor binding site that might contribute to the inactivation of the tested enhancer. As future approaches, we will test the enhancer activity of the selected sequences in human beta cell lines and perform Circularized Chromosome Conformation Capture (4C-seq) to identify the enhancer’s target genes. Overall this project will help to better understand the importance of non-coding variants in the development of T2D.A diabetes tipo 2 (DT2) afeta mais de 300 milhões de pessoas em todo o mundo, causando complicações severas e morte prematura. Contudo, os mecanismos moleculares associados a esta doença são, atualmente, pouco conhecidos. DT2 é caracterizada, em parte, pela disfunção de ilhotas endócrinas pancreáticas, não havendo produção suficiente de insulina. Os recentes avanços em estudos de associação em larga escala genómica têm demonstrado uma clara associação entre polimorfismos de um só nucleótido (PSN) e D2T. Uma grande parte destas variantes estão localizadas em sequências não codificantes que coincidem com marcas epigenéticas de potenciadores e de sítios de ligação de fatores de transcrição essenciais para uma boa função e organização das ilhotas endócrinas. Os potenciadores são sequências não-codificantes que regulam a expressão dos seus genes-alvo, interagindo com os promotores em cis. A hipótese do presente projeto científico é demonstrar que os PSNs associados a D2T podem afetar os sítios de ligação dos fatores de transcrição e consequentemente, a atividade das sequências regulatórias potenciadoras, traduzindo-se em diferenças transcricionais do gene. A primeira abordagem para testar a hipótese centralizouse em ensaios de transgénese em peixe-zebra. Cinco das dez sequências testadas foram consideradas potenciadoras em pâncreas endócrino. A segunda abordagem baseou-se no impacto das variantes nas sequências potenciadoras. Numa sequência, a atividade potenciadora foi afetada pela presença de uma variante num sítio de ligação de PDX1, um fator de transcrição importante no desenvolvimento do pâncreas. Como perspetivas futuras, irão ser testadas as sequências em células β humanas em cultura e identificar-se-ão os genes-alvo das sequências, por 4C, captura de conformação cromossómica circularizada. Este trabalho ajudará a compreender melhor a importância da presença de variantes em genoma não-codificante no desenvolvimento de DT2.Mestrado em Biologia Molecular e Celula

