RNA-based regulation: dynamics and response to perturbations of competing RNAs

The observation that, through a titration mechanism, microRNAs (miRNAs) can act as mediators of effective interactions among their common targets (competing endogenous RNAs or ceRNAs) has brought forward the idea ('ceRNA hypothesis') that RNAs can regulate each other in extended 'cross-talk' networks. Such an ability might play a major role in post-transcriptional regulation (PTR) in shaping a cell's protein repertoire. Recent work focusing on the emergent properties of the cross-talk networks has emphasized the high flexibility and selectivity that may be achieved at stationarity. On the other hand, dynamical aspects, possibly crucial on the relevant time scales, are far less clear. We have carried out a dynamical study of the ceRNA hypothesis on a model of PTR. Sensitivity analysis shows that ceRNA cross-talk is dynamically extended, i.e. it may take place on time scales shorter than those required to achieve stationairity even in cases where no cross-talk occurs in the steady state, and is possibly amplified. Besides, in case of large, transfection-like perturbations the system may develop strongly non-linear, threshold response. Finally, we show that the ceRNA effect provides a very efficient way for a cell to achieve fast positive shifts in the level of a ceRNA when necessary. These results indicate that competition for miRNAs may indeed provide an elementary mechanism to achieve system-level regulatory effects on the transcriptome over physiologically relevant time scales.Comment: Main text: 10 pages, 13 figures. Supporting Text: 3 pages, 6 figure

Kinetic modelling of competition and depletion of shared miRNAs by competing endogenous RNAs

Non-conding RNAs play a key role in the post-transcriptional regulation of mRNA translation and turnover in eukaryotes. miRNAs, in particular, interact with their target RNAs through protein-mediated, sequence-specific binding, giving rise to extended and highly heterogeneous miRNA-RNA interaction networks. Within such networks, competition to bind miRNAs can generate an effective positive coupling between their targets. Competing endogenous RNAs (ceRNAs) can in turn regulate each other through miRNA-mediated crosstalk. Albeit potentially weak, ceRNA interactions can occur both dynamically, affecting e.g. the regulatory clock, and at stationarity, in which case ceRNA networks as a whole can be implicated in the composition of the cell's proteome. Many features of ceRNA interactions, including the conditions under which they become significant, can be unraveled by mathematical and in silico models. We review the understanding of the ceRNA effect obtained within such frameworks, focusing on the methods employed to quantify it, its role in the processing of gene expression noise, and how network topology can determine its reach.Comment: review article, 29 pages, 7 figure

DAYA CERNA LIPID PADA PAKAN IKAN KUWE (CARANX IGNOBILIS) DALAM WAKTU YANG BERBEDA

ABSTRAKPenelitian ini bertujuan untuk mengetahui daya cerna lipid pada ikan kuwe (Caranx ignobilis) yang diberi pakan ikan rucah pada waktu yang berbeda . Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Agustus 2015 bertempat di Balai Perikanan Budidaya Air Payau Ujung Batee, Banda Aceh. Penelitian ini menggunakan rancangan acak lengkap dengan 5 taraf perlakuan dan 4 kali ulangan pada waktu yang berbeda mulai dari 0; 2.5; 5; 7.5 dan 10 jam. Hasil uji Analysis of Varian (ANOVA ) menunjukkan bahwa perlakuan waktu cerna berpengaruh nyata terhadap daya cerna lipid ikan kuwe (Caranx ignobilis). Hasil uji lanjut Duncan menyatakan bahwa terdapat perbedaan nilai daya cerna lipid pada setiap perlakuan waktu cerna . Daya cerna lipid tertinggi adalah pada jam ke-7,5 yaitu 2,23%.Kata kunci : Daya cerna, lipid, ikan kuwe (Caranx ignobilis

Construction of competing endogenous RNA networks from paired RNA-seq data sets by pointwise mutual information

