Coordinación y seguimiento de la docencia semipresencial en el Máster Universitario en Ingeniería Informática

El Máster Universitario en Ingeniería Informática de la Universidad de Alicante está regulado según las recomendaciones establecidas para la ordenación de las enseñanzas de Máster en el ámbito de la Ingeniería Informática, ofreciendo una formación avanzada en las tecnologías de la informática que capacita para la elaboración, planificación, dirección y coordinación de proyectos, así como su gestión técnica y económica en todos los ámbitos de la ingeniería informática, siguiendo criterios de calidad y medioambientales. El propósito principal de este trabajo de investigación docente es el seguimiento y coordinación de la docencia semipresencial en las asignaturas del Máster Universitario en Ingeniería Informática, tanto en la metodología docente como en los materiales y la carga de trabajo para el alumnado. Puesto que la implantación de la semipresencialidad es novedosa en este curso, es especialmente importante la coordinación entre todas las asignaturas y el seguimiento del desarrollo académico para detectar y solventar los posibles problemas que puedan aparecer y establecer un plan de mejoras que permita la mejora continua de la titulación. Para ello, se han realizado reuniones de coordinación de todos los responsables de asignaturas del Máster y reuniones con el alumnado para comprobar el progreso académico a lo largo del curso

Docencia semipresencial en el Máster en Ingeniería Informática

En este artículo se describe el trabajo realizado por la red de investigación en docencia universitaria denominada “Docencia semipresencial en el Máster en Ingeniería Informática” y que ha pretendido trabajar en las diferentes asignaturas del Máster en Ingeniería Informática de la Universidad de Alicante con el fin de dotarlas de un carácter semipresencial de una forma coordinada e integrada. Se ha creado un grupo de trabajo dentro de la comisión académica del máster y se ha impulsado una colaboración estrecha entre los responsables de todas las asignaturas del Máster en Ingeniería Informática a la hora de usar todos los mecanismos necesarios para dotar a las respectivas asignaturas del carácter semipresencial. Ha sido muy importante el apoyo que se ha tenido del ICE en este sentido, por ejemplo mediante la solicitud y realización de un curso específico sobre bLearning

RNAi-Based Functional Genomics Identifies New Virulence Determinants in Mucormycosis

Mucorales are an emerging group of human pathogens that are responsible for the lethal disease mucormycosis. Unfortunately, functional studies on the genetic factors behind the virulence of these organisms are hampered by their limited genetic tractability, since they are reluctant to classical genetic tools like transposable elements or gene mapping. Here, we describe an RNAi-based functional genomic platform that allows the identification of new virulence factors through a forward genetic approach firstly described in Mucorales. This platform contains a whole-genome collection of Mucor circinelloides silenced transformants that presented a broad assortment of phenotypes related to the main physiological processes in fungi, including virulence, hyphae morphology, mycelial and yeast growth, carotenogenesis and asexual sporulation. Selection of transformants with reduced virulence allowed the identification of mcplD, which encodes a Phospholipase D, and mcmyo5, encoding a probably essential cargo transporter of the Myosin V family, as required for a fully virulent phenotype of M. circinelloides. Knock-out mutants for those genes showed reduced virulence in both Galleria mellonella and Mus musculus models, probably due to a delayed germination and polarized growth within macrophages. This study provides a robust approach to study virulence in Mucorales and as a proof of concept identified new virulence determinants in M. circinelloides that could represent promising targets for future antifungal therapies

El silenciamiento génico de Mucor circinelloides regula la cromatina centromérica y la virulencia