Desenvolvimento de potenciais metalofármacos para a terapia do cancro

Tese de mestrado, Química (Química), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2015O cancro é a segunda maior causa de morte nos países desenvolvidos, prevendo-se que o número de mortes devido a esta doença aumente 70% nas próximas duas décadas. As terapias mais utilizadas para tratamento desta doença são a cirurgia, radioterapia e quimioterapia, podendo também recorrer-se à imunoterapia e terapia hormonal. Os fármacos usados em quimioterapia podem ser divididos em vários grupos de acordo com a sua estrutura, modo de ação e a sua interação com outros fármacos. A cisplatina e os seus análogos tornaram-se os metalofármacos mais utilizados na terapia de diversos tipos de cancro, sendo usados sozinhos ou isolados em muitos regimes terapêuticas, independentemente da sua falta de selectividade, da limitação severa na dosagem devido a efeitos secundários agressivos e ao desenvolvimento de resistência ao tratamento. A busca de novos metalofármacos tem como objetivo ultrapassar as desvantagens apontadas anteriormente, e simultaneamente desenvolver novos fármacos que tenham sucesso no tratamento de tumores resistentes aos compostos de cisplatina. Neste trabalho descreve-se a síntese e caracterização de novos compostos orgânicos e inorgânicos, desenvolvidos com o objectivo contribuir para o desenvolvimento de novos agentes anti-tumorais pertencentes da família dos metalofármacos. Foram sintetizados e caracterizados três compostos pertencentes à família das tiosemicarbazonas (HL1, HL2 e HL3), por condensação entre a 4-feniltiosemicarbazida e os aldeídos heteroaromáticos indole-3-carboxaldeído, N-metilindole-3-carboxaldeído e 2-benzofurancarboxaldeído. Por reação entre estas tiossemicarbazonas e cis-[Ru(bipy)2Cl2] na presença de triflato de prata, obtiveram-se três novos complexos de ruténio (II), complexos 1, 2 e 3, cuja estrutura, octaédrica, foi formulada como [Ru(bipy)2(HL)][CF3SO3]2 com o ligando coordenado na forma neutra ao ião ruténio pelo átomo de enxofre e pelo átomo de azoto imínico. Por reação entre os tiossemicarbazonas HL1, HL2 e HL3 e CuCl2, foram sintetizados três novos complexos de cobre, complexos 4, 5 e 6, tendo sido possível propor a formulação [Cu(HL)2]Cl, para os complexos 4 e 5, com o cobre no estado de oxidação (I) e a tiossemicarbazona coordenada na sua forma neutra (HL) pelo átomo de enxofre e pelo átomo de azoto imínico. A caracterização de todos os compostos sintetizados, tiossemicarbazonas e complexos, foi feita recorrendo às técnicas espectroscópicas de Ressonância Magnética Nuclear (1H, 13C/APT, DEPT-135 e técnicas bidimensionais), ESI-MS, FTIR, espectroscopia de UV-Visível, análises elementares (% C, H, N) e adicionalmente, no caso dos complexos 1, 2 e 3, foi ainda estudado o comportamento redox dos compostos por voltametria cíclica. Avaliou-se ainda a potencialidade das tiossemicarbazonas e dos complexos de Ru(II) sintetizados como agentes anti-tumorais, estudando a sua citotoxicidade em linhas de células tumorais da mama (MDA-MB-231) e do ovário (A2780). A tiossemicarbazona HL2 e o complexo 2 apresentaram resultados muito prometedores de citotoxicidade às 72h de incubação com células A2780, com valores de IC50 de 4.5±1.7µM e 0.15±0.04µM respetivamente. Estes dois compostos revelaram-se também extremamente citotóxicos nas células altamente agressivas do cancro da mama triplo-negativo, MDAMB231, com valores de IC50 que ultrapassaram largamente o da cisplatina, 4.49±1.4µM e 0.11±0.02 µM respetivamente, na avaliação às 72h de incubação. Estes resultados indicam que esta família de compostos é promissora como potenciais agentes anti-tumorais.Cancer is the secondmajorcause of death in developed countries. It is expected that the number of deaths due to this disease increases by 70% over the next two decades. The most common therapies for treatment of this disease are surgery, radiation and chemotherapy being hormone therapy and immunotherapy also used. Chemotherapeutic drugs’ can be divided into several groups according to their structure, mode of action and their interaction with other drugs. Cisplatin and its analogues have become the metallodrugs most used in the clinic for various types of cancer, being used alone or combined in many therapeutic regimens, irrespective of their lack of selectivity, strict limitations on dosage due to harsh side effects and development of resistance to treatment. The search for new metallodrugs aims to overcome the disadvantages set out above, and simultaneously to develop new drugs that can be successfully used to treat cisplatin resistant tumors. This work describes the synthesis and characterization of new organic and inorganic compounds, developed with the aim of finding new anti-cancer agents. Three compounds belonging to the family of thiosemicarbazones (HL1, HL2 and HL3) were synthesized by condensation between 4-phenylthiosemicarbazide and heteroaromatic aldehydes, namely indole-3-carboxaldehyde, N-methylindole-3-carboxaldehyde and 2-benzofurancarboxaldehyde. By reaction between these thiosemicarbazones and cis-[Ru(bipy)2Cl2] in the presence of silver triflate, three new octahedral complexes of ruthenium(II), complexes 1, 2 and 3, were obtained and formulated as [Ru(bipy)2(HL)][CF3SO3]2, with the ligand coordinated in neutral form to the ruthenium cation, through the sulfur and the imino nitrogen atoms. By reaction between thiosemicarbazone HL1, HL2 and HL3 and CuCl2 three new copper complexes, complex 4, 5 and 6, were synthesized. It was possible to formulate complexes 4 and 5 as [Cu(HL)2]Cl, with copper in the oxidation state (I) and thiosemicarbazone coordinated in its neutral form (HL) through the sulfur and the imino nitrogen atoms. The characterization of all synthesized compounds, thiosemicarbazones and complexes was done using spectroscopic techniques such as Nuclear Magnetic Resonance (1H, 13C/APT, DEPT-135 and two-dimensional techniques), FTIR, UV-Visible, ESI-MS, Elemental Analysis (C, H, N, S) and additionally, in the case of complexes 1, 2 and 3, their redox behavior was also studied by cyclic voltammetry. The potential of thiosemicarbazones and Ru(II) complexes synthesized was evaluated as anti-tumor agents, studying their cytotoxicity in human tumor cell lines of breast cancer (MDA-MB-231) and ovarian cancer (A2780). The thiosemicarbazone HL2 and the complex 2 showed very promising results, after a 72h incubation period, with IC50 values of 4.5±1.7µM and 0.15±0.04µM, respectively, against A2780 cells. These two compounds proved to be also highly cytotoxic in the extremely aggressive cancer cell line (triple-negative breast) MDAMB231, with IC50 values of 4.49±1.4µM e 0.11±0.02 µM (respectively), greatly exceeding that of cisplatin. These results indicate that this family of compounds is quite promising as potential antitumor agents

