Proteogenomic analysis of acute myeloid leukemia associates relapsed disease with reprogrammed energy metabolism both in adults and children

Despite improvement of current treatment strategies and novel targeted drugs, relapse and treatment resistance largely determine the outcome for acute myeloid leukemia (AML) patients. To identify the underlying molecular characteristics, numerous studies have been aimed to decipher the genomic- and transcriptomic landscape of AML. Nevertheless, further molecular changes allowing malignant cells to escape treatment remain to be elucidated. Mass spectrometry is a powerful tool enabling detailed insights into proteomic changes that could explain AML relapse and resistance. Here, we investigated AML samples from 47 adult and 22 pediatric patients at serial time-points during disease progression using mass spectrometry-based in-depth proteomics. We show that the proteomic profile at relapse is enriched for mitochondrial ribosomal proteins and subunits of the respiratory chain complex, indicative of reprogrammed energy metabolism from diagnosis to relapse. Further, higher levels of granzymes and lower levels of the anti-inflammatory protein CR1/CD35 suggest an inflammatory signature promoting disease progression. Finally, through a proteogenomic approach, we detected novel peptides, which present a promising repertoire in the search for biomarkers and tumor-specific druggable targets. Altogether, this study highlights the importance of proteomic studies in holistic approaches to improve treatment and survival of AML patients.Peer reviewe

Characterizing Associations and SNP-Environment Interactions for GWAS-Identified Prostate Cancer Risk Markers—Results from BPC3

Genome-wide association studies (GWAS) have identified multiple single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with prostate cancer risk. However, whether these associations can be consistently replicated, vary with disease aggressiveness (tumor stage and grade) and/or interact with non-genetic potential risk factors or other SNPs is unknown. We therefore genotyped 39 SNPs from regions identified by several prostate cancer GWAS in 10,501 prostate cancer cases and 10,831 controls from the NCI Breast and Prostate Cancer Cohort Consortium (BPC3). We replicated 36 out of 39 SNPs (P-values ranging from 0.01 to 10−28). Two SNPs located near KLK3 associated with PSA levels showed differential association with Gleason grade (rs2735839, P = 0.0001 and rs266849, P = 0.0004; case-only test), where the alleles associated with decreasing PSA levels were inversely associated with low-grade (as defined by Gleason grade <8) tumors but positively associated with high-grade tumors. No other SNP showed differential associations according to disease stage or grade. We observed no effect modification by SNP for association with age at diagnosis, family history of prostate cancer, diabetes, BMI, height, smoking or alcohol intake. Moreover, we found no evidence of pair-wise SNP-SNP interactions. While these SNPs represent new independent risk factors for prostate cancer, we saw little evidence for effect modification by other SNPs or by the environmental factors examined

Säsongslagring av överskottsenergi

Genom att kartlägga smältugnarna och dess kylvattensystem inom Åkers Sweden AB har en studie genomförts för att analysera vilken potential det finns till att ytterligare återvinna överskottsenergi. Detta har genomförts för att uppfylla de av Sverige ställda miljö- och energi-mål till år 2030 som dels handlar om att vi behöver energieffektivisera våra processer och tillföra mindre energi för att uppnå samma resultat som tidigare. Uppdraget är genomfört på uppdrag av Åkers Ledningsgrupp som önskar förstå om det finns tekniska och ekonomiska förutsättningar att starta upp ett projekt för att investera i ett energilager. Överskottsenergi som idag inte kan tillvaratas kyls bort med sjövatten vilket kan betraktas som ett rent energislöseri. Resultatet påvisar att det finns en potential till att återvinna ytterligare 2 GWh överskottsenergi vilka är möjliga att lagra i ett energilager till en investeringskostnad på 21 MSEK

Elkvalitet på ett industrinät

En tung industri har oftast utrustning installerad som kan bidra till övertoner på ett elnät. Samtidigt är oftast elnäten starka inom dessa industrier vilket ska bidra till att reducera spänningsövertonerna som går att finna på respektive fas.Studien har arbetat med de villkor och föreskrifter som gäller både för en ansluten elanläggning till Vattenfalls elnät, men även hur en elkvalitetsmätning ska genomföras och vilka krav som behöver uppfyllas.Åkers Sweden AB, där studien har ägt rum, har induktionsugnar för smältning av metaller. Det förekommer olika tekniska lösningar samt 3 olika fabrikat. Mätningar har genomförts på samtliga dessa fabrikat för att kontrollera om någon av dessa urskiljer sig gentemot de övriga.Genomförda mätningar indikerar att spänningsövertoner förekommer men inte i sådan utsträckning att man inte uppfyller gällande regelverk. Det finns dock anledning till att fortsätta arbetet och utöka mätningarna till övriga objekt inom företaget som inte har ingått i denna studie.Företaget har ett effektabonnemang och en kontroll av detta med avseende på nu gällande effekt och förbrukning under 2015 har genomförts för att kunna ge förslag på eventuella förändringar. Eftersom företaget har ungefär samma produktionsvolym 2016 som 2015 finns anledning till att se över nu gällande avtal för att kunna erhålla en kostnadsreducering.En enkät har skickats ut till samtliga anställda inom företaget med syfte att både upplysa de anställda om vilka kvalitetsproblem som kan förekomma inom ett elnät, men även få en återkoppling på hur de anställda upplever nuvarande situation. Enkäten fick låg svarsfrekvens men svaren som inkom indikerade att de anställda upplever att företaget har en god elkvalitet