Desde su descubrimiento en la década de los 90, el silenciamiento génico ha revolucionado el campo de la genética y la biología molecular, donde continúa inspirando investigaciones innovadoras por toda la comunidad científica. Las moléculas de RNA de doble cadena disparan el mecanismo de RNAi, que reconoce los RNAs mensajeros complementarios y dirige su degradación, o bloquea su traducción a proteínas. Un mecanismo de defensa contra ácidos nucleicos invasivos – exógenos o endógenos – en su origen, ha evolucionado a un fenómeno de regulación complejo que no solo protege al genoma, sino que también controla la expresión génica. Para llevar a cabo su función, el mecanismo de RNAi necesita moléculas de RNAs pequeños (sRNAs) que guían a los complejos catalíticos hacia sus dianas por complementariedad de bases. Este mecanismo está conservado en los linajes principales de eucariotas, aunque existen diversas rutas de biogénesis que generan distintos tipos de sRNAs. El reino Fungi es un ejemplo de esta diversidad, ya que encierra numerosas rutas de RNAi implicadas en regular sus ciclos de vida. Este trabajo propone al hongo basal Mucor circinelloides como modelo para estudiar el papel del RNAi en controlar procesos biológicos esenciales para la función cromosómica y la patogénesis. M. circinelloides presenta rutas de RNAi canónicas y no canónicas que interaccionan entre sí para regular la expresión, estabilidad y transmisión de su genoma. Este ubicuo habitante del suelo presenta un estilo de vida saprofítico, pero puede convertirse en un patógeno oportunista de animales causando una infección frecuentemente letal conocida como mucormicosis. En este trabajo se han identificado homólogos conservados del cinetocoro, un puente proteico que une los centrómeros a los microtúbulos durante la división celular. Sorprendentemente, M. circinelloides y todos los Mucorales carecen de la variante centromérica de histonas H3 CENP-A, esencial para unirse a la cromatina centromérica, pero han retenido la mayoría de las proteínas del cinetocoro. Un análisis funcional y ensayo de ChIP-seq contra proteínas conservadas del cinetocoro reveló nueve centrómeros, a los que se anclan los cinetocoros de manera monocéntrica durante todo el proceso de división celular. Los centrómeros en mosaico de M. circinelloides presentan características de centrómeros puntuales definidos genéticamente, como su tamaño pequeño y un motivo de DNA altamente conservado; pero también exhiben rasgos distintivos de centrómeros regionales, principalmente sus enormes regiones pericéntricas colonizadas por retrotransposones. Este retrotransposon es similar a los LINE1 humanos, y está conservado en todas las especies del subfilo Mucoromycotina que carecen de CENP-A. Se denominó Grem-LINE1, y se propone que participa en determinar la identidad centromérica en ausencia de CENP-A. Los Grem-LINE1 están silenciados activamente mediante sRNAs canónicos, lo que indica que el RNAi está implicado en mantener la estabilidad genómica y determinar la identidad centromérica. Además, se ha detectado un aumento de sRNAs canónicos antisentido a los Grem-LINE1 en mutantes que carecen de la ruta de RNAi no canónica (NCRIP), lo que apoya las observaciones previas que apuntaban a una interacción antagonista entre la ruta no canónica sobre la canónica en M. circinelloides. Esta regulación coordinada mediante RNAi juega un papel esencial en la interacción con el sistema inmune innato del hospedador. Al comparar dos patotipos con opuesto potencial virulento, se descubrió una respuesta genética implicada en la supervivencia y germinación durante la fagocitosis por macrófagos. El ambiente hostil del fagosoma dispara esta respuesta, induciendo dos factores de transcripción activadores, Atf1 y Atf2, y remodela una enorme red génica que incluye genes que cifran la aquaporina Aqp1, y dos posibles efectores de secreción o de membrana, Chi1 y Pps1. Estos genes también se inducen in vivo en macrófagos peritoneales de ratón, siendo necesarios para la virulencia en un modelo de infección murino. NCRIP ejerce un control preciso sobre esta respuesta, reprimiéndola durante condiciones no estresantes y liberándola ante un estímulo estresante, como los que la espora encuentra al ser fagocitada. Estos resultados sugieren que la actividad de NCRIP se reprime durante la fagocitosis, correlacionando con un aumento en la expresión de los genes de la ruta canónica de RNAi. Este aumento en la expresión de la ruta canónica de RNAi también se ha observado en los mutantes que carecen de actividad NCRIP. Como consecuencia, los mutantes NCRIP son incapaces de reprimir la respuesta a la fagocitosis y desarrollan una adaptación preexposición a las condiciones estresantes que los protegen frente al daño oxidativo. Esto se manifiesta a nivel transcripcional, ya que el perfil transcriptómico de los mutantes NCRIP en condiciones no estresantes imita al de una estirpe silvestre siendo fagocitada. Sorprendentemente, los mutantes NCRIP son menos virulentos que la estirpe silvestre, sugiriendo que la desregulación de la respuesta a la fagocitosis, ocasionada por la ausencia de actividad NCRIP, afecta a los procesos necesarios para la virulencia. Como conclusión, estos resultados ofrecen un análisis detallado de dos rutas de RNAi que interaccionan en M. circinelloides para regular funciones biológicas esenciales, y arrojan luz sobre su potencial virulento, lo que podría contribuir al desarrollo de terapias contra la mucormicosis.  