CIDADES MÉDIAS NÃO METROPOLITANAS DO NORDESTE E SUDESTE DO BRASIL, NO PERÍODO DE 1990 A 2013

A pesquisa visa identificar a localização do emprego industrial nas cidades médias não metropolitanas das regiões Nordeste e Sudeste do Brasil, as quais tenham população entre 100 e 500 mil habitantes, no período de 1990 a 2013. A base de dados consta na Relação Anual de Informações Sociais (RAIS), do Ministério do Trabalho e Emprego (MTE), importante para a aplicação do Quociente de Localização (QL) nos 15 segmentos do setor industrial. O uso desse indicador (QL) mostra o grau de concentração relativa do segmento em cada uma das cidades em pauta. Além disso, a Matriz de Transição da Cadeia de Markov analisa as probabilidades de mudanças de estados nas variáveis analisadas. Os resultados mostraram aumentos nas quantidades de empregos nas cidades em pauta. 

Acumulação de capital e Especialização do Emprego Industrial nas Cidades Médias não Metropolitanas do Brasil: – 1991 e 2010

O objetivo da pesquisa é descrever o comportamento dos diferenciais de empregos formalizados entre as cidades médias não metropolitanas das regiões do Brasil. Deve-se levar em consideração que esse trabalho limitou-se a estudar tão somente o setor industrial nas cidades em pauta. A metodologia utilizada uma pesquisa bibliográfica aliada ao Índice de Quociente de Localização, o qual tem por finalidade identificar a especialização produtiva das cidades em cada região, refletindo o deslocamento do capital, quando comparadas com a mesma atividade para o Brasil. Os resultados mostraram que a Região Sudeste, continua sendo a detentora do maior quantitativo de empregos formais entre as regiões, como as cidades com maior quantidade de especialização nas atividades mais intensivas em capital. O capital reorganiza o investimento nos espaços que lhe garantem a lucratividade, relocalizando-o de forma a manter os lucros elevados a custa de baixos salários e apropriação de externalidades positivas criadas pelo estado

Selection criteria of Zebrafish male donors for sperm cryopreservation

Selection criteria for sperm cryopreservation are highly relevant in zebrafish since sperm quality is particularly variable in this species. Successful cryopreservation depends on high-quality sperm, which can only be ensured by the selection of breeders. Consequently, male selection and management are a priority to improve cryopreservation, and therefore, this study aimed to characterize optimal age and sperm collection frequency in zebrafish. For this purpose, males from wild type (AB) and from a transgenic line [Tg(runx2:eGFP)] were sampled at 6, 8, 12, and 14 months. For each age, sperm were collected at time 0 followed by samplings at 2, 7, and 14 days of rest. Sperm quality was assessed according to motility and membrane viability parameters. Quality assessment showed that Tg(runx2:eGFP) displayed significantly higher motility than AB and younger males showed higher motility in both lines. Sperm collection frequency affected membrane viability. While AB fish recovered sperm viability after 14 days of rest, Tg(runx2:eGFP) could not recover. Consequently, it may be important to study the sperm quality of each zebrafish line before sperm cryopreservation. Taking into consideration the results achieved in both lines, sperm collection should be performed between 6 and 8 months of age with a minimum collection interval of 14 days.N730984, EBB-EAPA_501/2016, PEst-C/MAR/LA0015/2011info:eu-repo/semantics/publishedVersio

