Design of the TRONCO BioConductor Package for TRanslational ONCOlogy

Models of cancer progression provide insights on the order of accumulation of genetic alterations during cancer development. Algorithms to infer such models from the currently available mutational profiles collected from different cancer patients (cross-sectional data) have been defined in the literature since late the 90s. These algorithms differ in the way they extract a graphical model of the events modelling the progression, e.g., somatic mutations or copy-number alterations. TRONCO is an R package for TRanslational ONcology which provides a series of functions to assist the user in the analysis of cross-sectional genomic data and, in particular, it implements algorithms that aim to model cancer progression by means of the notion of selective advantage. These algorithms are proved to outperform the current state-of-the-art in the inference of cancer progression models. TRONCO also provides functionalities to load input cross-sectional data, set up the execution of the algorithms, assess the statistical confidence in the results, and visualize the models

Efficient computational strategies to learn the structure of probabilistic graphical models of cumulative phenomena

Structural learning of Bayesian Networks (BNs) is a NP-hard problem, which is further complicated by many theoretical issues, such as the I-equivalence among different structures. In this work, we focus on a specific subclass of BNs, named Suppes-Bayes Causal Networks (SBCNs), which include specific structural constraints based on Suppes' probabilistic causation to efficiently model cumulative phenomena. Here we compare the performance, via extensive simulations, of various state-of-the-art search strategies, such as local search techniques and Genetic Algorithms, as well as of distinct regularization methods. The assessment is performed on a large number of simulated datasets from topologies with distinct levels of complexity, various sample size and different rates of errors in the data. Among the main results, we show that the introduction of Suppes' constraints dramatically improve the inference accuracy, by reducing the solution space and providing a temporal ordering on the variables. We also report on trade-offs among different search techniques that can be efficiently employed in distinct experimental settings. This manuscript is an extended version of the paper "Structural Learning of Probabilistic Graphical Models of Cumulative Phenomena" presented at the 2018 International Conference on Computational Science

TRONCO: an R package for the inference of cancer progression models from heterogeneous genomic data

Motivation: We introduce TRONCO (TRanslational ONCOlogy), an open-source R package that implements the state-of-the-art algorithms for the inference of cancer progression models from (epi)genomic mutational profiles. TRONCO can be used to extract population-level models describing the trends of accumulation of alterations in a cohort of cross-sectional samples, e.g., retrieved from publicly available databases, and individual-level models that reveal the clonal evolutionary history in single cancer patients, when multiple samples, e.g., multiple biopsies or single-cell sequencing data, are available. The resulting models can provide key hints in uncovering the evolutionary trajectories of cancer, especially for precision medicine or personalized therapy. Availability: TRONCO is released under the GPL license, it is hosted in the Software section at http://bimib.disco.unimib.it/ and archived also at bioconductor.org. Contact: [email protected]

Avaliação imunobioquímica de células com diferentes perfis de ciclagem em leucemias agudas