© 2019 The Author(s). Background: A long noncoding RNA (lncRNA) can act as a competing endogenous RNA (ceRNA) to compete with an mRNA for binding to the same miRNA. Such an interplay between the lncRNA, miRNA, and mRNA is called a ceRNA crosstalk. As an miRNA may have multiple lncRNA targets and multiple mRNA targets, connecting all the ceRNA crosstalks mediated by the same miRNA forms a ceRNA network. Methods have been developed to construct ceRNA networks in the literature. However, these methods have limits because they have not explored the expression characteristics of total RNAs. Results: We proposed a novel method for constructing ceRNA networks and applied it to a paired RNA-seq data set. The first step of the method takes a competition regulation mechanism to derive candidate ceRNA crosstalks. Second, the method combines a competition rule and pointwise mutual information to compute a competition score for each candidate ceRNA crosstalk. Then, ceRNA crosstalks which have significant competition scores are selected to construct the ceRNA network. The key idea, pointwise mutual information, is ideally suitable for measuring the complex point-to-point relationships embedded in the ceRNA networks. Conclusion: Computational experiments and results demonstrate that the ceRNA networks can capture important regulatory mechanism of breast cancer, and have also revealed new insights into the treatment of breast cancer. The proposed method can be directly applied to other RNA-seq data sets for deeper disease understanding

HUBUNGAN PENGGUNAAN OAINS TERHADAP KEJADIAN PERDARAHAN SALURAN CERNA ATAS PADA PASIEN YANG MENJALANI ENDOSKOPI DI RS.IBNU SINA MAKASSAR

Perdarahan yang terjadi pada saluran pencernaan bagian atas merupakan kasus yang paling umum pada perdarahan saluran pencernaan, biasanya disebabkan oleh penggunaan obat anti inflamasi non steroid (OAINS) dengan tingkat kejadian sekitar 75-80%. Endoskopi gastrointestinal memiliki akurasi 90% dalam mendiagnosis dan mengelola perdarahan saluran cerna karena itu digunakan sebagai gold standard dalam mendiagnosa perdarahan saluran cerna. Penelitian ini menggambarkan hubungan penggunaan OAINS terhadap kejadian perdarahan saluran cerna atas dengan menggunakan diagnostik endoskopi dan riwayat penggunaan OAINS di RS. Ibnu Sina Makassar Tahun 2021. Penelitian analitik observasional dengan pendekatan cross sectional dilaksanakan bulan Juni-Juli 2023 dengan menggunakan data sekunder rekam medik pasien yang menjalani pemeriksaan endoskopi karena perdarahanan saluran cerna atas tahun 2021. Terdapat 83 yang menjalani endoskopi akibat perdarahan saluran cerna dan ditemukan perdarahan saluran cerna atas sebanyak 65 orang (78,30%),riwayat mengkonsumsi OAINS sebanyak 42 orang (64,6%). analisis menggunakan uji chi square menunjukkan nilai p-value 0,000 (?<0,01).  terdapat hubungan penggunaan OAINS terhadap kejadian perdarahan saluran cerna atas pada pasien yang menjalani diagnostik endoskopi di RS. Ibnu Sina Makassar tahun 2021

Nilai Cerna Protein in Vitro Dan Organoleptik Mp-asi Biskuit Bayi Dengan Substitusi Tepung Kedelai, Pati Garut Dan Tepung Ubi Jalar Kuning