Since its discovery in the early 1990s, post-transcriptional gene silencing or RNA interference (RNAi) has revolutionized the fields of genetics and molecular biology and continues to inspire groundbreaking research across the scientific community. The presence of double-stranded RNA molecules triggers the RNAi mechanism to recognize and direct degradation of complementary messenger RNAs or prevent their translation into protein. Originally a defense mechanism against invasive nucleic acids –exogenous or endogenous– it has evolved into a complex regulatory phenomenon that not only protects the genome but also controls gene expression. RNAi functionality relies on short RNA molecules (sRNAs) to guide catalytic complexes to their targets by RNA base pairing. This mechanism is conserved in every major eukaryotic lineage, though there are diverse biogenetic pathways that result in different types of sRNAs. The fungal kingdom is an excellent example of this diversity because it encompasses many RNAi pathways involved in controlling the vegetative and sexual stages of their lifecycles. Here in this work, we propose the early-diverging fungus Mucor circinelloides as a model to study the role of RNAi in controlling essential biological processes involved in chromosome function and pathogenesis. M. circinelloides harbors canonical and non-canonical RNAi pathways that are intertwined to regulate genome expression, stability, and transmission, having an impact on its singular ecology. A ubiquitous inhabitant of the soil, M. circinelloides displays a saprophytic lifestyle, but can become an opportunistic animal pathogen and cause an often-lethal infectious disease known as mucormycosis. We identified M. circinelloides conserved homologs of the kinetochore complex, a protein bridge that binds the centromeres to the microtubules during cell division. Surprisingly, M. circinelloides and all of the Mucorales lack the essential centromeric histone H3 variant CENP-A that binds directly to the centromeric chromatin but retain most of the remaining kinetochore proteins. A functional analysis and ChIP-seq assay of conserved kinetochore proteins discovered nine centromeres that anchor kinetochores throughout the cell cycle in a monocentric arrangement. M. circinelloides mosaic centromeres bear features of the genetically-defined point centromeres, like their short length and a highly conserved DNA motif; while also exhibiting regional centromere determining characteristics, mainly their large pericentric regions colonized by a retrotransposable element. This retrotransposon is similar to the human LINE1 and conserved in all species belonging to the subphylum Mucoromycotina that lack CENP-A. Thus, we named it genomic retroelement of Mucoromycotina LINE1-like, or Grem-LINE1, and proposed its involvement in centromere identity in the absence of CENP-A. Grem-LINE1 sequences are being actively silenced by canonical sRNAs, indicating that RNAi is involved in maintaining genome stability and determining centromere identity in M. circinelloides. Intriguingly, there is an increased number of canonical antisense sRNAs targeting Grem-LINE1 sequences in mutants lacking the non-canonical RNAi pathway (NCRIP). Hence, our data support previous observations of an antagonistic interaction of the non-canonical over the canonical RNAi pathway in M. circinelloides. This coordinated RNAi regulation plays a critical role in the interaction with the host innate immune defenses. A comparison between two pathotypes with opposite virulence potentials revealed the genetic response involved in survival and germination during macrophage phagocytosis. The hostile phagosomal environment triggers this response by inducing two basic leucine-zipper activating transcription factors (Atf), Atf1 and Atf2, and remodeling a vast gene network that includes genes encoding an aquaporin aqp1, and two putative membrane-bound or secreted effectors chi1 and pps1. Most of the principal components of this Atf-mediated germination pathway are also induced during in vivo interaction with peritoneal mouse macrophages and are needed for a full virulence in a murine infection model. NCRIP exerts a fine control of this response by repressing it during non-stressful or saprophytic conditions and releasing it upon stressful challenges like those encountered during phagocyte interaction. Our data suggest that NCRIP activity is restrained during macrophage phagocytosis, correlating with an increased expression of the canonical RNAi genes. This increased expression is also observed in mutants lacking NCRIP activity. As a result, NCRIP mutants are unable to repress the response to phagocytosis and develop a constitutive pre-exposure adaptation to stressful conditions that protects them from oxidative damage. This is manifested and explained at a transcriptional level because the transcriptomic profile of these NCRIP mutants cultured under non-stressful conditions mimics most of the wild-type response to macrophage phagocytosis. Surprisingly, the NCRIP mutants are significatively less virulent than a wild-type strain, suggesting that the genetic deregulation provoked by the lack of NCRIP activity affects other fungal processes required for virulence. Overall, our results offer a detailed analysis of how two interacting RNAi pathways in M. circinelloides contribute to essential biological functions and provide insights into its virulence traits, which could lead to therapeutic breakthroughs against the difficult-to-treat mucormycosis