Alterações relevantes como: reprogramação metabólica, mudança no perfil de expressão gênica, proteica e interação com células do sistema imune são observadas nas células precursoras mieloides e linfoides presentes na medula óssea, como a Leucemia Mieloide Aguda (LMA) e a Leucemia Linfocítica Aguda (LLA-B). Dessa forma, é necessário investigar formas de identificar e atingir as células que são consideradas as maiores responsáveis pela resistência e recorrência, dentre as diferentes populações neoplásicas. Por isso, neste projeto, propusemos a avaliação de características do metabolismo e de diversos marcadores de células slow-cycling ou marcadores de Leukemia Stem Cells (LSCs). Primeiramente, analisamos dados de expressão gênica disponíveis publicamente de pacientes de LMA e LLA-B, onde comparamos a expressão de diversos marcadores associados com as LSCs e as células slow-cycling em amostras recorrentes de medula e amostras primárias de medula. Observamos um enriquecimento de expressão de genes da assinatura de LSCs e células slow-cycling nas amostras recorrentes, assim como identificamos grupos de genes, diferentes para LLA-B e LMA, que apresentam potencial como biomarcadores de LSCs ou células slow-cycling e para detecção da Doença Residual Mínima (DRM). Além disso, observamos conjuntos de vias enriquecidas nas amostras recorrentes que podem indicar processos metabólicos relevantes para a persistência de células leucêmicas após o tratamento. Em seguida, analisamos amostras de medula de pacientes com LMA ou LLA-B no momento do diagnóstico e no momento da primeira avaliação da DRM. As análises foram realizadas antes e após o tratamento dos pacientes de forma a identificar possíveis alterações nas populações celulares mediante tratamento. Esta abordagem permitiu uma análise única sobre as populações tumorais de cada paciente e como elas respondem ao tratamento. Adicionalmente, a análise dos resultados estratificados de acordo com o risco designado no momento do diagnóstico possibilitou a visualização de diferentes perfis entre os pacientes, que, eventualmente, podem contribuir para estratégias de alocação de risco e prognóstico. Analisamos a expressão gênica de um conjunto de genes de interesse por estarem envolvidos em vias metabólicas e processos biológicos relevantes aos fenótipos slow-cycling e de LSCs e observamos diferenças de expressão entre diagnóstico e DRM, a maioria dos genes analisados apresentou aumento de expressão na DRM. Realizamos uma análise populacional dos blastos dos pacientes de LLA-B e LMA por imunofenotipagem, observando a expressão de marcadores de interesse e de checkpoints imunes. As populações mais imaturas de blastos (CD34+) apresentaram maior expressão dos marcadores analisados, em geral. Também observamos a expressões de checkpoints imunes em populações de células imunes (monócitos, linfócitos e neutrófilos) destes mesmos pacientes, quando possível. Por fim, observamos características do metabolismo das células nestas amostras, antes e após o tratamento, em relação à glicólise, metabolismo de ácidos graxos, fosforilação oxidativa. Também observamos a capacidade de quimiorresistência diferencial entre células slow- e fast-cycling. O entendimento do funcionamento diferencial das LSCs e das células slow-cycling em relação às outras populações de células leucêmicas é crucial não apenas para encontrar tratamentos que as atinjam especificamente, como também para identificá-las propriamente, com as ferramentas atuais de diagnóstico, além de abrir caminho para novos alvos de tratamento que compreendem a complexidade da heterogeneidade tumoral.Relevant alterations such as: metabolic reprogramming, changes in gene and protein expression profile and interaction with immune system cells are observed in myeloid and lymphoid precursor cells present in the bone marrow, in Acute Myeloid Leukemia (AML) and Acute Lymphocytic Leukemia (ALL-B). Thus, it is necessary to investigate ways to identify and target the cells that are considered responsible for resistance and recurrence, among the different neoplastic populations. Therefore, in this project, we proposed the evaluation of metabolic characteristics and of several slow-cycling cell markers or Leukemia Stem Cells (LSCs) markers. First, we analyzed publicly available gene expression data from AML and ALL-B patients, where we compared the expression of several markers associated with LSCs and slowcycling cells in recurrent bone marrow samples and primary bone marrow samples. We observed an enrichment of gene expression signature of LSCs and slow-cycling cells in the recurrent samples, as well as identified groups of genes, different for ALL-B and AML, that have potential as biomarkers for LSCs or slow-cycling cells and for detection of Minimal Residual Disease (MRD). Furthermore, we observed sets of enriched pathways in the recurrent samples that may indicate metabolic processes relevant to the persistence of leukemic cells after treatment. We then analyzed bone marrow samples from patients with AML or B-ALL at the time of diagnosis and at the time of the first MRD assessment. Analyses were performed before and after treatment of patients in order to identify possible changes in cell populations upon treatment. This approach allowed for a unique analysis of each patient's neoplastic populations and how they respond to treatment. Additionally, the analysis of results stratified according to the risk assigned at the time of diagnosis made it possible to visualize different profiles among patients, which, eventually, may contribute to risk allocation and prognosis strategies. We analyzed the gene expression of a set of genes of interest because they are involved in metabolic pathways and biological processes relevant to slow-cycling and LSCs phenotypes and we observed differences in expression between diagnosis and MRD, most of the analyzed genes showed increased expression in MRD. We performed a population analysis of blasts from BALL and AML patients by immunophenotyping, observing the expression of markers of interest and immune checkpoints. The most immature populations of blasts (CD34+) showed higher expression of the analyzed markers, in general. We also observed the expression of immune checkpoints in populations of immune cells (monocytes, lymphocytes and neutrophils) from these same patients, when possible. Finally, we observed characteristics of cell metabolism in these samples, before and after treatment, in relation to glycolysis, fatty acid metabolism and oxidative phosphorylation. We also observed differential chemoresistance between slow- and fast-cycling cells. Understanding the differential functioning of LSCs and slow-cycling cells in relation to other leukemic cell populations is crucial not only to find treatments that specifically target them, but also to identify them properly, with current diagnostic tools, in addition to pave the way for new treatment targets that comprehend the complexity of tumor heterogeneity

