CCA: An R Package to Extend Canonical Correlation Analysis

Canonical correlations analysis (CCA) is an exploratory statistical method to highlight correlations between two data sets acquired on the same experimental units. The cancor() function in R (R Development Core Team 2007) performs the core of computations but further work was required to provide the user with additional tools to facilitate the interpretation of the results. We implemented an R package, CCA, freely available from the Comprehensive R Archive Network (CRAN, http://CRAN.R-project.org/), to develop numerical and graphical outputs and to enable the user to handle missing values. The CCA package also includes a regularized version of CCA to deal with data sets with more variables than units. Illustrations are given through the analysis of a data set coming from a nutrigenomic study in the mouse.

Contribution de la mission La Planète Revisitée à la connaissance des araignées : 33 espèces nouvelles pour la Corse, dont deux nouvelles pour la faune de France (Arachnida, Araneae)

International audienceAs part of Our Planet Reviewed in Corsica 2019-2021 project, 364 spider taxa were inventoried. This mission made it possible to update the list of species recorded on the island: 33 species of spiders are added to the Corsican araneofauna, which goes from 687 to 721 taxa; two species are also new to the fauna of France, Orchestina longipes Dalmas, 1922 (Oonopidae) and Pseudeuophrys perdifumo van Helsdingen, 2015 (Salticidae). A comparison of sampling techniques is proposed, and for some new taxa comments on ecology or taxonomy are added. Finally, the main groups of species by type of habitat studied and a zoom on the “heritage” species are presented, in view of the recently published National Red List.Dans le cadre du projet La Planète Revisitée en Corse 2019-2021, 364 taxons d’araignées ont été inventoriés. Cette mission a permis de mettre à jour la liste des espèces répertoriées sur l’île. En effet, 33 espèces d’araignées sont ajoutées à l’aranéofaune corse, qui passe ainsi de 687 à 721 taxons. Deux espèces sont aussi nouvelles pour la faune de France, Orchestina longipes Dalmas, 1922 (Oonopidae) et Pseudeuophrys perdifumo van Helsdingen, 2015 (Salticidae). Une comparaison des techniques d’échantillonnage est proposée, et pour certains nouveaux taxons des commentaires sur l’écologie ou la taxonomie sont ajoutés. Enfin, nous présentons les principaux cortèges d’espèces par type d’habitat étudié et un zoom sur les espèces “patrimoniales”, au vu de la Liste rouge nationale parue récemment

The plant ant tetraponera aethiops (pseudomyrmecinae) protects its host myrmecophyte barteria fistulosa (passifloraceae) through aggressiveness and predation

absen

Nutrient provisioning of its host myrmecophytic tree by a temporary social parasite of a plant-ant

One of the most advanced ant–plant mutualisms is represented by myrmecophytes sheltering colonies of some plant-ant species in hollow structures called domatia. In turn, the myrmecophytes benefit from biotic protection and sometimes nutrient provisioning (myrmecotrophy). Furthermore, over the course of evolution, some ant species have become social parasites of others. In this general context, we studied the relationship between its host trees and Azteca andreae (Dolichoderinae), a temporary social parasite of the plant-ant Azteca ovaticeps, and, as such, obligatorily associated with myrmecophytic Cecropia obtusa trees (Urticaceae). A first experiment showed that the δ15N values of the young leaves of Cecropia sheltering a mature A. andreae colony were very similar to those for trees sheltering Azteca alfari or A. ovaticeps, two typical Cecropia mutualists for which myrmecotrophy is known. In a second experiment, by injecting a 15N-labelled glycine solution into locusts given as prey to A. andreae colonies, we triggered an increase in δ15N in the young leaves of their host Cecropia. Thus, 15N passed from the prey to the host trees, explaining the outcomes of the first experiment. We discuss these results in light of the notion of "by-product benefits"

yaImpute: An R Package for kNN Imputation

Canonical correlations analysis (CCA) is an exploratory statistical method to highlight correlations between two data sets acquired on the same experimental units. The cancor() function in R (R Development Core Team 2007) performs the core of computations but further work was required to provide the user with additional tools to facilitate the interpretation of the results. We implemented an R package, CCA, freely available from the Comprehensive R Archive Network (CRAN, http://CRAN.R-project.org/), to develop numerical and graphical outputs and to enable the user to handle missing values. The CCA package also includes a regularized version of CCA to deal with data sets with more variables than units. Illustrations are given through the analysis of a data set coming from a nutrigenomic study in the mouse

Efficiency in the exploitation of patchy environments by the ponerine antPaltothyreus tarsatus: an ecological consequence of the flexibility of prey capture behavior

International audienc

Spatial components of foraging behavior in an African Ponerine ant,Paltothyreus tarsatus

International audienc

Araignées de France métropolitaine

International audienceThis chapter presents an overview of the situation and conservation issues for spiders in metropolitan France.Ce chapitre présente un bilan de la situation et des enjeux de conservation pour les araignées de France métropolitaine

La Planète Revisitée en Corse. Expéditions terrestres 2021 - Côte orientale et <i>Capicorsu</i>: Bilan scientifique