Latar Belakang: MP-ASI biskuit bayi perlu diberikan pada bayi diatas 6 bulan untuk melatih ketrampilan mengunyah. Bahan pangan lokal dapat digunakan untuk menghasilkan biskuit yang mengandung protein tinggi. Nilai cerna protein biskuit perlu dianalisis untuk mengetahui mutu protein. Dengan demikian perlu dilakukan penelitian tentang nilai cerna protein dan organoleptik MP-ASI biskuit bayi yang disubstitusi dengan tepung komposit tepung kedelai, pati garut dan tepung ubi jalar kuning.Tujuan: Menganalisis pengaruh substitusi tepung kedelai, pati garut dan tepung ubi jalar kuning terhadap nilai cerna protein dan organoleptik yang meliputi warna, rasa, tekstur dan aroma.Metode: Merupakan penelitian eksperimental rancangan acak lengkap satu faktor yaitu pembuatan biskuit bayi dengan substitusi tepung kedelai, pati garut dan tepung ubi jalar kuning yaitu K (0%:0%:0%), P1 (15%:40%:25%), P2 (20%:30%:30%), dan P3 (25%:35%:20%). Analisis statistik nilai cerna protein menggunakan uji One Way ANOVA serta uji Tukey, sedangkan analisis organoleptik menggunakan uji Friedman dan Wilcoxon.Hasil: Nilai cerna protein biskuit substitusi tepung kedelai, pati garut dan tepung ubi jalar kuning berbeda nyata dengan biskuit kontrol (85,64%). Nilai cerna protein biskuit perlakuan tertinggi pada formula P3 (85,07%) dan terendah pada formula P2 (77,98%). Substitusi tepung kedelai, pati garut dan tepung ubi jalar kuning tidak berpengaruh secara nyata terhadap mutu organoleptik biskuit. Simpulan: MP-ASI biskuit bayi dengan substitusi tepung kedelai, pati garut dan tepung ubi jalar kuning berpengaruh secara nyata terhadap nilai cerna protein dan belum sepenuhnya diterima panelis

DAYA CERNA PROTEIN KASAR, LEMAK KASAR DAN SERAT KASAR RANSUM KOMPLIT MENGANDUNG BAHAN UTAMA TUMPI JAGUNG FERMENTASI PADA TERNAK KAMBING KACANG

Daya cernaan bahan pakan adalah bagian zat yang dapat dicerna oleh tubuh dan diasumsikan diserap oleh tubuh ternak sehingga tidak diekskresikan dalam feses. Jumlah maupun komposisi kimia serat suatu bahan pakan sangat berpengaruh terhadap kecernaannya. Tujuan penelitian ini untuk mengevaluasi daya cerna protein, daya cerna lemak, dan daya cerna serat pakan komplit mengandung tumpi jagung fermentasi pada ternak kambing kacang. Penelitian ini menggunakan Sepuluh ekor ternak kambing kacang secara random dibagi kedalam dua kelompok perlakuan (5 ekor/kelompok). Kelompok (F) diberi pakan komplit mengandung tumpi fermentasi dan pada  kelompok (TF) diberi pakan komplit mengandung tumpi tanpa fermentasi.    Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua perlakuan tidak berpengaruh nyata (P>0,05) terhadap daya cerna protein, daya cerna lemak dan daya cerna serat kasar pakan. Kesimpulan Pemberian ransum komplit tumpi jagung fermentasi dan ransum komplit tumpi jagung tanpa fermentasi kecernaan protein dari kedua perlakuan cukup tinggi yaitu berada di angka diatas 70% begitupula dengan kecernaan lemak juga cukup tinggi yaitu rataan diatas 80% dan kecernaan serat rataan diatas 50%

NILAI CERNA PROTEIN IN VITRO DAN ORGANOLEPTIK MP-ASI BISKUIT BAYI DENGAN SUBSTITUSI TEPUNG KEDELAI, TEPUNG UBI JALAR KUNING DAN PATI GARUT