Abordagem de diferentes aspectos do microambiente e da heterogeneidade tumoral e sua influência no comportamento de gliomas

A heterogeneidade entre as células tumorais e o suporte a elas proporcionado pelos componentes do microambiente tumoral (TME) são os dois principais responsáveis pela progressão do câncer e por tornar essas doenças essencialmente incuráveis. Assim, identificar as principais dependências das células malignas, sejam elas internas ou advindas do meio extracelular, é fundamental para entender seu comportamento e propor terapias mais eficientes. Nesta tese, abordamos aspectos destas duas questões separadamente. Em um primeiro trabalho, investigamos as interações de células tumorais com células-tronco mesenquimais (MSCs), um dos principais componentes do TME. MSCs participam ativamente do nicho tumoral, especialmente por serem capazes de liberar uma vasta gama de moléculas que, via sinalização parácrina, podem modular as células ao seu redor. No entanto, os principais mediadores e respectivos efeitos do secretoma dessas células nos tumores ainda precisam ser melhor elucidados. Ao investigar esses efeitos em glioblastomas (GBM), um dos tumores primários mais agressivos em adultos, mostramos que o secretoma de células-tronco mesenquimais derivadas de tecido adiposo humano (hADSCs) foi capaz de bloquear a autofagia das células malignas. Nossos dados revelaram que o secretoma de hADSCs ativou a via de sinalização de mTORC1 e reduziu a translocação nuclear de TFEB, um fator de transcrição chave que regula a autofagia e a a função lisossomal, nas células de GBM, impedindo que o fluxo autofágico fosse completado. Já em um segundo trabalho, no contexto da heterogeneidade celular em tumores, propusemos uma abordagem para análise de dados de céulas únicas focada em outliers. Minorias celulares com níveis anormalmente elevados, ou reduzidos, de expressão de determinados genes ou proteínas são em muitos casos responsáveis por resistir aos tratamentos e levar à recidiva da doença, ao mesmo tempo que, por serem outliers, são muitas vezes ignoradas ou excluídas das análises de dados. Assim, decidimos utilizar métodos estatísticos em dados de expressão de células únicas para detectar e analisar células outliers, comparando o seu comportamento com as demais células não-outliers. Denominamos essa abordagem de Single Cell OUTlier analysis (SCOUT) e a testamos em dados de células tumorais avaliadas por citometria de massas e por sequenciamento de RNA de células únicas (sc-RNA-seq). Como resultado, pudemos confirmar que, especialmente diante de determinados tratamentos, células outliers podem se comportar de maneira distinta de não-outliers, revelando informações potencialmente relevantes ao desenvolvimento de estretégias terapêuticas. Por fim, desenvolvemos uma ferramenta para automatizar a detecção e seleção de outliers em dados de célula única a fim de facilitar o estudo dessas células em diversos aspectos na pesquisa do câncer.Intratumoral heterogeneity and the support provided by components of the tumor microenvironment (TME) to malignant cells are major contributors to cancer progression, and the two main factors that make this disease essentially incurable. Thus, identifying malignant cells dependencies, either in the intra- or extracellular environment, is fundamental to understand their behavior and propose more efficient therapies. In this thesis, we approached aspects of these two issues separately. In a first work, we investigated interactions between tumors and mesenchymal stem cells (MSCs), one of the main components in the TME. MSCs actively participate in the tumor niche, especially due to their capacity of releasing a wide range of molecules that can modulate cells in their surroundings. However, little is known about the effects of MSCs-derived molecules in tumor cells behavior. In investigating these effects on glioblastomas (GBM), one of the most aggressive primary tumors in adults, we found out that the secretome of human adipose-derived stromal cells (hADSCs) was able to block autophagy in malignant cells. Our data revealed that hADSCs secretome activated mTORC1 signaling pathway and reduced nuclear translocation of TFEB, a master transcription factor that regulates autophagy and lysosomal function, in GBM cells, preventing autophagic flux from being completed. In a second work, we addressed intratumoral heterogeneity by proposing an approach to analyze outliers in single cell data. Cellular minorities with abnormally high, or low, expression levels of certain genes or proteins are in many cases responsible for resisting treatments and lead to disease relapse, while for being outliers they are also frequently ignored or excluded from data analysis. Thus, we decided to apply statistical methods on single cell expression data to detect outliers and analyze them, comparing their behavior with the remaining non-outlier cells. We called this approach Single Cell OUTlier analysis (SCOUT) and tested it on tumor cell datasets obtained from mass cytometry and single cell RNA sequencing (scRNA-seq) experiments. Using SCOUT we were able to confirm that, especially upon specific treatments, outlier cells may behave differently from non-outliers, revealing potentially relevant information to aid in the development of novel therapeutic strategies. Finally, we developed a tool to automate detection and selection of outliers in single cell data with the aim to facilitate the study of these cells under different contexts in cancer research