Säsongslagring av överskottsenergi

Genom att kartlägga smältugnarna och dess kylvattensystem inom Åkers Sweden AB har en studie genomförts för att analysera vilken potential det finns till att ytterligare återvinna överskottsenergi. Detta har genomförts för att uppfylla de av Sverige ställda miljö- och energi-mål till år 2030 som dels handlar om att vi behöver energieffektivisera våra processer och tillföra mindre energi för att uppnå samma resultat som tidigare. Uppdraget är genomfört på uppdrag av Åkers Ledningsgrupp som önskar förstå om det finns tekniska och ekonomiska förutsättningar att starta upp ett projekt för att investera i ett energilager. Överskottsenergi som idag inte kan tillvaratas kyls bort med sjövatten vilket kan betraktas som ett rent energislöseri. Resultatet påvisar att det finns en potential till att återvinna ytterligare 2 GWh överskottsenergi vilka är möjliga att lagra i ett energilager till en investeringskostnad på 21 MSEK

Elkvalitet på ett industrinät

En tung industri har oftast utrustning installerad som kan bidra till övertoner på ett elnät. Samtidigt är oftast elnäten starka inom dessa industrier vilket ska bidra till att reducera spänningsövertonerna som går att finna på respektive fas.Studien har arbetat med de villkor och föreskrifter som gäller både för en ansluten elanläggning till Vattenfalls elnät, men även hur en elkvalitetsmätning ska genomföras och vilka krav som behöver uppfyllas.Åkers Sweden AB, där studien har ägt rum, har induktionsugnar för smältning av metaller. Det förekommer olika tekniska lösningar samt 3 olika fabrikat. Mätningar har genomförts på samtliga dessa fabrikat för att kontrollera om någon av dessa urskiljer sig gentemot de övriga.Genomförda mätningar indikerar att spänningsövertoner förekommer men inte i sådan utsträckning att man inte uppfyller gällande regelverk. Det finns dock anledning till att fortsätta arbetet och utöka mätningarna till övriga objekt inom företaget som inte har ingått i denna studie.Företaget har ett effektabonnemang och en kontroll av detta med avseende på nu gällande effekt och förbrukning under 2015 har genomförts för att kunna ge förslag på eventuella förändringar. Eftersom företaget har ungefär samma produktionsvolym 2016 som 2015 finns anledning till att se över nu gällande avtal för att kunna erhålla en kostnadsreducering.En enkät har skickats ut till samtliga anställda inom företaget med syfte att både upplysa de anställda om vilka kvalitetsproblem som kan förekomma inom ett elnät, men även få en återkoppling på hur de anställda upplever nuvarande situation. Enkäten fick låg svarsfrekvens men svaren som inkom indikerade att de anställda upplever att företaget har en god elkvalitet

Web Site for credit loans

This report describes the development of a well–functioning and aesthetically appealing web portal and associated database for a company called Svensk Kredit &amp; Försäkringsförmedling AB (Translated: Swedish Credit &amp; Insurance intermediation AB). The portal will test customers' creditworthiness through another company called Business Check in Sweden AB. Administrators to the web portal have a special user interface to display all customers, to disburse the money to the customer and edit customer information. A super–user interface is available for administrators where they can change the information on all administrator accounts. Many aspects of security has been addressed because the web portal will handle personal information. The portal must also be protected against manipulation. It should not be possible for someone to manipulate the web portal. One example is the loan application form which uses a number of functions that control the input data against SQL–injection and inaccurate data.Denna rapport beskriver uppbyggnaden av en väl fungerande och estetisk tilltalande webbportal med tillhörande databas till ett företag som heter Svensk Kredit &amp; Försäkringsförmedling AB. Webbportalen ska testa kunders kreditvärdighet med hjälp av ett annat företag som heter Business Check i Sverige AB. Administratörerna till webbportalen har ett speciellt användargränssnitt för att kunna lista alla kunder, kunna betala ut lån och redigera kundinformation. Även ett superanvändargränssnitt finns tillgängligt för administratörerna där de kan ändra information om alla administratörskonton. Många aspekter inom säkerhet har diskuterats då webbportalen ska vara driftsäker och personuppgifter ska omhändertas. Webbportalen måste även vara skyddad för manipulation så inte användare ska kunna ändra webbportalens funktioner till sin fördel. Ett exempel på detta är låneansökningsformuläret som använder sig av ett flertal funktioner som kontrollerar de inmatade uppgifterna mot SQL–injektion och felaktiga uppgifter

WLAN Security : IEEE 802.11b or Bluetooth - which standard provides best security methods for companies?