Latar Belakang: MP-ASI biskuit bayi perlu diberikan pada bayi diatas 6 bulan untuk melatih ketrampilan mengunyah. Bahan pangan lokal dapat digunakan untuk menghasilkan biskuit yang mengandung protein tinggi. Nilai cerna protein biskuit perlu dianalisis untuk mengetahui mutu protein. Dengan demikian perlu dilakukan penelitian tentang nilai cerna protein dan organoleptik MP-ASI biskuit bayi yang disubstitusi dengan tepung komposit tepung kedelai, pati garut dan tepung ubi jalar kuning. Tujuan: Menganalisis pengaruh substitusi tepung kedelai, pati garut dan tepung ubi jalar kuning terhadap nilai cerna protein dan organoleptik yang meliputi warna, rasa, tekstur dan aroma. Metode: Merupakan penelitian eksperimental rancangan acak lengkap satu faktor yaitu pembuatan biskuit bayi dengan substitusi tepung kedelai, pati garut dan tepung ubi jalar kuning yaitu K (0%:0%:0%), P1 (15%:40%:25%), P2 (20%:30%:30%), dan P3 (25%:35%:20%). Analisis statistik nilai cerna protein menggunakan uji One Way ANOVA serta uji Tukey, sedangkan analisis organoleptik menggunakan uji Friedman dan Wilcoxon. Hasil: Nilai cerna protein biskuit substitusi tepung kedelai, pati garut dan tepung ubi jalar kuning berbeda nyata dengan biskuit kontrol (85,64%). Nilai cerna protein biskuit perlakuan tertinggi pada formula P3 (85,07%) dan terendah pada formula P2 (77,98%). Substitusi tepung kedelai, pati garut dan tepung ubi jalar kuning tidak berpengaruh secara nyata terhadap mutu organoleptik biskuit. Simpulan: MP-ASI biskuit bayi dengan substitusi tepung kedelai, pati garut dan tepung ubi jalar kuning berpengaruh secara nyata terhadap nilai cerna protein dan belum sepenuhnya diterima panelis

DAYA CERNA PROTEIN PADA PAKAN IKAN KUWE (CARANX IGNOBILIS) DALAM WAKTU YANG BERBEDA

ABSTRAKPenelitian ini bertujuan untuk mengetahui daya cerna protein pada ikan kuwe (Caranx ignobilis) yang diberi pakan ikan rucah pada waktu yang berbeda. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Agustus 2015 bertempat di Balai Perikanan Budidaya Air Payau Ujung Batee, Banda Aceh. Penelitian ini mengunakan rancangan acak lengkap dengan 5 taraf perlakuan dan 4 kali ulangan dengan waktu yang berbeda mulai dari 0; 2.5; 5; 7.5 dan 10 jam. Hasil uji Analysis of Varian (ANOVA ) menunjukkan bahwa perlakuan waktu cerna berpengaruh nyata terhadap daya cerna protein ikan kuwe (Caranx ignobilis). Hasil uji lanjut beda nyata jujur (BNJ) menunjukkan bahwa terdapat perbedaan daya cerna yang berbeda pada setiap perlakuan waktu cerna. Daya cerna protein yang paling tinggi menurun pada jam 7,5 yaitu 12.11%.Kata kunci : Daya cerna, protein, ikan kuwe (Caranx ignobilis)ABSTRACTThe objective of this research was to determine the protein degestibility of pompano (Caranx ignobilis) fed trash fish at different times. This study was conducted on August, 2015 at Brackish Water Aquaculture development center, Ujung Batee, Banda Aceh. The study used a completely pandomized design with level 5 treatments and 4 replications at different times starting at 0; 2.5; 5; 7.5 and 10 hours. The result of ANOVA showed that time (duration of digestibility) gane the significant effect ob the protein digestibility of pompano. The further test usy honestly significant difference shomed that there was the significant difference of protein digestibility between treatment. The highest decline protein digestibility of 12,11% found at the 7.5th hour.Keywords: digestibility, protein, pompano (Caranx ignobilis

MicroRNAs as a selective channel of communication between competing RNAs: a steady-state theory

It has recently been suggested that the competition for a finite pool of microRNAs (miRNA) gives rise to effective interactions among their common targets (competing endogenous RNAs or ceRNAs) that could prove to be crucial for post-transcriptional regulation (PTR). We have studied a minimal model of PTR where the emergence and the nature of such interactions can be characterized in detail at steady state. Sensitivity analysis shows that binding free energies and repression mechanisms are the key ingredients for the cross-talk between ceRNAs to arise. Interactions emerge in specific ranges of repression values, can be symmetrical (one ceRNA influences another and vice-versa) or asymmetrical (one ceRNA influences another but not the reverse) and may be highly selective, while possibly limited by noise. In addition, we show that non-trivial correlations among ceRNAs can emerge in experimental readouts due to transcriptional fluctuations even in absence of miRNA-mediated cross-talk.Comment: 15 pages, 10 figures, to appear in Biophys