Estudo in vitro da atividade antitumoral do ditelureto de difenila e mecanismos de ação relacionados em células tumorais

O câncer colorretal (CCR) é uma doença de grande impacto econômico e social, principalmente em países emergentes, ocupando a posição de terceiro lugar entre as neoplasias malignas mais frequentes no mundo, além de apresentar elevada taxa de mortalidade. Nesse cenário, os compostos organotelurados (OT) se apresentam como agentes com potencial futuro emprego na terapia antitumoral. O ditelureto de difenila (DTDF), um composto OT, induziu citotoxicidade, genotoxicidade, clastogenicidade e parada do ciclo celular em células de mamífero (V79) reportado em estudos. Esses efeitos, em parte, são devido a inibição da enzima topoisomerase I (TOP1) e indução de estresse oxidativo, os quais sugeriram a possibilidade de investigar a ação citotóxica dessa molécula em células de câncer. Neste sentido, o objetivo deste estudo foi avaliar os efeitos do DTDF em HCT116 (CCR) em comparação a células não tumorais MRC5 (fibroblasto humano), determinando possíveis mecanismos de ação que estão envolvidos no processo citotóxico. Os resultados indicaram que as células HCT116 são mais sensíveis aos efeitos citotóxicos do DTDF quando comparadas à linhagem MRC5. Nesta direção, também ocorreu a diminuição da viabilidade celular em células HeLa expostas ao DTDF. No contexto de morte celular, foi observada a indução de apoptose nas linhagens HCT116 e HeLa expostas ao DTDF por 24 e 48 h, sendo que o processo apoptótico ocorreu de maneira dependente de caspases. Além disso, nas linhagens HCT116 e MRC5 tratadas com o DTDF ocorreu a parada no ciclo celular, expressa pelo acúmulo de células em fase G2/M em 24 e 48 h de exposição. Esses efeitos observados podem ser consequência de danos no DNA, e a avaliação pelo ensaio cometa mostrou o aumento de danos de DNA em HCT116 e MRC5 expostas ao DTDF em relação ao controle em ambas as condições de 3 e 24 h. De modo interessante, foi constatado que o aumento de quebras duplas de DNA foi induzido em HCT116 e HeLa expostas ao DTDF por 1 h, efeito que foi verificado pelo aumento da fosforilação da histona H2AX, ocorrendo principalmente em células que se encontram em fase S do ciclo celular. Uma causa possível da formação de quebras duplas é a inibição de TOP1 e/ou indução de estresse oxidativo. Tendo isso em vista, foi observado que a exposição de HCT116 e MRC5 ao DTDF levou a estabilização de complexos clicáveis de topoisomerase I (ccTOP1), indicando efeito de inibição da enzima TOP1 do tipo poison. A exposição das células HCT116 e MRC5 ao DTDF por 3 e 24 h induziu o aumento de estresse oxidativo, verificado pelo aumento de espécies reativas de oxigênio (EROs). Os resultados apresentados nesse estudo apontam os mecanismos de ação que induzem a formação de quebras duplas de DNA induzidos pelo DTDF em células replicativas, efeito que pode ser explicado pela estabilização de ccTOP1 e indução de EROs. Como consequência destes efeitos, a diminuição de viabilidade celular e indução de processo apoptótico por via de caspases induzidos pelo DTDF afirmam o efeito antiproliferativo em células de CCR e o potencial dessa molécula de ser aplicada na terapia antitumoral.Colorectal cancer (CRC) presents high economic and social impact, especially in emerging countries, occupying the third position among the most frequent malignant neoplasms in the world, in addition presenting a high mortality index. Organotellurium compounds (OT) stand out in this emerging scenario in the search for new anticancer compounds presenting high cytotoxicity in cancer cells. Diphenyl ditelluride (DPDT), an OT compound, presents antigenotoxic and antimutagenic activity at non cytotoxic doses, while in cytotoxic doses the antiproliferative activity was evidenced in mammalian cells (V79). In cytotoxic doses the DPDT showed effects of genotoxicity, clastogenicity and cycle arrest induction. Furthermore, inhibition of topoisomerase I (TOP1) enzyme was evidenced for the first time in Saccharomyces cerevisiae and by plasmid DNA relaxation assay. The aim of the study was to evaluate the cytotoxicity of this DPDT in CRC (HCT116) and human fibroblast (MRC5) cell lines, determining the mechanisms of action occurring in cellular level. Results showed that CRC HCT116 cells are more sensitive to DPDT-induced cytotoxicity when compared to the human fibroblast MRC5. Evaluated by the comet assay, the DNA damage increased in HCT116 treated with DPDT presented higher DNA damage index when compared to MRC5 in both 3 and 24 h of exposure. The DNA double strand breaks induction was evidenced by histone H2AX phosphorylation induction in HCT116 and cervical cancer cell (HeLa) exposed to DTDF at 1 h, an event that occurred mainly in replicative (S phase) cells. The exposure of HCT116 and MRC5 to DPDT induced the stabilization of TOP1- DNA cleavable complexes (TOP1cc), indicating a poison effect induced by DPDT in TOP1 enzyme. The HCT116 and MRC treated with DPDT at 3 and 24 h increase oxidative stress, evidenced by the increasing of reactive oxygen species (ROS). In addition, exposure of cells to DTDF led to cell cycle arrest, expressed by accumulation in G2/M phase in HCT116 and MRC5 at 24 and 48 h of exposure. The evaluation of apoptosis induction, when cells are exposed to DPDT, occurs the accumulation of cells in late apoptosis after 24 and 48 h of DPDT exposure. The same methodology to detect apoptosis was performed pre-incubating condition with caspase inhibitor, which inhibit the induction of apoptosis e increasing the cell viability, showing that DPDT-induced apoptosis occurs in a caspase dependent manner. The results presented in this study points the mechanisms of action that leads the double strand breaks formation, effect that leads to TOP1cc stabilization and ROS induction. Consequently, these effects of cell viability decreased and apoptosis induction in DPDT-induced cytotoxicity process, affirm the antiproliferative effect on CCR cells and the potential of this molecule to be appliedin antitumor therapy