"The Planet Reviewed in Corsica" is an expedition by the MNHN in partnership with the Collectivité de Corse and the French Office for Biodiversity. Between 2019 and 2022, several teams of scientists are undertaking an inventory of terrestrial and marine diversity of Corsica. The objective is to establish a reference state of a series of sites of high biological value and to modernize the collections of the MNHN. This report provides a quick overview of terrestrial expeditions from two emblematic sectors of Corsica: the west coast and northern Capicorsu. From March to May 2021, 34 participants took part of the inventory of about 10 sites. In 2021, the increased sampling effort and the first phase of identification made it possible to announce 2 227 inventoried species and 11 346 data uploaded and shared in the national inventory of natural heritage (INPN). This last field year makes an important contribution to the national inventory of natural heritage with 75 species inventoried for the first time in Corsica, 5 new species for France and 12 species expected new to science. Many taxa had not been observed for decades or several for more than a century. This knowledge is being disseminated on OpenObs, the French portal for biodiversity. Moreover, the Barcoding campaign achieved a total of 2 200 specimens sequenced for DNA (CO1 et ITS). The results will contribute to the species identifications, the taxonomic revisions to be published but also to enrich the global Barcode of Life information system.« La Planète Revisitée en Corse » est une expédition du Muséum national d’histoire naturelle menée en partenariat avec la Collectivité de Corse et l’Office français de la Biodiversité. Entre 2019 et 2021, plusieurs équipes de scientifiques entreprennent l’inventaire de différents secteurs terrestres et marins représentatifs de la diversité de Corse afin d’établir un état de référence d’une série de sites à forte valeur biologique et de moderniser les collections d’histoire naturelle de référence du Muséum national. Ce rapport propose un premier bilan « à chaud » des expéditions terrestres de deux secteurs emblématiques de l’île : la côte orientale et le nord du Capicorsu. De mars à mai 2021, 34 personnes ont participé à l’inventaire d’une dizaine de sites. En 2021, l’effort important d’échantillonnage et la première phase d’identification permettent d’ores et déjà d’annoncer plus de 2 227 espèces inventoriées et 11 346 données mises en ligne et partagées. Cette troisième et dernière année de terrain apporte une contribution importante à l’inventaire du patrimoine naturel avec 12 nouvelles espèces pour la science, 75 espèces inventoriées pour la première fois en Corse et au moins 5 espèces nouvelles pour la France. De nombreux taxons n’avaient pas été observés depuis plusieurs décennies voire plus d’un siècle pour certains. Cette connaissance est en cours de diffusion sur OpenObs, le portail d'accès aux données d'observation sur les espèces. En parallèle, la campagne de codes-barres ADN (CO1 et ITS) de 2021 a permis de séquencer 2 200 individus. Les résultats permettront de contribuer aux déterminations pour les inventaires, aux révisions taxinomiques qui feront l’objet de publications scientifiques mais également d’enrichir le système d’information global Barcode of Life

La Planète Revisitée en Corse. Expéditions terrestres 2021 - Côte orientale et <i>Capicorsu</i>: Bilan scientifique

"The Planet Reviewed in Corsica" is an expedition by the MNHN in partnership with the Collectivité de Corse and the French Office for Biodiversity. Between 2019 and 2022, several teams of scientists are undertaking an inventory of terrestrial and marine diversity of Corsica. The objective is to establish a reference state of a series of sites of high biological value and to modernize the collections of the MNHN. This report provides a quick overview of terrestrial expeditions from two emblematic sectors of Corsica: the west coast and northern Capicorsu. From March to May 2021, 34 participants took part of the inventory of about 10 sites. In 2021, the increased sampling effort and the first phase of identification made it possible to announce 2 227 inventoried species and 11 346 data uploaded and shared in the national inventory of natural heritage (INPN). This last field year makes an important contribution to the national inventory of natural heritage with 75 species inventoried for the first time in Corsica, 5 new species for France and 12 species expected new to science. Many taxa had not been observed for decades or several for more than a century. This knowledge is being disseminated on OpenObs, the French portal for biodiversity. Moreover, the Barcoding campaign achieved a total of 2 200 specimens sequenced for DNA (CO1 et ITS). The results will contribute to the species identifications, the taxonomic revisions to be published but also to enrich the global Barcode of Life information system.« La Planète Revisitée en Corse » est une expédition du Muséum national d’histoire naturelle menée en partenariat avec la Collectivité de Corse et l’Office français de la Biodiversité. Entre 2019 et 2021, plusieurs équipes de scientifiques entreprennent l’inventaire de différents secteurs terrestres et marins représentatifs de la diversité de Corse afin d’établir un état de référence d’une série de sites à forte valeur biologique et de moderniser les collections d’histoire naturelle de référence du Muséum national. Ce rapport propose un premier bilan « à chaud » des expéditions terrestres de deux secteurs emblématiques de l’île : la côte orientale et le nord du Capicorsu. De mars à mai 2021, 34 personnes ont participé à l’inventaire d’une dizaine de sites. En 2021, l’effort important d’échantillonnage et la première phase d’identification permettent d’ores et déjà d’annoncer plus de 2 227 espèces inventoriées et 11 346 données mises en ligne et partagées. Cette troisième et dernière année de terrain apporte une contribution importante à l’inventaire du patrimoine naturel avec 12 nouvelles espèces pour la science, 75 espèces inventoriées pour la première fois en Corse et au moins 5 espèces nouvelles pour la France. De nombreux taxons n’avaient pas été observés depuis plusieurs décennies voire plus d’un siècle pour certains. Cette connaissance est en cours de diffusion sur OpenObs, le portail d'accès aux données d'observation sur les espèces. En parallèle, la campagne de codes-barres ADN (CO1 et ITS) de 2021 a permis de séquencer 2 200 individus. Les résultats permettront de contribuer aux déterminations pour les inventaires, aux révisions taxinomiques qui feront l’objet de publications scientifiques mais également d’enrichir le système d’information global Barcode of Life