Aristotle’s Poetics of the Latin Version of G. de Moerbeke And G. Valla

Este trabajo consiste en un análisis comparativo a nivel léxico llevado a cabo entre las dos primeras traducciones latinas -en sentido estricto- de la Poética de Aristóteles, que, en efecto, no son sino las versiones de Guillermo de Moerbeke y Giorgio Valla. Tras establecer la trayectoria de las primeras traducciones de esta obra aristotélica, aportaremos brevemente algunos datos acerca de estos dos autores y ofreceremos una visión general del estilo y rasgos más característicos de sus obras. Asimismo, estableceremos un análisis comparativo fundamentalmente léxico, tomando como ejemplos una serie de pasajes oportunos y controvertidos que ayuden, mediante su comparación, a destacar aquellos rasgos particulares de cada traductor y a observar, por tanto, en qué aspectos se acercan o alejan entre sí ambas versiones y cuáles son sus convergencias y divergencias con respecto al texto griego. Nuestra intención es arrojar luz sobre algunas cuestiones de cierta relevancia para alcanzar una comprensión más amplia, por un lado, de los influjos que se puedan o no establecer entre las distintas versiones latinas de la Poética y, por otro lado, de la línea evolutiva latente en la interpretación y recepción de esta obra aristotélica.This work consists of a lexical comparative analysis between the two first Latin translations of Aristotle’s Poetic: Guglielmo Moerbeke’s and Giorgio Valla’s translation. After path of first translations from The Poetic has been set, we are briefly going to give some information about those authors and provide a general approach of their style and features. Likewise, we will set a lexical comparative analysis, by highlighting appropriate text extracts as example, such that, by comparison, we can discriminate particular features of each author and observe which points are closer or distant of each other, and which are convergences and divergences with respect to the Greek text. Our intention is to shed light on some questions, in order to get wider understanding about, on one side, influences among different Latin translations of The Poetic, and, on the other side, of evolutionary line which we can find in the understanding and reception of this Aristotelian work

Poetyka Arystotelesa według łacińskich wersji G. de Moerbeke i G. Valla

Este trabajo consiste en un análisis comparativo a nivel léxico llevado a cabo entre las dos primeras traducciones latinas -en sentido estricto- de la Poética de Aristóteles, que, en efecto, no son sino las versiones de Guillermo de Moerbeke y Giorgio Valla. Tras establecer la trayectoria de las primeras traducciones de esta obra aristotélica, aportaremos brevemente algunos datos acerca de estos dos autores y ofreceremos una visión general del estilo y rasgos más característicos de sus obras. Asimismo, estableceremos un análisis comparativo fundamentalmente léxico, tomando como ejemplos una serie de pasajes oportunos y controvertidos que ayuden, mediante su comparación, a destacar aquellos rasgos particulares de cada traductor y a observar, por tanto, en qué aspectos se acercan o alejan entre sí ambas versiones y cuáles son sus convergencias y divergencias con respecto al texto griego. Nuestra intención es arrojar luz sobre algunas cuestiones de cierta relevancia para alcanzar una comprensión más amplia, por un lado, de los influjos que se puedan o no establecer entre las distintas versiones latinas de la Poética y, por otro lado, de la línea evolutiva latente en la interpretación y recepción de esta obra aristotélica.This work consists of a lexical comparative analysis between the two first Latin translations of Aristotle’s Poetic: Guglielmo Moerbeke’s and Giorgio Valla’s translation. After path of first translations from The Poetic has been set, we are briefly going to give some information about those authors and provide a general approach of their style and features. Likewise, we will set a lexical comparative analysis, by highlighting appropriate text extracts as example, such that, by comparison, we can discriminate particular features of each author and observe which points are closer or distant of each other, and which are convergences and divergences with respect to the Greek text. Our intention is to shed light on some questions, in order to get wider understanding about, on one side, influences among different Latin translations of The Poetic, and, on the other side, of evolutionary line which we can find in the understanding and reception of this Aristotelian work.Niniejszy artykuł jest oparty na analizie komparatywnej w zakresie słownictwa, przeprowadzonej na podstawie dwóch pierwszych tłumaczeń łacińskich dzieła Poetyka Arystotelesa, które w zasadzie są wersjami Guillermo de Moerbeke i Giorgio Valla. Po naszkicowaniu trajektorii pierwszych tłumaczeń w/w dzieła Arystotelesa, przedstawiamy zwięźle nie tylko określone dane dotyczące tych dwóch autorów, lecz również ogólną charakterystykę stylów i cech typowych dla ich twórczości. A zatem, eksponujemy tu analizę porównawczą, głównie w zakresie leksyki, wzorując się na przykładach zaczerpniętych zarówno z fragmentów stosownych jak i kontrowersyjnych, które by pomogły, za pośrednictwem porównań, wyróżnić szczególne cechy każdego tłumacza i co za tym idzie, zdiagnozować, w których aspektach obie wersje tłumaczeń są zbieżne, a w których się różnią, tj. jakie są między nimi podobieństwa i jakie rozbieżności w odniesieniu do tekstu greckiego. Naszym zamiarem jest wyjaśnić niektóre ważniejsze kwestie celem lepszego zrozumienia nie tylko wzajemnych wpływów, które mogłyby mieć miejsce między różnymi wersjami łacińskimi Poetyki, lecz także ukrytej ewolucji w zakresie interpretacji i recepcji omawianego tu dzieła Arystotelesa