AVALIAÇÃO DE INDICADORES DE QUALIDADE DE ÁREAS VERDES URBANAS: UMA FERRAMENTA AUXILIAR NA GESTÃO DE CIDADES.

Áreas verdes urbanas contribuem para a qualidade de vida nas cidades uma vez que desempenham umimportante papel ambiental, paisagístico e psicossocial. O presente trabalho teve como objetivo realizar uma avaliaçãoqualitativa de três áreas verdes da cidade de Sobral-CE. A coleta de dados se deu por meio de um levantamentoorientado por uma planilha, onde foram avaliadas a disponibilidade e a qualidade dos equipamentos, considerando-seseis parâmetros. Os resultados indicaram que o parâmetro Arborização foi o mais bem avaliado nas três áreas.Parâmetros como Lazer e Conforto, no geral, não obtiveram um bom desempenho a partir critérios adotados

Desenvolvimento de Transtornos Mentais Comuns em mulheres em situação de violência sexual: revisão integrativa

The aim was to identify, from the scientific literature, the common mental disorders developed in women in situations of sexual violence. It is an integrative literature review, whose databases were accessed: Virtual Health Library, service of the U.S National Library of Medicine of the National Institute of Health and Discovery Service (via CAPES portal). The search for the data took place in January 2019, using the keywords associated with the Boolean operator AND: "sexual violence" AND "woman" AND "common mental disorder", "sexual violence" AND "woman" AND "mental health” AND “Sexual violence”AND “women” AND “common mental disorder”. Articles in Portuguese, English and Spanish were searched. According to the evaluation, complete articles were selected that confirmed the initial hypothesis: there is a significant association between sexual violence and the development of common mental disorders, especially Post-traumatic Stress Disorder.Objetivou-se identificar, a partir da literatura científica, os transtornos mentais comuns desenvolvidos em mulheres em situação de violência sexual. Trata-se de revisão integrativa da literatura, cujas bases de dados acessadas foram: Biblioteca Virtual em Saúde, serviço da U.S National Library of Medicine do National Institute of Health e Discovery Service (via portal CAPES).  A busca dos dados ocorreu em janeiro de 2019, utilizando as palavras-chave, associadas com o operador booleano AND: “violência sexual” AND “mulher” AND “transtorno mental comum”, “violência sexual” AND “mulher” AND “saúde mental” e “Sexual violence” AND “women” AND “common mental disorder”. Foram pesquisados artigos nas línguas portuguesa, inglesa e espanhola. De acordo com avaliação, foram selecionados artigos completos que confirmaram a hipótese inicial: há associação significativa da violência sexual com o desenvolvimento de transtornos mentais comuns, principalmente o Transtorno de Estresse Pós-traumático

Differences between the oral changes presented by patients with solid and hematologic tumors during the chemotherapeutic treatment

Objective: This study sought to identify the differences between the oral changes presented by patients with solid and hematologic tumors during chemotherapeutic treatment. Methodology: This is an observational, prospective and quantitative study using direct documentation by follow-up of 105 patients from 0 to 18 years using the modified Oral Assessment Guide (OAG). Of the 105 patients analyzed, 57 (54.3%) were boys with 7.3 years (±5.2) mean age. Hematologic neoplasms accounted for 51.4% of all cases. Results: Voice, lips, tongue, and saliva changes were not significantly different (p>0.05) between patients with solid or hematologic tumors and during the follow-up. From the 6th until the 10th week of chemotherapeutic treatment alterations in swallowing function, in the mucous membrane (buccal mucosa and palate), in the labial mucosa, and in the gingiva occurred and were distributed differently between the two tumors groups (p<0.05). The main alterations were observed in patients with hematologic tumors. Conclusion: It was concluded that the oral changes during the chemotherapeutic treatment occurred especially in swallowing function, in the mucous membrane, in the labial mucosa and in the gingiva, and these alterations were found mainly in patients with hematologic tumors