Enhanced fatty acid oxidation confers resistance to glutaminase inhibition in triple-negative breast cancer cells

Orientador: Sandra Martha Gomes DiasTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: O câncer de mama triplo-negativo (TN) corresponde a cerca de 15% dos casos diagnosticados da doença e é caracterizado pela ausência dos receptores de hormônios progesterona e estrógeno e do receptor de membrana HER2 e, por isso, não responde aos tratamentos convencionais para o câncer de mama. Estudos recentes têm mostrado uma relação entre o câncer de mama TN e o metabolismo alterado, sugerindo que a reprogramação metabólica (com dependência do aminoácido glutamina) pode ser chave na progressão da doença e importante no desenvolvimento de novas terapias. Dado que a inibição da enzima glutaminase (GLS), primeira na via de metabolismo de glutamina, já está sendo avaliada na terapêutica de tumores de mama triplo-negativo com o composto CB-839 (Fase Clinica II), nós avaliamos quais mecanismos metabólicos alternativos poderiam ser acionados com o tratamento, causando a resistência deste subtipo tumoral ao composto. Inicialmente, confirmamos dados da literatura que mostram uma dependência variada à glutamina e sensibilidade ao composto CB-839 em linhagens celulares TN e, dessa maneira, identificamos células resistentes (inibição de proliferação menor que 50% em relação ao veículo) e sensíveis ao tratamento (morte ou inibição de proliferação maior que 50%). Em seguida, a partir da análise de dados de transcriptômica de linhagens e tecidos tumorais, observamos que genes relacionados ao metabolismo de lipídios são diferencialmente expressos entre células resistentes e sensíveis ou entre tumores com baixo e alto nível de expressão de GLS. Especificamente, diversos genes relacionados ao processo de beta-oxidação estão com expressão aumentada em tecidos tumorais com baixa expressão de GLS. Além disso, pacientes com tumores com baixa expressão de GLS e maior expressão de Carnitina Palmitoiltranferase (CPT1) apresentaram pior prognóstico. Para validar se beta-oxidação é uma via metabólica importante em linhagens resistentes ao CB-839, verificamos o nível proteico de CPT1 e CPT2, atividade de CPT1 e sensibilidade ao etomoxir (inibidor da beta-oxidação) dessas linhagens. Como resultado, verificamos que células resistentes ao CB-839 têm maior nível proteico de CPT2, maior atividade de CPT1 e apresentam maior sensibilidade ao etomoxir (em relação à proliferação) do que células sensíveis. Observamos também que CB-839 impacta menos na morfologia mitocondrial e nível de ATP em linhagens resistentes em relação às células sensíveis. Além disso, o tratamento conjunto de CB-839 com etomoxir nas células resistentes tem maior impacto na respiração celular de ácidos graxos, nível de ATP intracelular e nos fenótipos de crescimento, invasão e migração celular. Por fim, observamos que os níveis de fosforilação de Tyr172 em Proteína cinase ativada por AMP (AMPK) e Ser72 em Acetil-CoA Carboxilase (ACC) são maiores em tumores com menor expressão de GLS, provendo as bases moleculares para a ativação da beta-oxidação em células resistentes ao CB-839. Em sumário, concluímos que o metabolismo de glutamina e de ácidos graxos dão plasticidade