Centrómeros mosaico: una novedosa organización de la cromatina centromérica en hongos que han perdido CENP-A

Los centrómeros son regiones cromosómicas de los eucariotas que aseguran un reparto preciso del material genético durante la división celular, evitando la aparición de alteraciones en el número de cromosomas que recibe cada célula hija. A pesar de que su función está conservada, existe una gran diversidad de centrómeros que muestran diferencias en su secuencia, estructura y organización; un hecho que se conoce como la paradoja del centrómero

Mucorales Species and Macrophages

Mucormycosis is an emerging fungal infection caused by Mucorales with an unacceptable high mortality rate. Mucorales is a complex fungal group, including eleven different genera that can infect humans. This heterogeneity is associated with species-specific invasion pathways and responses to the host defense mechanisms. The host innate immune system plays a major role in preventing Mucorales growth and host invasion. In this system, macrophages are the main immune effector cells in controlling these fungi by rapid and efficient phagocytosis of the spores. However, Mucorales have evolved mechanisms to block phagosomal maturation and species-specific mechanisms to either survive as dormant spores inside the macrophage, as Rhizopus species, or geminate and escape, as Mucor species. Classical fungal models of mucormycosis, mostly Rhizopus, have made important contributions to elucidate key aspects of the interaction between Mucorales and macrophages, but they lack robust tools for genetic manipulation. The recent introduction of the genetically tractable Mucor circinelloides as a model of mucormycosis offers the possibility to analyze gene function. This has allowed the identification of regulatory pathways that control the fungal response to phagocytosis, including a non-canonical RNAi pathway (NCRIP) that regulates the expression of most genes regulated by phagocytosis

Mucor circinelloides Thrives inside the Phagosome through an Atf-Mediated Germination Pathway

Mucorales are a group of ancient saprophytic fungi that cause neglected infectious diseases collectively known as mucormycoses. The molecular processes underlying the establishment and progression of this disease are largely unknown. Our work presents a transcriptomic study to unveil the Mucor circinelloides genetic network triggered in fungal spores in response to phagocytosis by macrophages and the transcriptional response of the host cells. Functional characterization of differentially expressed fungal genes revealed three transcription factors and three extracellular proteins essential for the fungus to survive and germinate inside the phagosome and to cause disease in mice. Two of the transcription factors, highly similar to activating transcription factors (ATFs), coordinate a complex secondary gene response involved in pathogenesis. The significance of our research is in characterizing the initial stages that lead to evasion of the host innate immune response and, in consequence, the dissemination of the infection. This genetic study offers possible targets for novel antifungal drugs against these opportunistic human pathogens.Mucormycosis is an emerging fungal infection that is often lethal due to the ineffectiveness of current therapies. Here, we have studied the first stage of this infection—the germination of Mucor circinelloides spores inside phagocytic cells—from an integrated transcriptomic and functional perspective. A relevant fungal gene network is remodeled in response to phagocytosis, being enriched in crucial functions to survive and germinate inside the phagosome, such as nutritional adaptation and response to oxidative stress. Correspondingly, the phagocytic cells induced a specific proinflammatory and apoptotic response to the pathogenic strain. Deletion of fungal genes encoding putative transcription factors (atf1, atf2, and gcn4), extracellular proteins (chi1 and pps1), and an aquaporin (aqp1) revealed that these genes perform important roles in survival following phagocytosis, germination inside the phagosome, and virulence in mice. atf1 and atf2 play a major role in these pathogenic processes, since their mutants showed the strongest phenotypes and both genes control a complex gene network of secondarily regulated genes, including chi1 and aqp1. These new insights into the initial phase of mucormycosis define genetic regulators and molecular processes that could serve as pharmacological targets