Which security holes and security methods do IEEE 802.11b and Bluetooth offer? Which standard provides best security methods for companies? These are two interesting questions that this thesis will be about. The purpose is to give companies more information of the security aspects that come with using WLANs. An introduction to the subject of WLAN is presented in order to give an overview before the description of the two WLAN standards; IEEE 802.11b and Bluetooth. The thesis will give an overview of how IEEE 802.11b and Bluetooth works, a in depth description about the security issues of the two standards will be presented, security methods available for companies, the security flaws and what can be done in order to create a secure WLAN are all important aspects to this thesis. In order to give a guidance of which WLAN standard to choose, a comparison of the two standards with the security issues in mind, from a company&apos;s point of view is described. We will present our conclusion which entails a recommendation to companies to use Bluetooth over IEEE 802.11b, since it offers better security methods

Informe científico de Beca de Estudio: González Forte, Lucía Del Sol (2013)

El uso de pol&iacute;meros naturales es una tendencia actual para optimizar los recursos y reducir los desechos industriales. En particular el almid&oacute;n es un producto agroindustrial cuyo uso se ha generalizado en los &uacute;ltimos a&ntilde;os. Sin embargo, las propiedades mec&aacute;nicas no son adecuadas para su empleo en recubrimientos de alimentos y deben ser modificadas. En este plan, se han ensayado diversas formulaciones conteniendo alcohol polivin&iacute;lico (PVA), poliuretanos y glicerol como plastificantes. Para modificar las propiedades del almid&oacute;n, de tal manera que sea de utilidad, con esos compuestos plastificantes se requiere incorporar grandes cantidades y la mezcla resulta entonces con bajos contenidos de almid&oacute;n (aproximadamente 30% p/p) con lo cu&aacute;l se pierde el objetivo principal. Nuestra meta ha sido obtener pel&iacute;culas adecuadas con un alto contenido de almid&oacute;n (70% p/p), para lograr de esa manera que la pel&iacute;cula sea f&aacute;cilmente degradable en un alto porcentaje. Para lograr ese objetivo se han empleado mezclas de PVA comercial y un poliuretano de muy baja temperatura de transici&oacute;n v&iacute;trea, sintetizado en el laboratorio a base de un poliol de alto peso molecular y un diisocianato in&oacute;cuo y permitido por el C&oacute;digo Alimentario Argentino para su uso en contacto con alimentos. Durante el per&iacute;odo se hicieron las combinaciones para lograr el objetivo propuesto y luego de numerosas pruebas se seleccionaron pel&iacute;culas con 70% p/p de almid&oacute;n y con 30% p/p de combinaciones de PVA y el poliuretano sintetizado en relaciones 25/5, 20/10 y 15/15, respectivamente. Sobre esas pel&iacute;culas se han comenzado a realizar ensayos de caracterizaci&oacute;n empleando FTIR (transmisi&oacute;n y reflectancia), an&aacute;lisis t&eacute;rmico (MDSC), goniometr&iacute;a (&aacute;ngulo de contacto), DMA y tracci&oacute;n. Tambi&eacute;n se realizaron ensayos de incorporaci&oacute;n de aditivos antioxidantes como butil hidroxitolueno (BHT) y alfa-tocoferol (vitamina E). Los resultados preliminares indican una buena incorporaci&oacute;n del &uacute;ltimo hasta un 5% p/p. La incorporaci&oacute;n de BHT result&oacute; m&aacute;s dificultosa en niveles del 5% p/p y se realizan ensayos con 3% p/p. Estos niveles resultar&iacute;an adecuados para una correcta preservaci&oacute;n de los quesos. Por otro lado se est&aacute;n realizando ensayos de liberaci&oacute;n de los antioxidantes en isooctano, un medio simulante para alimentos de alto contenido graso recomendado por la Uni&oacute;n Europea como alternativa al aceite de oliva. Se han realizado las curvas de calibraci&oacute;n para BHT y tocoferol empleando espectroscopia UV-visible y se ha comprobado la integridad de las pel&iacute;culas en el medio simulante no observ&aacute;ndose una absorci&oacute;n del mismo