metabólica para os tumores de mama triplo-negativo e que os níveis proteicos de CPT1 e CPT2 devem ser usados como marcadores de resposta ao tratamento com CB-839Abstract: Triple-negative breast cancer accounts for about 15% of all breast cancer, characterized by a lack of estrogen and progesterone receptor expression (ESR and PGR, respectively) and the absence of human epithelial growth factor receptor (ERBB2) amplification. Therefore, this subtype does not respond to conventional treatments for breast cancer. Recent studies have shown a relationship between triple-negative breast cancer and altered metabolism, suggesting that metabolic reprogramming (with dependence on the amino acid glutamine) may be key to disease progression and promising in the development of new therapies. Inhibition of Glutaminase enzyme (GLS), first in the glutamine metabolism pathway, has been evaluated in the treatment of triple-negative breast tumors with compound CB-839 (Clinical Phase II) and, therefore, we evaluated which alternative metabolic mechanisms could be triggered with the treatment, causing tumor resistance to the compound. Initially, we confirmed literature data showing a varyable dependence on glutamine and sensitivity to CB-839 in TN cell lines and, thus, identified resistant (proliferation inhibition less than 50% compared to vehicle tretatment) and sensitive (death or proliferation inhibition more than 50% of that of the vehicle-treated cells) cells lines. Then, from the analysis of transcriptomic data from cells lines and tumor tissues, we observed that the genes related to lipid metabolism are differentially expressed between resistant and sensitive cells and between tumors with low or high GLS expression. Specifically, several genes related to the beta-oxidation process have increased expression in tumor tissues with low GLS expression. In addition, patients with tumors with lower GLS associated to higher CPT1 expression show worse prognosis. In order to validate whether beta-oxidation is an important metabolic pathway in resistant cells lines, we evaluated CPT1 and CPT2 protein expression, CPT1 activity, and etomoxir sensibility (beta-oxidation inhibitor) levels on those cells. Cells resistant to CB-839 have higher CPT2 protein level, higher CPT1 activity and are more sensitive to etomoxir (in relation to proliferation) than sensitive cells. We also observed that CB-839 treatment impacted less the mitochondrial morphology and ATP levels of resistant compared to sensitive cells. Combined treatment of CB-839 with etomoxir in resistant cells promoted a greater impact on cellular respiration of fatty acids, intracellular ATP level, cell proliferation, invasion and migration phenotypes. The levels of Tyr172 phosphorylation in AMPK and Ser72 in ACC are higher in tumors with lower GLS expression, providing the molecular bases for the activation of beta-oxidation in CB-839-resistant cells. In summary, we conclude that glutamine and fatty acid metabolism provide metabolic plasticity for triple-negative breast tumors and that the protein levels of CPT1 and CPT2 should be used as markers of response to CB-839 treatmenDoutoradoGenetica Animal e EvoluçãoDoutora em Genética e Biologia Molecular2014/18061-9FAPES