EVOLUÇÃO DO EMPREGO ENTRE AS CIDADES MÉDIAS DAS REGIÕES NORDESTE E SUDESTE, 1991-2010. APLICAÇÃO DAS CADEIAS DE MARKOV NO EMPREGO INDUSTRIAL

O objetivo do trabalho é fazer uma análise das probabilidades de transição nas cidades, das regiões Nordeste (NE) e Sudeste (SE). A ideia é verificar a probabilidade de cidades, com poucas quantidades de empregos, migrarem para cidades com níveis de empregos maiores ao longo do período entre 1991 e 2010, com foco naquelas cidades médias não pertencentes às regiões metropolitanas dos seus respectivos estados. A justificativa do trabalho se dá em virtude de essas regiões serem as que possuem os maiores volumes de empregos absolutos do Brasil. Os dados utilizados foram da classificação dos subsetores da indústria obtidos na Relação Anual de Informação Social (RAIS), fornecida pelo Ministério do Trabalho (MTE). As análises ocorreram com base no procedimento de estimação feita com a utilização das Cadeias de Transição de Markov em tempo discreto. Conclui-se que ao longo do período analisado ocorreu mudança de nível das cidades estudadas com variação para níveis superiores de emprego do setor industrial, demonstrando que não ocorreram perdas do emprego na indústria, ao contrário, o que aconteceu foi um crescimento significativo do emprego formalizado

Multidimensional chromatin profiling of zebrafish pancreas to uncover and investigate disease-relevant enhancers

The pancreas is a central organ for human diseases. Most alleles uncovered by genome-wide association studies of pancreatic dysfunction traits overlap with non-coding sequences of DNA. Many contain epigenetic marks of cis-regulatory elements active in pancreatic cells, suggesting that alterations in these sequences contribute to pancreatic diseases. Animal models greatly help to understand the role of non-coding alterations in disease. However, interspecies identification of equivalent cis-regulatory elements faces fundamental challenges, including lack of sequence conservation. Here we combine epigenetic assays with reporter assays in zebrafish and human pancreatic cells to identify interspecies functionally equivalent cis-regulatory elements, regardless of sequence conservation. Among other potential disease-relevant enhancers, we identify a zebrafish ptf1a distal-enhancer whose deletion causes pancreatic agenesis, a phenotype previously found to be induced by mutations in a distal-enhancer of PTF1A in humans, further supporting the causality of this condition in vivo. This approach helps to uncover interspecies functionally equivalent cis-regulatory elements and their potential role in human disease.This study was supported by the European Research Council (ERC) under the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme (ERC-2015-StG-680156-ZPR and ERC-2016-AdG-740041-EvoLand to J.L.G.-S.). J.B. is supported by an FCT CEEC grant (CEECIND/03482/2018). J.L.G.-S. is supported by the Spanish Ministerio de Economía y Competitividad (BFU2016-74961-P), the Marató TV3 Fundacion (Grant 201611) and the institutional grant Unidad de Excelencia María de Maeztu (MDM-2016-0687). R.B.C. was funded by FCT (ON2201403-CTO-BPD), IBMC (BIM/04293-UID991520-BPD) and EMBO (Short-Term Fellowship). J.Tx. (SFRH/BD/126467/2016), M.D. (SFRH/BD/135957/2018), A.E. (SFRH/BD/147762/2019), and F.J.F. (PD/BD/105745/2014) are PhD fellows from FCT. M.G. was supported by the EnvMetaGen project via the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme (grant 668981). This work was funded by National Funds through FCT—Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P., under the project UIDB/04293/2020”