III Karyokinesis Symposium - Event Proceedings

Livro de resumos escritos e gráficos do evento III Karyokinesis Symposium - Science: work in progress!Abstract book of the III Karyokinesis Symposium - Science: work in progress. The premisse of the Karyokinesis Symposium is to provide the opportunity for knowledge involving cell, molecular and development biology to be shared and multiplied. The event was held by graduate students from the Programa de Pós Graduação em Biologia Celular e do Desenvolvimento da Universidade Federal de Santa Catarina. The 123 approved abstracts are included in this bookRecursos próprio

Desarrollo de modelos in vitro de dolor y su aplicación al cribado de alto rendimiento

A pesar de que el dolor neuropático es una patología con una gran prevalencia y altamente incapacitante, continúa siendo una necesidad terapéutica no cubierta debido a la escasa eficacia de los fármacos empleados para su tratamiento. Para buscar fármacos para el dolor neuropático con nuevos mecanismos de acción, en la presente tesis doctoral se desarrolló y caracterizó un modelo de cribado de alto rendimiento basado en una línea celular inmortalizada de origen neuronal; este modelo resulta adecuado para buscar moléculas que contrarresten tanto la hiperexcitabilidad de las neuronas sensoriales primarias como la neurodegeneración que producen algunos tratamientos antitumorales y antirretrovirales